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Diego Chacón-Cortes Resumen: La extracción de ácido desoxirribonucleico (ADN) ha evolucionado considerablemente desde que se realizó inicialmente en 1869.
Lyn R Griffiths Es el primer paso necesario para muchas de las aplicaciones posteriores disponibles que se utilizan en el campo de la biología molecular.
Las muestras de sangre total son una de las principales fuentes utilizadas para obtener ADN, y hay muchos protocolos diferentes disponibles
Centro de Investigación en Genómica, Instituto de
Salud e Innovación Biomédica, Universidad para realizar la extracción de ácido nucleico en dichas muestras. Estos métodos varían desde protocolos manuales muy básicos hasta
Tecnológica de Queensland, Kelvin Grove, QLD, métodos más sofisticados incluidos en protocolos de extracción de ADN automatizados. Basándose en la amplia gama de opciones
Australia
disponibles, sería ideal determinar las que funcionan mejor en términos de rentabilidad y eficiencia de tiempo. Hemos revisado el historial de
extracción de ADN y los métodos más utilizados para la extracción de ADN de muestras de sangre completas, destacando sus ventajas y
desventajas individuales. También se realizaron búsquedas en la literatura científica actual para encontrar estudios que compararan
diferentes métodos de extracción de ácidos nucleicos, para determinar la mejor opción disponible. Con base en nuestra investigación, hemos
determinado que no hay suficiente evidencia científica para respaldar un método de extracción de ADN en particular a partir de muestras de
sangre total. La elección de un método adecuado sigue siendo un proceso que requiere la consideración de muchos factores diferentes, y se
necesita más investigación para validar las elecciones realizadas en las instalaciones de todo el mundo. hemos determinado que no hay
suficiente evidencia científica para respaldar un método de extracción de ADN en particular a partir de muestras de sangre total. La elección
de un método adecuado sigue siendo un proceso que requiere la consideración de muchos factores diferentes, y se necesita más
investigación para validar las elecciones realizadas en las instalaciones de todo el mundo. hemos determinado que no hay suficiente evidencia científica para respa
Palabras clave: extracción de ADN genómico, muestras de sangre completa, extracción de ADN en solución, extracción de ADN en
Introducción
Los estudios de salud humana en el campo de la biología molecular requieren el uso de ácido desoxirribonucleico
(ADN), ácido ribonucleico (ARN) y muestras de proteínas. El uso exitoso de las aplicaciones posteriores disponibles
se beneficiará del uso de ADN de alta calidad y gran cantidad. Por lo tanto, la extracción de ácidos nucleicos es un
paso clave en los procedimientos de laboratorio necesarios para realizar más aplicaciones de investigación
molecular. Es fundamental elegir un método de extracción adecuado y hay que tener en cuenta algunas
consideraciones al evaluar las opciones disponibles. Estos pueden incluir requisitos técnicos, eficiencia de tiempo,
rentabilidad, así como las muestras biológicas que se utilizarán y sus requisitos de recolección y almacenamiento. 1
La sangre total es una de las muchas fuentes disponibles para obtener ADN genómico (ADNg) y se ha utilizado
Correspondencia: Lyn R Griffiths Genomics
ampliamente en instalaciones de todo el mundo. Por tanto, nos centraremos en los protocolos de extracción de ADN
Research Center, instituto de salud e
innovación biomédica, Queensland University utilizando muestras de sangre total. Los problemas relacionados con la recolección, el almacenamiento y la manipulación
of Technology, 60 Musk Avenue, Kelvin Grove
manual de muestras de sangre humana total escapan al alcance de esta publicación y no estarán cubiertos. Sin embargo,
4059, QLD, Australia
son importantes y deben tenerse en cuenta, ya que podrían tener un impacto potencial en el rendimiento y el éxito de
Tel +61 7 3138 6102 Fax
cualquier técnica de extracción de ADN elegida.
+61 7 3138 6039
correo electrónico lyn.griffiths@qut.edu.au
Desarrollo inicial de técnicas de también se ha utilizado para alterar las células e inactivar las enzimas celulares, pero
extracción de ADN estas pueden afectar la calidad y el rendimiento de ácido nucleico. 1,7–9
Friedrich Miescher fue el primer científico en aislar el ADN mientras estudiaba La precipitación del ADN se logra agregando altas concentraciones de sal a las
la composición química de las células. En 1869, utilizó leucocitos que recogió soluciones que contienen ADN, ya que los cationes de las sales como el acetato de
de las muestras en vendajes quirúrgicos frescos y realizó experimentos para amonio contrarrestan la repulsión causada por la carga negativa de la cadena
purificar y clasificar las proteínas contenidas en estas células. Durante sus principal de fosfato. Mezcla de ADN y sales en presencia de solventes como el etanol
experimentos identificó una sustancia novedosa en los núcleos, a la que llamó (concentraciones finales del 70% –80%) o isopropanol (concentraciones finales del
“nucleína”. 2 Luego desarrolló dos protocolos para separar los núcleos de las 40% al 50%) hacen que los ácidos nucleicos precipiten. Algunos protocolos incluyen
células del citoplasma y aislar este nuevo compuesto, hoy conocido como ADN, pasos de lavado con etanol al 70% para eliminar el exceso de sal del ADN.
que se diferenciaba de las proteínas y otras sustancias celulares. Este hallazgo Finalmente, los ácidos nucleicos se resuspenden en agua o tampón TE (Tris 10 mM,
científico, junto con los protocolos de aislamiento utilizados, fue publicado en ácido etilendiaminotetraacético [EDTA] 1 mM). 7-9 El tampón TE se usa comúnmente
1871 en colaboración con su mentor, Felix Hoppe-Seyler. 2,3 para el almacenamiento de ADN a largo plazo porque evita que se dañe por
Sin embargo, no fue hasta 1958 que Meselson y Stahl 3,4 actividad nucleasa y contrarresta el daño oxidativo de los metales pesados. 9
sal. Desde entonces, las técnicas de extracción de ADN se han adaptado para realizar
extracciones en muchos tipos diferentes de fuentes biológicas. Principales tipos de muestras de sangre para
métodos de la totalidad humana
Los métodos de extracción de ADN siguen algunos procedimientos comunes extracción de ADN
destinados a lograr una ruptura eficaz de las células, la desnaturalización de La Tabla 1 muestra las principales categorías y subcategorías de métodos de
complejos de nucleoproteínas, la inactivación de nucleasas y otras enzimas, la extracción de ADN de muestras de sangre completa que se utilizan generalmente en
eliminación de contaminantes biológicos y químicos y, finalmente, la precipitación del
instalaciones de investigación en todo el mundo. Los reactivos de laboratorio
ADN. 5 La mayoría de ellos siguen pasos básicos similares e incluyen el uso de
comúnmente utilizados para cada etapa del protocolo de extracción de ácido nucleico
reactivos orgánicos y no orgánicos y métodos de centrifugación. Finalmente, se han
se incluyen en esta tabla para resaltar las similitudes y diferencias entre ellos.
convertido en una variedad de procedimientos automatizados y kits disponibles
comercialmente. 1,5–7
Las técnicas de extracción de ADN incluidas en la Tabla 1 se analizarán con
más detalle en las siguientes secciones, junto con un breve resumen de la historia y
Inicialmente, discutiremos los protocolos y pasos destinados a lograr la lisis los antecedentes de la técnica. En los últimos años, algunos de estos protocolos se
celular, inactivación de enzimas celulares, desnaturalización de complejos han adaptado a microdispositivos que desarrollan sistemas miniaturizados de
celulares y precipitación de ADN, que requieren procedimientos y / o reactivos análisis químico total o microchips de análisis genético de microfluidos. 7,10
diferencias clave en los pasos que tienen como objetivo eliminar contaminantes Sin embargo, limitaremos el alcance de nuestra revisión a aquellas técnicas que están
biológicos y químicos se destacarán cuando analicemos cada protocolo en detalle. disponibles para la extracción de ácidos nucleicos a macroescala.
Como se mencionó anteriormente, la lisis de células es un paso común en la Métodos de extracción de ADN basados en soluciones
mayoría de los protocolos de extracción de ADN, y comúnmente se logra mediante el Como se mencionó anteriormente, los protocolos basados en soluciones tienen dos
uso de detergentes y enzimas. El dodecilsulfato de sodio (SDS) y Triton ™ X-100 enfoques principales: 1) métodos basados en soluciones que utilizan disolventes
(Sigma-Aldrich, St Louis, MO, EE. UU.) Son ejemplos de detergentes populares que se orgánicos y 2) aquellos basados en una técnica de salazón. A continuación se
utilizan para solubilizar las membranas celulares. Las enzimas también se combinan con describen con más detalle ambos métodos.
K es una enzima de uso común que se utiliza en varios protocolos para escindir las Extracción de ADN basada en solución
glicoproteínas e inactivar las ARNasas y las ADNasas. Otros desnaturalizantes como la métodos que utilizan disolventes orgánicos
urea, las sales de guanidinio y los caótropos químicos han Protocolos de extracción de ADN que utilizan disolventes orgánicos derivados
tabla 1 Métodos de extracción de ADN comúnmente utilizados para la extracción de muestras de sangre completa.
• Tierra de diatomeas
Intercambio de aniones • Calor • Chelex • Chelex • N/A
métodos polietilenglicol
Algunos de los pasos principales usados en estos métodos son: 1) lisis celular tales como acetato de sodio y etanol o isopropanol en proporciones 2: 1 o 1: 1. El
realizada agregando una solución que contiene detergente / caotrópico, exceso de sal se puede eliminar agregando etanol al 70% y la muestra luego se
incluyendo SDS o N-Lauroil sarcosina; 2) inactivación de DNasas y RNasas, centrifuga para recolectar el sedimento de ADN, que se puede resuspender en
normalmente mediante el uso de disolventes orgánicos; 3) purificación de ADN y agua destilada estéril o tampón TE (Tris 10 mM; EDTA 1 mM pH 8.0). 1,5
extraídos. 1,5,11 Debido a que estas técnicas involucran el uso de solventes orgánicos tóxicos y
Este método se desarrolló inicialmente en 1977 cuando Ullrich et al personal, medidas de seguridad que impliquen el uso de una capucha de riesgo
utilizaron una técnica de extracción de ARN con isotiocianato de guanidio. 12 para biológico y capacitación. Es necesario equilibrar el fenol-cloroformo a un pH adecuado y
aislar el ADN plasmídico. Esta técnica fue posteriormente modificada por optimizar las condiciones del protocolo. 7 En un esfuerzo por mejorar la seguridad y la
Chirgwin et al. 13 en 1979. Requirió el uso de tiocianato de guanidio y largas facilidad de uso de estos protocolos, se han introducido ciertas modificaciones para
horas de ultracentrifugación a través de un colchón de cloruro de cesio. En un evitar el contacto físico con disolventes. Estos incluyen la incorporación de un polímero
esfuerzo por mejorar este método, Chomczynski y Sacchi 14,15 de gel de sílice. dieciséis o reemplazar los solventes con otras sustancias como el alcohol
bencílico. 17
centrifugación. Este último protocolo de extracción de ARN logró aislar ARN, Extracción de ADN basada en solución
ADN y proteínas, pero para ser utilizado como técnica de extracción de ADN, el métodos que utilizan la salazón
tiocianato de guanidio-fenol-cloroformo fue reemplazado posteriormente por una También se han desarrollado a lo largo de los años algunas técnicas de extracción de
ácidos nucleicos que evitan el uso de disolventes orgánicos. 1,6,11
mezcla de fenol, cloroformo y alcohol isoamílico, como el primero. El disolvente
no inhibió completamente la actividad de la ARNasa. 11 El fenol es un ácido En 1988, Miller et al 18 publicó un protocolo que logró la purificación del ADN
carbólico que desnaturaliza las proteínas rápidamente, pero es altamente mediante precipitación de proteínas a alta concentración de sal. El protocolo
corrosivo, tóxico e inflamable. Este disolvente orgánico se suele añadir a la tradicional implica la ruptura celular inicial y la digestión con SDS-proteinasa K,
muestra y luego, mediante fuerza centrífuga, se obtiene una emulsión bifásica. seguida de la adición de altas concentraciones de sales, generalmente cloruro de
La capa hidrófila superior contiene ADN diluido y la capa hidrófoba inferior está sodio 6 M. A continuación, la mezcla se centrifuga para permitir que las proteínas
compuesta de disolventes orgánicos, restos celulares, proteínas y otros se precipiten al fondo, y el sobrenadante que contiene ADN se transfiere a un
compuestos hidrófobos. Luego, el ADN se precipita después de la centrifugación nuevo vial. A continuación, el ADN se precipita usando etanol o isopropanol de la
agregando altas concentraciones de sal, misma manera que se describe para los métodos con disolventes orgánicos. 1,18-20
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Paloma prensa
Chacon-Cortes y Griffiths Paloma prensa
Sin embargo, el uso de proteinasa K puede llevar mucho tiempo y ser posteriormente se eliminan utilizando tampones de lavado que contienen agentes
costoso en comparación con otros reactivos utilizados en diferentes enfoques competitivos durante una serie de pasos de lavado. Finalmente, el ADN se eluye en agua
basados en soluciones, por lo que ha habido algunos intentos de encontrar destilada estéril o tampón TE. 1,5,7
Nurnberger 21 desarrolló un protocolo de extracción de ADN de muestras de sangre Métodos de extracción de ADN utilizando sílice
que eliminó el uso de solventes orgánicos y la incubación prolongada con y matrices de sílice.
proteinasa K. Su protocolo utilizó Nonidet ™ P-40 (NP-40; Sigma-Aldrich, St Louis, Las matrices de sílice tienen propiedades únicas para la unión al ADN. Están
MO, EE. UU.) para lisar células sanguíneas y tampones con alto contenido de sal cargadas positivamente y tienen una alta afinidad hacia la carga negativa de la
y SDS al 10% para inactivar y eliminar contaminantes. Otro protocolo es el método columna vertebral del ADN. Las condiciones de sal y pH altos se logran utilizando
de salazón modificado publicado en 2005 por Nasiri et al, 25 que reemplazó la cationes de sodio, que se unen estrechamente al oxígeno cargado negativamente
digestión con proteinasa K con el uso de polvo para lavar. Esta técnica modificada en la cadena principal de fosfato del ADN. Los contaminantes se eliminan con una
se ha utilizado con éxito como protocolo de extracción de ADN en muchas serie de pasos de lavado, seguidos de elución del ADN a baja fuerza iónica (pH $ 7)
instalaciones de todo el mundo. 26–34 usando tampón TE o agua destilada estéril. Clontech Laboratories, Inc., Mountain
View, CA, EE. UU. (NucleoSpin ™) fabrica kits disponibles comercialmente que
utilizan un enfoque basado en sílice; MO BIO Laboratories, Inc., Carlsbad, CA, EE.
UU. (UltraClean ® BloodSpin ®); QIAGEN Pty Ltd, Victoria, Australia (QIAamp ®), Promega
Métodos de extracción de ADN en fase sólida Corporation, Fitchburg, WI, EE. UU. (Asistente ®); EpochLife Science, Missouri City,
La purificación del ADN mediante el método de fase líquida / sólida se TX, EE. UU. (EconoSpin ®); y Sigma-Aldrich, St Louis, MO, EE. UU. (GenElute ™),
remonta a 1979, cuando Vogelstein y Gillespie 35 entre otros. En estos protocolos, las muestras de sangre se incuban durante unos
utilizaron sílice en forma de polvo de vidrio en su protocolo para purificar fragmentos de minutos con un tampón de lisis. La mayoría de los protocolos tardan entre 40
ADN previamente separados por electroforesis en gel de agarosa. Los métodos de minutos y 1 hora en completarse, lo que produce altos rendimientos de ADN con
extracción en fase sólida para la extracción de ADN de muestras de sangre fueron una contaminación mínima. 1,5,7
descritos inicialmente en 1989 por McCormick, 36 quien publicó una técnica que utiliza
con las proteínas para permitir la purificación del ADN. Desde entonces, se han
desarrollado varios procedimientos diferentes que utilizan el enfoque de extracción de Una sustancia que contiene altas cantidades de sílice (hasta un 94%) conocida
ADN líquido / sólido y se utilizan en la mayoría de los kits de extracción disponibles como tierra de diatomeas, diatomita o tierra de diatomeas también se ha utilizado
comercialmente. para la purificación del ADN. Inicialmente fue descrito por Boom et al. 8 en 1990. Se
Estas técnicas absorberán ADN bajo condiciones particulares de pH y contenido tampón que contiene alcohol, y finalmente el ADN se eluye en un tampón bajo en
de sal a través de cualquiera de los siguientes principios: 1) unión de hidrógeno en sal o agua destilada estéril. Preparación cuántica ® ( Bio-Rad Laboratories, Hercules,
presencia de un agente caotrópico a una matriz hidrófila, 2) intercambio iónico usando CA, EE. UU.) Es un ejemplo de un producto de extracción de ADN desarrollado con
de afinidad y tamaño. 5,7 La mayoría de estos métodos siguen una serie de pasos
similares para lograr la rotura celular, la adsorción del ADN, el lavado del ácido Los kits de extracción de ADN también han evolucionado y se incorporan en
nucleico y la elución final. La mayoría de las técnicas de fase sólida utilizan una equipos semiautomáticos y totalmente automatizados capaces de realizar protocolos
columna de rotación para unir el ácido nucleico bajo fuerza centrífuga. Las columnas desde la lisis de muestras hasta algunas aplicaciones posteriores como la reacción en
de centrifugado están hechas de matrices de sílice, partículas de vidrio o polvo, tierra cadena de la polimerasa (PCR), como BioRobot EZ1 ® Avanzado (QIAGEN) y Biomek ® 4000
de diatomeas o portadores de intercambio aniónico, y estos compuestos generalmente Laboratorio Automatización Estación de trabajo (BeckmanCoulter, Inc.,
en la forma química requerida. Las células sanguíneas previamente degradadas Brea, CA, EE. UU.), Entre otros. Entre las ventajas de estos dispositivos se
usando tampones de lisis particulares se aplican a las columnas y se centrifugan, y el encuentran un menor riesgo de errores de pipeteo, un número reducido de
ADN se une a la columna con la ayuda de las condiciones de concentración de sal y transferencias de muestras y un tiempo de protocolo menor. Sin embargo, deben
pH proporcionadas por las soluciones de unión. Algunas proteínas y otros compuestos considerarse cuidadosamente, dado el alto costo de algunas de las opciones
bioquímicos también pueden unirse a la columna y disponibles de equipos. También se han incorporado a sistemas miniaturizados de
análisis químico total, que son microchips de silicio, donde se logra la separación y
Extracción de ADN mediante resinas de Las partículas magnéticas están formadas por uno o varios núcleos
intercambio aniónico magnéticos, como magnetita (Fe O) o maghemita (gamma Fe O), recubiertos
34
Las sustancias químicas con carga positiva capaces de unirse a ácidos nucleicos o con una matriz de polímeros, sílice o hidroxiapatita con grupos terminales
23
contaminantes o enzimas con carga negativa, como las nucleasas, se denominan funcionalizados. En el protocolo desarrollado por Saiyed et al, 42,43 30 µ L de
resinas de intercambio aniónico y también se han utilizado como parte de los sangre completa se mezcla con un volumen igual de solución SDS al 1% (peso
protocolos de extracción de ADN de muestras de sangre. 9 / volumen [p / v]). El tubo se mezcla por inversión dos o tres veces y se incuba
Chelex ® La resina 100 (Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA, EE. UU.) Está
nanopartículas magnéticas a esta mezcla, seguido de la adición de 75 µ L de
iminodiacetato. Se utiliza en protocolos de extracción de ADN como resina de solución se mezcla por inversión y se deja reposar durante 3 minutos a
intercambio iónico quelante que se une a iones metálicos polivalentes, como las temperatura ambiente, y el sedimento magnético se inmoviliza utilizando un
nucleasas, que se utilizan comúnmente en la extracción de ADN de muestras imán externo para descartar el sobrenadante. El sedimento magnético se lava
forenses. El protocolo de laboratorio inicial, utilizando sangre como fuente biológica, con etanol al 70% y se seca. El gránulo magnético se resuspende en 50 µ L de
fue descrito por Walsh et al. 37 en 1991. Sobre la base de este enfoque inicial, se han tampón TE y las partículas magnéticas unidas al ADN se eluyen mediante
desarrollado otros protocolos para realizar la extracción de ácido nucleico de incubación a 65ºC. ° C con agitación continua. 42,43
100 resina, que los precipita. Se obtiene ADN monocatenario que permanece utilice, puede ser importante minimizar el equipo especializado o el conocimiento
suspendido en el sobrenadante, que puede usarse inmediatamente en la bioquímico. También debería suponer un riesgo mínimo para los usuarios, así como
aplicación posterior o puede transferirse a un nuevo vial para su evitar la posible contaminación cruzada de las muestras. Finalmente, y lo que es
almacenamiento a largo plazo. 37–39 más importante, la técnica de extracción de ADN elegida debería poder entregar
contiene una resina con grupos de dietilaminoetil celulosa cargados positivamente en La calidad y cantidad de ADN genómico extraído de muestras de sangre es una
su superficie para unir fosfatos cargados negativamente de la columna vertebral del característica clave que la mayoría de las instalaciones consideran al elegir un
ADN. La fuerza de la unión del ADN a la columna, así como el ARN y otras impurezas, protocolo. La medición de la absorbancia de la luz ultravioleta mediante
se puede alterar mediante concentraciones de sal y condiciones de pH de los espectrofotometría a diferentes longitudes de onda (230 nm, 240 nm, 260 nm y 280 nm)
tampones utilizados en este protocolo de aislamiento de ácidos nucleicos. Los es una forma inicial rápida y eficiente de determinar la pureza y concentración de las
contaminantes como proteínas y ARN se pueden lavar de la columna que contiene muestras de ácido nucleico. La concentración generalmente se calcula a partir de la
ADN utilizando tampones de sal media. 5,40 lectura de absorbancia del ADN a 260 nm usando la ley de Beer-Lambert. La pureza de
Métodos de extracción de ADN adecuadas como medida secundaria de pureza del ADN. 11,45–47
ido surgiendo desde principios de la década de 1990. Fueron utilizados originalmente Lahiri y col. 44 publicaron un estudio en 1991 en el que compararon diez
para extraer ADN plasmídico de lisados de células bacterianas por Hawkins et al. 41 en métodos de extracción basados en soluciones para la extracción de ADN
1994 y en 2006 por Saiyed et al, 42,43 quien desarrolló y validó un protocolo utilizando utilizando sangre completa como fuente. Compararon un protocolo desarrollado
nanopartículas magnéticas desnudas para la extracción de ADN genómico de muestras previamente por su grupo (método 10a y 10b), 21 que no requirió el uso de
de sangre completa. disolventes orgánicos o digestión enzimática, frente a otros nueve métodos
previamente
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Paloma prensa
Chacon-Cortes y Griffiths Paloma prensa
publicado y utilizado para la extracción de ADN de la sangre. En su estudio, Lahiri et al. 44 Choque térmico por microondas, extracción de ADN con Wizard Genomic
extrajo muestras de sangre total de cinco individuos por triplicado utilizando los DNA Purification Kit (Promega Corporation), separación magnética (LC
métodos antes mencionados. Determinaron la concentración de ADN a partir de MagNA Pure Compact Instrument; Roche Diagnostics GmbH, Manheim,
muestras usando lectura de absorbancia por espectrofotometría a 260 nm y evaluaron Alemania) tanto manual como parcialmente automatizada con el procesador
la calidad a través de una relación de absorbancia de 260/280 y electroforesis en gel de de muestras de microplacas Precision ™ XS de Biotek Instruments (Vermont,
agarosa, así como la restricción de la digestión enzimática y la transferencia Southern. EE. UU.), Y finalmente modificaron el Wizard SV 96 Genomic DNA Purification
En la Tabla 2 se presenta un resumen de algunas de las características del protocolo, Kit (Promega Corporation), combinándolo con separación magnética mediante
así como de los hallazgos. el método de purificación MagNA Pure. Extrajeron 96 muestras de sangre y
Todos los protocolos probados fueron capaces de aislar ADN con una pureza muestras se extrajeron con cada método y el número de repeticiones
relativamente buena (proporciones 260/280 de 1,7 a 1,94), pero el ADN obtenido con experimentales realizadas. Sus resultados mostraron ADN extraído para cada
los métodos 2, 5 y 6 mostró diferentes cantidades de degradación evidenciadas en la protocolo con concentraciones finales que oscilan entre 0,50 µ gramo/ µ L hasta
electroforesis en gel. Siete de los protocolos probados, los métodos 3-9, requerían el 0,98 µ gramo/ µ L. Aunque el fenol-cloroformo, la separación magnética manual
uso de disolventes orgánicos y / o sustancias peligrosas como fenol-cloroformo o y el método combinado Promega-MagNA Pure mostraron concentraciones de
cloroformo. Los métodos 1 y 2 no utilizaron compuestos orgánicos, pero el método 1 ADN relativamente similares (0,72-0,79 µ gramo/ µ L), la técnica de separación
fue el que consumió más tiempo. Se requirió incubación durante la noche con magnética y microondas logró las concentraciones de ADN más altas y más
proteinasa K, un problema resuelto en el protocolo 2 al incubar muestras durante 30 bajas, 0.98 µ gramo/ µ L y
5 horas. El método 10 (versión ayb) fue el más rápido de todos los métodos de
orgánicos / sustancias peligrosas. Ambas versiones de este protocolo pudieron 0,50 µ gramo/ µ L, respectivamente. En sus comparaciones, establecieron cinco
recuperar rendimientos de ADN similares o más altos que los otros protocolos categorías para simplificar la extracción: extremadamente simple, simple, menos
probados, con proporciones aproximadamente 260/280 comparables. Según los simple, más simple y difícil, pero su sistema puede ser confuso porque no
hallazgos de su estudio, Lahiri et al. 44 pudieron concluir que el método de extracción presentaron los criterios utilizados para cada categoría. Sin embargo, clasificaron
de ADN que desarrollaron era el más rápido y seguro de los métodos basados en el fenol-cloroformo como difícil y el MagNA Pure automatizado como
solución probados, recuperando ADN de calidad y cantidad comparables. extremadamente simple, utilizando su sistema de categorías mencionado
con la técnica automatizada MagNA Pure como la más cara y el microondas como
no hay mención real de costos específicos para cada método en su estudio. Con
Abd El-Aal y col. 48 comparó una combinación de métodos de extracción base en los hallazgos mencionados anteriormente, concluyeron que la separación
manuales y automatizados para la extracción de ADN de muestras de sangre magnética mediante un protocolo automatizado
Tabla 2 Resumen del estudio comparativo de métodos de extracción de ADN por Lahiri et al.
10 a No No No 1 1,81 210
10b No No No 1 1.8 175
6 si si No 6 1,94 174
9 No si No 3 1,7 170
7 si si No 6 1,81 147
3 si si si 3 1,81 135
2 si No si 5 1,7 95
8 si si No Durante la noche 1,74 130
1 si No No Durante la noche 1,75 116
5 si si No Durante la noche 1,72 75
4 si si No Durante la noche 1,72 55
Nota: Reimpreso de Métodos de J Biochem Biophys 1992; 25 (4). Lahiri DK, Bye S, Nurnberger Ji Jr, Hodes Me, Crisp M. Un método de extracción no orgánico y no enzimático proporciona mayores rendimientos de ADN
genómico de muestras de sangre total que otros nueve métodos probados. 193-205. Copyright © 1992, con permiso de elsevier. 44
Tabla 3 Resumen de los resultados del estudio comparativo sobre técnicas de extracción de ADN de Lee et al.
Método de extracción de ADN Media corregida Concentración de ADN Media 260/280 Rango 260/280
Concentración de ADN rango (min-max) proporción ± Dakota del Sur (mínimo máximo)
QiAamp ® Blood Mini Kit (QiAGeN, Hilden, 25.42 ± 8.82 13.49–52.85 1,84 ± 0,09 1.59–2.04
Alemania) con QiAcube ®
Ácido nucleico MagNA Pure LC 22,66 ± 7.24 9.59–46.70 1,88 ± 0,08 1.6–1.97
Kit de aislamiento i con MagNA Pure LC (Roche
Diagnostics GmbH, Mannheim, Alemania)
Magtration-Magnazorb DNA Common 22.35 ± 6,47 12.57–35.08 1,70 ± 0,08 1,56–1,90
Kit-200N con Magtration System 12GC (Precision System
Science Co, Ltd, Tokio, Japón)
Nota: Reproducido de Lee JH, Park Y, Choi JR, Lee eK, Kim HS. Comparaciones de tres sistemas automatizados para la extracción de ADN genómico en un laboratorio de diagnóstico clínico.
Yonsei Med J. 2010; 51 (1): 104–110. 49
Abreviaturas: ADN, ácido desoxirribonucleico; min, mínimo; max, maximo; DE: desviación estándar.
se desempeñó mejor en términos de simplicidad de extracción, pureza del como el uso de compuestos tóxicos, el costo por muestra y el tiempo requerido, se
ADN extraído y velocidad, a pesar de que es el que tiene el costo más alto. muestra en la Tabla 4.
También llegaron a la conclusión de que era fundamental optimizar cualquier Basado en los métodos incluidos en la Tabla 4, se puede observar que el
método elegido y recomendaron el uso de la separación magnética, ya que método basado en perlas magnéticas es el protocolo de extracción de ADN más
requería un mínimo de material de partida y era rentable y fácil de usar. Sin rápido, requiriendo más de 30 minutos para ser ejecutado, mientras que todos los
embargo, como se indicó anteriormente, no se menciona cómo se determinó otros protocolos requieren más de 3 horas. Además, el método basado en perlas
la rentabilidad. 48 magnéticas es el más caro, con un costo de más de US $ 5 por muestra extraída.
Lee et al 49 extrajo ADN de 22 muestras de sangre total utilizando tres aislado para cada método. 1
basaron en técnicas de extracción en fase sólida: QIAamp ® Blood Mini Kit Chacon-Cortes et al 50 evaluó la rentabilidad y la eficiencia en el tiempo de tres
(QIAGEN, Hilden, Alemania) con QIAcube ®, que utiliza una membrana de técnicas de extracción de ADN disponibles a partir de muestras de sangre total: un
sílice y resinas dentro de una columna para unir ADN, y otros dos protocolos método tradicional de salazón, un método de salazón modificado y un kit disponible
que se basan en técnicas de aislamiento de ADN magnéticas MagNA Pure comercialmente basado en un método de extracción de ADN en fase sólida QIAamp ® ADNbloodmaxi
Mannheim, Alemania) y MagtrationMagnazorbDNACommonKit-200N con el kits (QIAGEN ® PtyLtd, CliftonHill, VIC, Australia) .El protocolo de saltingout modificado 25 reemplazó
sistema de el paso de incubación de la muestra durante la noche del método tradicional de salazón, 18
12GC (Precision SystemScienceCo, Ltd, Tokio, Japón). La concentración de ADN se detergente para ropa para reducir el tiempo de extracción a aproximadamente 1 hora.
midió mediante espectrofotometría y la pureza se evaluó mediante una relación Cinco microlitros de sangre total de seis pacientes con cáncer de mama se
estadístico para validar los resultados del estudio, que se resumen en la Tabla 3.
Cuadro 4 Resumen de las características evaluadas para los métodos de extracción de ácido
Los resultados no mostraron diferencias estadísticas entre las concentraciones de desoxirribonucleico (ADN) revisados por Carpi et al.
ADN obtenidas entre los tres métodos comerciales, pero la pureza del ADN fue Extracción de ADN Tóxico Costo Hora
ligeramente más baja para el kit común de Magtration-Magnazorb DNA-200N en método compuestos estimación por necesario
comparación con los otros dos métodos. El ADN extraído fue de calidad similar según muestra (US $) (horas)
los resultados de la PCR y la electroforesis en gel de agarosa. Por lo tanto, Fenol-cloroformo Fenol, , 5 . 3
método cloroformo
concluyeron que la efectividad para todos los sistemas era equivalente y que todos
Método de gel de sílice Fenol, , 5 . 3
producían un aislamiento aceptable de ácidos nucleicos. 49
cloroformo
Método del alcohol bencílico Alcohol de bencilo , 5 . 3
Método de salazón Ninguna , 5 . 3
La tabla 4 fue adaptada de una revisión publicada por Carpi et al. 1 en 2011, donde
A base de perlas magnéticas Ninguna . 5 . 0,5
revisaron los métodos de extracción de ADN utilizados en una amplia gama de fuentes
método
biológicas, incluidos seis métodos utilizados en muestras de sangre completa. Un Nota: Copyright © 2011. Bentham Science Publishers. Carpi FM, Di Pietro F, vincenzetti S, Mignini F,
Napolioni v. Métodos de extracción de ADN humano: patentes y aplicaciones. Reciente Pat DNA Gene Seq. 2011;
resumen de las tres características evaluadas para los métodos de aislamiento de ácidos
5 (1): 1–7. Reimpreso con permiso de eureka Science Ltd. 1
nucleicos,
Journal of Biorepository Science for Applied Medicine 2014: 2 envíe su manuscrito | www.dovepress.com
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Paloma prensa
Chacon-Cortes y Griffiths Paloma prensa
Cuadro 5 Resumen de resultados del estudio comparativo de métodos de extracción de publicado hasta la fecha. La extracción de ADN ha evolucionado a partir de
ADN de Chacon-Cortes et al.
técnicas manuales en solución y en fase sólida realizadas inicialmente de
ADN Promedio Promedio Costo Hora forma manual para incorporarlas en métodos automatizados. No existe
extracción ADNg final 260/280 estimar necesario
consenso sobre un método estándar de oro para la extracción de ADN de
método rendimiento ( μ gramo)proporción por muestra (horas)
(AUD) muestras de sangre total, y todos difieren en muchos aspectos diferentes.
QiAamp ® ADN 61,86 2.02 12,3 1 opción disponible. Las instalaciones de todo el mundo generalmente eligen
maxi kits de sangre un método basado en la disponibilidad de equipos, muestras y reactivos,
(QiAGeN ® Pty
además de considerar la velocidad, la eficiencia y calidad de extracción, los
Ltd, Clifton Hill,
viC, Australia)
requisitos técnicos y el costo.
Nota: Copyright © 2012. Springer. Mol Biol Rep. 2012; 39: 5961–5966. Comparación de técnicas de extracción
de ADN genómico de muestras de sangre total: estudio de evaluación de tiempo, costo y calidad.
Chacon-Cortes D, Haupt L, Lea R, Griffiths L. Reproducido con el amable permiso de Springer Science and
Business Media. 50
términos de calidad y cantidad de ADN extraído, así como costo y tiempo requerido. La con ninguna organización financiera o científica con respecto al material
cantidad de ADN se midió usando espectrofotometría, y la calidad del ADN se evaluó discutido en el manuscrito.
el mayor rendimiento y la proporción de 260/280 de todos los métodos evaluados, con 2. Dahm R. Friedrich Miescher y el descubrimiento del ADN. Dev Biol.
una medida promedio de 61,86. µ gy 2.02, respectivamente, pero los protocolos de 2005; 278 (2): 274–288.
3. Holmes FL. Meselson, Stahl y la replicación del ADN: una historia
salazón tradicionales y modificados produjeron resultados similares en términos de
del experimento más bello de biología. New Haven, CT: Yale University Press;
proporciones de ADN y 260/280. Sin embargo, el análisis estadístico mediante el análisis 2001.
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de varianza mostró que el rendimiento de ADN y los resultados de la relación 260/280 no
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fueron significativamente diferentes para los tres métodos ( PAG- valor de 0,110 y 5. Tan SC, Yiap BC. Extracción de ADN, ARN y proteínas: el pasado y el presente. J Biomed
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paso de incubación durante la noche, y el QIAGEN QIAampDNABloodMaxiKit fue 7. Price CW, Leslie DC, Landers JP. Técnicas de extracción de ácidos nucleicos y aplicación
al microchip. Lab Chip. 2009; 9 (17): 2484–2494.
el más caro de todos los métodos incluidos, costando alrededor de 12.30 dólares
8. BoomR, Sol CJ, Salimans MM, Jansen CL, Wertheim-van Dillen PM, van der Noordaa J.
australianos, casi siete veces el protocolo de salazón modificado. Por lo tanto, con
Método rápido y sencillo para la purificación de ácidos nucleicos. J Clin Microbiol. 1990; 28
base en estos hallazgos, el protocolo de salazón modificado desarrollado por Nasiri (3): 495–503.
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et al 25 demostró ser la técnica más rentable y eficiente en el tiempo para aislar el
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ADN de muestras de sangre entera. 50
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