Construye el contig:

Taller #11: Técnicas de

secuenciación
 Actividad para la clase
Introducción
Se ha secuenciado un patógeno responsable
de un brote transmitido por alimentos con
un experimento de secuenciación del
genoma completo. En esta actividad, ustedes
construirán las lecturas generadas por la
secuenciación y luego ayudarán al equipo de
bioinformáticos a ensamblar un pequeño
fragmento del genoma y descubrir el
patógeno al que corresponde el ADN.
 Sugerencia:
➢ En este ejercicio, las lecturas se pueden alinear SOLO en una dirección y las lecturas se superponen en al menos dos
bases nitrogenadas.
➢ El contig tiene un tamaño de 30 pb

¡Manos a la obra!
Esta actividad consiste en 3 pasos importantes: Primero, deben alinear las lecturas obtenidas
para encontrar el contig. Segundo, redactar la secuencia. Tercero, comparar, alinear la secuencia
y encontrar la pareja para determinar el patógeno causante del brote alimentario.
Primera actividad Aquí se presentan las lecturas obtenidas del secuenciador.
Deben alinear las lecturas para encontrar los contig (s).
Grupos 1 y 4
READS BASES
1
2
3
4
T=Rojo
5 A=Amarillo
6 G=Azul
.
7 C=Verde
8
Primera actividad Aquí se presentan las lecturas obtenidas del secuenciador.
Deben alinear las lecturas para encontrar los contig (s).
Grupo 2
READS BASES
1
2
3
4
T=Rojo
5 A=Amarillo
6 G=Azul
.
7 C=Verde
8
Primera actividad Aquí se presentan las lecturas obtenidas del secuenciador.
Deben alinear las lecturas para encontrar los contig (s).
Grupo 3

T=Rojo
A=Amarillo
G=Azul
.
C=Verde
Primera actividad Aquí se presentan las lecturas obtenidas del secuenciador.
Deben alinear las lecturas para encontrar los contig (s).
(Grupo 5)
READS BASES
1
2
3
4
T=Rojo
5 A=Amarillo
6 G=Azul
.
7 C=Verde
8
Ensamblaje de su contig
 Ensamblaje de su contig

A T A A A A A C T A G A G C A T G G A A C A A T T T A

Escriban la secuencia de su contig en la tabla

 Comparen, alineen y encuentren la pareja
Muevan la tabla anterior sobre las secuencias de los genomas de referencia y encuentren la coincidencia
única con uno de los seis genomas proporcionados

Staphylococcus aureus reference genome Listeria monocytogenes reference genome

GGTCGTATTATCGCACGTCCATATGTTGGTGAACCAGGAAACTTTAC
ACGTACATCTAATCGACATGACTATGCGTTAAAACCTTTTGGTAAAAC
TGTCTTAGATCATTTGAAAGACGGTGGTTATGATGTTATTGCCATCGG
TAAAATTAATGACATTTATGATGGTGAAGGTGTAACAGAAGCGGTTC
GTACGAAGAGTAACATGGACGGTATGGATCAATTGATGAAAATTGTT
AAGAAAGATTTCACAGGTATTAGCTTCTTAAACTTAGTAGACTTTGA
TGCATTATACGGTCATCGTCGTGATAAACCAGGTTATGCACAAGCAAT
TAAAGATTTCGATGATCGCTTGCCAGAACTGTTTAGCAACTTAAAAG
AAGACGATTTAGTAATTATTACAGCAGACCATGGTAATGACCCGACA
GCGCCAGGTACGGACCATACGAGAGAATATATCCCAGTAATTATGTA
CAGTCCGAAATTTAAAGGTGGTCATGCACTAGAAAGTGATACTACAT
TCAGTTCTATCGGTGCAACTATAGCAGATAATTTCAACGTAACATTAC
CAGAGTTCGGTAAAAGTTATTTAAAGGAATTGAAATAGAATAAATTT
AGATATTATAAAAACAGCAGTGAAGTTAACTATAACAATAGTTTTCTT
CACTGCTGTTTTTATTATAATAGAGAAACGTAAGACG
TGTAGAAAAAGGTACAGTAAAAAAATCCTAATCTAGGTTAATATAAT
TTGATGAAAAAGAAAGTGCGGTGGAATAATTAATGTCAGAAGAAAA
TATTACAAATGTACAAGAAAATGCTTCAGATTATAACGAAGATCAAAT
ACAAGTACTGGAAGGCCTAGAGGCAGTAAGAAAAAGACCCGGTAT
GTACATTGGTTCAACTAGCCAACGCGGGCTCCATCACCTTGTATGGG
AAATTGTTGATAATGCAATTGATGAAGCACTTGCTGGTTTTTGTACA
GAAATTGAAATTACAATTGAAGCTGATAACAGCATTACTGTTCGCGA
TAACGGACGTGGAATTCCTACAGGGATTAATGAAAAAATCGGTCGT
CCAACAGTAGAAGTAATCTTTACCGTTCTGCATGCTGGTGGTAAATT
TGGCGGCGGCGGATATAAAGTATCTGGCGGACTTCACGGAGTTGGT
GCATCGGTAGTTAATGCCCTTTCCACATCTCTTGAAGTATACGTTCAC
CGTGAAGGTCAAAAATATTACCAACGCTTTGAACGTGGTGATGTAGT
AATGGATATGGAAGAACAAGGCGAAACGGATTATCGTGGAACAATT
GTTCACTTTACACCAGATCCACAAATTTTCACAGAAACAACGGAATT
CGAT TTTGATACGCTTCGTACGCGTACACGCGAACTTGCTTTCTTG
 Comparen, alineen y encuentren la pareja
Muevan la tabla anterior sobre las secuencias de los genomas de referencia y encuentren la coincidencia
única con uno de los seis genomas proporcionados

Escherichia coli O157:H7 reference genome Salmonella enterica reference genome

ATTTTGAACTGGTCAGAATACTGACCGATGAGCATTCCAACAACGTT
CAGCATTACCTTGATCACGAATGCTTTATATTGGGCGGCTGCCTGATG
GCTAATTTGCAGCATATTCATCAAGGTCGCTGCCATATTTCCTTTGTCA
AAGAGCGCGGTGTGGCACCCGCCACCATTGATTTTCCACCGCGATTA
TTCCTTAGTGGTGGGGTACGAAATAATGTCTGGCGTGCATTTTCTAAC
CGCAATTATTCAATGGCTGTATGCAATCTCACTGGCAGTAAGAAAGTC
CGCGAGATGCGGCATGCAACATTGAACAGTGCGACGCGTTTTATCCC
TTTGTGGAGAACCATCCTTTCCTTATATCATTGAACCGAATGTCTCCTG
CGAATGTCGTTTCTACATTAGATATCCTCAAACATCTGTGGAATAAAAA
CTAGAGCATGGAACAATTTAATTATTACTTTTCCGAATAATTTCTTCAG
AAATCTTGACATTAGACTATGATTAATGGGGTTTAAGGTCATCAGCCG
CCGCTTTCGGGCATCAAAAACTCATCTCTCGCTGATGGCGCAATTCTT
TTAATAGATCGTAAAAAGCGAGCTATTCCTACACTATAATCTGATTTTA
ACGATGATTCGTGCGGGGTAAAATCGTGAAAACGATCTATTCACCTG
AAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCT
AATCATTTCTCCGTCAGAAATATGAGTCGGGAGCATATCAGCGAACT
TCTGTTTACTGCGCAAGGCGATCTGTTGATTAGTGCCGAACCTTTGC
TGGAGTCCGGCATAGAGAATCAAATCATTGATAGTTTTAAATCATTT
GTTTGTATCTGTAGCAGTAAACACATGCTGAGTACCCTCTCGCAACT
GTCGCTACATCATTTTTATTCTTCGCGTCATGCGTTATATCAGCCGG
GGATGGGGGCTTCAGTGATATATCATGATAGCGAGTTATTTAAGGAT
GAGCTTTACTATACTGGCAGGCGTATTGTCGGCTATCGTAGTGATTC
ACTTAACGGTTTGATGAGCATGATCGAACGAACCTCATTGATTGCAT
TGATGCCTTTGAAATTAGCGCTTTTTTATAAAAATCATCGTAAATATG
ACATTAAATTTATTCAGCCTCCGCCCGAACTGGCCTTTAAGTCAGTT
CAGGTCTATGCATCCTGGAAGAAAAATAGTAGAAATATATCGACGAT
TAATGAGATGGTAAGTATGTTGCAAACACTTTCCTCCTTCCGTCGCTA
ACACACCTCATTTTTACGCTTTGATTTAATATGGTTTTAAATGATGTG
CTTTGATTTTTACCCTTCTGACAGGGCGCTTACACTCCTTGTGTTAAT
TATTCATTTATAATGATTTCGGGGTGTTAAAATGTCTA
 Comparen, alineen y encuentren la pareja
Muevan la tabla anterior sobre las secuencias de los genomas de referencia y encuentren la coincidencia
única con uno de los seis genomas proporcionados

Campylobacter jejuni subsp. Jejuni reference genome
TGATGCAAGAACAGAAATAAATAATCTTGTAGATAAAATTAATGAAAATTT
CGATATCTCTAAAGATTTAATCCTTAAAGGATTTTTATATTTATTCCATAACA
ATATTAAATTTCAAATCAATAGTTTTGATAAAAATTTTATAGAATCCATAGA
AGCTAAATGGGAAGGCATAAAAAATGCTTTTATTGAAACATTTAGATTGC
TTAGAAGTTTTGGATTTGAAGCAAAAACACTTTCATCAAATAATGCTATTT
TACCCATTTTATATTTTATTTATCATAAAAATTTGACAAATAATATAGTAGATT
CTGTCAAGTGTAATGAAAATAGAGCTATAATAAAAAAATGGTTGTTAAGG
GCAATTATTTTAAAGCCTTTTGGTGGAAGTAGTGATACGGTATTGTCTAAC
ATGCGTAAAGCTTTTATTAAAGATTTTAAGCAAAATAGTGGCTTTTTTGAT
AGAGAAATAGAATTATTTCCATTGGAAGAAATTGAAAAAGAGGCAAAAT
ATATACAAACAATAGATGAAGAATATTTAGAAAATAATGTCATAGAATGCC
GTAAAAATAGTCCTGAAGCGTTTGCTGTGTTATCTTTACTTTATCCAAATTT
AGATTATAAAAATAATAATTTTCATAAAGATCATTTGCATCCAGAGTCCGCA
TATAAAGAATATGAAAAACTTTATAAAGCTACA
Clostridium botulinum reference genome
ATCTTATCAGTAGTGTAGAATATGAACAATACTTTTCTAAAAGAAAG
TATAAAGCAAAAGAAATAAAAAACATACAAAAAAAGTATATGGTAAA
AATTAATAATCTGGAGAGTACTAAAGCAAATCCATATACTTTAAATAAAGTA
TATGAAATATTTACAAGCTGCTGTGATATATATAGTGCACATTATATTCATTT
ACTAACAAAAAGACAAATTGCTCCACATCGTATTAATAGAGATTATTTTAC
ATTCCCTACAAGAAAGATATGGAATCAATTCGTTGATAAGTTAAATAAATG
TGGATATAATGAAAAAATATTAGAAAGTATACCAGGATTTTATTTTGATATA
AAAAGGAATCAATATACTTTTGCACAATATAAAGGAATAGGTATAAAAATA
AGAAATACTAAAGGAGAAATAGTAGGTATTCAAGTTAGAAAAGATAAAA
AAAGGAACAAACAGGATCAAAGATACATTTGGTTTTCTTCTTCCTTTGCA
AATTTAGAGGAAAACAAAGATAAATACAAATTAGGAACAGGAGCAGGA
AGTCCAATAGATGTAGTATATCCTAGTCAAATAACTAATAATCCCATCTTAA
CAATAACAGAAGGGAGATTTAAAGCTGAAAAATTAGCAGAAAGAGGAG
TAATAGCAATTAGTGTACAAGGAGTAACAACATGGAGAAAAATAATAGA
 Reporte de
resultados
El microorganismo
causante del brote es:
Escherichia coli
La cobertura del
ejercicio fue de:
1.81481481