TEMA 2: MÉTODOS CUÁNTICOS

2.1. Métodos de cálculo

2.2. Predicción de estructuras moleculares y de interacciones
entre biomoléculas
2.3. Cálculo de espectros
2.4. Predicción de reactividad química
2.5. Obtención de propiedades en disolución
 2.1. Métodos de cálculo
Para obtener propiedades moleculares necesitamos calcular la función de onda
del sistema compuesto por varios núcleos y electrones, Ψ(R, r). Donde R son
las coordenadas nucleares y r las electrónicas.

Aproximación de Born-oppenheimer: Ψ(R, r) = ΨN(R) Ψe(r;R)

(Hay una Ψe(r;R) para cada geometría molecular, R)
El químico cuántico se dedica a calcular propiedades de las moléculas que
dependen de Ψe(r;R), a la que llamaremos a partir de ahora simplemente Ψ(r)

Ecuación de Schrödinger
independiente del tiempo:

Para un sistema con más de 1 electrón esta ecuación no tiene solución

analítica. Este el origen de la multitud de métodos que se usan en la
química cuántica computacional
 El Método de Hartree-Fock
Se supone que la función de onda se puede escribir como un determinante a partir
de orbitales Χj(ri) o Φj(ri)

Y los orbitales se calculan las siguientes ecuaciones (una para cada orbital i) que son
parecidas a la ecuación de Schrödinger pero para un único electrón

Donde el hamiltoniano original se ha sustituido por el operador de Fock, F({Φi(r)})

El operador de Fock depende de los operadores de Coulomb, J, y de intercambio,

K, que a su vez dependen de los orbitales
 Debido a que las ecuaciones dependen de sus soluciones, los orbitales se
calculan por medio de un proceso iterativo o autoconsistente.

Input: Coordenadas 3D Cálculo de Resolución

de núcleos atómicos, operadores Ji y Ki y ecuaciones H.F.
orbitales atómicos, … de operadores de
etc Fock, Fi Fi Φi = εi Φi

NO
Orbitales ¿Convergencia
iniciales Φi de εi Φi, …etc?

SÍ

Calcular
propiedades

El método de Hartree-Fock introduce las repulsiones entre electrones de

una forma promediada. La diferencia entre la repulsión real y la que se
introduce en este método es lo que se conoce como correlación electrónica.
Por tanto, para mejorar los resultados que da el método de Hartree-Fock
hay que utilizar métodos que introducen la correlación electrónica.
Métodos más utilizados en química cuántica y su interrelación entre ellos

Métodos basados Métodos ab initio

en el cálculo de la
función de onda Interacción de
Configuraciones (CI)
Métodos
Hartree-Fock Teoría de Perturbaciones
Semiempíricos
(MP2, MP4, …etc)

Clusters Acoplados CCS,

CCD, CCDT,…etc

Teoría del Funcional de la Densidad

En esta asignatura haremos uso de los métodos semiempíricos que están

disponibles en el programa Arguslab
2.2. Predicción de estructuras moleculares y de interacciones entre
biomoléculas
Los cálculos semiempíricos o ab initio nos proporcionan la energía de una molécula o conjunto de
ellas para cada geometría, E(R). Por tanto, podemos utilizar algoritmos de minimización de
funciones para hallar los mínimos de E(R) y así saber cuales son las estructuras de equilibrio.
Es decir, podemos hacer predicciones de estabilidad de cada una de esas estructuras. Esto
puede aplicarse para estudiar la estabilidad de un compuesto, predecir la termodinámica de una
reacción, las interacciones ligando-receptor…etc.

Ejemplo: La producción de piruvato por glicólisis conlleva la producción de

fosfoenolpiruvato. La siguiente reacción de producción de piruvato es
fuertemente exergónica, lo que permite la producción de ATP

ADP ATP
fosfoenol
piruvato piruvato

ADP ATP

Vamos a estimar la energía de la reacción haciendo cálculos PM3:

 Cálculos PM3 de la transformación del fosfoenolpiruvato en piruvato.

ΔE = -26.65 Kcal/mol

Total Reactivos = -373.23 Kcal/mol

Total productos = -399.88 Kcal/mol

-321.79 kcal/mol

-136.32 kcal/mol

-51.44 kcal/mol

-263.56 kcal/mol
Otro ejemplo sería utilizar el método semiempírico PM3 disponible en el programa
ArgusLab para estudiar la hidrólisis de los grupos fosfato de la molécula de ATP

ATP

Valores experimentales de referencia:

ATP + H2O → ADP(aq) + Pi(aq) + H+(aq) ΔG˚ = -30.54 kJ/mol (−7.3 kcal/mol)
ATP + H2O → AMP(aq) + PPi(aq) + H+(aq) ΔG˚ = -45.6 kJ/mol (−10.9 kcal/mol)
 Interacciones entre biomoléculas
De forma similar a los cálculos de energías de reacción, podemos calcular las
energías de interacción entre moléculas. Por ejemplo, para dos moléculas A y B, la
energía de interacción entre ellas sería
ΔE = E(AB) – [ E(A)+E(B) ]
Donde normalmente cada una de las energías E(AB), E(A) y E(B) se calculan
optimizando la geometría de cada fragmento. Al igual que para una molécula, la
geometría optimizada del complejo AB es la del mínimo más próximo a la
estructura inicial.
Vamos a comenzar estudiando la interacción entre dos moléculas de agua en el
dímero (H2O)2 en su estructura más estable:

dOH
Comparación de resultados para el dímero de agua con distintos métodos:
Método ΔE / kJ mol-1 d(OH)/Å
UFF -28.4 estructura errónea
AM1 -13.4 2.1
PM3 -13.8 1.8
DFT -22.1 2.1
exp ≈-20 ≈2

2 H2O(g) → H4O2(g)

dOH
 Otro ejemplo: cálculo de interacción entre adenina y uracilo (ARN)

ΔE(UFF) = -52.9 kJ/mol

ΔE(AM1) = -19.6 kJ/mol

ΔE(PM3) = -11.0 kJ/mol

ΔE(DFT) = -51.6 kJ/mol

Otro ejemplo: cálculo de interacción entre adenina y flúor-uracilo, un fármaco que
se utiliza en terapias contra el cáncer ya que se une a la adenina en el ARN pero
impide en resto del proceso ¿Cómo influye el F en la interacción?
ΔE(DFT) = -51.6 kJ/mol

ΔE(PM3) = -11.0 kJ/mol

ΔE(DFT) = -53.9 kJ/mol

ΔE(PM3) = -25.1 kJ/mol

Modelización de Biomoléculas.
Tema 2: Métodos Cuánticos.
 2.3. Cálculo de espectros

2.3.1. Cálculo de función de onda de estados excitados, o, al menos, estimación

de la energía de estados excitados → Espectros electrónicos: Absorción,
fluorescencia, fosforescencia

2.3.2. Cálculo de la forma de la hipersuperficie de energía potencial alrededor

de los mínimos de energía → Espectros vibracionales IR y Raman.

2.3.3. Cálculo del apantallamiento de campos magnéticos en las posiciones de

los núcleos atómicos → Espectros de resonancia magnética nuclear

…etc
 2.3.1. Espectros electrónicos: Absorción, fluorescencia, fosforescencia ↔ Cálculo
de función de onda de estados excitados, o, al menos, estimación de la energía de
estados excitados
Un método muy utilizado es el de interacción de configuraciones
Ψ0 = Función de onda del estado fundamental
(en este caso es un estado singlete)
Determinante Excitaciones
Excitaciones simples
de referencia dobles

Ψ0 = C0,0 + C0,1 + C0,2 +… +…

 Ψi = Función de onda del estado excitado
i (en este caso es un estado singlete)

Determinante Excitaciones
Excitaciones simples
de referencia dobles

Ψi = Ci,0 + Ci,1 + Ci,2 +… +…

 Ψj = Función de onda del estado excitado j
(en este caso es un estado triplete)

Determinante Excitaciones
Excitaciones simples
de referencia dobles

Ψj = Cj,0 + Cj,1 + Cj,2 +… +…

 0 -> 1
Clorofila A
(10,10) Vac 697 nm/dme 694 nm

0 -> 2
(10,10) Vac 541 nm/dme 539 nm

Modelización de Biomoléculas.
Tema 2: Métodos Cuánticos.
Clorofila B

0 -> 1
(10,10) Vac 671 nm/dme 668 nm
(20,20) Vac 685 nm
(30,30) Vac 691 nm
(80,80) Vac 709 nm

0 -> 2
(10,10) Vac 545 nm/dme 544 nm
(20,20) Vac 554
(30,30) Vac 556 nm
Modelización de Biomoléculas.
Tema 2: Métodos Cuánticos. (80,80) Vac 564
2.3.2. Espectros vibracionales IR y Raman: Cálculo de la forma de la
hipersuperficie de energía potencial alrededor de los mínimos de energía

Para calcular los espectros vibracionales se suele utilizar la aproximación

del oscilador harmónico, en la que las frequencias vibracionales se
obtienen a partir de la matriz de derivadas segundas de la energía
respecto a las coordenadas, hessiano, que están relacionadas con las
constantes de fuerza de los distintos modos vibracionales de la molécula

Derivadas segundas Hij = ∂2E/ ∂qi ∂qj donde los i, j recorren las
coordenadas de los distintos núcleos atómicos y los q son coordenadas.

A partir de la matriz de elementos Hij se calculan las frecuencias de

cada modo normal de vibración: hay 3 n – 6 modos de vibración para una
molécula con n núcleos (3 n – 3 para moléculas lineales)
 Modos vibracionales del H2O en fase gas:

Estiramiento Estiramiento “bending” o

simétrico asimétrico doblamiento
H216O 3657.05 cm-1 3755.93 cm-1 1594.75 cm-1
PM3 3604 cm-1 3768 cm-1 1552 cm-1
DFT 3806 cm-1 3925 cm-1 1642 cm-1
3D Atomistic - Spectrum
3D Atomistic - Spectrum
Wave number (1/cm)
5000 4000 3000 2000 1000 0
Wave number (1/cm) 0

5000 4000 3000 2000 1000 0 10

0
20

100 30

40
200

DFT
50

300
PM3 60

400 70

Intensity (km/mol)
Modelización de Biomoléculas.
80
Intensity (km/mol)

Mode Positions Mode Intensities Tema

Smoothed 2: Métodos Cuánticos.
Spectrum Mode Positions Mode Intensities Smoothed Spectrum
 2.4. Predicción de reactividad química
Al representar gráficamente mapas de potencial electrostático o la
función de fukui alrededor de la molécula nos podemos hacer una idea de a
donde van los ataques nucleófilos o electrófilos a una molécula.
Ejemplo: cálculos DFT para el clorobenceno
Potencial electrostático
azul= +, amarillo - f-

f+ f0
También se puede calcular la estructura y energías de estados de transición:

Ea, energía
de activación

R
P

Coordenada de reacción
Vamos a intentar calcular esta energía de activación con PM3
 Resultados PM3 para entalpía de reacción, ∆Hf, distancias C-O y C-Cl en el
estado de transición y entalpía de activación, ∆H#.
∆Hf / kJ mol-1 dC-O / Å dC-Cl / Å ∆H# / kJ mol-1
292.7 1.82 2.66 251.2

OH- + CH3Cl

Cl- + CH3OH
 2.5. Obtención de propiedades en disolución
Para introducir los efectos de un disolvente en los distintos tipos de cálculos que hemos visto en
los apartados anteriores, en principio podemos incluir explícitamente moléculas de disolvente de
la misma forma que para el estudio de interacciones intermoleculares. Por ejemplo, para estudiar
la hidratación de un protón podemos ir añadiendo moléculas de agua de la siguiente forma:

J. Chem. Phys., 2000, Vol. 113, No. 17, 7306-7216

Este procedimiento tienes dos inconvenientes:

1- El número de moléculas de disolvente que ha de considerarse para obtener convergencia de
las propiedades es demasiado costoso computacionalmente y hace que los cálculos sean
imposibles
2- El hecho de que el disolvente seaModelización
un líquido de
nosBiomoléculas.
obliga a considerar la dinámica de dichas
Tema 2: Métodos
moléculas, lo que nuevamente hace que el cálculo sea Cuánticos.
imposible o muy complicado.
Para resolver estos problemas se realiza la aproximación del campo de reacción: se considera al
disolvente como un medio dieléctrico (polarizable) contínuo, y se considera que el soluto ocupa
una cavidad adecuada a su forma y tamaño dentro de dicho medio. Esto resulta en la
introducción dentro del hamiltoniano de un término de interacción de la distribución de carga
del soluto con la distribución de carga (carga inducida) en el medio dieléctrico.

Disolvente como medio dieléctrico contínuo

Ahora U(r) contiene un término de interacción electrostática entre los electrones del
soluto y la carga inducida en el disolvente.
Como la polarización del medio depende la la función de onda, y viceversa, el cálculo se
realiza de forma iterativa, por eso este método se suele llamar campo de reacción
autoconsistente (SCRF).
El cálculo de la interacción con el disolvente requiere la elección de una constante
dieléctrica adecuada al disolvente y de una cavidad con forma adecuada a la combinación
soluto-disolvente.
 Cálculos PM3-SCRF para la reacción Cl-+ CH3OH → CH3Cl + OH-
Resultados PM3 para entalpía de reacción, ∆Hf, y entalpía de activación,
∆H#, con y sin efectos de disolvente (campo de reacción)
Disolvente ∆Hf / kJ mol-1 ∆H# / kJ mol-1
no 292.7 251.2
Dietileter 439.1 219.4
Agua 605.7 241.2

OH- + CH3Cl
Cl- + CH3OH

De forma análoga pueden introducirse efectos de disolvente en cálculos de todas las

propiedades que hemos visto anteriormente (estructuras, interacciones, energías de reacción,
espectros UV-Vis, vibracionales, RMN, …etc)
Finalmente, merece la pena mencionar que a veces es muy útil, y más preciso, utilizar un modelo
mixto de disolvente, donde unas pocas moléculas en contacto próximo con el soluto se incluyen
de forma explícita, tal como se hace para las interacciones intermoleculares (apartado 2.2), y
el resto del disolvente se trata con el método SCRF.
 BIBLIOGRAFÍA
Libros:

McQuarrie, D. A. and Simon, J. D. Physical Chemistry, A Molecular Approach , University

Science Books, Sausalito, California 1997. A solution manual for the text is also available: Cox,
H. Problems and Solutions to Accompany McQuarrie and Simon Physical Chemistry, A
Molecular Approach; University Science Books, Sausalito, California 1997.

Computational Approaches to Biochemical Reactivity . [Recurso electrónico] Naray-Szabo, G.

(Autor). Editorial: Kluwer Academic Publishers. 1997

Computational chemistry : introduction to the theory and applications of molecular and

quantum mechanics [Recurso electrónico] / Errol Lewars.PublicaciónBoston : Kluwer Academic,
c2003.

Páginas WEB:
http://en.wikibooks.org/wiki/Computational_chemistry
Química Cuántica:
http://www.chemlin.net/chemistry/quantum_chemistry.htm
http://www.cem.msu.edu/~cem988/harrison/lecture_notes.html
http://vergil.chemistry.gatech.edu/notes/quantrev/quantrev.html
http://k2.chem.uh.edu/quantum/Notes/
Química Física (Incluyen Química Cuántica):
http://www.colby.edu/chemistry/PChem/Lecture2.html
Mecánica Cuántica:
http://walet.phy.umist.ac.uk/QM/LectureNotes/