FACULTAD DE CIENCIAS BÁSICAS Radicado

PROGRAMA DE XXXXXXX

TÍTULO Caracterización genética de un aislado de Pseudomonas mendocina

PROPUEST proveniente de una planta de tratamiento de lixiviados ubicada en Cali,
A Colombia.
DATOS DE LA PROPUESTA
Grupo de Grupo de Investigación en Microbiología, Industria y Ambiente (GIMIA)
investigaci
ón
Línea de Microbiología Ambiental
investigaci
ón

Identificació 1006098632
n
Correo: Daniela.martinez12@usc.edu.co
Teléfono: 3218927853

Nombre: Daniela Martínez Arroyabe

Identificació
n
Correo:
Teléfono:

DIRECTOR
Nombre: Aura Dayana del Carmen Falco Restrepo
Identificació 550418
n
Correo: aura.falco00@usc.edu.co
Teléfono: 3185883321
 FACULTAD DE CIENCIAS BÁSICAS Radicado
PROGRAMA DE XXXXXXX

CODIRECTOR

Nombre:
Identificació
n
Correo:
Teléfono:
 Caracterización genética de un aislado de
Pseudomonas mendocina proveniente de una planta de
tratamiento de lixiviados ubicada en Cali, Colombia.

Daniela Martínez Arroyabe

Trabajo de grado presentado como requisito parcial para optar al título de:
Microbiólogo

Directora:
Dra. Aura del Carmen Falco Restrepo

Línea de Investigación:
Microbiología Ambiental
Grupo de Investigación:
GIMIA

Universidad Santiago de Cali

Facultad de Ciencias Básicas,
Programa de Microbiología
Cali, Colombia
2022
Contenido
Pág.

Resumen
6

Planteamiento de pregunta o problema de investigación 7

Justificación 8
Marco teórico o estado del arte 9
Objetivos
10
Metodología propuesta
11
Resumen

Palabras clave:

Abstract

Keywords:

6
Planteamiento de la pregunta o problema de
investigación
1.1 Antecedentes

En los últimos años el medio ambiente ha manifestado de muchas formas el

daño que el ser humano le ha causado, con la sobrepoblación y las grandes
empresas generando desechos tóxicos que causan un daño irreparable. Uno
de esos problemas son los botaderos de las ciudades (Zamora, 2016). El
municipio Santiago de Cali disponía en 1998 del antiguo vertedero de Navarro,
el cual fue cerrado en el 2008 debido a la hidro contaminación del rio Cauca y
por incumpliendo de las normas de control para disminuir el impacto ambiental
(Ramírez, 2020). Hasta la fecha se sigue produciendo gran cantidad de
lixiviados, los lixiviados contienen toda característica contaminante principal, es
decir, alto contenido de materia orgánica, como lo es él; nitrógeno y fósforo,
presencia abundante de patógenos e igualmente de sustancias tóxicas como
metales pesados y constituyentes orgánicos (Kümmerer, 2004), por ese motivo
se construyó una planta para tratamiento de lixiviados (PTL).

Se han hechos varias investigaciones sobre la resistencia a los antibióticos

beta-lactámicos en bacterias Gram negativas (Mondragón et al.,2020). En
Colombia se realizó un estudio donde se encontró aislados de P. mendocina
resistentes a aminoglucósidos (amikacina y gentamicina) y a betalactámicos
(imipenem) (Mondragón et al.,2020).

En el proyecto de grado de (Burbano, 2022) se realizó la caracterización

genética de los aislados de P. mendocina provenientes de la planta de
tratamientos de lixiviados, en la cual se aisló la cepa de pseudomonas
mendocinas L3-6 con el objetivo de ser secuenciada en un proyecto a futuro
con el fin de determinar si puede ser utilizada con fines de biorremediación.

1.2 Descripción

En este anteproyecto se quiere secuenciar la cepa de P. mendocina L3-6, ya

que esta bacteria tiene potencial remediador debido a su resistencia a
antimicrobianos. Por este motivo hago planteamiento de pregunta:

1.3 ¿Cuáles de los genes de P. mendocina L3-6 están involucrados a la

resistencia de metales pesados y antibióticos?

7
 Justificación en términos de necesidades y
pertinencia
El relleno sanitario o vertedero es un espacio destinado para la disposición final de
los residuos sólidos. Son instalaciones especialmente diseñadas para no causar
riesgo para la salud o la seguridad pública, ni perjudicar el ambiente durante su
operación o después de su clausura. Podría definirse como una tecnología donde
se confina la basura en un área lo más estrecha posible, compactándola para
reducir su volumen y cubriéndola con capas de suelo en forma diaria. Un relleno
sanitario se comporta como un digestor anaerobio. Debido a la descomposición o
putrefacción natural de los residuos sólidos, no sólo se producen líquidos sino
también gases y otros compuestos. Casi todos los residuos sólidos sufren cierto
grado de descomposición, pero es la fracción orgánica la que presenta los
mayores cambios. Los subproductos de la descomposición están integrados por
líquidos, gases y sólidos. La descomposición o putrefacción natural de la basura
produce un líquido maloliente de color negro, conocido como lixiviado o percolado,
parecido a las aguas residuales domésticas, pero mucho más concentrado. Las
aguas de lluvia que atraviesan las capas de basura aumentan su volumen en una
proporción mucho mayor que la que produce la misma humedad de los residuos
sólidos, razón principal por lo que deben ser interceptadas y desviadas para evitar
el incremento de lixiviado; de lo contrario, podría haber problemas en la operación
del relleno y contaminación del agua subterránea. (Hernández et al., 2020) Los
lixiviados de vertederos contienen una variedad de contaminantes que
potencialmente pueden contaminar las aguas subterráneas y afectar la calidad de
las aguas superficiales y de los pozos. Los lixiviados están compuestos por cuatro
grupos de contaminantes; materia orgánica disuelta, macro componentes
inorgánicos, metales pesados y compuestos orgánicos xenobióticos. (Moreno-
Molina et al., 2019) Lo que lo hace ideal para la proliferación de bacterias
resistentes a antibióticos y metales pesados como lo es aislados de pseudomonas
mendocina, identificado en la laguna 6 de la planta para tratamiento de lixiviados
del Antiguo Vertedero de Navarro (Md. et al., 2015).

Pseudomona mendocina es una bacteria gramnegativa, aeróbica y con forma de

bastón que pertenece a la familia Pseudomonadaceae. En la naturaleza, P.
mendocina se ha aislado de muestras de agua y suelo y está documentada como
capaz de sobrevivir en más de 75 sustratos diferentes. De las especies de
Pseudomonas, P. a eruginosa es un importante patógeno nosocomial debido a su
capacidad para prosperar en un entorno hospitalario y a su alto nivel de
resistencia a muchos antibióticos (Cortese et al., 2021).
En Cali, Colombia se encontró aislados de Pseudomonas mendocina resistentes
a antimicrobianos y metales pesados en una planta de tratamiento de lixiviados,
donde se pudo obtener la cepa L3-6 que será secuenciada con el fin de encontrar
su resistencia antibióticos y metales pesados. Para lograr terapias contra esta
bacteria.

8
Marco teórico y estado del arte
Deberá responder a las siguientes demandas: síntesis del contexto teórico general
en el cual se ubica el tema de la propuesta; estado actual del conocimiento del
problema (nacional y mundial); brechas que existen y vacíos que se quieren llenar
con el proyecto; de qué forma la investigación propuesta, con fundamento en
investigaciones previas, contribuirá, con probabilidades de éxito, a la solución o
comprensión del problema planteado o al desarrollo del sector de aplicación
interesado.

9
Objetivos

Objetivo general

Caracterizar genes de resistencia a antimicrobianos y metales pesados de P.

mendocina L3-6.

Objetivos específicos

1. Detectar genes involucrados con la resistencia a antimicrobianos.

2. Determinar si el aislado de P. mendocina L3-6 puede ser usado para fines
de biorremediación.

10
Metodología Propuesta
Se deberá mostrar, en forma organizada y precisa, cómo será alcanzado cada
uno de los objetivos específicos. La metodología debe reflejar la estructura lógica
y el rigor científico del proceso de investigación, empezando por la elección de un
enfoque metodológico específico, el diseño metodológico detallando los
procedimientos, técnicas, actividades y demás estrategias metodológicas
requeridas para la investigación. Debe indicarse el proceso a seguir en la
recolección de la información, así como en la organización, sistematización y
análisis de los datos. Tenga en cuenta que el diseño metodológico es la base para
planificar todas las actividades que demanda el proyecto y para determinar los
recursos humanos, logísticos y financieros requeridos. Una metodología vaga o
imprecisa no brinda elementos para evaluar la pertinencia de los recursos
solicitados.

11
Cronograma de actividades
El cronograma debe reflejar de forma gráfica las actividades a ejecutar en el
proyecto. Usar el diagrama de Barras de Gantt
No Actividad Tiempo (semanas ó meses) Duración
. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 1 2 (semanas
0 1 4 ó meses)

12
Presupuesto

Relacione el presupuesto requerido por el anteproyecto para su ejecución y el

acceso de los recursos solicitados en forma de efectivo o contrapartida.
Especifique el proyecto interno, externo o la(s) entidad(es) que financian los
rubros.
Se incluyen tablas a modo de ejemplo, debe realizar una tabla global y el desglose
de cada rubro:
Presupuesto.
Tabla No. X. PRESUPUESTO GLOBAL de la propuesta (en miles de pesos).
 
RUBROS FUENTES
USC TOTAL
CONTRAPARTIDA
  Efectivo Especie1 (terceros)

PERSONAL (Tabla X)
EQUIPOS Y SOFTWARE (Tabla
X)
MATERIALES BIBLIOGRÁFICOS,
PUBLICACIONES , INSUMOS Y
SERVICIOS TÉCNICOS (Tabla X)
VIAJES (Tabla X)

TOTAL

Tabla No. X Descripción de los gastos de personal (en miles de $).

RECURSOS
NOMBRE DEL FUNCIÓN
INVESTIGADOR / FORMACIÓN DENTRO DEDICACIÓ USC
TOTAL
EXPERTO/ ACADÉMICA DEL N (h/semana) Contrapartida
AUXILIAR/ESTUDIANTE PROYECTO Especie

Director 1

Director 2

Tesista
 
 
 
 

TOTAL $ $ $

Tabla No. X Descripción de los equipos y software que se planea adquirir o utilizar, costo de compra o servicio (en miles de
$).
EQUIPO JUSTIFICACIÓN   TOTAL
RECURSOS

13
 USC Contrapartida
    Efectivo Especie    
Pesar reactivos y
Balanza Analítica cálculos de rendimientos
portátil (+0.001) de reacciones
 Indispensable para
  homogenizar y activar las
Plancha agitadora reacciones
 Para operar la línea de
Bomba de vacío  vacío
 Visualizar el transcurso
de la reacción por
cromatografía de capa
 Lámpara UV-Vis delgada
TOTAL $ $

Tabla No. X. Materiales Bibliográficos, Publicaciones, insumos, suministros y bibliografía (en miles de $)
 
Materiales* Justificación RECURSOS
USC Total
Contrapartida
    Efectivo Especie
Indispensable para
(2) Microespátula de manipular muestras
níquel en el laboratorio
Indispensable para
(2)Soporte universal y poner y purificar una
pinza con nuez reacción por CCR
Indispensables para
Sílice Gel y placas monitorear una
para purificar reacción y purificar
Indispensable para
efectuar las
Equipos de vidrio reacciones
Necesarios para
Análisis de caracterizar los
compuestos compuestos

  TOTAL

Tabla No. X Descripción y justificación de los viajes (en miles de $)

Lugar /No. De Estadía Total Recursos

Justificación** Pasajes ($)
viajes ($) días Total
USC Contrapartid
          Efectivo Especie a
Por definir en Asistencia a
el XXXX XXX XXX

14
Resultados/Productos esperados y potenciales
beneficiarios
Estos deben ser coherentes con los objetivos específicos y con la metodología
planteada y cumplir con los mínimos establecidos en la convocatoria.

15
Bibliografía

Kümmerer, K. (2004). Resistance in the environment. Journal of Antimicrobial

Chemotherapy, 54(2), 311-320.https://doi.org/10.1093/jac/dkh325

Otagrí Ramírez, J. A. (2020). Relleno Sanitario Navarro: el daño ambiental

ocasionado por las ciudades de Cali, Jamundí Y Yumbo. Grafias UCP
(Universidad Catolica de Pereira9, 63-69.

Zamrodah, Y. (2016). Valoración del pasivo ambiental del botadero de navarro de

la ciudad santiago de cali (Universidad autonoma) 15(2), 1-23.
https://red.uao.edu.co/

16
Mondragón Quiguanas, A. M, Villaquirán Muriel. Falco, A, and Correa A,
“Identificación y Caracterización Molecular de Aislados Bacterianos de Origen
Ambiental Resistentes a Antibióticos Betalactámicos, Aminoglucósidos y
Quinolonas,” Rev. Multidisco. Educ. e Meio Ambient., vol. 1, no. 1, pp. 7–9, 2020.

Burbano Laura. (2022). CARACTERIZACIÓN GENÉTICA Y PERFIL DE

SENSIBILIDAD A METALES ENAISLADOS DE Pseudomonas mendocina
PROVENIENTES DE UNA PLANTA DETRATAMIENTO DE LIXIVIADOS(Tesis)
Universidad Santiago de Cali.
file:///D:/Documentos%20Portatil/Downloads/INFORME%20FINAL%20Laura
%20Burbano.pd

Calabria, I., Pedrola, L., Berlanga, P., Aparisi, M. J., Sánchez-Izquierdo, D.,
Cañete, A., Cervera, J., Millán, J. M., & Castel, V. (2016). The new challenge in
oncology: Next-generation sequencing and its application in precision medicine.
Anales de Pediatria, 85(5), 273.e1-273.e7.
https://doi.org/10.1016/j.anpedi.2016.05.006

Cortese, I. J., Castrillo, M. L., Zapata, P. D., & Laczeski, M. E. (2021). Effect of
sequence filtering on the assembly of the Bacillus altitudinis 19RS3 genome
isolated from Ilex paraguariensis. Acta Biologica Colombiana, 26(2), 170–177.
https://doi.org/10.15446/abc.v26n2.86406

17
Greenough, N., & Gerry, D. (2021). First UK case report of a patient with
Pseudomonas mendocina bacteraemia. Clinical Infection in Practice, 10, 100065.
https://doi.org/10.1016/j.clinpr.2021.100065

Hernández, M., Quijada, N. M., Rodríguez-Lázaro, D., & Eiros, J. M. (2020).

Bioinformatics of next generation sequencing in clinical microbiology diagnosis.
Revista Argentina de Microbiologia, 52(2), 150–161.
https://doi.org/10.1016/j.ram.2019.06.003

Md., S. S.-G., Diego-Álvarez, D., Buades, C., Romera-López, A., Pérez-

Cabornero, L., Valero-Hervás, D., Cantalapiedra, D., Bioinformatics, Felipe-Ponce,
V., Hernández-Poveda, G., José Roca, M., Casañs, C., Fernández-Pedrosa, V.,
M., C. C., C., Á. A., P., J. C. T., C., Ó. R., Marco, G., Gil, M., … Ballester, A.
(2015). Diagnóstico Molecular De Enfermedades Genéticas: Del Diagnóstico
Genético Al Diagnóstico Genómico Con La Secuenciación Masiva. Revista Médica
Clínica Las Condes, 26(4), 458–469. https://doi.org/10.1016/j.rmclc.2015.07.004

Moreno-Molina, M., Comas, I., & Furió, V. (2019). The Future of TB Resistance
Diagnosis: The Essentials on Whole Genome Sequencing and Rapid Testing
Methods. Archivos de Bronconeumologia, 55(8), 421–426.
https://doi.org/10.1016/j.arbres.2019.01.002

18
Murillo, E., Palacio-Rua, K., Afanador-Ayala, C., García-Correa, J. F., & Zuluaga,
A. F. (2022). Validación de una nueva estrategia para la identificación de variantes
de SARS-CoV-2 mediante secuenciación del gen espiga por Sanger.
Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica, xxxx.
https://doi.org/10.1016/j.eimc.2022.04.014

Ortiz-Cabrera, N. V., Gavela-Pérez, T., Mejorado-Molano, F. J., Santillán-Coello, J.

M., Villacampa-Aubá, J. M., Trujillo-Tiebas, M. J., & Soriano-Guillén, L. (2021).
Diagnostic yield of clinical exome sequencing in congenital hypogonadotropic
hypogonadism considering the degree of olfactory impairment. Anales de
Pediatria, xxxx, 1–8. https://doi.org/10.1016/j.anpedi.2021.01.020

Wei, S., Zhao, Y., Zhou, R., Lin, J., Su, T., Tong, H., & Wang, Z. (2022).
Chemosphere Biodegradation of polybutylene adipate-co-terephthalate by Priestia
following incubation in the soil. Chemosphere, 307(P1), 135700.
https://doi.org/10.1016/j.chemosphere.2022.135700

19