Estudio in silico de la biodegradación de contaminantes emergentes

derivados del ácido propiónico.

Angie Caroline Bedoya López1, Jhonny Leandro Cardona Correa2, Juana Valentina
Granada Henao3, Viviana Acevedo López4, Luis Felipe Restrepo Cobo5, Maribel Montoya
Garcia6, Hector Fabio Cortes Hernandez7, Hoover Albeiro Valencia Sanchez8.

Resumen del proyecto:

Los contaminantes emergentes (CE) son sustancias químicas que se liberan en el medio
ambiente y no cuenta con regulación establecidas por el ente de control. Entre los CE, se
pueden encontrar productos farmacéuticos, aditivos alimentarios, productos de aseo, entre
otros compuestos encontrados principalmente en cuerpos hídricos por desarrollo de
actividades humanas, algunos de ellos en muy pequeñas cantidades pueden causar
toxicidad, alteraciones en la salud humana, en la flora y fauna acuática. Cabe resaltar, que
la industria farmacéutica contiene una gran cantidad de compuestos que no cuentan con
regulación para el vertimiento en aguas, estos compuestos pueden persistir y pasar
inadvertidos porque no se contemplan en la normativa. Es por ello, que esta propuesta de
investigación pretende evaluar la biodegradabilidad de los contaminantes emergentes
derivados del acidó propiónico (según el código ATC) como son: ibuprofeno, naproxeno,
entre otros, de forma in silico con enzimas lacasas y peroxidasas que son ampliamente
utilizadas en la biorremediación de aguas contaminadas. El estudio iniciara con un análisis
bibliográfico y bibliométrico para enfocar el trabajo de investigación, luego se realizarán
cálculos de optimización de geometría, y propiedades moleculares utilizando el funcional
wB97XD/6-311++(d,p) mediante el software Gaussian 16 para las estructuras derivadas del
acidó propiónico, posteriormente con las estructuras optimizadas se realizará un
acoplamiento molecular con el software autodock 4.2.6 para observar la interacción con el
receptor, procedimiento que provee la información acerca de las interacciones y los sitios
activos del acoplamiento proteína-ligando entre el receptor con las enzimas lacasas y
peroxidasas de forma independiente. A partir de los resultados obtenidos en la propuesta de
investigación analizaremos las interacciones entre los contaminantes y las enzimas
evaluadas para suministrar información relevante en la predicción de la posible
biodegradabilidad de estos compuestos y llevar a cabo en un futuro metodologías
experimentales para realizar el estudio práctico.
Palabras claves: Derivado de ácido propiónico, contaminantes emergentes, lacasa,
peroxidasa, acoplamiento molecular.
Planteamiento de la pregunta o problema de investigación:
En estudios de contaminantes emergentes derivados de compuestos farmacológicos, se han
encontrado en mayor cantidad a nivel mundial en aguas de diferentes tipos los analgésicos
y antinflamatorios (al igual que antibióticos y antihipertensivos), que hacen parte los
derivados de ácido propiónico (1). Una alternativa que se utiliza para tratar estos
contaminantes emergentes son procesos de adsorción, procesos avanzados de oxidación,
tratamientos bilógicos entre otros, estos últimos tienen resultados con alta efectividad, pero
generan alto costo en los ensayos previos a la optimización del proceso (2), entre las
macromoléculas más estudiadas a nivel experimental se encuentran las lacasas y peroxidas
(3). Por esta razón, en la actualidad se han propuestos metodologías in silico, utilizando el
acoplamiento molecular para estudiar el mecanismo de biodegradación antes de realizar
estudios en laboratorio. De hecho, contaminantes como los fenoles, BTEX (benceno,
tolueno, etilbenceno y xilenos), nitrilo, hidrocarburos aromáticos policíclicos (HAP) y
polímeros altos (por ejemplo, lignina y celulosa) han tenido altas correlaciones entre los
análisis teóricos y experimentales (4).
Por lo anterior, en el presente proyecto se plantea la siguiente pregunta de investigación:
¿Qué parámetros estructurales y tipos de interacción deben tener las lacasas y peroxidasas
con los derivados del ácido propiónico para explicar el mecanismo de degradación por
medio del acoplamiento molecular?
Justificación
Según datos del DANE, el índice de productibilidad industrial en marzo del 2021 presentó
una variación positiva del 20,7% para la industria manufacturera. En este tipo de industria
se encuentra el sector farmacéutico que presento una variación positiva del índice de
productibilidad industrial en 9,4 % en el mismo periodo de tiempo (5), lo que corresponde a
una mayor actividad industrial de este sector y, por ende, aumento de la presencia de
productos químicos farmacéuticos y sus derivados en aguas residuales que se obtienen de
los procesos de lavados de los equipos, limpieza de envases, fabricación o producción de
medicamentos (6).
En estudios de análisis de aguas residuales, superficiales y potables se han encontrado
presencia de analgésicos, antihipertensivos, anticonvulsivos, antimicrobianos,
antiinflamatorios, antibióticos y entre otros (considerados contaminantes emergentes),
debido a la eliminación de la excreción humana, productos farmacéuticos y agrícolas no
utilizados (1). Este problema de salud pública se ha evidenciado porque las PTAR (Plantas
de Tratamiento de Aguas Residuales) no retienen estos compuestos en su proceso de
purificación de agua, de igual manera, falta regulaciones para el desecho de los compuestos
en aguas. Además, en investigaciones de adsorción, difusión y propiedades fisicoquímicas
de algunos fármacos con diferentes tipos de suelos han demostrado que llegar a aguas
subterráneas y acuíferos para afectar el ecosistema (7).
Para el tratamiento de los contaminantes emergentes resultantes en los diferentes elementos
abióticos se han encontrado diversas alternativas físicas, químicas, biológicas, entre otras,
un procedimiento muy importante con pocos efectos secundarios es el tratamiento
biológico denominado biodegradación que utiliza microorganismos para el tratamiento de
los compuestos. En los microorganismos el proceso esta direccionado por enzimas,
proteínas o alguna macromolécula encontrada en sus células. Para estos tipos de
compuestos las enzimas lacasas y peroxidasas tienen diversos trabajos experimentales e in
silico, que proponen como alternativa para utilizar en los estudios de la biodegradación (3).
Es por ello, que en este proyecto de investigación se pretende hacer una búsqueda inicial de
información para luego realizar procesos de simulación por métodos de química cuántica
computacional, y de acoplamiento molecular para proponer una metodología previa al
experimento que conlleve al análisis de la degradación de sustancias, y evaluación en los
derivados del ácido propiónico que no son analizados en el recurso hídrico de nuestra
región.

Objetivo General:
Estudiar la biodegradación de contaminantes emergentes derivados del ácido propiónico
por métodos in silico.
Objetivos Específicos:
- Realizar un análisis bibliográfico y bibliométrico de la biodegradación de moléculas
derivadas del ácido propiónico con las enzimas lacasas y peroxidasas, para seleccionar las
estructuras y la fuente del microorganismo en el acoplamiento molecular.
- Analizar las estructuras optimizadas a un mínimo local, propiedades moleculares y
descriptores de reactividad de los derivados del ácido propiónico en relación con las
posibles interacciones intermoleculares por medio de cálculos de la Teoría de los
Funcionales de la Densidad (DFT).
- Determinar los sitios activos de la interacción entre el acoplamiento molecular de las
enzimas lacasas y peroxidasas con estructuras optimizadas derivadas del ácido propiónico.
- Proponer la posible biodegradabilidad por medio del mecanismo de degradación del
acoplamiento entre las enzimas lacasas y peroxidasas con estructuras optimizadas derivadas
del ácido propiónico.
Referente teórico
Desde hace muchos años, el uso desmedido sobre todo de pesticidas presentó desde hace
décadas problemas a la salud y al ecosistema. En el tiempo presente, además de los
agroquímicos, la industria alimentaria, farmacéutica y de aseo, principalmente, han
originado la presencia de una gran cantidad de compuestos en suelos y agua, originados por
la actividad humana (“contaminantes emergentes”) (8). La mayoría de estas moléculas,
debido a su toxicidad y persistencia no son completamente eliminadas por lo métodos
convencionales de desinfección como son los procesos químicos, físicos o biológicos. Un
ejemplo de estos contaminantes es el ibuprofeno. Este medicamento es ampliamente
consumido en el mundo entero y la base del riesgo de su presencia es su proceso de
transformación en el ambiente según lo dice Chopra S, et al 2020 (9). Otros medicamentos
presentes son: el gemfibrozil y el diclofenaco (9), N,N-dietil-m-toluamida principio de los
repelentes de insectos (10), cafeína, nicotina, amoxicilina (11), drogas ilícitas como
metanfetaminas (12), hormonas como la estrona (13), p-cresol y tilosina (14), éteres
difenilos polibromados (PBDEs siglas en inglés) (15). La lista llega a cientos de estos
contaminantes como lo publica Calvo-Flores J, et al 2018 en su libro Emerging Pollutants
(14). El docking molecular es una técnica bioinformática muy usada para evaluar
interacciones entre macromoléculas y ligandos. Entre estos estudios principalmente, se ha
usado la evaluación de nuevas moléculas de medicamentos en su actividad biológica (16–
20), también se ha usado para evaluar toxicidad (21) y biodegradabilidad (22–25). En
cuanto a la evaluación por medio de docking para aplicaciones en biodegradabilidad, se han
usado macromoléculas como Lacasas, manganeso peroxidasas, Horseradish peroxidasa,
lignino peroxidasa, naftaleno peroxidasa, diogenasas, tolueno dioxidasa, amilasa, nitrilasa,
glucosidasa, azoreductasa (22,23), etc. Estas moléculas son provenientes principalmente de
microorganismos como: pseudomonas spp, acinobacteri spp, Nocardia globerulla, Bacillus
spp, Trametes spp, Amycolaptosis spp, Bacillus subtilis spp, Agrobacterium spp,
Phanerochaete spp, etc (22). Srinivasan,S et al 2019, usó Aeromonas hydrophila y
Lysinibacillus sphaericus para estudiar la biodegradabilidad de tintes usados en la industria
textil mediante el docking molecular (23). Específicamente evaluó la interacción de los
colorantes con las enzimas lacasa y manganeso peroxidasa provenientes de estos dos
microorganísmos, encontrando que pueden degradar gran parte de los colorantes usados,
proporcionando una herramienta para el posterior estudio en vivo de la actividad de estos
microorganísmos sobre colorantes textiles. Por medio del estado del arte se puede verificar
que es posible evaluar la biodegradabilidad de compuestos denominados “contaminantes
emergentes” usando docking molecular para proporcionar una depuración previa a los
estudios en vivo en biorreactores y proponer alternativas de desintoxicación para los
compuestos que resulten no biodegradables.
Metodología
El proyecto de investigación se realizará en 4 etapas, donde intervienen los 3 estudiantes
del semillero de investigación.
Etapa 1 (análisis bibliográfico): Para la ejecución del análisis bibliográfico se realizará la
revisión en 3 fases: búsqueda de información (identificación de palabras claves; selección
de diferentes bases de datos o portales de búsqueda, elaboración de la ecuación
bibliométrica), organización de la información (criterios de inclusión y exclusión,
calificación y selección de la información) y análisis de la información (metaanálisis) para
seleccionar las estructuras a estudiar y la fuente del microorganismo de las
macromoléculas.
Etapa 2 (cálculos DFT): Se optimizarán los estructuras seleccionadas de los derivados de
ácido propiónico (etapa 1) con el nivel de teoría wB97XD/6-311++G(d,p) que incluye
correlaciones de largo alcance con el software Gaussian 16. Los resultados de las
optimizaciones servirán para analizar las propiedades estructurales, electrónicas y
energéticas de los derivados de ácido propiónico, además, con las poblaciones NBO,
potencial electrostático y, orbitales moleculares de las estructuras neutras, cationes y
aniones de determinará los índices de reactividad de Fukui y descriptores de reactividad
global y local para los derivados de ácido propiónico seleccionados.
Etapa 3 (acoplamiento molecular): Las enzimas seleccionadas (etapa 1) se obtendrá de la
base de datos “Protein Data Bank”, con la macromolécula seleccionada y las estructuras
optimizadas de los derivados de ácido propiónico por cálculos DFT en la etapa 2, se
preparará e identificará los sectores de evaluación del acoplamiento mediante el software
gráfico de AutoDockTools-1.5.7. La interacción se realizará con AutotoDock 4.2.6 y se
visualizará con Chimera 1.15. La identificación de los sectores de acoplamiento de los
derivados de ácido propiónico se definirá en coordenadas tridimensionales (GridBox)
construyendo diferentes cajas en cada enzima de forma independiente. Para el acoplamiento
basado en campos de fuerza que integra las interacciones de fuerzas de Coulomb y de Van
Der Waals, se utilizarán los criterios de punto de corte (cutoff) de 0.4 a 1.0 Å y valores de
margen de tolerancia (allowance) de 0.2 a 0.6 Å.
Etapa 4 (interpretación): Realizado el acoplamiento molecular para todas las moléculas
seleccionadas y con cada macromolécula, se analizará las interacciones moleculares como:
enlaces de hidrógeno, interacción π-π, fuerzas de Vander Waals, interacción hidrofóbica,
interacción iónica, entre otras. Por medio de estos análisis se establecerá la potencial
biodegradabilidad de cada molécula analizada incluyendo cual o cuales enzimas poseen la
capacidad de la degradación.
Resultados esperados
Se espera obtener del proyecto el informe técnico donde se relacionará los resultados de la
investigación y sus conclusiones, del cual se destaca la clasificación de los contaminantes
estudiados como biodegradables o no biodegradables. Igualmente, se obtendrá una
descripción de cuáles son las enzimas provenientes de microorganísmos que podrán
degradar estos contaminantes. Se espera llevar estos resultados a un evento científico para
su divulgación mediante ponencia por parte de los alumnos del semillero. También se
espera realizar una publicación con los resultados de la investigación.
Resultados obtenidos
Para iniciar la investigación se procedió a hacer un análisis bibliométrico que consiste en
varias etapas, en la primera fase se delimito el problema para la búsqueda de información,
en la segunda parte se busca la información, iniciando con identificación de tesauros para
llegar a las palabras claves, en este momento se encuentra buscando la mejor ecuación
bibliométrica con operadores booleanos que nos ayuden a obtener los mejores resultados.

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