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Dos años después de la primera infructuosa expedición, Pizarro, Almagro y Luque comenzaron los arreglos para una
segunda expedición con el permiso del gobernador de Panama , Pedro Arias Dávila quien tambien preparaba una
expedicion hacia la región de la actual Nicaragua, era reacio a permitir otra expedición, habiendo ya perdido la
confianza en el resultado de las expediciones de Pizarro. Los tres asociados, sin embargo, finalmente ganaron la
confianza y su autorizacíon para emprender una segunda expedición. Durante el transcurso de la segunda expedicion
el cargo de gobernador fue asumido por Pedro de los Ríos, quien tomó posesión del cargo en julio de 1526 y había
manifestado su aprobación inicial de las expediciones de Pizarro (que sería más tarde colaborador de Pizarro en
tierras del imperio Inca). En agosto del 1526, después de que todos los preparativos estaban listos, Pizarro dejó
Panamá con dos barcos con 160 hombres y varios caballos,llegando hasta el río San Juan, Colombia . Poco después
de llegar los españoles se separaronen dos grupos; el primero al mando de Pizarro que exploraría ese territorio nuevo
y a menudo peligroso frente a las costas pantanosas de colombiana . Luego Pizarro avanzó con su expedición hacia
la bahía de San Mateo y al río Santiago, a fines de julio de 1527, y luego llevó a sus hombres que se hallaban
descontentos a la isla del Gallo , mientras el segundo grupo al mando de Almagro fue enviado a Panamá para recoger
refuerzos y provisiones.
Luego de estar Pizarro y sus hombres cerca de seis meses en la isla Gorgona, en los cuales muchos de sus hombres
murieron por picaduras de serpientes. Por ello bautizó la isla como Gorgona. En marzo de 1528, volvió el piloto Ruiz a
la isla para recoger a Pizarro con excelentes noticias y junto con los nuevos refuerzos de Almagro habían animado
Pizarro y sus cansados seguidores. A continuación, decidieron regresar al territorio ya explorado por Ruiz y, después
de un viaje difícil debido a los fuertes vientos y corrientes, alcanzaron Atacames en la costa ecuatoriana. Aquí se
encontraron con una gran población nativa recientemente puesta bajo el dominio de Inca. Por desgracia para los
conquistadores, el espíritu Guerrero de la gente que habían encontrado era desafiante y muy peligrosa debido al
numero de ellos así que los españoles no decidieron entrar en la tierra.
De esta manera alcanzaron finalmente la costa del actual territorio peruano al llegar por primera vez a Tumbes. Pedro
de Candia, artillero y miembro del grupo de los trece del Gallo fue quien llegó y visitó Tumbes , luego Pizarro llamaría
a esa ciudad Nueva Andalucia. La descripción que hizo de este poblado y de sus riquezas, incitaron el avance hacia el
sur, hasta la desembocadura del río Santa. Luego de este reconocimiento, y ante los anhelados indicios de riquezas
recién descubiertos sobre el Tahuantinsuyo o imperio Inca que había dejado de ser un sueño y un mito, la expedición
decidió regresar a Panamá para preparar el viaje definitivo de conquista. Pizarro viajaría a España para firmar un
acuerdo con los reyes de España, la llamada Capitulacion de Toledo , que permitiría el inicio del Tercer Viaje de
Pizarro y la Conquista del Perú por los ambiciosos conquistadores españoles al mando de Pizarro y sus hermanos.