XVI.

Biosíntesis de aminoácidos

Introducción
Las reacciones metabólicas que conducen a la biosíntesis de los 20
aminoácidos naturales en diferentes organismos se encuentran esquematizadas en
la siguiente figura. Todas las reacciones de biosíntesis de aminoácidos comienzan
en un intermediario de las rutas centrales del metabolismo de los hidratos de
carbono. Esto permite dividir a las rutas de biosíntesis de aminoácidos en 6 grupos o
familias. Las rutas centrales mencionadas (se incluyen la
glucólisis/gluconeogénesis, la ruta de las pentosas fosfato y el ciclo de Krebs), y los
intermediarios importantes dentro de ellas se muestran de negro en el mismo
esquema.

Histidina 10 Fenilalanina
Fosfo-ribosil Tirosina
pirofosfato 2 2
Triptofano
Prefenato
Ribosa-5-fosfato 5
1
Corismato

7
Xilulosa-5-fosfato Eritrosa-4-fosfato

Fructosa-6-fosfato

Gliceraldehido-3-fosfato

Glicina
1
Isoleucina 3
3-fosfo-Glicerato Serina
4
2
Cisteína
1
Metionina Treonina Fosfoenolpiruvato
Lisina
Alanina
4 2 Piruvato Valina
1
Homoserina 3
Diaminopimelato α-Cetoisovalerato
4
1 6 Acetil-CoA Leucina

β-Semialdehido
Aspártico
2
Aspartato Oxalacetato

Asparagina

co2
Lisina (en fungi) Arginina
9
3
α-Cetoglutarato Ornitina
5
Glutamato

co2 3
Succinil-CoA
Prolina Glutamina
 Cada una de las flechas dentro de la ruta central indican una reacción
bioquímica. Están diferenciadas las reacciones reversibles de las que no lo son.
Además, se muestran en el ciclo de Krebs las dos etapas donde se libera el CO2.
Cada familia de aminoácidos está representada por un color diferente, y los 20
aminoácidos se encuentran recuadrados en un color del mismo tono.
Dentro de cada familia también se señalan las reacciones reversibles y las
irreversibles. Aquí, cada par de flechas indicando reacciones reversibles implica una
única reacción metabólica, el resto de las flechas está acompañada por un número,
que indica la cantidad de etapas que existen entre los dos intermediarios unidos por
la flecha. Desde el piruvato, salen además, dos flechas punteadas. Estas flechas
indican que parte del esqueleto carbonado (pero no la mayoría) de la isoleucina y
del diaminopimelato, contienen átomos de carbono correspondientes al piruvato. Se
puede notar que la lisina es el único de los 20 aminoácidos naturales que posee dos
rutas totalmente diferentes. En bacterias y plantas, la lisina pertenece a la familia del
Aspartato, mientras que en hongos a la del α-cetoglutarato.
El estudio preciso de cada una de las rutas puede parecer de una gran
complejidad. Sin embargo, veremos que existen una serie de reglas comunes que
facilitan el estudio de estas rutas. En todo caso no seremos aquí tan rigurosos con
todos los intermediarios puestos en juego y si en cambio enfocaremos el estudio
hacia la comprensión de esas reglas que nos permitan reconocer la lógica de una
determinada ruta de síntesis. Veremos, entonces, un conjunto de ejemplos de rutas
metabólicas que intentaremos aprender con todos los detalles pero buscando
siempre cuales son las estrategias metabólicas importantes dentro de ellas.

Incorporación del NH4+. Todos los aminoácidos naturales comparten la

presencia de un grupo amino unido al carbono α como punto en común. Este
nitrógeno es incorporado al esqueleto carbonado que luego dará lugar al aminoácido
por medio de reacciones de aminación directa o por reacciones de transaminación.
En estas últimas el dador de grupos aminos es otro aminoácido, mientras que en las
primeras el nitrógeno que se incorpora corresponde al NH4 + inorgánico. Como
vimos anteriormente, este NH4 +, es producido por las reacciones de fijación
biológica de nitrógeno. Hay al menos dos mecanismos de incorporación del NH4 +
inorgánico dentro de la materia orgánica. Ambos mecanismos implican reacciones
donde una de las moléculas involucradas es el aminoácido glutamato.
La ruta más simple para la incorporación del grupo amino en un esqueleto
carbonado, tal como ocurre en la mayoría de las bacterias cuando crecen en un
medio conteniendo altas concentraciones de NH4 +, implica la aminación reductiva
del intermediario del ciclo de Krebs, α-cetoglutarato, para formar glutamato. Esta
ruta puede usar NADH o NADPH como coenzimas en diferentes organismos.
La enzima que interviene es la glutamato deshidrogenasa, que cataliza la
reacción en los dos sentidos. Por ello, esta reacción no se utiliza necesariamente en
el sentido biosintético tal cual como esta escrito más abajo. De hecho, como dijimos
en el párrafo anterior, en las bacterias sólo se utiliza en el sentido de incorporación
del NH4 + cuando la concentración de éste en el medio es lo suficientemente alta.
 O O
O O C
C +
H3 N C H
O C +
CH2
CH2 + NH4 + NADPH + H+ + H 2O + NADP +
CH2
CH2
C
C O O
O O

Otros organismos, rara vez se encuentran en presencia de altas

concentraciones de NH4 + en su medio externo. Por ello, las plantas, muchas
bacterias y los hongos, a pesar de poseer esta enzima en sus células, sólo la
utilizan en el sentido contrario a la reacción mostrada, o sea en el proceso de una
ruta degradativa, de eliminación de nitrógeno orgánico.
En realidad la ruta por medio de la cual el NH4+ se incorpora a los esqueletos
orgánicos comienza con en la reacción catalizada por la glutamina sintasa. Mediante

O O O O
C C
+
+ H3 N C H
H3N C H
+ glutamina sintasa CH2
CH2 + NH 4 + ATP + ADP + P i
CH2 CH2

C C
O O NH2
O
glutamato glutamina

O O O O O O
C C C
H3 N
+
C H O C
glutamato sintasa +
H3 N C H
CH2 + CH2 + NADPH + H+ 2 CH2 + NADP +
CH2 CH2 CH2
C C C
O NH2 O O O
O
glutamina α-cetoglutarato glutamato
esta reacción, el NH4+
es incorporado sobre una molécula de glutamato para rendir
glutamina, con el gasto de una molécula de ATP. En la etapa siguiente la glutamina
transfiere el grupo NH3 recién incorporado a una molécula de α-cetoglutarato. Por
medio de esta reacción, catalizada por la glutamato sintasa, tanto la glutamina como
el α-cetoglutarato se convierten en glutamato. La suma de las dos reacciones
mostradas es prácticamente la misma que la reacción de la glutamato
deshidrogenasa, con la única diferencia del gasto de un ATP asociado al proceso
que estamos analizando. Aparentemente este gasto le permite a la célula captar el
NH4+ mucho más eficientemente y aún a concentraciones muy bajas.
La reacción catalizada por la glutamina sintetasa es bastante compleja e
implica dos o más etapas intermedias. Se ha observado que el γ-glutamil-fosfato es
un intermediario ligado al enzima:
ATP + ácido glutámico ADP + γ-glutamil-fosfato
En la siguiente etapa, el grupo fosfato es desplazado del carbono γ por un
NH4+ generando la glutamina.
γ-glutamil-fosfato + NH4+ glutamina + P i
 En E. coli donde esta enzima regula completamente el flujo del nitrógeno
dentro de la célula la glutamina sintetasa es regulada a varios niveles que incluyen
tanto regulaciones alostéricas como modificaciones covalentes.
Por un lado la enzima es modulada alostéricamente por 8 compuestos que
actúan cómo retroinhibidores: carbamil-fosfato; glucosamina-6-fosfato; Triptofano;
Alanina; Glutamato; Histidina; CTP y AMP. Todos ellos ejercen una modulación del
mismo signo pero el efecto de cada uno de ellos sobre la actividad de la enzima es
únicamente parcial. Además el efecto regulador es cooperativo de modo que la
inhibición provocada por dos de los inhibidores en conjunto es mayor que la que
resultaría de la suma de las inhibiciones parciales en la misma condición.
Por otro lado, la glutamina sintetasa (GS) es modulada covalentemente por
adenililación de una Tyr específica; cuando la enzima es adenilada se inactiva. El
mecanismo de regulación implica una cascada de modificaciones covalentes en el
que intervienen al menos otras dos actividades enzimáticas. La adenilación (y la
inactivación) de la GS es catalizada por una enzima que se denomina Adenil-
transferasa (AT).
Esta enzima es a su vez regulada por modificación covalente. La enzima AT
puede tener dos actividades, una de ellas es la mencionada actividad de
transferasa, mientras que la otra es una actividad de hidrolasa de grupos adenilos.
[α-cetoglutarato] alta
[glutamato]

UTP UT PPi
transferasa

GS
inactiva O-AMP

PPi H 2O
AT AT
hidrolasa
transferasa
PII PII O-UMP
OH

ATP AMP

GS
activa
OH

Glutamato + NH4+ + ATP Glutamina + ADP + Pi

UT H2O
UMP hidrolasa

[α-cetoglutarato] baja
[glutamato]
 De esta manera, AT puede actuar tanto en la adenilación (inactivación) o en la
desadenilación (activación) de la GS. La otra actividad de la enzima AT aparece
cuando la misma está modificada por uridilación. El sitio de uridilación de la enzima
AT se encuentra en una subunidad proteica sin actividad catalítica, denominada PII,
que se mantiene unida a la enzima. La enzima que produce la uridilación de PII es
una uridil transferasa (UT) que también posee dos actividades, transferasa e
hidrolasa. El factor que modifica la actividad de la UT es la relación de
concentraciones intracelulares de [α-cetoglutarato]/[glutamato].
Una relación de [α-cetoglutarato]/[glutamato] > 1 indica que existe escasez de
nitrógeno orgánico en la célula por lo que la GS se debería activar (estado
desadenilado de la GS). Para ello la AT debería poseer actividad de hidrolasa
(estado uridilado de la subunidad PII de la AT) y entonces la UT debería poseer
actividad de transferasa. En cambio una relación [α -cetoglutarato]/[glutamato] < 1,
indica un exeso de nitrógeno orgánico en la célula por lo que la GS se debería
inactivar. Para ello, siguiendo el mismo razonamiento la UT debería poseer actividad
de hidrolasa.
Es interesante notar que la actividad de la UT no es modificada por el cambio
de la concentración de un metabolito en si, sino más bien por una relación de
concentraciones. Una posible explicación de este hecho podría obtenerse si tanto el
α-cetoglutarato como el glutamato se unieran al mismo sitio alostérico y compitieran
por el.

Reacci ones bási cas en el metaboli smo de compuestos

ni trogenados. Existen dos tipos de reacciones comunes a varios grupos de
compuestos nitrogenados. Uno de ellos es el de las reacciones de transaminación y
el otro corresponde a las reacciones de transferencia de unidades de un carbono.
Veremos en forma general los dos tipos de reacciones antes de comenzar
con el estudio de las rutas metabólicas en particular.

a. Transaminasas

Las podemos clasificar según el grupo dador del nitrógeno y también en base
a la conformación del átomo de carbono que funciona como aceptor. En la tabla
siguiente se puede observar esta clasificación. Además, los cambios en el estado
redox de los productos con respecto a los sustratos son diferentes para los tres tipos
de transaminasas.
DADOR ACEPTOR PRODUCTO- PRODUCTO REACCIÓN COMUNMENTE
DADOR ACEPTOR ACOPLADA
TIPO 1

glutamato ceto α-cetoglutarato amino-derivado

COOH COO H
H2N C H R1 C O R1
CH2 C O CH2 H2N C H
CH 2 R2 CH2 R2
COOH COOH
TIPO 2

aspartato ceto fumarato imino-derivado ATP à ADP + Pi

COOH COOH
H2N C H R1 CH R1 o
CH2 C O HC C NH
COOH R2 COOH R2 ATP à AMP + PPi
 DADOR ACEPTOR PRODUCTO- PRODUCTO REACCIÓN COMUNMENTE
DADOR ACEPTOR ACOPLADA
TIPO 3

glutamina enol glutamato enamino-

COOH COOH derivado
H2N C H R1 H2N C H ATP à ADP + Pi
CH2 C OH CH2 R1
o ninguna
CH 2 R2 CH 2 C NH2
C COOH R2
H2N O

1. Transaminasas del tipo I o del glutamato

Corresponden a las transaminaciones más comunes e implican el intercambio de
grupos ceto por amino entre dos sustratos orgánicos. Desde el punto de vista de la
biosíntesis de aminoácidos, el dador de grupos amino más general es el glutamato
que se convierte en la reacción en α-cetoglutarato, y por lo tanto su carbono α se
oxida. Por el contrario el sustrato es un α-oxoácido que se convierte en un
compuesto más reducido, el correspondiente α-aminoácido. El mecanismo de
reacción está explicado más adelante junto con las liasas dependientes de fosfato
de piridoxal. El glutamato puede ceder su grupo amino a otros compuestos con un
ceto, además de a los α-cetoácidos.
En este tipo de transaminaciones tanto el dador como el aceptor del grupo amino
cambian de estado de oxidación. El balance redox global es nulo.

2. Transaminasas de tipo II o del aspartato

En este tipo de transaminaciones el aceptor es también un ceto, pero en este
caso es convertido a una imina, sin cambiar su estado de oxidación. Por su parte el
compuesto dador de nitrógeno, el aspartato, es convertido en fumarato, también sin
cambiar su estado de oxidación global. Sin embargo si existe un cambio de estado
de oxidación en los dos átomos de carbono centrales de la molécula de aspartato, el
C2 se reduce una unidad, mientras que el C3 se oxida en la misma proporción.

Por lo mismo, en este tipo de transaminaciones aunque ni el dador ni el aceptor

del grupo amino cambian de estado de oxidación, si existe un cambio en la
estructura redox del dador de nitrógenos. El balance redox global es nulo.
Cuando el aspartato es el dador de nitrógeno, como en la síntesis de arginina o
en la síntesis de AMP, se produce una reacción de intercambio en el que el dador se
NADH
COOH + H+ NAD+ COOH

glutamato C O HO CH NH2

CH2 CH2 N N
α-cetoglutarato COOH COOH H2 O POH2C
Malato O N N
Oxalacetato

COOH COOH H
HO OH
H2N CH HC
AMP
CH2 HOOC CH2 CH COOH CH
COOH N COOH NH
O
Aspartato Fumarato N
N NH NH
N NH
POH2C N POH2C N
POH2C O N O N
O N N
H H
H
HO OH HO OH
HO OH GTP GDP + Pi
IMP
convierte en fumarato mientras que el aceptor (un ceto) se convierte en primera
instancia en un imino. Tomando como ejemplo este último caso:
Vemos que debido a la necesidad de regeneración del aspartato a partir del
fumarato, se genera poder reductor en el proceso de transaminación como si
estuviéramos en una ruta de oxidación de los sustratos. Ese poder reductor proviene
de una molécula de glutamato que se oxida a α-cetoglutarato, en forma neta por
cada vuelta del ciclo que mostramos.
En algunos casos (como en la síntesis de arginina) estas reacciones están
acopladas a la hidrólisis de enlaces de alta energía, a veces a uno y otras a dos de
estos enlaces.

3. Transaminasas de tipo III o de la glutamina

Cuando el dador de grupos amino es la glutamina, no cambia el estado de
oxidación ni del dador ni del aceptor del grupo amino. En general estas reacciones
están acopladas a la hidrólisis del ATP. La glutamina se convierte en glutamato
(igual estado redox) y el sustrato puede modificarse por medio del intercambio de
una unión C-OH por otra C-NH2 o en menor proporción de casos de una unión C=O
por otra C=NH, conservando también su estado redox.

b. Transferencia de unidades de un carbono.

Las unidades de un carbono se pueden encontrar en los estados de oxidación
+4, +2, 0, –2 o –4. El estado de oxidación –4 (CH4) no corresponde a ningun
intermediario metabólico, aunque algunos organismos lo producen como desecho
de su metabolismo mientras que otros son capaces de utilizarlo como dador de
electrones del que pueden obtener energía.

Estado de +4 +2 0 -2 -4
oxidación

Bicarbonato Formiato Formaldehido Metanol Metano

HO H H
C O C O C O CH3OH CH4
Equivalente HO HO H
en solución
Carbamato
HO
C O
H2N

• Carboxi-Biotina • Formil-THF • Metilen-THF • Metil-THF –

(como CO2)
Como es • Carbamil-fosfato • S-adenosil-
meatbolizado O O metionina
en la célula HO P O C
OH NH2

Salvo raras excepciones, las unidades de un carbono que se transfieren, lo

hacen sobre átomos más electronegativos que el carbono, normalmente sobre N, S
u O. De esta manera se mantiene el estado de oxidación que poseen esas unidades
en el intermediario correspondiente.

Los derivados del tetrahidrofolato (THF), se producen en la reacción de la

enzima serina-hidroximetil-transferasa (ver en el próximo teórico), y además se
interconvierten entre sí tal como se muestra en la siguiente figura:
NH 3 Estado de oxidación
de la unidad de un carbono

Deaminasa

H H
H2N N N H2N N N
CH 2 CH2 H +2
H2 O H 2N N N
HN 5 C H HN 5 C H CH2
N CH2 N CH2 OH
H 10 HN 5 C
H O C
H 10
O N O N CH 2
HN
C R O C N R H2O
N
10 + H
Transaminasa Ciclohidrolasa O
C
H H H R
N 10-formimino-Tetrahidrofolato N10 -formil-Tetrahidrofolato 5 10
N ,N -metenil-Tetrahidrofolato ácido fórmico

ADP
Sustrato
ATP
O C OH NADPH + H+
Sustrato formilado
H
H N5 ,N10 -metilen-Tetrahidrofolato
H2 N N N
CH2 deshidrogenasa NADP+
HN 5 C
H
N CH2 O
H 10
O N C NH (Glu)n
H
Serina-hidroximetil
Tetrahidrofolato Transferasa H
H 2N N N
CH2
Serina 0
HN 5 C H
N CH2 H
Glicina O
10 C
O C N R
H H
H
N 5,N10 -metilen-Tetrahidrofolato formaldehido

Sustrato metilado NADH + H+

N 5,N 10-metilen-Tetrahidrofolato
reductasa NAD+

H -2
H 2N N N
Sustrato CH2
HN 5 C H H
N CH2 H C OH
10
O CH3 N R H
H
N5-metil-Tetrahidrofolato metanol

Por su parte, el carbamil fosfato es sintetizado por la enzima carbamil fosfato

sintetasa. Que posee el siguiente mecanismo de reacción

Pi
O O O O
CO2 + H2O C
C C C H 2N
HO OH HO O P H 2N OH O P

ATP NH3 ATP

ADP ADP
Carbonil-fosfato Carbamato Carbamil-fosfato
Ácido Carbónico

Carbamil Fosfato Sintasa

 Existen dos tipos de carbamil fosfato sintetasas. Los de tipo I, poseen un
mecanismo idéntico al descripto en la figura anterior, mientras que los del tipo II se
diferencian únicamente en que el sustrato a partir del cual se incorpora el NH2 del
carbamato proviene de la glutamina (que se convierte en glutamato perdiendo su
amino γ) en lugar del NH3. En los eucariotes se puede encontrar los dos tipos de
carbamil fosfato sintetasas en una misma célula. Las de tipo I funcionan en una ruta
degradativa que se encuentra en la mitocondria, y las de tipo II funcionan en una
ruta biosintética que se encuentra en el citosol.