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Inició su formación cultural con maestros privados, de los que obtuvo los
fundamentos de latinidad y filosofía. En 1802 pasó a cursar estudios en
el Seminario de San Carlos y San Marcelo de Trujillo, pero dejó su inicial
vocación religiosa y en 1804 se trasladó a Lima para estudiar Derecho en
el Real Convictorio de San Carlos, dirigido entonces por el sacerdote Toribio
Rodríguez de Mendoza, otro ilustre precursor de la independencia que difundía
por entonces las ideas del liberalismo y que José Faustino supo asimilar.
Pronto descolló como excelente estudiante y de notable talento oratorio.
Sus ideas llegaron a ser conocidas por todos, inclusive por el propio virrey José
Fernando de Abascal, ante quien pronunció un discurso por el segundo
aniversario de la Constitución Política de la Monarquía Española, pero en vez
de tener este un carácter servil y laudatorio, como prescribía el ceremonial,
habló sobre las libertades y recalcó la igualdad entre criollos y españoles
prescritas en la Constitución de Cádiz. Se dice que Abascal ordenó que a partir
de entonces no se le encomendaran discursos o conferencias. Pese a ello,
siguió destacando en los estudios e incluso, aun colegial, se le encargó que
dictara el curso de Filosofía en el Convictorio, debiendo interrumpir sus
estudios por un año. Se graduó de bachiller en leyes en 1813, y cumplida la
práctica reglamentaria, se recibió de abogado el 5 de noviembre de 1818. Ese
mismo año ingresó al Colegio de Abogados de Lima, institución que le encargó
la defensa de las personas insolventes (1819).
Simultáneamente se dedicó a la labor docente y encontró en la cátedra un
nuevo estímulo para su vocación oratoria. Se le encomendó la enseñanza de
las leyes y cánones y el curso de Digesto Viejo en San Marcos.