Mutaciones colaterales tras la edición del genoma mediante CRISPR

Publicado el 6 de junio del 2017

La edición del genoma mediante el sistema CRISPR puede causar cientos de
mutaciones no deseadas en el ADN, concluye un reciente estudio de la
Universidad de Columbia, publicado recientemente en Nature Methods, que no
ha tardado en ser cuestionado por la comunidad científica.
La tecnología CRISPR se ha revelado en los últimos años como un prometedor
método para editar el genoma de forma específica. La sencillez del sistema,
constituido por dos componentes, una enzima que corta el ADN y una molécula
de ARN que guía a la enzima hacia la región del ADN a modificar, es parte de
su versatilidad y potencial. No obstante, como en otros métodos para editar el
ADN, una de las mayores preocupaciones acerca de CRISPR es la posibilidad
de que además del cambio deseado se produzcan otros no intencionados, que
puedan tener consecuencias sobre la célula u organismo modificado. Este
aspecto es especialmente relevante si se plantea utilizar CRISPR con fines
terapéuticos, para corregir mutaciones responsables de enfermedades.
Hasta el momento diferentes estudios habían analizado mediante
secuenciación del genoma completo la introducción de cambios no deseados
en el ADN por parte de CRISPR en diferentes sistemas. Sin embargo, en el
caso de organismos completos no se había evaluado todavía la introducción de
cambios que afectaran a un único nucleótido.
En el nuevo trabajo, los investigadores secuencian al completo los genomas de
dos ratones modificados mediante el sistema CRISPR para reparar una
enfermedad genética. Al analizar las secuencias y compararlas con un ratón
control el equipo encontró que la tasa de mutaciones de los ratones
modificados era mayor que la esperada por mutaciones espontáneas. Los dos
ratones modificados presentaban más de 1.700 mutaciones, principalmente
cambios en un único nucleótido, aunque también inserciones y deleciones. De
ellas, cerca de 1.400 eran compartidas entre ambos animales modificados, lo
que apunta a que no se produjeron de forma aleatoria. Además, las regiones
donde ocurrieron los cambios no presentaban similitud con los ARN guía
utilizado.
Sorprendentemente, ninguna de las mutaciones identificadas se encontraba
entre las 50 con mayor probabilidad de ocurrir según los algoritmos de
predicción habituales. Estos algoritmos evalúan si el ARN que actúa como guía
puede unirse a regiones no deseadas del genoma y provocar mutaciones no
deseadas. Sin embargo su capacidad es limitada, como demuestra el nuevo
trabajo.

A la luz de los resultados, y teniendo en cuenta que los primeros ensayos de

CRISPR en humanos ya están en marcha, los investigadores concluyen que
antes de que CRISPR pueda ser utilizado sin riesgo en un escenario clínico es
necesario aumentar más la fidelidad de CRISPR para reducir la generación de
mutaciones colaterales. Además, recomiendan utilizar secuenciación del
genoma completo para determinar la presencia de mutaciones no deseadas
cuando se utilice CRISPR.
“Sentimos que es crítico que la comunidad científica considere los peligros
potenciales de todas las mutaciones colaterales causadas por CRISPR,
incluyendo las mutaciones en un único nucleótido y las mutaciones en las
regiones no codificantes del genoma,” apunta Stephen Tsang, profesor en el
Instituto de Medicina Genómica en la Universidad de Columbia y uno de los
autores del trabajo. “Los investigadores que no utilizan secuenciación del
genoma completo para descubrir los efectos colaterales podrían estar
perdiendo mutaciones potencialmente importantes. Incluso un cambio en un
único nucleótido puede tener un gran impacto.”
El trabajo ha recibido muchas críticas por parte de la comunidad científica
especializada en la utilización de CRISPR como método para modificar el
genoma y la credibilidad de los resultados ha sido cuestionada al presentarse
otras posibles causas independientes de CRISPR que podrían haber llevado a
la aparición de los cambios modificados. El método CRISPR utilizado no es el
habitual y algunos de los componentes podrían haber generado el elevado
número de mutaciones, no observadas previamente por otros equipos que
llevan utilizando CRISPR desde hace años. No obstante el daño mediático está
hecho: algunas empresas relacionadas con la tecnología CRISPR han perdido
parte de su valor al cuestionarse el potencial de la tecnología como
aproximación terapéutica.

La plasticidad de los macrófagos repara tejidos del pulmón e hígado

26 de junio 2017
La plasticidad de los macrófagos –células del sistema inmunitario localizadas
en los tejidos– permite a estos desempeñar un papel central en la
amortiguación de la inflamación y reparación de tejidos, según una
investigación internacional encabezada por la Universidad Complutense de
Madrid (España) y las Universidades de Manchester y Edimburgo, y que se
acaba de publicar en un número especial de Science dedicado al estudio de
reparación y remodelación de tejidos.
El trabajo muestra cómo los amplificadores locales de la activación de
macrófagos, mediada por el receptor IL-4Rα, promueven la reparación de
tejidos del pulmón, de la cavidad peritoneal y del hígado tras la infección por
parásitos o bacterias patógenas.
“Estos resultados amplían nuestra comprensión sobre la plasticidad de los
macrófagos, demostrando que estas células integran señales específicas de
tejido necesarias para activar el programa de reparación”, explica Cristina
Casals, investigadora del departamento de Bioquímica y Biología Molecular I
de la UCM y miembro del CIBER de Enfermedades Respiratorias.
En el pulmón, la señal local es una molécula llamada proteína del surfactante A
(SP-A), componente importante de una sustancia lipoproteica, presente en los
alvéolos, que evita que el pulmón colapse cuando exhalamos. En otros lugares,
como la cavidad peritoneal y el hígado, el amplificador local es una proteína
llamada C1q, que es estructuralmente similar a la SP-A y forma parte de
nuestro sistema inmunitario innato.
Las citoquinas implicadas en el proceso de reparación (IL-4/IL-13), a través de
su receptor IL-4Rα, incrementan la producción de estos amplificadores locales
(SP-A y C1q) por las células del tejido correspondiente y la expresión del
receptor de SP-A y C1q (myosin 18A) en macrófagos.
Este sistema de amplificación permite la activación efectiva de los macrófagos
para frenar la lesión y favorecer la reparación del tejido después de la infección
con parásitos o bacterias patógenas.
El estudio también indica que la desregulación del programa de reparación
puede contribuir al desarrollo de enfermedades, como la fibrosis, que consiste
en una acumulación aberrante de tejido fibroso que deforma la arquitectura
normal del tejido y, por tanto, su función.
“Para trasladar estos conocimientos a aplicaciones terapéuticas, es necesario
investigar cómo se podría controlar localmente las funciones reparativas de los
macrófagos para evitar el desarrollo de fibrosis”, añade Casals.
Estos hallazgos también abren vías de conocimiento que podrían utilizarse
para regular la plasticidad de los macrófagos y la regeneración de algunos
tejidos que, a diferencia del hígado, intestino, epitelio, o la médula ósea, tienen
poca capacidad regenerativa. (Fuente: Universidad Complutense de Madrid).

Un nuevo bisturí molecular actúa como un GPS para mejorar la edición

genética
4 de julio 2017
Un equipo científico de Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research
(NNF-CPR), de la Universidad de Copenhague, ha conseguido visualizar y
describir cómo funciona una herramienta para editar genomas, llamada Cpf1.
Esta proteína de la familia Cas permite desenrollar el ADN para poder cortarlo
e iniciar el proceso de modificación con la tecnología CRISPR. Los resultados
del trabajo se han publicado en la revista Nature.
Según explica a Sinc Guillermo Montoya, investigador en química y biología
molecular y líder del estudio, el nuevo bisturí molecular “permitirá hacer
modificaciones y editar las instrucciones contenidas en el genoma de manera
más segura, debido a que reconoce la secuencia apropiada del ADN con
mayor precisión”.
La herramienta de corta-pega genético CRISPR Cas9 ya está siendo usada
para modificar genes de animales y plantas. También en terapias humanas
como el cáncer, las enfermedades de retina y sus aplicaciones no paran de
crecer.
Por ello, investigadores de todo el mundo están tratando de perfeccionar esta
técnica de edición genética con el fin de hacerla más precisa y eficaz. Para
conseguirlo, han puesto el foco en las proteínas que cortan de forma específica
al ADN, cuya manipulación puede dirigirlas hacia puntos concretos del genoma.
El equipo de Montoya ha logrado este objetivo aplicando una técnica de
cristalografía de rayos X.
“Hemos irradiado la proteína cristalizada Cpf1 con rayos-X para poder observar
su estructura a resolución atómica, de manera que podemos ver todos sus
componentes”, señala el coautor del trabajo. “La difracción de rayos-X es una
de las principales técnicas biofísicas para elucidar las estructuras de las
biomoléculas”, subraya.
En su opinión, “la principal ventaja de Cpf1 proviene de su alta especificidad y
el corte sobre el ADN, ya que con las nuevas tijeras moleculares se logra
generar extremos complementarios en vez de romos, como sucede en el caso
de Cas9, lo cual facilita la inserción de una secuencia de ADN".
“Esta alta precisión de reconocimiento de la secuencia de ADN sobre la que se
va actuar funciona como un GPS que dirige la herramienta dentro del intrincado
mapa del genoma para que encuentre su destino. Además, es muy versátil y
fácil de reprogramar, en comparación con otras proteínas utilizadas para esta
finalidad”, dice Montoya.
Estas propiedades hacen que esta herramienta “sea especialmente idónea
para su uso en el tratamiento de enfermedades genéticas y tumores”, destaca.
El equipo ha trabajado previamente con la empresa de biotecnología francesa
Celletics en uso de meganucleasas –otras proteínas que se pueden rediseñar
para cortar el genoma en un sitio deseado– para tratar cierto tipo de leucemias.
La nueva tecnología “también se podrá emplear para la modificación de
microorganismos, con destino a la síntesis de metabolitos necesarios en la
producción de fármacos y biocombustibles”, agrega Montoya.
Este investigador, originario de Getxo (Vizcaya), asegura que ya hay varias
empresas están interesadas en esta nueva tecnología. Son sobre todo del
sector biotecnológico para manipulación de microorganismos, pero aún no
puede dar nombres por acuerdos de confidencialidad. (Fuente: SINC/Ana
Hernando)
Desarrollan un innovador sistema que permite detectar células
senescentes in vivo
5 julio 2017
Investigadores de la Universitat Politècnica de València, el Centro Nacional de
Investigaciones Oncológicas (CNIO), el Centro de Investigación Biomédica en
Red Bioingeniería, Biomateriales y Nanomedicina (CIBER-BBN) (España) y la
Universidad de Cambridge han desarrollado un nuevo sistema que permite la
detección de células senescentes in vivo y sin dañar el tejido. Su trabajo ha
sido publicado en el Jornal of the American Chemical Society.
El objetivo principal de la senescencia celular es evitar la proliferación de
células dañadas y, al mismo tiempo, desencadenar la reparación de tejidos. Sin
embargo, cuando el daño persiste, o durante el envejecimiento, el proceso de
reparación de tejidos es ineficiente y las células senescentes tienden a
acumularse. Esta acumulación de células senescentes en los tejidos afecta las
funciones tisulares y acelera el envejecimiento.
“Se ha demostrado que la eliminación de las células senescentes mejora una
variedad de enfermedades asociadas con el envejecimiento, revierte los
procesos degenerativos y extiende la longevidad. Por todo ello, las estrategias
para detectar y eliminar células senescentes han ganado gran interés en los
últimos años”, explica Manuel Serrano, investigador principal del Grupo de
Supresión Tumoral del CNIO.
En su trabajo, los investigadores de la UPV, CNIO, CIBER-BBN y Universidad
de Cambridge han desarrollado una nueva sonda que es capaz de detectar
células senescentes en un modelo in vivo, algo que no se había logrado hasta
ahora. “La sonda aumenta significativamente la fluorescencia de manera
selectiva en el interior de las células senescentes”, comenta Beatriz Lozano,
investigadora del Instituto Interuniversitario de Investigación de Reconocimiento
Molecular y Desarrollo Tecnológico (IDM) en la Universidad Politécnica de
Valencia.
“Químicamente hablando, el sensor está compuesto por un fluoróforo unido a
una galactosa. Las células senescentes tienen la propiedad diferencial de que
rompen enlaces con galactosa muy eficientemente. Cuando el sensor se
internaliza en una célula senescente se rompe este enlace y esto da lugar a un
gran aumento en la fluorescencia del sensor, que es la señal que detectamos
excitando con un láser. Sin embargo, cuando el sensor se internaliza en una
célula normal (no senescente) no se observa señal”, apunta Ramón Martínez
Máñez, director del Instituto IDM-UPV y director científico del CIBER-BBN.
El sensor tiene unas propiedades que hacen que se pueda excitar absorbiendo
dos fotones, lo que provoca que la energía del láser utilizado para visualizar los
tejidos sea mucho menor que los sensores convencionales. Además, las
técnicas de dos-fotones disminuyen el daño en el tejido y tienen una mayor
penetrabilidad.
“El sensor se inyectó de forma intravenosa en animales que habían sido
tratados con quimioterapia (que produce daños celulares y senescencia),
observándose señal de manera muy selectiva en las regiones que
respondieron a la quimioterapia (y que por lo tanto tenían muchas células
senescentes). Los animales no tratados con quimioterapia no mostraron
ninguna señal”, destaca Beatriz Lozano.
La sonda es potencialmente aplicable a otros modelos de senescencia;
distintos grupos de investigación han comenzado ya a poner a prueba la sonda
con sus modelos biológicos.
Este trabajo se presentará en el marco del XI International Workshop on
Sensors and Molecular Recognition, que se celebra este jueves y viernes en el
campus de la UPV. (Fuente: UPV)

Elaboran un pienso que reduce el estrés en el bacalao y mejora su

crecimiento
4 julio 2017
Investigadores del Centro IFAPA ‘Agua del Pino’, ubicado en Cartaya (Huelva),
en España, han comprobado que una dieta elaborada a partir de harinas de
pescado y suplementos proteínicos contribuye a atenuar la respuesta al estrés
que manifiesta el bacalao del Atlántico ante situaciones cotidianas en las
plantas de cultivo como los muestreos, el transporte, el clasificado y, en
general, cualquier manejo dentro o fuera del agua.
En este sentido, la importancia de la atenuación al estrés radica en que los
peces dedican parte de su energía a afrontar el estrés que les generan
determinadas circunstancias al vivir en cautividad, mientras que si no tuvieran
ese gasto la destinarían a potenciar su crecimiento y reproducción, así como a
prevenir enfermedades.
Así lo recoge este estudio, titulado ‘Effects of amino acid supplementations on
metabolic and physiological parameters in Atlantic cod (Gadus morhua) under
stress’ y publicado en la revista Fish Physiology and Biochemistry.
Al mismo tiempo, los científicos han constatado que este pienso suplementado
podría fortalecer el sistema inmunológico de esta especie y también disminuir
la agresividad y depredación hacia otros peces, como se ha demostrado en
truchas y salmones, entre otras especies. “En circunstancias que de antemano
se sabe que puede estresarlos, como es el caso del traslado a otras plantas o
el cambiar de tanques, la opción de alimentarlos a base de este sustento días
previos mejoraría su manejo”, asegura a la Fundación Descubre el investigador
del Centro IFAPA ‘Agua del Pino’ Marcelino Herrera, responsable de este
trabajo.
Para ello, los expertos han elaborado un pienso específico en el que han
introducido altas concentraciones de dos aminoácidos esenciales que muchos
animales no son capaces de sintetizar y deben obtenerlos a través de la dieta
(principalmente de vegetales), como son el triptófano y la fenilalanina. El
primero está presente en las pipas de calabaza y el cacao y tiene efectos
relajantes y sedantes, ya probados en animales y en humanos. Además, es
precursor de la serotonina, conocida como la hormona de la felicidad. Por su
parte, la fenilalanina se encuentra en alimentos como la soja, carne roja, el
queso o las vísceras; y produce dopamina y adrenalina.
Con este preparado, los investigadores realizaron un ensayo consistente en
alimentar durante una semana a ejemplares de bacalao con esta dieta
suplementada, mientras que a otro grupo de peces de esta misma especie le
suministraron una dieta control. Transcurrido este tiempo, sometieron a todos
los animales a situaciones de estrés agudo. En este caso concreto, trataron de
sacarlos de los tanques de agua en los que se encontraban.
Tras este simulacro, tomaron muestras de sangre y tejidos en todos los
ejemplares que eran objeto de estudio para analizar el nivel estrés y los
indicadores metabólicos. “Después de una exposición al aire, comprobamos
que los niveles de glucosa en sangre y de una hormona llamada cortisol, que
se libera con el estrés, así como la concentración de lactato que se produce
cuando quemamos energía, eran mayores en los peces alimentados con la
dieta control que aquellos a los que se les suministró el pienso elaborado”,
explica Herrera.
Estos resultados evidenciaron que una dieta rica en aminoácidos reduce los
marcadores de estrés en el bacalao del Atlántico y por tanto, podrían ser
utilizados como aditivos para la atenuación del estrés.
Durante la investigación, los científicos han experimentado con ejemplares
jóvenes de bacalao en cautividad que han sido criados en plantas
experimentales de acuicultura del norte de Noruega, así como también en las
instalaciones del Centro IFAPA ‘Agua del Pino’.
Este trabajo forma parte del proyecto Aquaexcel, integrado en el 7º Programa
Marco y financiado por Fondos Europeos.
Por otra parte, estos investigadores están trabajando con otras especies
andaluzas, como la dorada (Sparus aurata) y la corvina (Argyrosomus regius)
dentro del proyecto nacional ‘Dietaplus’, financiado por el Ministerio de
Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente y cuyo objetivo es demostrar
también que una dieta suplementada mejora el bienestar de estos ejemplares,
al mismo tiempo que les previene de padecer ciertas enfermedades. (Fuente.
Fundación Descubre)