Herramientas Químicas Computacionales (softwares) para

el Modelaje Molecular.
“Un vistazo a la Química Computacional y una
oportunidad en medio de la Pandemia COVID-19”

Presentado por: Lic. Jesús Raimond Morón M.

Centro de Equilibrios en Solución

Caracas, septiembre de 2020 1

A finales de los años setenta apareció un nuevo campo del conocimiento orientado
al diseño de moléculas asistido por computadora: la química computacional. Aun
cuando el término de “química computacional” es muy empleado, el interés por
definir ha sido escaso; es más, con mucha frecuencia suele utilizarse de química
teórica como su sinónimo en forma errónea.

Si bien la definición de química computacional puede parecer arbitraria y subjetiva,

al gusto de cada persona, es necesario proponer una muy general: la disciplina que
comprende todos aquellos aspectos de la investigación en química que se
benefician con la aplicación de las computadoras. Esta definición incluye desde
la utilización del cómputo para controlar un espectrómetro de resonancia
magnética nuclear o un espectrómetro de infrarrojo hasta el manejo de los bancos
de información, pasando desde luego por las aplicaciones que impactan la
descripción de la estructura de moléculas.
En un sentido más restrictivo, el núcleo de la química computacional implica
el uso de modelos matemáticos para la predicción de propiedades químicas y
físicas de compuestos empleando computadoras.

En 1985 aparece la que podría ser la primera definición formal de esta

disciplina: modelado cuantitativo del comportamiento químico utilizando
una computadora y usando los formalismos de la química teórica
(Hopfinger, 1985).

La Encyclopedia of Computational Chemistry (Scheleger, 1998) no define

explícitamente el término pero permite establecer que consiste en la aplicación
amplia del cómputo en cualquier aspecto de la química.
Los métodos semiempíricos están basados en la aproximación de Dewar y, por lo
mismo, son llamados métodos tipo Dewar. Al igual que los otros métodos, lo tipos
Dewar sólo tratan los electrones de valencia y utilizan en conjunto de base de mínima
energía de Slater para los orbitales atómicos con el fin de expandir los orbitales
moleculares.

El método de tipo Dewar AM1 (Modelo Austin, nombrado así en honor a la Universidad
de Texas en Austin) está parametrizado para H, B, Al, C, Si, Ge, Sn, N, P, O, S, F, Cl, Br,
I, Zn, y Hg.

Mientras que el método PM3 (método paramétrico numero 3) toma algunas integrales
como parámetros a optimizar y utiliza funciones gaussianas como orbitales atómicos.
Este método está optimizado para los átomos H, C, Si, Ge, Sn, Pb; N, As, Sb, Bi, O, S,
Se, Te, F, Cl, Br, I, Al, Ga, In, Tl, Be, Mg, Zn, Cd, Y Hg (Steward, 1989).
 Premios Nobel en la Química Computacional

Mulliken,1966 Fukui, 1981 Hoffmann, 1981

Pople, 1998 Kohn, 1998

Premios Nobel en la Química Computacional

Año 2013
 Industrias de la Química Computacional
Compañías Softwares

Gaussian Inc. Gaussian 94, Gaussian 98

Schrödinger Inc. Jaguar
Wavefunction Spartan
Q-Chem Q-Chem
MSI InsightII, Discovery
HyperCube HyperChem
Informatix
Celera Genomics

Aplicaciones: Investigaciones, diseños de drogas y nuevos

materiales entre otros…
o Química Cuántica :

Ecuación de SchrÖdinger.

o Mecánica Molecular :

F=M.A

o Bioinformáticas :

Crea y analiza bio-información.

o Métodos de orbital molecular Ab initio.

o Métodos de orbital molecular semiempíricos.

o Métodos de Densidad Funcional (DFT).

 Ecuación de SchrÖdinger

Hy=Ey

Función de onda
Hamiltoniano
H = (-h2/2m)2 - (h2/2me)ii2
+  ZZ e2/r - i  Ze2/ri Energía
+ i j e2/rij
 Ecuación de Schrödinger . . .
Átomo de Hidrogeno
Los movimientos e interacciones de núcleos y electrones se
describen mediante la ecuación de Schrödinger, que se puede
resolver exactamente para el átomo de hidrógeno.
1 2 Z y(r) = Ey(r)

2 r

La cantidad entre paréntesis da la energía (E) de un electrón a una

distancia r de un núcleo de carga Z. La función de onda (y) depende
de las coordenadas del electrón y son los conocidos orbitales
atómicos s, p, d. y2 veces un volumen pequeño es la densidad de
electrones (probabilidad de encontrar el electrón dentro de este
volumen). Esta es la cantidad medida en un experimento de
difracción de rayos X.
 La ecuación de Schrödinger generalizada:
La ecuación de Schrödinger puede generalizarse.
ˆ = E
H
ˆ es el hamiltoniano y describe las energías cinética y potencial
H
de núcleos y electrones. En unidades atómicas, está dado por:

electrons nucle i electron s nucle i electron s nucle i

     
1 2 ZA 1 ZA ZB
Hˆ = 1
2i
1
 +
2 2 MA A riA r ij + RAB
i A i A i < j A<B

Z es la carga nuclear, MA es la relación de masas atómicas y

electrónicas y RAB,RiA y Rij son distancias que involucran
núcleos A, B y electrones i, j.
 Unidades Atómicas
La unidad atómica para la longitud es el bohr y la unidad
atómica para la energía es el hartree.

1 bohr = 0.52917Ǻ= 5.2917 pm

1 hartree = 2625 kJ/mol = 627.5 kcal/mol

La energía del proton es 0 hartrees (no hay electrones). La

energía del átomo de hidrógeno es -0.5 hartrees.
 Aproximación de Born-Oppenheimer
La aproximación de Born-Oppenheimer supone que, debido a
que los núcleos son mucho más masivos que los electrones, no se
mueven. Esto conduce a la ecuación electrónica de Schrödinger.
Ĥelel = Eelel


electron s electron s nucle i electron s

  
ZA 1
Hˆ el = 1
2i +
2 riA r ij
i i A i<j

La energía cinética nuclear es cero y la energía de repulsión de

Coulomb entre núcleos es una constante (sumada a la energía
electrónica). La masa nuclear no aparece en la ecuación
electrónica de Schrödinger y los efectos isotópicos tienen un
origen diferente.
 Aproximación Hartree-Fock
La aproximación Hartree-Fock insiste en que los electrones se
mueven independientemente unos de otros. En la práctica, cada
electrón está confinado a un orbital de espín,  compuesto por
una función espacial u orbital molecular, y, y una función de
espín,  o . Este último se puede considerar como un
dispositivo de "contabilidad", que asegura que no más de dos
electrones ocupan cada orbital molecular. La función de onda de
muchos electrones debe escribirse como una suma de productos
de orbitales de espín en forma de determinante.
1(1) 2 ( 1 ) n(1)
1
 = 1(2) 2(2) n(2)
N!
1(N) 2(N) n(N)
 Resolviendo las ecuaciones de Hartree-Fock
Las ecuaciones de Hartree-Fock deben resolverse mediante un
procedimiento iterativo. Se selecciona un electrón y se resuelve
una "ecuación de Schrödinger" unidimensional en presencia de
un campo que está formado por todos los electrones restantes.
Luego, la solución se vuelve a plegar en el campo, se selecciona
otro electrón y se repite el proceso. Una vez que se han
considerado todos los electrones, el campo resultante se
compara con el inicial. Si son iguales dentro de alguna
tolerancia preestablecida, entonces se considera que el proceso
ha convergido y se termina. Si son diferentes, se repite todo el
proceso. Este procedimiento se denomina comúnmente
procedimiento de campo autoconsistente (SCF).
 Aproximación LCAO
Los orbitales moleculares se escriben como combinaciones
lineales de un conjunto finito (un conjunto de bases) de
funciones prescritas conocidas como funciones de base, .
basis functions
yi = 
ci 

c son los coeficientes orbitales moleculares (desconocidos).

Porque la función  están centrados en los átomos, se les
conoce comúnmente como orbitales atómicos. Esto se conoce
como combinaciones lineales de orbitales atómicos o
aproximación LCAO.
 Ecuaciones de Roothaan-Hall
En conjunto, las aproximaciones de Hartree-Fock y LCAO
conducen a las ecuaciones de Roothaan-Hall, cuya forma es
casi la misma que la ecuación de Schrödinger.
Fc = Sc
 son energías orbitales, S es la matriz de superposición (una
medida del grado en que las funciones de base "se ven entre
sí"), y F es la matriz de Fock (análogo a Ĥ en la ecuación de
Schrödinger). La solución conduce al conjunto de coeficientes
orbitales moleculares, c, y sus energías asociadas, 
 Avogadro Gabedit

Spartan Plus 14

19
 Gaussian y Gausview

Mopac

20
 C60 Vitamina C
energy

Hemo

Citocromo c OH + D2 --> HOD + D

Visita de HOFFMANN a la Facultad de Ciencias de la ULA en el
año Internacional de la Química(Año 2011)