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biofármacos en el CIM.
BioSyS Equation Editor, a support in to developing biopharmaceuticals at
the CIM.
RESUMEN
La Biología de Sistemas es una disciplina que surge a raíz de los modernos métodos analíticos de alto
rendimiento, para analizar las funciones celulares a través de conjuntos complejos de componentes y funciones,
viendo a la célula como un todo. Su creación introdujo la utilización de herramientas computacionales para
modelar sistemas biológicos y realizar estudios sobre sus comportamientos. Una de estas herramientas es la
Plataforma para la Simulación y Análisis de Sistemas Biológicos, BioSyS, la cual permite realizar un estudio y
análisis de modelos de sistemas biológicos representados por sistemas de ecuaciones diferenciales. BioSyS
cuenta con un Editor de Ecuaciones, integrado en la misma, que posibilita la realización de cálculos numéricos y
análisis matemático. En el presente artículo se evidencia un nuevo Editor de Ecuaciones, versión 2.0, que
disminuye la demora en el tiempo de respuesta durante el proceso de edición de modelos. Además proporciona
la reutilización de funciones y exporta a diferentes formatos como Matlab, Mathematica, Java y el estándar de
representación matemática MathML. Partiendo de las pruebas de software realizadas y el método experimental
aplicado, se plantea que es una herramienta computacional, con una interfaz más rápida y sencilla, que cumple
con las funcionalidades necesarias para brindar un mejor servicio, contribuyendo así, en la toma de decisiones
para la elaboración de nuevos productos destinados al diagnóstico y tratamiento del cáncer y enfermedades
relacionadas con el sistema inmune en el Centro de Inmunología Molecular (CIM).
Palabras claves: Ecuaciones Diferenciales, Editor de Ecuaciones, Sistemas Biológicos.
ABSTRACT
The Biology of Systems is a discipline that stems from modern high performance analytical methods to analyze
cell functions through complex sets of components and functions, seeing the cell as a whole. Its creation
introduced the use of computational tools to model biological systems and carry out studies of their behavior.
One of these tools is the Platform for Simulation and Analysis of Biological Systems, Biosys, which allows a study
and analysis of biological systems models represented by differential equations systems. Biosys has an equation
editor, integrated within, which facilitates performing numerical calculations and mathematical analysis. In this
article a new Equation Editor, version 2.0, which reduces delay in the response time during the editing process
models is shown. It also provides functions reuse and exported to different formats such as Matlab, Mathematica,
Java and MathML standard mathematical representation. Based on performed software testing and the
experimental method used, it is suggested that a computational tool, with more rapid and simple interface, which
complies with the necessary features to provide better service, contributing in the decisions-making process to
develop new products for the diagnosis and treatment of cancer and immune system diseases related to the
Center of Molecular Immunology (CIM).
El modelo de un sistema biológico puede ser El editor de BioSyS, en su versión 1.2, procesa
representado mediante sistemas de ecuaciones. La las ecuaciones editadas o importadas en forma de
solución de las ecuaciones describe cómo el paneles, lo que significa que cada elemento de la
sistema biológico se comporta tanto en el tiempo ecuación o sistema de ecuaciones, entiéndase
como en el equilibrio, ya sea por medios analíticos o como variables, números, operadores lógicos u
numéricos. Existen disímiles tipos de ecuaciones y operadores aritméticos, se identifica como un panel
el tipo de comportamiento que puede ocurrir es por debajo de la interfaz. Esto a simple vista el
dependiente de las condiciones iniciales y usuario que está interactuando con la aplicación no
parámetros que estén representados en dicho lo puede ver. El editor tiene que reconocer la
modelo. A menudo el modelo hace suposiciones ecuación panel por panel. De ahí es donde proviene
sobre los sistemas. [3] la demora del editor con el tiempo de respuesta
cuando se editan modelos matemáticos. Se hace
El desarrollo de las tecnologías ha propiciado el
necesario potenciar el editor, para que los usuarios
estudio de modelos de sistemas biológicos más
que interactúen con la herramienta, editen los
complejos, por lo que es mayor la complejidad de
sistemas de ecuaciones que deseen estudiar, de
los sistemas de ecuaciones que son utilizados para
una manera más rápida a través de una interfaz
representarlos y aumenta la cantidad de
más sencilla; esta necesidad se convierte en el
información que generan. Es ineludible entonces, el
objetivo del presente artículo, que es desarrollar la
empleo de herramientas computacionales que
versión 2.0 del Editor de Ecuaciones de BioSyS que
permitan analizar, modelar y simular los sistemas
permita disminuir el tiempo de respuesta durante la
propósito de sustentar las convenciones XML en el cual las expresiones están incluidas en
matemáticas y tipografías para que las ecuaciones formato MathML. Posee características que lo
se perciban de una forma más correcta y elegante. diferencian de los demás editores, como:
que describen los modelos que desean estudiar a cuenta los siguientes requisitos:
través de una interfaz amigable. Garantiza además, El operador menos (–) se considera como
que la estructura sintáctica de las ecuaciones sea un operador unario y se aplica para cambiar
correcta. El editor implementa una serie de el signo a términos en expresiones. Por
funcionalidades adicionales que facilitan el trabajo tanto cuando se representa la operación “2
con los modelos matemáticos, la reutilización de – 3”, internamente se estaría generando
funciones y demás. Exporta a diferentes formatos algo como esto “2 + (– 3)”.
como MathML, Java, Matlab, Mathematica y como
Para definir las expresiones se utiliza la
imagen con formato PNG. Es multiplataforma, y no
definición recursiva siguiente:
es un software propietario. (Ver figura 1)
Una expresión se representa como un
término o una suma de términos.
además una opción para exportar las ecuaciones a o bien sus relaciones, para la construcción de
formato MATLAB. Como la plataforma BioSyS sistemas de software; por eso fueron utilizados los
realiza la simulación de los sistemas apoyándose en patrones GRASP y patrones GOF como Patrón
verificar el programa final, después que todos los de dos grupos independientes (tiempo de respuesta
componentes de software y hardware han sido en el editor 1.2 y tiempo de respuesta en el editor
integrados. Permiten verificar que tanto las 2.0) y establecer diferencias estadísticamente
especificaciones funcionales como las técnicas se significativas entre las medias de los grupos.
cumplan para el entregable. [6] Partiendo de la hipótesis nula “El editor 2.0
Para la realización de las pruebas en la disminuye el tiempo de respuesta durante la edición
aplicación se utilizaron los métodos caja negra y de modelos matemáticos”. Se importan varias
caja blanca. Las pruebas de caja negra fueron clases de modelos matemáticos en el Editor 1.2 y
llevadas a cabo sobre la interfaz del software y en en el Editor 2.0, y se comprueba el tiempo que
ella se aplicó a técnica partición de equivalencia, la demora en responder cada herramienta. En este
cual, divide el campo de entrada en clases de datos caso particular, se precisó de 3 clases de modelos
que tienden a ejecutar determinadas funciones del matemáticos, con las características siguientes:
software. En las pruebas de caja blanca se aplicó la
técnica partición de equivalencia, ya que esta odelo compuesto por 5 ecuaciones.
prueba permite al diseñador de casos de prueba
obtener una medida de la complejidad lógica de un
odelo compuesto por 10 ecuaciones.
diseño procedimental y usar esa medida como guía
para la definición de un conjunto básico de caminos
odelo compuesto por 20 ecuaciones.
de ejecución.[7]
Una vez realizado el proceso de importación de
Método Experimental
estos modelos matemáticos se obtuvieron los
Para comprobar si se cumplió el objetivo de la
siguientes tiempos de respuesta del sistema. La
creación del Editor de Ecuaciones 2.0, se aplicó el
unidad de medida de tiempo está dada en
método experimental. Dicho método se utiliza para
segundos. En la tabla 1, se observa cómo a medida
el estudio de un objeto en el cual el investigador
que va aumentando la cantidad de ecuaciones en
crea las condiciones o adapta las existentes para el
los modelos matemáticos más aumenta la demora
esclarecimiento de las propiedades, leyes y
en el tiempo de respuesta, también se puede
relaciones del objeto. El experimento es una
apreciar en la gráfica 1.
actividad científica dirigida a comprobar la validez
Tabla 1. Tiempo de respuesta.
de una hipótesis. Es característico de las
investigaciones cuantitativas.
El método experimental aplicado, se basa en la
aplicación de la prueba estadística T de Student
hipótesis nula, utilizada para comparar las medias
Una vez realizada la primera iteración de las editor es más rápido porque cambió la forma de
pruebas del sistema surgieron 3 no conformidades procesar las ecuaciones o sistemas de ecuaciones,
un modelo matemático porque el modelo que se proceso, aunque si nota la mejora en el tiempo de
editor no reconoció un modelo matemático con una El Editor de Ecuaciones 2.0 utilizado en el
sola ecuación. También existió un error de software BioSyS, permite a los investigadores del
internacionalización de la aplicación ya que el menú CIM, realizar los procesos de simulación y análisis
“Insert” estaba escrito en español y el editor se de los modelos de sistemas biológicos con rapidez,
encuentra en inglés, al igual que BioSyS. Estas no ya que en este centro se trabaja con modelos muy
conformidades inmediatamente fueron resueltas y grandes y complejos que al utilizarlos y no tener una
ya en una segunda iteración no se encontraron no tecnología de última generación, generan trabas en
conformidades; por lo que no se hizo necesario la la obtención de los resultados.
realización de una tercera iteración de las pruebas. Ofrece un conjunto de funciones que se utilizan
Al realizar un análisis de los resultados arrojados en la creación de sistemas de ecuaciones
por la prueba estadística aplicada, se pudo observar diferenciales ordinarias, las cuales se almacenan en
que el editor 1.2 tiene un tiempo medio de demora bases de datos biológicas para la modelación de
de un 20.66 % y el 2.0 de 0.76 %, notablemente se sistemas y la realización de estudios que admitan
ve la diferencia a grandes rasgos, la hipótesis nula probar nuevas hipótesis en un contexto mucho más
no fue rechazada, se determinó que el Editor de barato y rápido que el laboratorio, logrando una
Ecuaciones 2.0 cumplió con las expectativas, se mejor organización de la información.
CIM para la construcción de nuevos medicamentos. Biología Celular. Maryorga, Luis S. 2008.
Esta herramienta gracias a las facilidades visuales, Cuyo, Argentina: s.n., 2008, Vols. Vol 4 - Nª