Ocurre entre moléculas sin carga neta, y es un

Solemne I momento dipolar instantáneo.

La bioquímica es una disciplina científica que pretende

explicar los fenómenos de la vida a nivel molecular, es
un puente entre la química y la biología.

→ Bioelementos
Componentes de la materia viva C, H, O, N, S, P
Iones necesarios para la vida: Na+, K+, Mg+2, Ca+2, Cl-
Elementos traza, se encuentran en pequeñas
cantidades.

Carbono
4 electrones repartidos de igual forma
Enlaces simples o  permiten la libre rotación Los radios covalentes son mucho más pequeños que
Enlaces dobles o  se encuentran en un plano y solo los radios de Van der Walls, lo que explica en parte que
existe libre rotación entre los sustituyentes de cada C su fuerza de enlace sea mayor.
con enlace doble.
12
𝐶6 -Puentes de Hidrógeno: la fuerza relativa es
Donde el 12 corresponde a la masa atómica que es el proporcional a la polaridad de la unión del H dador y la
número de protones y neutrones, mientras que el 6 es unión del H aceptor, entre más polar mayor fuerza. La
el número atómico que es el número de protones. electronegatividad es la fuerza atractiva de un átomo
El C es un átomo muy versátil, lo que quiere decir que sobre los electrones de otro átomo con menor
se pueden tener distintas formas: electronegatividad.
-Estructura lineal alifática (cadena abierta)
-Cíclica
-Ramificada
-Planas con un átomo central

Fuerza de Enlace
La fuerza de los enlaces covalentes está dada por
enlaces de tipo fuerte donde dos elementos comparten
un par de electrones.
La fuerza de enlace es inversamente proporcional al
peso atómico, es decir cuando uno disminuye el otro
aumento.
Son enlaces de ángulos de 180°, por lo que la fuerza
Entre más pesado el elemento menor fuerza y energía
de enlace se contrarresta entre ellos y será igual a 0.
de enlace posee.
Dadores, son aquellos que podrán formar puentes de
H.
Interacciones Débiles
- Ácido carboxílico -COOH
Interacciones de Van de Walls: su fuerza depende del
- Alcohol -OH
tamaño relativo de los átomos o moléculas y la
- Amina -NH2
distancia entre ellos.
- Amida secundaria -NHR’
A mayor área, mayor interacción
Aceptores
- Carbonilo o cetona -C=O
- Éter OR2’
- Hidroxilo -O-H
- Nitrilo -N=
- Fosfato -P=O

-Interacciones Iónicas: la fuerza de ellas depende de la

polaridad relativa de las especies cargadas que estén
interactuando. También conocidas como alteraciones
electrostáticas entre iones de carga opuesta.
En general se da con proteínas, aminoácidos y DNA
con la interacción de la zona con + y -, que en estos
casos corresponde al grupo amino NH3+ y el grupo
carboxilo COO-.

-Interacciones Hidrofóbicas: la fuerza es un fenómeno

complejo determinado por el grado en el cual la
estructura del H2O se desordena a causa de moléculas
hidrofóbicas o bien de tendencias no polares en
soluciones acuosas.
Propiedades del Agua
El 71% del planeta está cubierto de agua, y el 96,5%
del agua corresponde a agua salada.
Somos una especie que es un saco de agua, donde en
nuestro cuerpo flotan células y organelos.
El 70% del cuerpo humano es agua
Propiedades fisicoquímicas
-Punto de fusión y ebullición
-Calor de vaporización (540cal/g)
-Capacidad calórica
-Densidad (igual a 1 hasta 4°C)
En la siguiente imagen podremos observar las
propiedades de algunos líquidos.
Se puede observar que el punto de fusión del benceno
es más alto que el del agua, a causa de que el benceno
forma un anillo de interacciones fuertes de Van der
Walls con la complementariedad de superficie.
-Tensión superficial: superficie de un líquido que tiende
a contraerse o disminuir su superficie con el fin de
resistir a una fuerza externa.
La tensión superficial disminuye la superficie
de un líquido
-Capilaridad: es la tendencia de un líquido a subir en un
tubo capilar, causada por las fuerzas de interacción
entre el líquido, la pared del tubo y la tensión superficial.
El líquido sube hasta que se equilibra el peso de la
columna líquida y la tensión superficial.
Este fenómeno es muy importante
en el metabolismo de plantas
-Constante dieléctrica: un dieléctrico es un aislante
eléctrico que tiende a mantener las cargas separadas.
Permite que se pueda disolver una mayor cantidad de
sal, a causa de que se aumenta la solubilidad del
solvente y con ello la constante dieléctrica
Un aislante nos permitirá tener un voltaje más
alto antes de producir la chispa.
La causa de las diferentes propiedades del agua se
debe a que posee lo diferentes interacciones.
Estructura del Hielo
Es de tipo sólida y cristalina, al cristalizarse deja
espacios mientras que al fundirse estos espacios
comienzan a llenarse en conjunto de que se rompen
los enlaces puentes de H.
La densidad máxima del agua es a los 4°C, debido a
que es a la temperatura hasta la que predomina el
llenado de espacios, aumentando la temperatura
disminuyen los espacios y el volumen hielo/agua es
menor.
La fluidez del agua se explica por las interacciones
débiles de tipo puentes de H que poseen una vida
media de 9,5x10-12 segundos.
Sustancias Anfipáticas
Las sustancias anfipáticas son aquellas que poseen
características de una zona polar o hidrofílica y una
apolar o hidrofóbica.
Una micela es lo que forma una sustancia anfipática en
solución acuosa donde la cabeza hidrofílica estará hacia
el exterior y la hidrofóbica hacia el interior.
La emulsión por otro lado ocurre cuando se mezclan
dos sustancias que no se mezclan debido a diferencia
en su densidad, y se mezclan de manera momentánea
observándose gotitas de emulsión de la especie más
abundante.
El agua como solvente
En la disolución de NaCl, el agua actúa como dieléctrica
donde la sal se disocia en iones Na+ y Cl- que se unirán
a OH- y H+ respectivamente esta propiedad del agua
permitirá mantener separadas a las moléculas y/o
cargas, lo que lo hace un muy buen solvente.
El agua es considerada como el solvente universal
El agua como reactante
Se presenta como una reacción de hidrólisis, cuando se
obtiene agua como producto y anhidrido cuando el
agua es un reactante.
Tipos de solución
-Porcentual: puede ser en %p/p, %p/v y %v/v que es
la más usada.
-Molar: depende de la temperatura.
-Molal: la razón solvente-soluto permanece constante
-Normalidad: utilizada para ácidos y bases, es el n° de
equivalente*molaridad.
El agua en el cuerpo humano
Fluidos
-Externos: productos de secreción, excreción o
contenido del tubo digestivo.
-Internos: separados del exterior por alguna membrana
selectiva, puede ser intracelular, intersticial y el plasma.
El plasma se encuentra separado del intersticial por la
membrana capilar.
20% del peso
corporal
40% del peso
corporal
En la membrana capilar no ocurre el transporte referido
a bombas sino solo referido a canales de tipo pasivo, y
no logran filtrar las proteínas.
La concentración de iones en el plasma será similar a
la del líquido intersticial.
En el fluido intracelular vamos a encontrar metabolitos
o sustancias que participan en el metabolismo celular.
Propiedades Coligativas
Dependen de la razón entre el número de partículas de
soluto y el número de moléculas de solvente en
solución. Estas propiedades son la difusión y la presión
osmótica, donde las moléculas de soluto se mueven al
azar.
En la siguiente imagen lo que vemos es el fenómeno
de osmosis y la medida de la presión osmótica.
En (a) se observa el estado inicial, donde el tubo
contiene una disolución acuosa, el vaso contiene agua
pura, y la membrana semipermeable que permite el
paso de agua, pero no de soluto.
El agua fluye desde el vaso hacia el tubo con el fin de
igualar la concentración en ambos lados de la
membrana.
En (b) se observa el estado final, donde el agua a
migrado hacia la disolución del compuesto no
permeable (dentro del tubo) diluyéndolo y elevando el
agua dentro de la columna.
En (c) observamos el efecto de la presión osmótica,
que se mide como la fuerza que debe aplicarse para
devolver la solución del tubo a lo que se tenía
originalmente en el vaso,
La fuerza aplicada es proporcional a la altura de la
columna en (b)
-Presión Osmótica: permite el paso del agua por una
membrana semipermeable.
-Tono (presión oncótica): permite el paso de algunos
solutos por medio de una membrana selectiva.
Cálculo de la distribución de fluidos entre capilares y el
líquido intersticial.
𝑃𝑟𝑒𝑠𝑖ó𝑛 𝐻𝑖𝑑𝑟𝑜𝑠𝑡á𝑡𝑖𝑐𝑎 − 𝑇𝑜𝑛𝑜 − 𝑃𝑟𝑒𝑠𝑖ó𝑛 𝐻𝑖𝑑𝑟𝑜𝑠𝑡𝑎𝑡𝑖𝑐𝑎
(capilares) (líquido intersticial)
Si la presión hidrostática excede a la presión oncótica
ocurre filtración (+ favorece la salida de líquido al ME),
mientras que si la presión oncótica excede a la presión
hidrostática ocurre reabsorción (– favorece la entrada
de líquido al MI).
Los sueros fisiológicos están dados para que se
administre en un medio isotónico de la célula, se
administran en concentraciones diferentes debido a
que en algunos casos los sueros poseen iones
disociables que harán que se tenga el doble de
concentración.
Por ejemplo:
- Suero fisiológico: NaCl 0,8% (0,154M)
- Suero glucosado: Glucosa 0,31M

ISOTÓNICA
HIPOTÓNICA
HIPERTÓNICA
Ácidos y Bases
Arrhenius, una base es el ion OH- y un ácido es el ion
H+.
Lowry-Bronsted, una base es cualquier sustancia que
capte H+ y un ácido es cualquier sustancia que capte
OH- o entregue sus H+.
Entre mayor fuerza del ácido o base mejor disociación
(completa).
𝐴𝑐𝑖𝑑𝑒𝑧 𝑡𝑜𝑡𝑎𝑙 = 𝑎𝑐𝑖𝑑𝑒𝑧 𝑙𝑖𝑏𝑟𝑒 + 𝑎𝑐𝑖𝑑𝑒𝑧 𝑝𝑜𝑡𝑒𝑛𝑐𝑖𝑎𝑙
La acidez libre tiene relación con la cantidad de ácido
que se disocia y se mide a través de la [H+] o el pH.
Bronsted-Lowry: ácidos y su base conjugada
Disociación del agua
𝐻2 𝑂 ↔ 𝑂𝐻 − + 𝐻 +
Kw: producto iónico del agua.
𝐾𝑤 = [𝑂𝐻− ][𝐻+ ] = 1 ∗ 10−14
[𝐻+ ] = 1 ∗ 10−7 = [𝑂𝐻− ]
𝑝𝐻 = −𝑙𝑜𝑔[𝐻 + ]
En general el líquido intracelular siempre es más ácido
que el plasma, a causa de que en él ocurre el
metabolismo que tiene como producto CO2 y otros
productos ácidos.
Ecuación de Henderson-Hasselbach
[𝐴− ]
𝑝𝐻 = 𝑝𝐾𝑎 + log
[𝐻𝐴]
Cuando el pH=pKa si [HA]=[A-], es el punto de
inflexión en una curva de titulación.
Buffer o Amortiguador
Los amortiguadores buscan suavizar los cambios
bruscos del pH en una solución, la capacidad
amortiguadora esta relacionada con la concentración,
pero debe considerarse que el pKa del ácido débil debe
ser cercano al valor de pH que se desea amortiguar.
-Ácidos: ácido débil + sal de ese ácido, en los
amortiguadores el ácido es la forma sin carga.
-Básicos: Base débil + sal de esa base, donde la base
es la forma sin carga.
Amortiguador Bicarbonato, es el principal amortiguador
de la sangre.
Anhidrasa carbónica
 En la siguiente imagen se puede observar como ocurre
el transporte de CO2 en los tejidos a la sangre.

Mantienen
el tono
Aminoácidos y péptidos El anillo con el grupo amino otorga rigidez, lo que limita
la libre rotación.
Estructura de los alfa-aminoácidos
Los aminoácidos son proteínas unidas entre sí
mediante enlaces peptídicos, para formar polímeros
con muchas subunidades.
- Son estructuras tetraédricas.

Alanina (Ala)

Valina (Val)

El grupo R corresponde a la cadena lateral de un

aminoácido que le otorgará características particulares.
Existen 20 aminoácidos en la naturaleza que se
encuentran codificados por el código genético. Se
encuentran en distintas proporciones en las proteínas,
siendo unos más abundantes que otros respecto a la
proteína y el tipo celular.
Metionina (Met)
Clasificación de aminoácidos Posee un S en su cadena lateral.
Los aminoácidos se van a subdividir de acuerdo con la
naturaleza de la cadena lateral R.
- No polares

Triptófano (Trp)
Es el aminoácido con el grupo R más
voluminoso/grande, el grupo indol.
Leucina (Leu)

Prolina (Pro) Fenilalanina (Phe)

 Cisteína (Cys)
Aminoácido con S, grupo sulfhídrilo -SH.
Isoleucina (Ile)
Son isómeros de la leucina.

- Polares no cargados

Glicina (Gly)
Tirosina (Tyr)
Es igual a la fenilalanina, pero con un grupo OH en
posición para.

- Básicos: captan H+.

Serina (Ser)

Asparagina (Asn)
Lisina (Lys)

Glutamina (Gln)
Arginina (Arg)
Posee un grupo guanilino -NH-C=NH2+

Treonina (Thr)
Alcohol Secundario.
 Comportamiento Ácido-Base
Los aminoácidos son ionizables, específicamente los
grupos alfa-aminos y alfa-carboxilos. Algunos
aminoácidos poseen un grupo ionizable en su cadena
lateral R.

Histina (His)
Posee un grupo imidazol, este grupo forma un
tampón en el medio intracelular.
pKa=2 Ion Zwitterion pKa=9,5
- Ácidos: poseen un grupo carboxilo que se
puede disociar. El pKa de los grupos alfa-aminos y alfa-carboxilos es
característico de cada aminoácido.

Podremos calcular el punto isoeléctrico, o bien el pH

isoeléctrico:
𝑝𝑘1 + 𝑝𝑘𝑎2
𝑝𝐼 =
2
El punto isoeléctrico de los aminoácidos con más de 2
Ácido Aspártico (Asp) pKa se calculará con los dos pKa más cercanos al pH
del medio.
El punto isoeléctrico es el pH al cual una proteína tiene
q=0, es un rango muy amplio al analizar una serie de
proteínas. En general las proteínas no tienen un bajo
pI, y en caso de que sea así se debe a que en ella
predominan aminoácidos ácidos.
Ácido Glutámico (Glu)
Cuantificación de aminoácidos
Los aminoácidos que no son codificados por el código
Es útil para identificar cuántos aminoácidos se tienen
genético son en gran parte de los casos derivados de
en total, junto con determinar sus propiedades y su
ellos por modificaciones postraduccionales.
actividad.
Aminoácidos esenciales -Colorímetro/Espectrofotometría: solo los aminoácidos
Son aquellos aminoácidos que no pueden ser aromáticos o heterocíclicos se ven en el espectro UV-
producidos por nosotros y deben ser obtenidos Vis, y son tyr, trp, phe. La reacción del aminoácido con
mediante la dieta. la ninhidrina permitirá la cuantificación a 280nm.
Adultos Niños
Val His -Cromatografía: método para la separación de solutos
Leu Arg de una mezcla basados en la solubilidad (afinidad de
Ile unión) diferencial de los solutos por una fase fija y una
Met fase móvil, puede ser la afinidad de acuerdo con la
Phe carga de los aminoácidos o bien la separación por
Trp tamaño.
Thr
Tipo Fase Fija Fase Móvil
Lys
Adsorción Sólida Líquida
Partición Líquida Líquida o gas
 Intercambio Intercambiador Solución La importancia de la quiralidad es que las sustancias
Iónico sólido electrolítica quirales van a desviar el plano de polarización. Si es
hacia la derecha levógiro, y hacia la izquierda
La elusión para una cromatografía de intercambio dextrógiro.
iónico en el caso de ser resina de tipo catiónica, eluirán
los aniones primero y en la resina de tipo aniónica -Enantiómeros: imágenes especulares.
eluirán primero los cationes. También la elusión estará
influida por el pH, si la resina tiene un pH muy bajo
demorarán más en eluír los aminoácidos más básicos y
menos los más ácidos.
La cromatografía de filtración molecular es una técnica
preparativa utilizada para purificar moléculas de una
mezcla, separa moléculas de acuerdo con su peso -Diastereoméros: no son superponibles, pero tampoco
molecular. Se hace pasar la mezcla por una columna son imagen especular uno del otro.
con microesferas que retiene a las moléculas de menor
tamaño difundiendo a través de los poros de forma más -Epímeros: corresponden a los diastereómeros que se
lenta, mientras que las moléculas de mayor tamaño son diferencian en un solo carbono quiral.
incapaces de penetrar en esta membrana y se mueven
más rápido a través de la columna. La isoleucina tiene dos carbonos quirales, donde: la L-
isoleucina es enantiómero de la D-isoleucina, mientras
-Diálisis: Separa proteínas de solutos pequeños, que la L-isoleucina y la L-alloisoleucina son
mediante una bolsa de diálisis permeable con diastereómeros. Por otro lado, los epímeros son casos
porosidad los solutos pequeños o sales la difunden. particulares de diastereómeros como la L-isoleucina y
Encontraremos un agitador magnético que favorecerá la L-alloisoleucina que se diferencian en un carbono
la salida de pequeños solutos y sales de la bolsa de quiral.
diálisis, por otro lado, el dializado corresponde a los
pequeños solutos y sales que salieron de la bolsa de
diálisis.
-Electroforesis desnaturante: es una separación de
moléculas sometiéndolas a un campo eléctrico y se
utiliza para moléculas grandes como las proteínas.
Se trabaja con cargas pequeñas, ya que es una técnica
analítica para analizar muestras y bandas de proteínas.
Formación de enlace peptídico
La técnica está basada en la separación de moléculas
Es una reacción de condensación (deshidratación)
por diferencia de carga eléctrica, donde el medio es un
entre dos aminoácidos, donde se pierde una molécula
gel fabricado con características porosas.
de agua.
Quiralidad
El enlace peptídico se comporta como un doble enlace,
Es una propiedad de un objeto que no puede ser
a causa de las formas resonantes que puede tener.
superponible con su imagen especular.
Todos los aminoácidos son quirales, y tienen 4 uniones
distintas a excepción de Gly. De los 20 aminoácidos
naturales 19 son de la serie L, se mide con un
polarizador y todos los aminoácidos vibran en una sola
dirección.

Este enlace peptídico es como cuasi doble enlace,
posee hibridación sp2 con características de dar rigidez
a la estructura y a todos los sustituyentes que se
encuentren en el mismo plano, los carbonos α serán
los únicos que tendrán libre rotación a excepción del
sustituyente que forma el enlace peptídico.
Efectos del pH y [sal] en la solubilidad de una proteína
Para comenzar una proteína NUNCA se disolverá en
agua pura sino en un amortiguador con carga que
mantenga su pH para no desnaturalizarla.
El pH y la solubilidad son parámetros inversamente
proporcionales, es decir, a mayor pH la solubilidad es
mínima y a máxima solubilidad menor pH.
Nos encontraremos con dos fenómenos:
-Salting in: a medida que se agrega sal se favorece la
solubilidad, ya que la sal actúa como dieléctrico
manteniendo a las proteínas separadas entre sí.
-Salting out: momento donde la sal agregada es
demasiada, y la sal se roba la capa de hidratación de
las proteínas haciéndolas precipitar.
Desnaturación de proteínas
Es la pérdida de la estructura espacial, debido a la
acción de agente caotrópicos como la urea y guanidina
(rompen interacciones débiles no peptídicos), que
interfieren en interacciones intramoleculares de las
macromoléculas.
En muchos casos la desnaturación trae consigo la
pérdida de función, las vamos a encontrar de tipo
reversible e irreversible.
Puentes disulfuro
Dos residuos de cisteína pueden reaccionar formando
una molécula de cistina también denominado puente
disulfuro, a causa de una oxidación de dos grupos
sulfhídrilos que formarán el enlace covalente que
estabiliza la proteína.
Son frecuentes en proteínas extracelulares y pueden
romperse por acción de agentes reductores.
Criterios de pureza
Podremos determinarlo por:
-Electroforesis en geles desnaturantes, donde una sola
banda significa una proteína pura.
-Secuenciación de una proteína, o bien su secuencia
aminoácidica.
Determinación del peso molecular de proteínas
-Electroforesis en geles desnaturantes, entre mayor
peso más arriba se observará la banda.
-Cromatografía de filtración molecular, se puede
estimar basado en el peso molecular de proteínas
conocidas por curva de calibración (Volumen de elución
vs Peso molecular).
Debe procurarse que se determine el peso molecular
de proteínas puras.
Cuantificación de proteínas
-Biuret, reacción colorimétrica menos sensible.
-Absorbancia a 280nm, solo las proteínas con
aminoácidos aromáticos absorberán.
-Lowry, reacción colorimétrica sensible que mide
pequeñas concentraciones.
Proteínas con TFA y se obtiene un péptido cortado que se
identifica en la imagen como derivado tiazolinona que
Las proteínas poseen distintos niveles de organización,
en medio ácido débil acuoso se obtiene un compuesto
Linderstrom-Lang describieron artificialmente estos
cíclico que se puede identificar en la imagen como fenil
niveles:
tio hidantoína, que va a depender de cada aminoácido.
→ Estructura primaria: secuencia de aminoácidos.

Secuenciación de una proteína

Para el análisis de aminoácidos es útil la hidrólisis ácida,
básica y enzimática. La más utilizada es la hidrólisis
ácida, mientras que la hidrólisis enzimática es un poco
lenta y la básica rompe más de lo necesario.

Uso de enzimas específicas como tripsina,

quimiotripsina o CNBr, romperán en sitios específicos:

Enzima Corte
Tripsina Corta el lado carboxilo de
la lisina y arginina.
CNBr (bromuro de Corta un péptido en lado
cianógeno) carboxilo de la metionina La reacción de Edman corta por el extremo amino
Quimiotripsina Corta en el lado carboxilo terminal
de aminoácidos
aromáticos tyr, phe y trp Secuencia de aminoacídica de la insulina
y en períodos más largos La insulina fue la primera proteína en secuenciarse
leu. probablemente por ser muy chica. Esta proteína a pesar
de ser pequeña era de dos cadenas, donde los
-Se pueden obtener péptidos, mediante la separación
aminoácidos se unen por puentes disulfuros entre
por cromatografía.
cadenas y en una misma.
-Se pueden secuenciar péptidos individuales por medio
La proinsulina es una cadena de la insulina inactivada
de la reacción de Edman.
como proteína, estas cadenas al ser liberada a la sangre
por una proteasa adquieren su conformación nativa. La
Reacción de Edman
naturaleza fabrica esto y se las arregla para tener su
El trifluoroacético (TFA) corta solamente lo que se
estructura espacial para que los puentes disulfuros
desea y no hidroliza todos los péptidos. En condiciones
estén en una misma cadena.
experimentales específicas el TFA cortará residuos más
cortos. Esta reacción opera al 100% pero se pueden
Otros métodos de secuenciación de proteínas
secuenciar hasta 50 residuos de aminoácidos sin tener
Estos han desplazado en buena parte al método de
una mezcla.
Edman.
Al obtener cada residuo se debe hacer una curva de
-Espectrofotometría de masas, es un método físico
calibrado a partir del sistema PTH-derivado y se hace
donde la enzima tripsina pura corta péptidos
una cromatografía.
específicos, y luego se realiza la espectrofotometría de
masa donde se obtienen secuencias de péptidos no
El fenil isotiocianato se adiciona a una cadena peptídica
proteínas.
en un medio alcalino, donde el carbono del fenil
isotiocianato se une al extremo terminal de la cadena
peptídica. Luego, lo que se obtuvo se hace reaccionar
-Método indirecto, secuenciación de un gen donde se
tiene un gen primario y se obtiene la secuencia de
proteínas mediante su traducción.
De la secuencia de aminoácidos de una proteína se
puede obtener una homología de secuencias
(relaciones filogenéticas), y se pueden identificar
mutaciones observando cambios en la secuencia de
aminoácidos. Las relaciones filogenéticas permiten
armar un árbol filogenético a partir de la diferencia de
aminoácidos entre distintas especies.
Árbol filogenético
Las ramas indican los cambios de aminoácidos entre
una especie y un progenitor hipotético. Se estima que
en el árbol filogenético del citocromo C se propone la
convergencia del citocromo C como progenitor el
citocromo C ancestral.
Dos proteínas con funciones similares van a demostrar
similitud en su secuencia aminoacídica, la naturaleza
codifica y hace uso de sus secuencias para codificar
funciones similares. Un ejemplo de esto son la
mioglobina y la hemoglobina, ambas proteínas tienen
como función contener el oxígeno. La hemoglobina
esta encargada de distribuir el oxígeno por la sangre, la
mioglobina por otro lado almacena oxígeno en el
músculo para que este pueda cumplir su función
metabólica.
Mutaciones
Están dadas por adición de bases, corrimiento del
marco de lectura, o deleción de bases. Las mutaciones
pueden ser neutras, patológicas o letales.
Si la mutación es al inicio, lo más probable es que el
producto no sea funcional, mientras que si es al final o
cercano al carboxilo terminal puede que el producto
tenga variaciones y no deje de ser funcional.
-Mutación neutra: no hay efecto biológico.
-Mutación patológica: producen cambios en la
funcionalidad de la proteína.
-Mutación letal: cuando afecta alguna proteína esencial
para la vida.
Clasificación de las proteínas
Composición:
- Simples, secuencia aminoacídica
- Conjugadas, poseen un grupo prostético, es
decir, un grupo no proteico adicional.
Forma:
- Globulares
- Fibrosas
- De membrana
Función:
- Múltiples funciones
→ Estructura secundaria: primer nivel de
plegamiento (da la estructura espacial)
Configuración y conformación
Poseen una configuración estable y podemos
identificarlo por lo dado en el sistema de Fischer, la
configuración se puede cambiar cortando los enlaces o
cambiando el OH hacia un lado y el H hacia otro. La
configuración se puede cambiar rotando el enlace
simple.
Las conformaciones son infinitas y depende de cuantas
veces se rote, pero las de mayor interés son la
alternada y eclipsada.
Ángulos diedros
En la cadena peptídica no hay libre rotación incluso
otorga rigidez, solo existe libre rotación Cα unidos al
extremo amino y carboxilo.
Los 4 espacios sustituyentes están en un mismo plano,
pero pueden hacer que todo el plano rígido gire, los
ángulos diedros son aquellos que producen el
movimiento de estructuras rígidas o planos.
Los ángulos Φ (opsilon) y Ψ (phi) son los que
permiten que las proteínas tengan distintas
conformaciones dada la libre rotación de los extremos.
Existen muchas conformaciones generables por
ángulos diedros, dada la rotación de estos ángulos,
pero no están permitidas por impedimentos estéricos,
es decir, limitan la existencia de más conformaciones.
Trazado de Ramachan
En una gráfica se identificaron conformaciones
permisibles y no permisibles por impedimentos
estéricos. En estas, se observan regiones sombreadas
donde son favorables los ángulos diedros, puntos
referidos a valores en proteínas.
Las zonas en celeste son las permisibles para la
presencia de ángulos diedros, lo marcado en lila donde
no son permisibles por impedimento estérico. Por otro
lado, en verde se observan los valores encontrados en
la realidad de la presencia de proteínas con ángulos
diedros.
Estructura secundaria de proteínas
- α-hélix
Estructura también conocida como escalera de caracol,
es un giro dextrógiro (los grupos R se encuentran hacia
fuera sin intervenir).
El α-hélix se sujeta de los puentes de H siendo casi
paralelos al eje principal, estos enlaces son aportados
por los enlaces peptídicos entre los grupos amino
(dador de puente de H) y carboxilo (aceptor de puente
de H).
La prolina es un disruptor de α-hélix debido a que el
grupo R de este aminoácido forma un anillo de
estructura rígida.
- Hojas β
Se estabilizan por puentes de H (muchos sin completar
la linealidad) y generalmente tienen estructuras α-hélix
entre ellos. Se subdividen según su dirección en hebras
paralelas y antiparalelas.
 - Ovillos estadísticos, es una estructura
secundaria no definida por lo que no se
clasifica.

→ Estructura terciaria: plegamiento nativo de

una proteína.

Los grupos R pueden encontrarse sobre o por debajo

del plano. Cuando una proteína tiene su estructura secundaria
bien definida vuelve a plegarse adquiriendo su
estructura nativa.

La estructura terciaria de las proteínas es mantenida

por enlaces como:
- Enlace disulfuro, enlaces covalentes,
- Enlace iónico, o puente salino dado por dos
La lámina β en esta imagen está compuesta por cuatro cargas opuestas.
hebras que no son 100% planas y se encuentran - Interacción hidrofóbica.
plisadas en más un ángulo. - Enlaces puentes de hidrógeno.
Los grupos R de los aminoácidos no interfieren con
- Vueltas o arcos β
la cadena. Clasificación según su función
- Fibrosas: son insolubles y predomina una de
Se dan cuando la cadena peptídica llega a la superficie las dimensiones. (fibras de colágeno)
y se pliega formando arcos β, en la formación de arco
podemos encontrar a las prolinas que debido a su
estructura rígida obligan la forma de arco, lo que es
bastante importantes en la formación de proteínas
globulares.

Su estructura secundaria son dos cadenas de α-hélix

que se desintegran en protofilamentos y células donde
se encuentran los filamentos intermedios. También se
Son formadores de epítopes que son zonas de una caracterizan por tener muchas cisteínas, lo que significa
estructura proteica que se enfrenta a las células que formarán puentes disulfuros.
presentadoras de antígeno, donde los anticuerpos lo
reconocen actuando como sitio de reconocimiento
inmunológico.
Es producida por el gusano de seda, y su secuencia
aminoacídica es de 50% Gly, y el resto Ser y Ala.
(aminoácidos no polares y con grupo R chico). Su
Está representada con α-hélix, arcos β y zonas de
estructura secundaria son hojas β antiparalelas.
bioestadística.

Es la proteína que está formada por varias estructuras

y a la vez es relleno. La más abundante en mamíferos
(30%), es rico en gly (33%), pro e hyp (hidroxiprolina,
aá artificial), carece de α-hélix. La gelatina es la Enzima estabilizada por cuatro puentes disulfuro,
desnaturación del colágeno.
hidroliza los ácidos nucleicos vivos. Posee α-hélix, hojas
Cada tercer residuo es una glicina, en una cadena que
abarca más de mil residuos. β paralelas con arcos β, y ovillo estadístico en naranjo.

Los aminoácidos artificiales presentes en el colágeno

se dan por modificaciones postraduccionales
catalizadas por enzimas.

El entrecruzamiento de sus cadenas para triple hélix o

tropocolágeno se da por la interacción de los grupos R,
luego ocurre una desaminación y finalmente una
condensación aldólica (da más firmeza).

- Globulares: son solubles y de forma esférica u

ovoide. (globulares) Enzima bastante grande que posee dos dominios
Para sacar estas proteínas de la membrana deben ser (estructura terciaria unida covalentemente por
destruidas. continuidad al resto de la proteína), son
compartimientos distintos e independientes. Posee α-
hélix, hojas β.
 - De membrana. (proteínas transmembrana).
→ Estructura cuaternaria: presencia de
subunidades
Los dominios están entre la estructura terciaria y
cuaternaria, y son subunidades independientes entre sí.
Las chaperonas ayudan a que ocurra el plegamiento,
ensamblaje y transporte a otra célula con el fin de que
la proteína cumpla su función.
Determinación de la estructura espacial de las proteínas
- Difracción de rayos X (requiere de cristales
artificiales)
La estructura determinada por cristales representa de
manera correcta la real proteína nativa intramolecular o
extra molecular.

- Resonancia Magnética Nuclear, RMN.

(proteínas en solución pequeñas)
Es una metodología analítica y limitada, ya que permite
la medición de especies proteicas más pequeñas.

Enzima con 2 subunidades distintas, si esta proteína se

desnatura las subunidades se van a separar porque
están unidas por interacciones débiles.

Son 4 cadenas con 2 cadenas alfa y 2 cadenas beta,

es la estructura HEME la que posee un grupo prostético
al cual se une el O2 que es transportado por la
hemoglobina.

Plegamiento de proteínas
Ocurre de manera espontánea, otorga una
conformación más estable (nativa).

La proteína sabe desde la estructura primaria como se

debe plegarse, el plegamiento esconde grupos
hidrofóbicos. No se posee tiempo para que adopten
muchas conformaciones o que las proteínas comiencen
a probar diferentes conformaciones.
 Enzimas
Moléculas de enorme capacidad catalítica, acelerando
una reacción hasta 106 veces en relación con la
reacción no catalizada. Poseen una alta especificidad
por el sustrato.
Realizan su función en soluciones acuosas diluidas y en
condiciones de pH y temperatura suave.

Clasificación internacional de las enzimas: → Hidrolasas

Ruptura de enlaces covalentes introduciendo agua
Nro Clasificación Reacción catalizada (hidrólisis).
1 Oxidorreductasas Transferencia de electrones
(iones hidruro a átomos de H)
2 Transferasas Transferencia de grupos.
3 Hidrolasas Reacciones de hidrólisis
(transferencia de grupos
funcionales al agua)
4 Liasas Roturas C-C, C-O, C-N u otros
enlaces por eliminación, dejando
dobles enlaces o anillos.
5 Isomerasas Transferencia de grupos dentro
de moléculas dando formas → Liasas
isoméricas. Adición de grupos a dobles enlaces o formación de
6 Ligasas Formación de enlaces C-C, C-S, dobles enlaces por remoción de grupos.
C-O y C-N mediante reacciones
de condensación acopladas a la
rotura de ATP o un cofactor
similar.

→ Oxidorreductasas
Transferencia de electrones desde un dador de
electrones a un aceptor de electrones.

→ Isomerasas
Transferencia de grupos dentro de una molécula para
dar origen a formas isoméricas.

→ Transferasas
Transferencia de grupos químicos.
 Ecuación de sistema logarítmico o exponencial, donde
a es la concentración inicial de sustrato.
𝑎
𝐿𝑛 = 𝑘(𝑡 −1 ) ∗ 𝑡
𝑎−𝑥

Tiempo o vida media

𝑎
𝑘(𝑡 −1 ) ∗ 𝑡 = 𝐿𝑛
𝑎−𝑥
2 0,693
𝑥 = 𝑎/2 𝑡1/2 = 𝐿𝑛 𝑘 = 𝑘

→ Ligasas En una curva de progreso de primer orden tendremos

Formación de enlaces C-C, C-S, C-O y C-N por una gráfica de tiempo vs concentración de producto
reacciones de condensación acopladas a hidrólisis de formado, o tiempo vs %remanente.
ATP. Lo que queda al cabo de dos vidas medias es la mitad
de lo que quedaba al cabo de una vida media.

Catálisis enzimática
El efecto de un catalizador siempre será disminuir la
energía de activación para que se lleve a cabo una
reacción.
Los catalizadores actúan por mera presencia y se
recuperan intactos de la reacción, pueden actuar de
manera positiva o negativa.
Se modifica la velocidad de la reacción, pero no así el
equilibrio.
Cinética química 𝐴+𝐵 ↔𝐶+𝐷
Su objetivo es estudiar: Tendremos dos velocidades:
- La velocidad de una reacción química 𝑣1 = 𝑘1 [𝐴][𝐵] 𝑣2 = 𝑘2 [𝐶][𝐷]
- Factores que afectan la velocidad de reacción.
- Mecanismo cinético. [𝐶][𝐷] 𝑘2
𝐾𝑒𝑞 = =
[𝐴][𝐵] 𝑘1
𝐴+𝐵 →𝐶
La constante de equilibrio de la reacción estará
Ecuación de velocidad:
relacionada con la energía necesaria para que la
𝑣 = 𝑘[𝐴]𝛼 [𝐵]𝛽 [𝐶]ƴ reacción ocurra, NO con la velocidad.
Orden de la reacción:
𝑛 =𝛼+𝛽+ƴ
Constante de velocidad:
𝑘 = 𝑀1−𝑛 ∗ 𝑡 −1

→ Ecuación de Orden O
La formación de producto a lo largo del tiempo es
directamente proporcional, la velocidad de aparición del
producto es una constante.
𝑥 = 𝑘(𝑚𝑜𝑙𝑒𝑠/𝑡) ∗ 𝑡

→ Ecuación de Orden 1
Para que una reacción se lleve a cabo se requiere de
una energía de activación (choques cinéticos
efectivos). Los catalizadores ayudarán a disminuir la
energía de activación.
Las moléculas a mayor temperatura tienen una mejor
cinética, por lo que a mayor cinética menor será la
energía de activación necesaria.
La energía de activación es la energía requerida para
subir la energía promedio de un mol de reactante a la
del estado de transición.
Enzimas como catalizadores
Reducen la energía de activación en mayor grado (con
mayor eficacia) que los catalizadores inorgánicos.
-Son más específicas.
-Se denaturan a altas temperaturas, lo que produce una
pérdida de estructura y de función.
-Presentan fenómenos de saturación, catalizando hasta
cierta cantidad de concentración.
Saturación de una enzima
En una curva de saturación o [sustrato] vs velocidad,
podremos observar el fenómeno de la saturación que
ocurre una vez que la enzima a sobrepasado su
capacidad de catalizar el sustrato y no funciona más
rápido con mayor concentración de sustrato, lo que
quiere decir que mantendrá su velocidad.
Michaelis-Menten, propusieron una ecuación para
explicar el comportamiento enzimático en una reacción.
𝑉𝑚𝑎𝑥[𝑆]
𝑉0 =
𝐾𝑚 + [𝑆]
𝐸 + 𝑆 ↔ 𝐸𝑆 → 𝐸 + 𝑃
𝑣0 = 𝑘2[𝐸𝑆] 𝑉𝑚𝑎𝑥 = 𝑘2[𝐸 𝑡𝑜𝑡𝑎𝑙]
En las curvas de progreso se llegará al estado estable
rápidamente cuando la Vformación [ES]= Vdisociación
[ES].
La ecuación de Michaelis-Menten presenta los
parámetros de la catálisis enzimática, donde se debe
definir un pH, presión atmosférica y temperatura debido
a que van a influir en valor de Km y la Vmax.
-Hipérbola que pasa por el origen.
-Km es la afinidad enzima-sustrato, mientras que V es
la velocidad máxima.
-Si Km<<[S] se puede despreciar Km siendo la
reacción de orden O, mientras que si Km>>[S] se
puede despreciar la [S] siendo una reacción de orden
1.
𝑉𝑚𝑎𝑥
𝐾𝑐𝑎𝑡 =
[𝐸𝑡𝑜𝑡𝑎𝑙]
La kcat o número de recambio es un índice de eficiencia
catalítica entre una enzima saturada y un sustrato.
También se puede definir como los moles de sustrato
transformado en la unidad de tiempo por mol de
enzima. La kcat siempre se considera una vez que la
enzima está saturada de sustrato.
𝑘2 + 𝑘−1
𝐾𝑚 =
𝑘1
Si la constante Ks (k1/k-1) es muy grande, la afinidad
de la enzima por el sustrato será muy baja. El km mide
el parámetro de afinidad de la enzima por el sustrato.
El km también recibe el nombre de la constante de
Michaelis.
𝑘𝑐𝑎𝑡
𝑘𝑚
Índice de eficiencia y especificidad de una enzima
operando a baja [S], al inicio de la curva de Michaelis-
Menten. Mientras menor sea este coeficiente mayor
será la velocidad de la reacción y mientras mayor sea
el coeficiente menor será la velocidad de reacción.
K1max: 108-109M-1seg-1
Lineweaver-Burk, propusieron el método de los dobles
recíprocos que nos permiten estimar de mejor manera
los valores de Km ([S]=Vmax/2) y Vmax. Es una
ecuación lineal de 1/[S] vs 1/V0.
1 𝐾𝑚 1 1
= ∗ +
𝑉0 𝑉𝑚á𝑥 [𝑆] 𝑉𝑚𝑎𝑥
𝑦 =𝑚∗𝑥+𝑏
Efecto de la temperatura sobre la velocidad de reacción
A mayor temperatura la velocidad de reacción es mayor,
pero se debe trabajar a una temperatura óptima que
debe ser definida, debe trabajarse bajo ella para no
desnaturar la proteína evitando que pierda su actividad
catalítica.
Efecto del pH sobre la velocidad de reacción de la pared celular bacteriana, la infección se extiende
Varía mucho de una enzima a otra, pero una junto con la multiplicidad de la bacteria.
desnaturación por pH implica un cambio brusco en la
acidez o basicidad.

Modificadores de la actividad enzimática

→ Activadores
Cofactores, son elementos inorgánicos que son
coactivadores para reacciones enzimáticas.
Coenzimos, sirven como transportadores transitorios
específicos de átomos y grupos funcionales que
participan en la reacción enzimática.

Reversibles (afectan parámetros cinéticos), se puede

quitar la inhibición mediante diálisis.
Una transferasa que transfiere un grupo amino, el -Competitivos afectan Km
coenzimo es una medida transitoria para entregar a
otra sustancia el grupo amino que se transfiere y forma
el producto final de la reacción.
→ Inhibidores
Irreversibles o inactivadores (afectan la estructura)
-Reactivos específicos de grupo: compuestos con
suficiente reactividad y selectividad para unirse a la
cadena lateral de un aminoácido específico. Es común
para cys, debido a que es el aminoácido más reactivo
(actúan en sus grupos sulfihidrilos). El inhibidor se una a la enzima libre y compite con el
-Marcadores de afinidad: análogos de sustrato de sustrato por el sitio activo de la enzima que permite el
enzima químicamente reactivos, se unen de forma paso a la formación de producto, no afectará la Vmax
selectiva al sitio activo y reaccionan con algún grupo pero si afectará Km aparentando que a mayor
químico inactivando la enzima (residuo vecino del [inhibidor] aumentará (hay menos enzima para
grupo de unión no específico). Deben ser preparados disponible para unirse al sustrato).
para cada enzima. -Mixtos afectan Km y Vmax
-Sustratos suicidas: un ejemplo es la penicilina, donde
la enzima lo utiliza como sustrato y lo hace un producto
tóxico al romper el enlace peptídico. En el complejo
covalente la enzima se inactiva deteniendo la síntesis
 Progreso de una reacción química

En el estado de transición ocurren distorsiones

extremas de los enlaces y dura aproximadamente10-13
seg.
Las enzimas son muy eficaces ya que reducen la
barrera energética entre el sustrato y el estado de
transición, además forman el complejo ES previo al
estado de transición, con el fin de disminuir la Ea debe
El inhibidor puede interactuar tanto con la enzima libre
estabilizarse más el complejo enzima-estado de
como con el complejo ES, no compite con el sustrato
transición que el complejo enzima-sustrato.
porque puede unirse al complejo ES afectando la unión
del sustrato.
Afectará el km porque disminuirá la afinidad de la
enzima por el sustrato (afectando el índice de afinidad
y con ello disminuirá el valor de km). Siempre habrá
inhibición.
- No competitivos afectan Vmax
- Acompetitivos afectan Km y Vmax

Pruebas de la formación complejo ES

- Curvas de saturación
- Aislación de complejos
- Estructuras cristalográficas
- Cambios espectrales
Sitio activo de una enzima
Es la zona de la enzima donde se une el o los sustratos
para que se realice la catálisis.
Es una región relativamente pequeña de la enzima, el
resto está para dar forma, estructura y función al sitio
activo.
Posee una forma de hendidura, canal, bolsillo, túnel.
Está compuesto por residuos de aminoácidos alejados
de la secuencia, unión de sustratos, catálisis, coenzimo.
Posee un carácter apolar, residuos más reactivos con
pk más bajo,
→ Modelo chapa-llave
El sitio activo es único y no se modifica, ya que posee
una forma complementaria con el sustrato.
→ Modela encaje inducido
El sitio activo no es complementario al sustrato, pero la
enzima induce un cambio conformacional para unirse
al sustrato tomando su conformación complementaria
solo mientras están unidos.
Aquí se puede observar lo descrito con anterioridad al
favorecer la formación del complejo enzima-estado de
transición. La energía de activación hará que se
produzcan los choques moleculares necesarios para
llevar a cabo la reacción.
Contribuciones a la eficiencia de las enzimas
Desestabilización del complejo ES mediante tensión o
distorsión, desolvatación, efectos electrostáticos.
→ Desestabilización del complejo ES por
desolvatación del sustrato.
La desolvatación sube la energía del complejo ES
haciéndolo más reactivo al perder su nube de
solvatación, por otro lado, la desolvatación de este
complejo hará que le sustrato se haga más reactivo al
llegar al lugar del sitio activo.
 → Desestabilización electrostática del sustrato al
formarse el complejo ES
La desestabilización electrostática surge por la
superposición de cargas similares en el sitio activo, lo
que provoca una desestabilización electrostática en el
complejo ES.
La enzima ayuda llevar al sustrato al estado de
transición disminuyendo la Ea y estabilizando el estado
de transición.
→ Teoría del estado de transición
Establece que entre menor sea el valor de KT la afinidad
de la enzima por el estado de transición será mayor
que por S.
Proximidad y orientación de sustratos y grupos
catalíticos.
→ Importancia de la proximidad (modelos)
Las enzimas al tener sitios específicos de unión captan
los sustratos de soluciones diluidas acercándolas, es
decir, aumentando la concentración efectiva del
sustrato.
Al aumentar la proximidad de k es mayor la reacción de
imidazol como catalizador es la más rápida.
→ Efecto de la orientación
Efecto de los grupos metilo orientando estéricamente
al carboxilo y así facilitando la formación del éster.
La introducción de grupos metilos, se orientan
favoreciendo la formación del éster y se restringe la
libre rotación.
Catálisis covalente
→ La catálisis covalente es el mecanismo
catalítico de como se llevará a cabo la reacción.
Participan residuos de aminoácidos del sitio activo que
poseen grupos nucleófilos que poseen electrones no
compartidos o libres.
Atacan centros electrófilos del sustrato tales como
fosforilo, acilo, glucosilo.
También existe catálisis covalente electrófila donde
participan coenzimos con centros electrófilos.
Hay un ataque nucleofílico por una cisteína del sitio con
formación de un intermediario acil-cisteína, seguido de
la transferencia de un hidrido del NAD+ (intermediario
tioéster) y de un ataque nucleofílico por fosfato.
Catálisis acido-base general
→ La catálisis ácido-base general, se caracteriza
por la transferencia de un H+ en el estado de
transición.

La transferencia de H+ al imidazol en el estado de
transición facilita el ataque por el hidroxilo del agua al
grupo carbonilo del sustrato.
Triada catalítica
Es un mecanismo catalítico basado en una serina en el
sitio activo, junto a una histidina y un aspartato.
Las serinas, proteasas y esterasas hidrolizan enlaces
peptídicos y enlaces éster.
Incluyen la tripsina, quimiotripsina, elastasas (mueven
la sangre en las arterias), subtilisina, acteil
colinesterasa, entre otras.
His-Asp-Ser forman estructuras catalíticas, si bien están
alejadas entre sí, al plegarse la proteína se acercarán
más cumpliendo su función hidrolítica de enlaces
peptídicos y éster.
→ Serina proteasas
Reacción específica con formación de un derivado
inactivo.
Si el diisopropilfluorosfato está inactivo es porque se
unió la serina, mientras que si esta activo la enzima
catalítica a base de serina no se unió.
→ Aspartato proteasas
Actúan a pH acídico o neutro, poseen dos residuos de
Asp en el sitio activo (en el fondo de una hendidura
profunda).
Un ejemplo es la pepsina (pH ácido) y la proteasa del
virus del SIDA (pH neutro).
No forman intermediarios covalentes, se propone como
un mecanismo catalítico ácido-base.
Factores que considerar para medir la actividad
enzimática
-Concentración de sustrato (saturante para una
reacción de orden 0)
-Cantidad de enzima
-Temperatura (inferior a la óptima)
-pH (óptimo)
-Cofactores o coenzimmos
-Fuerza iónica (fenómeno de salting-in)
-Método de detección
Actividad enzimática
La actividad enzimática se mide determinando
parámetros de V0, Vmax, Km y [S] tanto por método
cinético o a tiempo fijo.
-Medir la velocidad inicial permite aplicar la ecuación de
Michaelis-Menten o bien la de los dobles recíprocos.
La actividad enzimática se mide en unidades de
velocidad y las más importantes son:
-Unidad internacional: cantidad de enzima que cataliza
la conversión de 1µmol de sustrato en producto en un
minuto en condiciones fijas de T y pH (mide el efecto
funcional no la cantidad de producto formado).
-Katal: es la cantidad de enzima necesaria para
transformar un mol de sustrato por segundo. 1katal
equivale a 60*106 unidades de actividad enzimática, al
ser una unidad tan grande se mide generalmente en:
µKatal y nKatal.
Purificación de enzimas
Racker: “No desperdiciar ideas limpias con enzimas
sucias”, Lo que quiso decir es que si se quiere estudiar
una enzima no se debe perder el tiempo si esta no se
encuentra en estado puro.
𝐴𝑒𝑛𝑧𝑖𝑚á𝑡𝑖𝑐𝑎
= % 𝑝𝑢𝑟𝑖𝑓𝑖𝑐𝑎𝑐𝑖ó𝑛
𝐶𝑎𝑛𝑡𝑖𝑑𝑎𝑑𝑒𝑛𝑧𝑖𝑚𝑎
Dentro de los criterios de pureza encontraremos:
-Geles de poliacrilamida desnaturantes.
-Secuenciación amino terminal (Edman)
Isoenzimas
Son enzimas que difieren en su estructura, pero
catalizan la misma reacción, es gran parte de los casos
están codificadas por distintos genes.
Difieren en propiedades cinéticos y/o regulatorias.
Pueden tener una localización intracelular distinta, y
cumplir distintas funciones biológicas.
cooperatividad y será igual a la ecuación de Michaelis-
Menten.
→ Efectores heterotrópicos o alostéricos
Sustancias de estructura muy diferente al sustrato que
afectan la velocidad de reacción de una enzima.
Se unen a la enzima en un sitio diferente al sitio activo.
el sitio alostérico induce cambios conformacionales en
el sitio activo.
Existen efectores positivos o negativos, que afectan la
conformación favoreciendo o desfavoreciendo la unión
del sustrato.
A menudo las enzimas regulatorias son cooperativas y
alostéricas simultáneamente.
Los efectores alostéricos pueden afectar el Km medio
de manera frecuente y Vmax de manera ocasional.

Isoformas: son enzimas que catalizan la misma

reacción y tienen la misma secuencia aminoacídica,
pero se diferencian en su pI o PM por modificaciones
postraduccionales (glicosilación, fosforilación).

Factores que afectan la velocidad de una reacción

enzimática
Acumulación de producto, inhibición por producto (el
producto frena la reacción).
Disponibilidad de sustratos y cofactores. La K0,5+ favorecerá la afinidad por el sustrato,
Regulación por cantidad: inducción y represión mientras que K0,5- la desfavorecerá.
(determina un aumento o disminución en la expresión
génica) Los factores alostéricos también se pueden entender
Regulación de la actividad: cooperatividad, efectores, como mecanismos de tipo feedback que favorecerán o
modificaciones covalentes. inhibirán la síntesis.
→ Efecto homotrópico o cooperativo.
Lo que ocurre es que la entrada del primer sustrato Regulación por modificación covalente
favorece la entrada al resto de la subunidad, las → Fosforilación o desfosforilación
interacciones diferentes (por cambio conformacional)
favorecerán la entrada de sustrato a otras subunidades.
En la ecuación de Hill, n (coeficientes de Hill) nos
permitirá determinar el número de sitios de unión de S
y el grado de cooperatividad.
𝑉[𝑆]𝑛 Donde ocurra fosforilación se encontrará la proteína
𝑣=
𝐾 + [𝑆]𝑛 kinasa, Estos fenómenos ocurren en ciertas
condiciones metabólicas.
n nunca es un número entero, en muchos casos se La reacción es catalizada por la fosforilasa que es la
aproxima al número entero. Si n=1, no hay enzima reguladora de la fosforilación y desfosforilación.
Bioenergética
Es el estudio cuantitativo de la energía asociada a los
procesos químicos de la célula, es fundamental para el
estudio de reacciones metabólicas como la
degradación que hace referencia al catabolismo y la
síntesis que hace referencia al anabolismo.
Las transformaciones de la energía en las células
obedecen las leyes de la termodinámica.
- Conservación de la materia (ke, ΔG)
- Entropía (S, H)
La bioenergética busca cuantificar dándole carácter de
procesos espontáneos y no espontáneos.
𝑆 = 𝑘𝐵 ∗ 𝐿𝑛𝑊
La entropía es la tendencia al caos y es proporcional al
número de microestados posibles. El aumento de la
temperatura promoverá la cinética de las moléculas, las
que se combinarán conforme al tiempo.
La energía libre de Gibbs (G), es la energía asociada a
una reacción bioquímica en los sistemas biológicos.
Tendremos un estado basal del sustrato (S), el estado
de transición que es un momento molecular donde no
se tiene sustrato ni se ha formado producto y se
requiere de una cierta energía de activación para llegar
a él (especie de cerro), y también se tendrá un estado
basal del producto (P).
Las enzimas buscan que esta energía de activación se
disminuya gracias a su función catalítica con el fin de
que la reacción sea más eficiente (más rápida, mayor
velocidad), una vez que se alcanza el punto máximo de
la energía de activación se deja de proporcionar
energía.
La energía de activación medida en KJ/mol o Kcal/mol
tiene como objetivo cambiar el estado basal del
sustrato llevándolo al estado de transición donde se
romperán enlaces con el fin de que se forme producto.
El ΔG por otro lado, está asociado con la energía en el
transcurso de la reacción química, si la reacción es
espontanea el valor de ΔG será negativo y menos le
costará formar producto, mientras que si no es
espontáneo será positivo.
𝛥𝐺 (𝑟𝑒𝑎𝑐𝑐𝑖ó𝑛) = 𝐺𝑝𝑟𝑜𝑑𝑢𝑐𝑡𝑜 − 𝐺𝑠𝑢𝑠𝑡𝑟𝑎𝑡𝑜
𝛥𝐺° = −𝑅𝑇𝐿𝑛𝐾𝑒𝑞
[𝑝𝑟𝑜𝑑𝑢𝑐𝑡𝑜𝑠]
𝐾𝑒𝑞 = [𝑠𝑢𝑠𝑡𝑟𝑎𝑡𝑜𝑠]
𝑅 = 8,31𝑘𝐽/𝑚𝑜𝑙 𝑇 = 298𝐾
Entre menor sea el valor de la Keq más positivo será
𝛥𝐺 y la reacción no será espontánea, mientras que a
mayor valor de la Keq menor será el valor de 𝛥𝐺 y la
reacción será espontánea.
Existen tres tipos de estado de transición:
- Donde la curva S → P estará en perfecto
equilibrio y la energía basal del reactante será
igual a la energía basal de los productos.
- Donde la E basal P > E basal S, la cual es una
reacción endotérmica que requiere de energía
y posee un ΔG positivo, por lo que no es
espontánea y la formación es en reversa, lo
que quiere decir que tiende hacia los sustratos.
- Donde la E basal P < E basal S, la cual es una
reacción exotérmica que libera energía y posee
un ΔG negativo, por lo que es espontánea
favoreciendo la formación de producto.
Clasificación de reacciones Un ejemplo de esto es la reacción de glicolisis por vía
- Exergónicas: ocurren espontáneamente y catabólica.
liberan energía. Además, tienen un 𝛥𝐺
negativo tendiendo a la formación de producto,
- Endergónica: no ocurren espontáneamente y
requieren de energía para llevarse a cabo.
Poseen un 𝛥𝐺 positivo tendiendo la dirección
de la reacción a los sustratos.

Parámetros termodinámicos de las reacciones

𝛥𝐺 = 𝛥𝐻 − 𝑇 ∗ 𝛥𝑆

El 𝛥𝐺 es la energía libre de Gibbs, 𝛥𝐻 energía calórica,

y 𝛥𝑆 la tendencia al desorden. La temperatura siempre
es constante para el modelo estándar (sistemas
biológicos). El fosfato de la hidrólisis del ATP sirve como sustrato
𝛥𝐺 = 𝐺𝑝𝑟𝑜𝑑𝑢𝑐𝑡𝑜 − 𝐺𝑠𝑢𝑠𝑡𝑟𝑎𝑡𝑜 para la primera reacción de acoplamiento. La enzima
𝛥𝐺 Relación P y S Reacción Espontánea llegará a hidrolizar el ATP para fosforilar la glucosa.
- GP < G S Exergónica Si Una vez que la glucosa ingresa a nuestro cuerpo se le
+ GP > GS Endergónica No añade un grupo fosfato con el fin de que se mantenga
dentro de la célula.
𝛥𝐻 = 𝐻𝑝𝑟𝑜𝑑𝑢𝑐𝑡𝑜𝑠 − 𝐻𝑠𝑢𝑠𝑡𝑟𝑎𝑡𝑜𝑠
𝛥𝐻 Relación P y S Reacción La enzima confinará para que los sustratos se unan y
- HP < HS Exotérmica ocurra la gran reacción acoplada de ambos, a la vez de
+ HP > HS Endotérmica que cataliza la reacción. Esto disminuye la energía de
activación, y podemos observarlo en el 𝛥𝐺° global de
𝛥𝑆 = 𝑆𝑝𝑟𝑜𝑑𝑢𝑐𝑡𝑜𝑠 − 𝑆𝑠𝑢𝑠𝑡𝑟𝑎𝑡𝑜𝑠 la reacción que es negativo siendo esta reacción
𝛥𝑆 Relación P y S Reacción Tiende acoplada favorable al tener una reacción espontánea
+ SS < S P Exergónica Producto endergónica sin requerimiento de energía (es un 𝛥𝐺
- SS > S P Endergónica Sustrato más positivo).

Para un 𝛥𝑆 positivo la entropía es mayor, por lo que no

se requiere de esfuerzos para desordenarse. Por otro
lado, si el 𝛥𝑆 es negativo el desorden es mayor en el
sustrato tendiendo a una especie de orden que requiere
esfuerzo.

Reacciones acopladas
En los sistemas biológicos ocurren muchas reacciones
endergónicas que tienden al anabolismo y requieren de
energía, lo que hacen las reacciones endergónicas es
acoplarse a las exergónicas de manera que ocurran De la imagen anterior se puede observar una reacción
ambas reacciones en conjunto mediante una gran acoplada en una sola reacción global espontánea.
reacción acoplada, y para que se acoplen deben tener
un factor común.
En los sistemas biológicos muchas reacciones
requieren de un acoplamiento a una reacción
endergónica para que se llevarse a cabo.
Rol del ATP como molécula orgánica
El ATP genera una alta repulsión a causa de su carga
q= -4, por lo que la liberación de un fosfato es
favorable.
Luego de que ocurre la hidrólisis y liberación de un
fosfato inorgánico, posteriormente se libera un H+
ocurriendo resonancia por estabilización que impide un
carbonilo definido.
La estabilización por resonancia impide la reversibilidad.

La estabilización por resonancia favorece que la

reacción sea espontánea con bajas probabilidades de
reversibilidad.

Al comienzo se une una molécula de agua al residuo por

efecto de la solvatación.

En la reacción puede ocurrir reversibilidad, cuando las

cargas favorezcan el proceso de “condensación
reversa”.
En el paso 2° se puede observar el efecto de la
resonancia del enlace doble del O, se puede encontrar
en cualquiera de los O porque en todos los casos es
equivalente.
La estabilización por resonancia se da luego de la
Compuestos con enlaces fosfatos de gran energía
ionización perdiendo un H+, lo que impide la
Existen muchas reacciones de carácter exergónico
reversibilidad.
como:

NOTA
La estabilidad por resonancia SOLO impide
la reversibilidad ante la pérdida un ion o
ionización, mientras que si solo ocurre
hidrólisis y pérdida de un fosfato inorgánico
la reversibilidad es baja, pero puede ocurrir.