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UNIVERSIDAD AUTÓNOMA

DE NUEVO LEÓN
FACULTAD DE CIENCIAS BIOLÓGICAS

Práctica 1
Sintenia en genomas de organismos
eucariotes

GENÓMICA COMPARATIVA
Integrantes de equipo:
Barahona García Samantha Andrea
Martínez Martínez Laura Cristina 1887806

Sáenz Altamirano Ensueño Esmeralda 1887827


Salinas Sáenz Diego Sebastián 1798722
Sanmiguel Mercado Brenda Carolina

Titular: Dr. Patricio Zapata Morin

Grupo: 461

Titular: DR. Eva Teresa Aréchiga Carvajal

Enero 31, 2020


Metodología para la utilización de SYNTENY PORTAL
1. Ingresar a la página web
http://bioinfo.konkuk.ac.kr/synteny_portal/htdocs/synteny_circos.php

2. Dejar como “Referencia” a la especie humana, e ingresar en “Target” las especies


a analizar, además de seleccionar todos los cromosomas para un análisis global
del genoma.

3. Dar clic en “submitir” para obtener el resultado, que se desplegará en una


ventana emergente. En dicha ventana, esperar a que el estado de la
visualización sea completo y dar clic en “Ver”.
4. Esperar, observar y analizar el resultado en la parte inferior de la tabla
descriptiva

Metodología para la utilización de GENOMICUS


1. Ingresar a la herramienta a través del link:
https://www.genomicus.biologie.ens.fr/genomicus-98.01/cgi-
bin/karyoview.pl?species_id1=272&species_id2=299&

2. Observar la interfaz de la página e ingresar en cada recuadro del genoma los


organismos a comparar, buscando entre las especies ya establecidas. Se propone
realizar primero la comparación entre Homo sapiens vs Pan troglodytes, a
continuación, Homo sapiens vs Mus musculus y finalmente Pan troglodytes VS
Mus musculus.
3. Dar clic en “Go” y observar la comparación cromosómica entre los organismos a
analizar, teniendo claro que el organismo establecido en Genoma 1 es el utilizado
como referencia. Dejar los demás parámetros por default.

4. Realizar un análisis más profundo de la composición de cada cromosoma al pasar


por el cursor el recuadro en color del organismo con el que se compara el genoma
de referencia. De esta manera se habilita ver en qué cromosomas se presentan
segmentos de otro. Además, al dar clic en el recuadro se desplegará la vista de
un Dot plot en donde las líneas diagonales muestran homología entre dichos
cromosomas
Dot Plot

Ej. Homología con el


cromosoma 4 del ratón en
cromosomas del humano.
Metodología para la utilización de Cinteny
1. Ingresar a la herramienta a través del link: https://cinteny.cchmc.org/ y
seleccionar los organismos a analizar. Dar clic en “Start”.

2. Submitir Query en el primer apartado de Análisis completo de genoma. Esperar


la visualización

3. Seleccionar los pares de cromosomas que se desean comparar detalladamente


en modo “Alineamiento 2D” dando clic en el botón “Go to Chr v/s Chr View”
Inferir inversiones, translocaciones, fusiones, etc.
Metodología para la utilización de SyMAP

Instalación de sistema operativo Debian Linux en Windows 10

1. Descargar el paquete para instalación de Virtual Box, específico al modelo requerido


de sistema operativo Windows.
2. Entrar a la web imagen virtual del sistema operativo Debian y descargar el paquete
de extensión .iso.
3. Instalar Virtual Box.
4. Abrir applicación de Virtual Box, hacer click en “Nueva máquina” e indicar indicar el
tipo de sistema operativo basado en Linux que se desea instalar.
5. Especificar la ubicación deseada de almacenamiento dentro del disco de memoria.
6. Crear partición virtual del disco, permitiendo al sistema operativo virtual hacer uso de
espacio de almacenamiento para su correcta función. Se recomiendan asignar entre
más de 10 Gb de memoria, para evitar problemas de almacenamiento futuros.
7. Establecer memoria RAM dedicada al procesamiento de la máquina virtual. Se
recomienda asignar dos tercios del total de RAM del instrumento.
8. Acceder a la configuración de la máquina virtual creada.
9. Asignar número de CPU’s dependiendo de la capacidad del ordenador (3 CPU’s).
10. Guardar la configuración de la máquina virtual.
11. Iniciar la máquina virtual con la configuración preestablecida.
12. Seleccionar el archivo de ejecución .iso del sistema operativo Debian.
13. Seguir pasos de la instalación encontrados en la página web oficial del programa
(https://www.debian.org/index.es.html).

a. Instalar sistema operativo.

b. Seleccionar idioma y región.

c. Crear usuario para otorgar permisos root o superusuario (sudo).

d. Crear contraseña.

e. Crear usuario para iniciar sesión en el sistema operativo.

f. Crear contraseña.

g. Incluir Utilidad del sistema operativo “Terminal MATE”.

h. Iniciar sistema operativo de la máquina virtual.

Instalación de Symap

Al hacer uso de una máquina virtual, es muy probable que el usuario de inicio de sesión
para la ejecución de comandos a través de la terminal no posea los permisos necesarios
para realizar el comando sudo (super usuario).
Si se presenta el caso, realizar los siguiente:

1. Iniciar el sistema operativo y entrar al modo de recuperación del sistema


operativo Debian.

2. Seleccionar la opción para escribir líneas de comandos como usuario root.

3. Escribir el comando: # mount -o rw,remount /; , permitiendo así realizar


cambios en la información del sistema.

4. Agregar usuario que se desee agregar al grupo de administradores: #


adduser username sudo.

5. Abrir el navegador de internet y descargar el programa SyMAP.

6. Abrir terminal de comandos.

7. Descomprimir paquete de datos de SyMAP: $tar -zxvf symap_5.tar.gz.

Instalación de MySQL

MySQL es un sistema de gestión de bases de datos, que en conjunto con symap, permite
el manejo de los datos de entrada para la realización de los alineamientos de secuencias,
es considerada como la base de datos de código abierto más popular del mundo.

1. Abrir terminal de comandos.

2. Escribir el comando: sudo apt-install default-mysql-server.

3. Presionar enter

4. En caso de error, detener MySQL mediante: /etc/init.d/mysql stop.

Instalación de Java

1. Abrir terminal de comandos (presionar Ctrl+Alt+T).

2. Ejecutar el comando: sudo apt-get install default-jdk.

3. Esperar a que el paquete se instale.

Configuración de MySQL para SyMAP.

1. Abrir terminal de comandos.


2. Entrar al directorio de SyMAP:

a. […] ls

b. […] cd /home/<nombreusuario>/symap_5

c. […] nano ./symap.config

i. […] db_name= <”ingresar cualquier nombre”>

ii. […] db_adminuser= <nombreusuarioroot>

iii. […] db_adminpassword= <contraseñausuarioroot>

d. Guardar archivo y salir.

3. Cerrar archivo y comprobar cambios de escritura: sudo cat symap.config

Iniciar y utilizar SyMAP para calcular sintenia

1. Abrir terminal de comandos.

2. Entrar al directorio de instalación de SyMAP:

a. […] ls

b. […] cd /home/<usuario>/symap_5

c. […] ./symap

3. Esperar a que el programa se ejecute.

4. Dar click en la opción “New Project”.

5. Seleccionar la opción de parámetros para seleccionar los archivos de la


secuencia (.seq) y anotación (.gff3).

6. Ingresar la dirección de los archivos y dar click en “Load”.

7. Esperar a que se carguen los archivos al programa.

El nombre expuesto en el archivo de anotación debe coincidir con el nombre de la


secuencia en formato FASTA dentro del archivo .seq, de otra forma ocurrirá un
error al cargar los archivos.

8. Seleccionar los proyectos que se deseen alinear.

9. Hacer click en “Load all pairs”.


10. Esperar a que termine el tiempo de alineamiento.

11. Obtener y visualizar los resultados de los alineamientos.

RESULTADOS
Resultados de comparación de Homo sapiens y Pan troglodytes

Figura 1. (A) Comparación de los cariotipos de H. sapiens y P. troglodytes donde se


aprecia la sintenia entre cromosomas de ambos organismos. Se hace incapié en el
cromosoma 2 del ser humano, producto de la fusión de los cromosomas 2a (encerrado
en negro) y 2b (encerrado en morado). (B) Representación de la sintenia entre el
cromosoma 2A del chimpancé con el cromosoma 2 del humano. (C) Representación de
la sintenia entre el cromosoma 2B del chimpancé y el cromosoma 2 del ser humano.
Comparaciones entre cromosomas 4 y 12 de Homo sapiens y Pan troglodyte

Figura 2 (A). Representación de una inversión de una región del brazo p de Homo
sapiens al brazo q de Pan troglodytes en el cromosoma 4. La región se encuentra
coloreada en tonos verdes (B) Inversión de una región del brazo p de Homo sapiens al
brazo q de Pan troglodytes en el cromosoma 12. La región se encuentra coloreada en
tonos verdes y amarillos.
Comparación entre cromosomas Y de Homo sapiens y Pan troglodytes

Figura 3. Representación de una inversión de una región del brazo p de Homo sapiens
al brazo q de Pan troglodytes en el cromosoma Y. Se observa la falta de sintenia entre
los cromosomas.
Resultados de comparación de H. sapiens y M. musculus
Cariotipo humano comparado con el genoma del ratón

Figura 4. Representación del cariotipo humano con respecto al ratón donde se


muestran las regiones similares entre cromosomas. Se observa (en color magenta) la
sintenia en los cromosomas X de ambos organismos. Imagen obtenida mediante la
herramienta Genomicus.

Comparación entre Cromosomas X de Homo sapiens y Mus musculus


Figura 5. Representación de una traslocación e inversión de una región en el brazo q de
Mus musculus al brazo p de Homo sapiens en el cromosoma X. La región se encuentra
coloreada en tonos naranjas.

Comparación entre Cromosomas Y de Homo sapiens y Mus musculus

Figura 6. A) Representación en alineamiento 2D de nula sintenia entre el cromosoma Y


de Homo sapiens y Mus musculus. B) Cariotipo del ratón donde se aprecia que en MmuY
no existe presencia de secuencias de otros cromosomas humanos, más que una
pequeña región de HsaY, descartando así otros rearreglos cromosómicos.
Comparación entre Cromosoma 16 de Mus musculus y 21 de Homo sapiens

Figura 7. Mapa sinténico del cromosoma 16 del M. musculus y el cromosoma 21 H.


sapiens realizado a partir del programa bioinformático “Cinteny”. Se muestra el mapa
sinténico por código de colores. Se observa que los cromosomas en ambos organismos
son aparentemente iguales, presentando variaciones en longitud, pero con misma
organización.

Comparación entre Cromosoma 16 de Mus musculus y 21 de Homo sapiens

Figura 8. Cromosoma 16 de M. musculus y 21 de Pan troglodytes. El cromosoma 21


carece de una región grande en comparación al cromosoma 16. Esta región está
dispersa en los cromosomas 3 y 16 del chimpancé. .
Comparación entre Cromosoma 17 de H. sapiens y 11 de M. musculus

Figura 9. Comparación entre cromosoma 17 H. sapiens y cromosoma 11 de M.


musculus. Se observan dos rearreglos del genoma, que pueden haber sido provocados
por las duplicaciones segmentales que hay en el genoma humano, que propician los
eventos de rearreglo.

PREGUNTAS
1. ¿A qué organismos pertenecen las secuencias?
Homo sapiens ( humano) , Mus musculus (ratón) y Pan troglodytes (chimpancé).
2. Adjunta una tabla número de genes, proteínas codificantes, elementos
móviles, tamaño del genoma y %GC.

Tamaño
Número Proteínas % de Elementos %GC
Organismo del
de genes codificantes móviles en el genoma promedio
genoma

Homo sapiens 60876 119552 45 3272.09 Mb 41.4778

Mus musculus 52757 87887 38 2818.97 Mb 41.951


Pan troglodytes 40321 80692 40-50 3050.4 Mb 40.8085

*Datos reportados en las secuencias de referencia de los respectivos


organismos

3. ¿Qué distancia evolutiva hay entre los organismos utilizados? (Último


ancestro en común)
Se ha reportado que han pasado ∼ 75 millones de años desde que roedores,
humanos y simios compartieron un ancestro común. (Waterson et al., 2005)

DISCUSIÓN

Es bien sabido que debido a la corta distancia evolutiva que existe entre Pan
troglodytes (chimpancé) y Homo sapiens (ser humano) sus genomas se encuentran
cerca de ser idénticos, sin embargo, poseen diferencias que van desde múltiples SNPs,
regiones de elementos repetitivos y elementos transponibles, hasta varios
reordenamientos cromosómicos. (Waterson et al., 2005) Dicha afirmación es
corroborada al analizar los resultados obtenidos de la comparación de los cariotipos de
ambas especies (figura 1.A), donde la más clara discrepancia entre ellos se aprecia en
la fusión de los cromosomas 2A y 2B del chimpancé que forman el cromosoma 2 del ser
humano. La conservación de la orientación de los cromosomas de P. troglodytes,
ilustrados en las figuras 1.B y 1.C, indican que el cromosoma 2 de H. sapiens es el
resultado de una fusión telómero-telómero, evento demostrado por IJdo et al. (1991).
Aunado a esto, Fan y sus colaboradores (2002) sugieren que, puesto a que esta fusión
cromosómica es exclusiva de humanos, ésta debe haber ocurrido posterior a la
divergencia humano-chimpancé pero antes de la expansión del ser humano moderno,
siendo este cambio una barrera reproductiva entre H. sapiens y otros homínidos debido
a un riesgo de segregación desequilibrada de los cromosomas durante la meiosis.
Asimismo, se ha reportado que los cromosomas de humano y de chimpancé difieren en
al menos nueve inversiones pericéntricas (Waterson et al., 2005), una de las cuales es
perceptible en el cromosoma 4 de Homo sapiens el cual, a pesar de ser homólogo al
cromosoma 4 de Pan troglodytes, cambia en una región en la que se observa una
inversión de la secuencia entre ambos cromosomas (Figura 2A.). Nickerson y Nelson
(1998) mencionan que esta inversión se localiza en el centrómero de cada uno, donde el
brazo p del chr4 humano se encuentra en el brazo q de su homólogo, y viceversa. Este
tipo de arreglos, conocidos como inversiones pericéntricas, también se observa en el
cromosoma 12 (Figura 2B) y podrían tener un rol importante en la especiación de los
hominoides al dividirse de su ancestro común (Nickerson & Nelson, 1998). Otra gran
diferencia entre estos organismos es la que se puede apreciar entre los cromosomas Y
de Pan troglodytes y de H. sapiens (figura 3) .En conjunto, el cromosoma Y de
chimpancé contiene dos tercios de genes o familias de genes distintos que el cromosoma
Y humano, manteniendo que tan solo la mitad se transcribe a proteínas funcionales,
teniendo consecuencia en la función testicular, que recae en el proceso de evolución
(Kuroki, 2006). Hughes et al., (2010) sugiere que la extraordinaria divergencia del
cromosoma Y entre estas dos especies fue impulsada por cuatro factores sinérgicos que
son el papel prominente del cromosoma Y en la producción de esperma, los efectos de
"autostop genético" en ausencia de cruce meiótico, recombinación ectópica frecuente
dentro del cromosoma Y, y diferencias en el comportamiento de apareamiento.

De acuerdo con lo mostrado en resultados (figura 4) se observa una evidente sintenia


en el cromosoma X del humano y del ratón, sin embargo, en un alineamiento 2D se
destaca que, una diferencia entre estos organismos es una transposición (Figura 5) entre
un segmento cromosómico inferior del brazo q de Mus musculus y la parte superior del
brazo p de Homo sapiens en los cromosomas X de ambas especies. Tal condición es
corroborada por (Carver y Stubbs,1997) al mencionar que en la alineación de un mapa
genético de MmuX con el mapa físico de un segmento de 20 Mb de Xp21 humano reveló
que un segmento de 4 Mb se había transpuesto a una posición ubicada a 40 cM distales
de otros loci relacionados con Xp21 en el ratón. Se infiere por tanto que, pese a la
conservación de segmentos cromosómicos entre Mus musculus y Homo sapiens, las
diferencias evolutivas radican en gran parte en las inversiones y transposiciones de los
mismos. Por otro lado, en el cromosoma Y, la región masculina específica del humano
es increíblemente diferente al del ratón (figura 6) donde prevalece una sola familia de
amplicones adquiridos que no se encuentran en los primates (Soh et al., 2014). Jenike
(2001) menciona que esta amplificación en Mus musculus puede ser explicada por el
impulso meiótico ligado al sexo, donde surge un controlador en el cromosoma sexual
que hace que se transmita a la descendencia con más frecuencia, siendo un proceso
que subyace a la evolución de esta especie. A diferencia de otras secuencias repetitivas,
la secuencia de amplicones es densa en genes, lo que difiere con referencias de que los
cromosomas Y están en proceso de degeneración (Bachtrog, 2013). Se infiere entonces
que, la variación evolutiva entre humano y ratón, se debe a presiones de selección entre
los genes de una única copia y los amplicones, generando así los cambios en chr Y.

La inserción de secuencias repetitivas (elementos SINE y LINE) forma parte de uno de


los procesos más dinámicos en la evolución del genoma, este fenómeno ha sido
ampliamente estudiado, pues explica muchas de las diferencias encontradas entre el
genoma de M. musculus (ratón) y H. sapiens (humano). Puntualmente, las regiones
sinténicas en el genoma de H. sapiens son 10% más grandes que las encontradas en M.
musculus, manteniendo esta cifra como resultado de una mayor proporción de
secuencias repetitivas en el genoma humano (Mural et al., 2002). Al analizar la sintenia
entre los cromosomas somáticos 16 de M. musculus y 21 de H. sapiens, se encuentra
que una gran parte de los genes presentes en ambos cromosomas han conservado en
gran medida su orden, orientación y tamaño desde la separación evolutiva de los dos
linajes (Figura 7). Lo obtenido mantiene concordancia con lo reportado por Lund J. et al.,
(1999) al indicar que 32.8 Mpb del cromosoma 16 de M. musculus, un tercio de la longitud
total del cromosoma, ha conservado sintenia con el cromosoma 16 y 21 de H. sapiens,
preservado el contenido y el orden de los genes, con solo dos excepciones, resaltando
que los 60 Mpb restantes corresponden a otras cinco regiones del genoma humano en
seis segmentos sinténicos conservados. Se infiere entonces que esta alta conservación
génica a lo largo de la línea evolutiva se puede atribuir tanto a restricciones funcionales
de los elementos génicos, como a simplemente la lenta tasa de pérdida o adición de
ADN.
El último ancestro en común entre los primates y los roedores vivió hace 88.8 millones
de años y se diversifica en el orden que contiene a los humanos y chimpancés hace 87.0
millones de años (Janecka, J., et al., 2007). Es por esta distancia evolutiva que se puede
asumir que el orden y contenido de los cromosomas es bastante diferente entre los
homínidos y el ratón. El caso es diferente para el cromosoma 16 de Mus musculus y el
21 de Pan troglodytes. Ambos poseen una región altamente conservada, sin embargo,
el cromosoma del chimpancé carece de una porción considerable que está presente en
el ratón (Figura 8). Esta región está repartida en los cromosomas 3 y 16 (Sturgeon, &
Gardiner, 2011). Se puede asumir entonces que diversos grupos de rearreglo
intercromosomal provocaron que la región conservada se redujera a un cromosoma en
algún punto después de la divergencia entre roedores y primates.
El cromosoma 17 de los humanos es muy parecido a la parte distal del cromosoma 22
del ratón, a excepción de las múltiples duplicaciones segmentales que posee el primero.
Estas duplicaciones son una fuerza importante en el rearreglo intracromosomal (Sharp,
A.J., et al., 2005). Este fenómeno es evidente en la Figura 9 en donde diversas regiones
del cromosoma 17 humano han cambiado de lugar a lo largo, que puede tener como
consecuencia variaciones fenotípicas entre las dos especies (Herrera, R. J. & Garcia-
Bertrand, R., 2018).

CONCLUSIÓN

Fue denotada la sintenia que existe entre H. sapiens y Pan troglodyte debido a la
cercanía evolutiva entre ellos, sin embargo existen diferencias claves que marcaron el
rumbo de su evolución y divergencia como dos especies distintas, además Mus musculus
presenta diferencias más significativas dado que éste se encuentra más alejado de los
primeros dos en cuanto a filogenia, observándose rearreglos cromosómicos que incluyen
deleciones, inversiones y translocaciones que fueron un punto clave en la especiación.

REFERENCIAS

1. Bachtrog D. (2013). Y-chromosome evolution: emerging insights into processes of


Y-chromosome degeneration. Nature reviews. Genetics, 14(2), 113–124.
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2. Carver, E. A., & Stubbs, L. (1997). Zooming in on the human-mouse comparative
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https://doi.org/10.1101/gr.7.12.1123
3. Fan, Y., Linardopoulou, E., Friedman, C., Williams, E., & Trask, B. J. (2002).
Genomic structure and evolution of the ancestral chromosome fusion site in 2q13-
2q14.1 and paralogous regions on other human chromosomes. Genome research,
12(11), 1651–1662. doi:10.1101/gr.337602
4. Frazer, K. A., Sheehan, J. B., Stokowski, R. P., Chen, X., Hosseini, R., Cheng, J.
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21. Genome Research, 11(10), 1651-1659.
5. Hughes, J., Skaletsky, H., Pyntikova, T., Graves, T., van Daalen, S., Minx, J.,
Fulton, R., McGrath, S., Locke, D., Friedman, C., Trask, B., Mardis, E., Warren,
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463(7280), 536–539.doi:10.1038/nature08700
6. Ijdo, J. W., Baldini, A., Ward, D. C., Reeders, S. T., & Wells, R. A. (1991). Origin
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7. Jaenike, J. (2001). Sex chromosome meiotic drive. Annual Review of Ecology and
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8. Kuroki, Y. (2006) Comparative analysis of chimpanzee and human Y
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9. Lund, J., Roe, B., Chen, F., Budarf, M., Galili, N., Riblet, R., ... & Reeves, R. H.
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10. Mural, R. J., Adams, M. D., Myers, E. W., Smith, H. O., Miklos, G. L. G., Wides,
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11. Nickerson, E., & Nelson, D. L. (1998). Molecular Definition of Pericentric Inversion
Breakpoints Occurring during the Evolution of Humans and Chimpanzees.
Genomics, 50(3), 368–372. https://doi.org/10.1006/geno.1998.5332
12. Soh, Y. Q., Alföldi, J., Pyntikova, T., Brown, L. G., Graves, T., Minx, P. J., … Page,
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doi:10.1016/j.cell.2014.09.052.
13. Waterson, R., Lander, E. y Wilson, R. Secuencia inicial del genoma del chimpancé
y comparación con el genoma humano. Nature 437, 69–87 (2005).
https://doi.org/10.1038/nature04072