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Módulo 1: Introducción
Unidad 2: Ecuación de Poisson
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Presentación:
La plataforma de Fenics es programable mediante el lenguaje de programación de
python, por lo que debemos aprender mínimamente los aspectos básicos del lenguaje y la
aplicación de las librerías más utilizadas de forma de poder iniciar a trabajar (dado que no
es un curso de python a medida que se haga necesario iremos introduciendo los
conceptos del lenguaje). Como paso previo y de forma de ver una aplicación luego del
arduo esfuerzo de instalación, vamos a ver como utilizar Fenics para resolver la ecuación
de Poisson.
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Objetivos:
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Bloques temáticos:
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Es importante que todos los participantes realicen algunas de las actividades sugeridas y
compartan en los foros los resultados obtenidos.
El carácter constructivista y colaborativo del MEC nos exige que todas las actividades
realizadas por los participantes sean compartidas en los foros.
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Tomen nota
Las actividades son opcionales y pueden realizarse en forma individual, pero siempre es
deseable que se las realice en equipo, con la finalidad de estimular y favorecer el trabajo
colaborativo y el aprendizaje entre pares. Tenga en cuenta que, si bien las actividades
son opcionales, su realización
alización es de vital importancia para el logro de los objetivos de
aprendizaje de esta instancia de formación. Si su tiempo no le permite realizar todas las
actividades, por lo menos realice alguna, es fundamental que lo haga. Si cada uno de los
participantes
ntes realiza alguna, el foro, que es una instancia clave en este tipo de cursos,
tendrá una actividad muy enriquecedora.
Asimismo, también tengan en cuenta cuando trabajen en la Web, que en ella hay de todo,
cosas excelentes, muy buenas, buenas, regula regulares,
res, malas y muy malas. Por eso, es
necesario aplicar filtros críticos para que las investigaciones y búsquedas se encaminen a
la excelencia. Si tienen dudas con alguno de los datos recolectados, no dejen de consultar
al profesor-tutor.
tutor. También aprovechen en el foro proactivo las opiniones de sus
compañeros de curso y colegas.
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Aquí:
● Ω es el espacio de dominio.
Repaso:
𝜕 𝑢 𝜕 𝑢 𝜕 𝑢
𝛻
𝛻. 𝛻𝑢 = 𝛻 𝑢 = + +
𝜕𝑥 𝜕𝑦 𝜕𝑧
En coordenadas polares como:
𝜕 𝑢 𝜕 𝑢 𝜕 𝑢
𝛻
𝛻. 𝛻𝑢 = 𝛻 𝑢 = + +
𝜕𝑟 𝜕𝜃 𝜕𝑧
En coordenadas esféricas como:
.
𝜕 𝑢 𝜕 𝑢 1 𝜕 𝑢 2 𝜕𝑢 𝑐𝑜𝑡𝜃 𝜕𝑢
𝛻. 𝛻𝑢 = 𝛻 𝑢 = + + + +
𝜕𝑟 𝜕𝜃 𝑟 𝑠𝑖𝑛 𝜃 𝜕∅ 𝑟 𝜕𝑟 𝑟 𝜕𝜃
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− − = 𝑓(𝑥, 𝑦) (Ecuación 3)
Obviamente aquí “u” es una función dependiente de dos variables u(x,y) definida sobre el
espacio de dos dimensiones Ω
Ω.
● Conducción de calor
● Electrostática
● Difusión de sustancias
Para resolver este tipo de ecuaciones en Fenics, debemos realizar los siguientes pasos:
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términos con derivadas de segundo orden. A la función ““u”” se la suele llamar de prueba o
trial.
Multiplicando
plicando nuestra ecuación por la función testigo e integrando en el dominio nos
queda:
−∫ (𝛻 𝑢)𝑣 𝑑𝑥 = ∫ 𝑓𝑣 𝑑𝑥 (Ecuación 4)
Una regla habitual es tratar de mantener el orden de derivación de “u” y “v” lo más bajo
posible. Aquí tenemos una derivada espacial de segundo orden en “u”, que podemos
transformar en derivadas de primer orden en “u” y “v” mediante la integración por partes
de la siguiente manera:
En donde:
= 𝛻𝑢. 𝑛 = g
Nos queda
∫ 𝛻𝑢. 𝛻𝑣 𝑑𝑥 = ∫ 𝑓𝑣 𝑑𝑥 + ∫ 𝑔𝑣 𝑑𝑠 (Ecuación 6)
𝑎(𝑢, 𝑣) = 𝐿(𝑣)
Nota:: El nombre bilineal deriva del hecho que, cuando se fija cualquiera de las variables,
la función resulta lineal en la otra.
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𝐿(𝑣) = ∫ 𝑓𝑣 𝑑𝑥 + ∫ 𝑔𝑣 𝑑𝑠 (Ecuación 8)
∫ 𝛻𝑢. 𝛻𝑣 𝑑𝑥 = ∫ 𝑓𝑣 𝑑𝑥 (Ecuación 9)
Si requerimos que esta ecuación se mantenga para toda función testigo v en algún
espacio adecuado 𝑉 , que llamaremos espacio testigo, obtenemos un problema
matemático bien definido que determina de forma única la solución u que se encuentra en
algún espacio de función (pos
(posiblemente
iblemente diferente) V, que llamaremos de prueba.
Nota: La ecuación 9 se denomina como la forma débil o variacional del problema del valor
límite original expresado por las ecuaciones 1 y 2. De esta forma, nuestro problema se
puede definir como encontrar la función u ∈ V tal que:
En donde:
𝑉 = {𝑣 ∈ 𝐻 (𝛺): 𝑣 = 𝑣 𝑒𝑛 𝜕Ω }
𝑉 = {𝑣 ∈ 𝐻 (𝛺): 𝑣 = 0 𝑒𝑛 𝜕Ω }
continuas, pero el espacio Sobolev H1 (Ω) permite funciones con derivados discontinuos.
Este requisito de continuidad más débil de u en la declaración variable (Ecuación 9), como
resultado de la integración por pa
partes,
rtes, tiene grandes consecuencias prácticas cuando se
trata de construir espacios de funciones de elementos finitos. En particular, permite el uso
de espacios de funciones polinomiales por partes; es decir, espacios funcionales
construidos uniendo funcione
funciones
s polinómicas en dominios simples como intervalos,
triángulos o tetraedros.
∫ 𝑢 . 𝛻𝑣 𝑑𝑥 = ∫ 𝑓𝑣 𝑑𝑥 ∀𝑣 ∈ 𝑉 ⊂ 𝑉 (Ecuación 11)
Este tipo de problemas variacionales son los que Fenics puede resolver.
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Variables
Para comenzar, indicaremos que en python a diferencia de otros lenguajes de
programación, debemos tener presente que todos los elementos que manejamos, desde
variables, funciones, archivos, bases de datos, etc, son considerados objetos. Cuando
creamos una variable, esta apunta a un objeto que puede ser de diferentes tipos, por
ejemplo para indicar una variable que guarda un número entero, debemos especificar:
1. Un nombre (variable1)
variable1 = 7
2 – Se crea un objeto
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Enteros:
variable1 = 7
Strings:
variable1 = “7”
Listas de datos:
Nota:: Las listas son colecciones de objetos, indicados entre corchetes y separados por
comas, cada objeto en sí puede ser de cualquier tipo, incluso podemos anidar listas
dentro de listas.
Nota 2:: Las listas no son arrays, por lo que no podemos trabajar con matrices como lo
haríamos en álgebra lineal. Para trabajar con arrays, necesitamos importar una librería de
python llamada “numpy” que nos permite expandir las funcionalidades de python con este
tipo de objetos.
Nota 3:: Otros tipos de objetos como diccionarios, tuplas, sets, no será utilizados por ahora
por lo que no tiene sentido introducirlos aquí, si el alumno necesita puede preguntar
mediante la plataforma y en cada caso sol solicitado,
icitado, se brindará una respuesta
complementaria.
Nota 4:: Para imprimir el valor en pantalla se puede utilizar la rutina de python “print”
indicando entre paréntesis lo que quiero mostrar, de la siguiente forma:
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print(variable1)
Uso de Librerías
Python trae muchas librerías que podemos utilizar directamente, pero en el caso de que
queramos agregar una librería de terceros, simplemente abrimos el cmd y mediante el
comando “pip install” (en Linux utilizamos pip3) lo instalamos en la distribución de python
que estamos utilizando en nuestro sistema operativo. Por ejemplo si queremos instalar la
librería “numpy” para trabajar con matrices, lo realizamos de la siguiente manera:
Una vez que la libreria está instalada, las podemos importar desde nuestros programas
mediante el prefijo “import”, e incluso podemos cambiarle el nombre con el que vamos a
trabajar dentro del programa mediante la palabra “as” de la siguiente manera. Para ver un
ejemplo, extendamos python con objetos de array de numpy y creemos una matriz de 3
filas por 4 columnas:
1 import numpy as np
2 A = np.array([[1, 2, 3, 4], [5, 6, 7, 8], [9,10, 11, 12]])
Para crear un array podemos utilizar la rutina “array” con notación de punto a partir de
“np” y declarar dentro la matriz de datos, indicando cada fila entre corchetes, como si se
tratara de una lista anidada.
Funciones
Las variables
les se utilizan para almacenar información, en cambio las funciones se utilizan
para realizar algo, como por ejemplo sumar, restar, establecer movimientos complejos de
objetos, etc.
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1 def printer(mensaje):
2 print('hola' + mensaje)
printer(“Hola Mundo”)
Uso de return
El uso de return es similar a otros lenguajes de programación, en donde se utiliza para
retornar un valor que luego pueda llegar a ser utilizado en otra parte del código u otras
funciones. En el siguiente caso, el valor retornado es guardado dentro de la var
variable a y
luego se imprime a.
1 def printer(mensaje):
2 return mensaje
3
4 a = printer("Hola Mundo")
5 print(a)
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Este tipo de programación se basa en cuatro técnicas principales, sin contar la herencia
de la cual trataremos más adelante, y son: abstracción , polimorfismo, acoplamiento
(principio de ocultación)) y encapsulamiento
encapsulamiento.
Pensar en términos de objetos es muy parecido a cómo lo haríamos en la vida real. Por
ejemplo vamos a pensar en un coche para tratar de modelizarlo en un esquema de POO.
Diríamos que el coche es el elemento principal que tiene una serie de características,
como podrían ser el color, el modelo o la marca. Además tiene una serie de
funcionalidades asociadas, como pueden ser ponerse en marcha, parar o estacionar.
Puess en un esquema POO el coche sería el objeto, las propiedades (atributo o variable)
serían las características como el color o el modelo y los métodos (operaciones o
funciones) serían las funcionalidades asociadas como ponerse en marcha o parar.
Vale aclarar,
rar, que los objetos son únicos, no existen dos objetos iguales, de la misma
forma que no existen dos personas iguales, por más que sean mellizos o en el mundo de
hoy, un clon, cada objeto es único.
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class PrimerClase:
atributo1 = 2
objeto = PrimerClase()
print(objeto.atributo1)
A continuación para crear un objeto de dicha clase se llama a la clase de forma similar a
cómoo llamaríamos a una función, es decir por su nombre seguido de paréntesis:
objeto = PrimerClase()
Para poder acceder al atributo definido dentro de la clase lo podemos hacer mediante lo
que se denomina notación de punto, es decir escribir el nombre del o
objeto,
bjeto, luego un punto
y luego el atributo al cual hacemos referencia:
objeto.atributo1
Método __init__().
Cuando trabajamos con programación orientada a objetos POO, una de las cosas más
importantes a tener en cuenta, es la forma en que creamos dichos objetos. Como
veremos un poco más adelante la forma correcta de crear los objetos es mediante la
utilización de un método (función) __init__ el cual es un método reservado de Python que
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usoDeSelf.py
class Persona(object):
def __init__( self,, nombre, edad, sexo ):
self.nombre = nombre
self.edad = edad
self.sexo = sexo
print(self.nombre)
objeto.datos(100)
Vemos que el constructor permite establecer tres variables de instancia (nombre, edad y
sexo) las cuales son asignadas mediante:
self.nombre = nombre
self.edad = edad
self.sexo = sexo
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y como segundo componente un atributo (salario) que debe ser pasado por la invocación
del método a partir del objeto instanciado.
objeto.datos(100)
Variables de clase
Las variables de clase no están asociadas a una instancia en particular, sino directamente
a la clase, es correcto declararlas inmediatamente después del establecimiento del
nombre de la clase. En el eje
ejemplo
mplo dado a continuación la variable “empresa” puede ser
invocada tanto a partir de una instancia:
print(objeto.empresa)
print(Persona.empresa)
variablesDeClase.py
class Persona(object):
empresa = "Empresa1"
def __init__( self, nombre, edad, sexo ):
self.nombre = nombre
self.edad = edad
self.sexo = sexo
print(self.nombre)
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print(objeto.empresa)
print(objeto.edad)
metodosDeClase.py
class Persona(object):
@classmethod
def imprimir(cls, parametro1):
print(parametro1)
metodosEstaticos.py
class Persona(object):
@staticmethod
def imprimir(parametro1):
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print(parametro1)
objeto = Persona()
objeto.imprimir("valor del parámetro 1")
{𝑢 (𝑥, 𝑦) = 1 + 𝑥 + 𝑦 𝑓(𝑥, 𝑦) = −6
Paso 1
Ejecutamos jupyter y abrimos una hoja nueva de python, como primera línea de código
escribiremos:
Paso 2
Luego de importar la librería podemos crear una malla elementos finitos formada por 8
por 8 cuadrados divididos en dos, lo cual da un total de 128 celdas, mediante el uso de la
rutina
na “UnitSquareMesh()” y guardamos la información dentro de la variable “mesh”.
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plot(mesh)
Fenics soporta todas las familias simples de la tabla periódica de elementos finitos con su
notación. Esta es una tabla clasificada de forma similar a los elementos de la tabla
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periódica de elementos químicos. Esta tabla esta como pdf de descarga en esta unidad y
se puede encontrar una referencia completa en: http://femtable.org/
PASO 3
Ahora que tenemos la malla de elementos a utilizar podemos crear la función espacial V,
mediante la rutina “FunctionSpace() la cual p
posee tres parámetros:
V = FunctionSpace(mesh, "Lagrange", 1)
También es equivalente utilizar para esta familia la forma resumida mediante la letra “P”:
V = FunctionSpace(mesh, ‘P’, 1)
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segundo parámetro a "DP" crea un espacio de funciones para los métodos discontinuos
de Galerkin.
PASO 4
En matemáticas, distinguimos entre los espacios de testigo y de prueba V y 𝑉 . La única
diferencia en el presente problema son las condiciones de contorno. En Fenics no
especificamos las condiciones de contorno como parte del espacio de funciones, por lo
que es suficiente trabajar con un espacio común V para las funciones testigo y de prueba
en el programa:
u = TrialFunction(V)
v = TestFunction(V)
PASO 5
Ahora podemos considerar las condiciones de borde de Dirichlet, las cuales vienen
representadas por:
Donde:
● u_D es una expresión que define los valores de la solución de borde. Puede ser
expresada como u_D = Expression(formula, degree=1) , en donde la fórmula
debe ser escrita según nomenclatura de C++.
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1+𝑥 +𝑦
La cual representaremos como:
𝑥 = 𝑥[0]
𝑦 = 𝑥[1]
𝑧 = 𝑥[2]
Una alternativa a la sintaxis anterior sería:
1 + 𝑝𝑜𝑤(𝑥[0], 2) + 2 ∗ 𝑝𝑜𝑤(𝑥[1], 2)
● boundary es una función (u objeto) que define qué puntos pertenecen al límite.
Esta función debe retornar verdadero “True” si el punto considerado se encuentra
dentro del límite de Dirichlet y falso “False” en caso contrario. Debido a errores de
redondeo se suele especificar la condición de borde x = 0 e x = 1 como x<epsilon
e x>1-epsilon.. El valor de épsilon es del orden de la precisión del equipo que
utilizamos y es representado como DOLFIN_EPS según se muestra a
continuación:
def boundary(x):
return x[0] < DOLFIN_EPS or x[1] < DOLFIN_EPS or x[0] > 1.0 - DOLFIN_EPS
or x[1] > 1.0 - DOLFIN_EPS
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PASO 6
Ahora podemos expresar el resto de nuestros parámetros f, 𝑎(𝑢, 𝑣) y 𝐿(𝑣)
𝐿
f = Constant(-6.0)
a = dot(grad(u), grad(v))*dx
L = f*v*dx
PASO 7
Ahora, hemos especificado las formas variacionales y podemos considerar la solución del
problema variacional. Primero, necesitamos definir una “Function” u para representar la
solución. (Tras la inicialización, simplemente se establece en la función cero). Una
“Function” representa una función que vive en un espacio de funciones de elementos
finitos. A continuación, podemos llamar a la función de resolución con los argumentos a
== L, u y bc de la siguiente manera:
u = Function(V)
solve(a == L, u, bc)
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PASO 8
Para visualizar el resultado podemos utilizar la función plot() sobre u:
plot(u)
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Lo que vimos:
● En el transcurso de esta unidad hemos visto las bases que necesitamos para
comprender el código de python y cómo aplicar Fenics para resolver la ecuación de
Poisson.
Lo que viene:
● En la siguiente unidad veremos cómo aplicar Fenics a la resolución de problemas
dependientes del tiempo mediante el análisis de la ecuación del calor y su
resolución.
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