Creada como Provincia Autónoma (1 de julio de 1829), a cargo de un
gobernador y con el mismo territorio que tuvieron los antiguos Corregimiento y Partido de Atakama en la época colonial; su capital administrativa estuvo en el Puerto de Cobija (rebautizado por Bolívar el 28 de julio de 1825 como Puerto Lámar). En homenaje al Gral. Lámar. En 1839 el Presidente Velasco elevó al rango de Departamento desempeñando desde entonces los prefectos su máxima autoridad; se mantuvo dividido en las mismas dos provincias coloniales: Atakama "la Alta" y Atakama "la Baja"; la primera mantuvo su capital en San Pedro de Atakama, con la agricultura como su actividad principal; en la segunda, en cambio, la capitalía se trasladó de Chiu-Chiu a Cobija región hegemónica durante la República, por estar ubicada en la costa y poseer mayores riquezas naturales. Si durante los primeros años republicanos ningún país vecino demostró interés por ese territorio, desde 1840, la explotación del "wanu" adquirió un valor económico mundial de primer orden originando profundas transformaciones en Bolivia y Perú y el interés de Chile para su usurpación; en 1857 se inició la exploración de un nuevo recurso natural (el salitre), cuyo aprovechamiento benefició a empresarios chilenos e ingleses asociados en la "Compañía de Salitres y Ferrocarriles de Antofagasta"; otros empresarios chilenos e ingleses desde los años 60 explotaron la plata de Caracoles. La explotación de esas riquezas dio lugar al desarrollo de tres nuevos puertos (Mejillones, Tocopilla y Antofagasta). Desde la destrucción de Cobija por un terremoto (1877), la capital departamental pasó a Antofagasta. Su economía la más penetrada por capitales extranjeros puso más de manifiesto la desintegración nacional y falta de visión para la utilización de sus recursos naturales; ambas circunstancias condujeron a la pérdida del acceso al mar (1879).