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bioeléctricos
Introducción
La magnitud de la carga
del electrón o del
protón es la unidad
natural de carga.
𝑞
𝐸 = 𝐾𝑒 𝑟 𝐹 =𝑞∙𝐸
𝑟2
• Se utiliza el principio de
superposición.
BIO403 Biofísica – Notas de clase – J. Felipe
Osorio-Tobón Ph.D.
Ejemplo
• Dos cargas puntuales q1
(0,0) y q2 (10,0) de +12 nC
y -12 nC, respectivamente
(Dipolo eléctrico). Calcule
Conjunto de • 𝑉 = 𝑈 = 𝐾 𝑞𝑖
𝑞 𝑒 𝑖𝑟
cargas 0 𝑖
Distribución 𝑑𝑞
• 𝑉 = 𝐾𝑒
de cargas 𝑟
Potencial de
membrana
https://www.youtube.com/watch?v=5qwCmyETAvA
¿Cual será
Fuente: Sears y Zemansky (2010)
la carga
neta si se
aplica
un
potencial
de 120 V?
sección transversal.
• Es proporcional a la
resistividad del material
del que está hecho el
conductor.
𝜌𝐿 𝑉 • 1 Ω = 1 V/A
𝑅= =
𝐴 𝐼
𝑉𝑎𝑏 = 𝜀 − 𝐼𝑟
• Cualquier trayectoria
Rm Cm
Vm 𝑉𝑚 − 𝑉𝑟 = 0,632𝑖𝑅𝑚
Vr
• Si 𝑘: relación entre
dimensiones lineales.
• 𝐿1 = 𝑘𝐿2
𝑆2 𝐿2 2
• = = 𝑘2
𝑆1 𝐿1
𝑉2 𝐿2 3
Si la relación entre las alturas dos organismos • = = 𝑘3
es 10 ¿Como es la relación entre las 𝑉1 𝐿1
longitudes de los brazos?
Ocupación de
¿Animales grandes = ventaja?
nicho ecológico
Aprovechamiento
Depredador-presa
del combustible
Fenchel Calder
r = aW -1/4 t = aW1/4
Tiempo de
Damuth
Generación
d = aW-3/4
g = aW1/4
(www.biology.arizona.edu/)
3
𝑇𝑀 = 𝐴𝑚 4 = 𝐴𝑚0,75
Rata Musaraña
(100 g) (2,5 g)
410 lpm 600 lpm
Irregularidad y estructura
FRACTALES
Julia
es una copia reducida del
total
Mandelbrot
Cada porción del objeto
tiene la información
necesaria para
reproducirlo todo
Fuente: Wikipedia
ln 𝑛
•𝑑=
Dimensión ln 1 𝑟
fraccionaria • Donde 𝑛 es el número de
copias y 𝑟 es la escala.
Definición esquemática
Repeticiones crecientes,
decrecientes o iguales de
entidades.
Tiene detalles en Es demasiado irregular
escalas para ser descrito en
arbitrariamente términos geométricos Repeticiones multiplicativas
pequeñas. tradicionales. de entidades.
Tiene auto-similaridad
Su dimensión de Repeticiones cíclicas de
Hausdorff-Besicovitch entidades.
exacta o estadística.
no es entera.
Repeticiones no simétricas
de entidades.
Fuente: http://enciclopedia.us.es/index.php/Copo_de_nieve_de_Koch
Osorio-Tobón Ph.D.
𝑑=
log 3
log 4
= 1,2618 …
Triángulo de Sierpinsky
log 3
𝑑= = 1,5849 …
log 2
Amonita
Conchas marinas
Osorio-Tobón Ph.D.
Salares
Fuente: www.wired.com/2010/09/fractal-patterns-in-nature/
Fuente: www.wired.com/2010/09/fractal-patterns-in-nature/ Fuente: www.wired.com/2010/09/fractal-patterns-in-nature/
Montañas
Pavo real
Osorio-Tobón Ph.D.
Hojas
Fuente: www.wired.com/2010/09/fractal-patterns-in-nature/
Fuente: www.mnn.com/earth-matters/wilderness-resources/blogs/14- Fuente: www.wired.com/2010/09/fractal-patterns-in-
amazing-fractals-found-in-nature nature/
nieve
Copo de
Osorio-Tobón Ph.D.
Arboles
Fuente: www.mnn.com/earth-matters/wilderness-
resources/blogs/14-amazing-fractals-found-in-nature
Se expresan mediante
algoritmos, es decir, por
medio de procedimientos
secuenciales e iterativos, que
por lo general requieren la
ayuda de un computador.
Fuente: Pixabay
BIO403 Biofísica – Notas de clase – J. Felipe
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Osteoporosis
Fuente: http://entrenadorpersonal.pro/osteoporosis/
BIO403 Biofísica – Notas de clase – J. Felipe
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Comportamientos impredecibles de los sistemas dinámicos
𝑑𝑥
=𝑎 𝑦−𝑥
𝑑𝑡
𝑑𝑦
= 𝑟 𝑥 − 𝑦 − 𝑥𝑧
𝑑𝑡
𝑑𝑧
= 𝑥𝑦 − 𝑏𝑧
𝑑𝑡
Fuente: Pixabay
caótico, desencadena una
arritmia.
𝜃𝑛+1 = 𝜃𝑛 + 𝜔 + 𝑘 sin 𝜃𝑛
medicaltie.com
Fuente: circuitoaleph.net
los elementos que participan en la
propagación del impulso nervioso
¿El
¿La actividad de una
cerebro en
neurona se refleja en los
masa es
impulsos que emite?
Fuente: www.omicrono.com
caótico?
Neuronas
con Actividades
función motoras
marcapaso
Conceptos básicos
Introducción
Anabolismo
Producción
Energía
Metabolismo
Células
Oxidación -
Almacenamiento Enlaces químicos
reducción
Principios que
Procesos rigen las
Fuente de vida
energéticos transformaciones
energéticas
Cerrado
Región de estudio
especificado por un
volumen (V) en el espacio.
Aislado
Estable - estacionario
Fuente: blog.utp.edu.co
• Designa el estado de
Fase agregación del
sistema.
Fuente: www.intechopen.com
BIO403 Biofísica – Notas de clase – J. Felipe
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Ejemplo
Imagine dos procesos en la industria
biotecnológica: uno en régimen permanente y
otro en régimen transitorio. Defina: 1) el
sistema, 2) los alrededores, 3) las fases
involucradas, 4) el estado de agregación, 5) si
hay o no corrientes de alimentación y salida, y 6)
si el proceso ocurre en batch, fed batch o
continuo.
𝐴𝑐𝑢𝑚𝑢𝑙𝑎𝑐𝑖ó𝑛 𝑡+∆𝑡
𝑡 = 𝑡𝑎𝑠𝑎 𝑑𝑒 𝑎𝑙𝑖𝑚𝑒𝑛𝑡𝑎𝑐𝑖ó𝑛𝑡𝑡+∆𝑡 ∆𝑡- 𝑡𝑎𝑠𝑎 𝑑𝑒 𝑠𝑎𝑙𝑖𝑑𝑎𝑡𝑡+∆𝑡 ∆𝑡 +
𝑡𝑎𝑠𝑎 𝑑𝑒 𝑖𝑛𝑡𝑒𝑟𝑐𝑎𝑚𝑏𝑖𝑜 𝑒𝑛 𝑙𝑜𝑠 𝑙𝑖𝑚𝑖𝑡𝑒𝑠𝑡𝑡+∆𝑡 ∆𝑡 + 𝑡𝑎𝑠𝑎 𝑑𝑒 𝑔𝑒𝑛𝑒𝑟𝑎𝑐𝑖ó𝑛𝑡𝑡+∆𝑡 ∆𝑡
𝜃 𝑡 + ∆𝑡 − 𝜃 𝑡 = 𝜃𝐸 ∆𝑡 − 𝜃𝑆 ∆𝑡 + 𝜃𝑙𝑖𝑚 ∆𝑡 + 𝜃𝑔𝑒𝑛 ∆𝑡
Régimen •
𝑑𝜃
=0= 𝐾𝐸 𝜃𝐸 𝑀𝐸 − 𝐾𝑆 𝜃𝑆 𝑀𝑆 + 𝐾𝑙𝑖𝑚 𝜃𝑙𝑖𝑚
permanente 𝑑𝑡
𝑑𝜃
Batch •
𝑑𝑡
= 𝐾𝑙𝑖𝑚 𝜃𝑙𝑖𝑚 + 𝜃𝑔𝑒𝑛
𝑑𝜃
Fed batch •
𝑑𝑡
=− 𝐾𝑆 𝜃𝑆 𝑀𝑆 + 𝐾𝑙𝑖𝑚 𝜃𝑙𝑖𝑚 + 𝜃𝑔𝑒𝑛
𝑑𝑀
= 𝑀𝐸 − 𝑀𝑆
𝑑𝑡
𝐾𝐸 𝐾𝑆
PRIMERA LEY DE LA
TERMODINÁMICA
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Energía interna
Es una propiedad característica del sistema
y puede ser medida de alguna manera.
Relacionada con los movimientos
Energía interna
microscópicos relativos de los átomos
(U)
de sistema.
↑T→↑agitación
Fuente: cosasdelmundo.net
Fuente: recetasdecocinablog.com
Determinación de los
Información sobre la
parámetros que definen
energética de transporte
la unión de ligandos a
de iones
macromoléculas
𝑑𝑉
𝑊𝑒𝑥𝑝 = −𝑃
dL 𝑑𝑡
• La cantidad de fluido
𝑀1 que entra y sale ejerce
𝑀2
una fuerza, la cual
𝑃1 𝑉1 𝑃2 𝑉2 empuja el fluido que
esta en el tubo.
𝑊𝑓𝑙𝑢𝑗𝑜 = 𝑀𝐸 𝑃𝑉 𝐸
− 𝑀𝑆 𝑃𝑉 𝑆
𝐾𝐸 𝐾𝑆
𝑑𝐸 𝑑𝑉
= 𝑄 + 𝑊𝑆 − 𝑃 + 𝐾𝐸 𝐸𝐸 𝑀𝐸 + 𝐾𝐸 𝑃𝑉 𝐸
𝑀𝐸 − 𝐾𝑆 𝐸𝑆 𝑀𝑆 − 𝐾𝑆 𝑃 𝑉 𝑆 𝑀𝑆
𝑑𝑡 𝑑𝑡
𝑑 𝑈 + 𝐸𝑐 + 𝐸𝑝 𝑑𝑉
= 𝑄 + 𝑊𝑆 − 𝑃 + 𝐻 + 𝐸𝑐 + 𝜓 𝑀𝐸 − 𝐻 + 𝐸𝑐 + 𝜓 𝑆 𝑀𝑆
𝑑𝑡 𝑑𝑡 𝐸
𝐾𝐸 𝐾𝑆
𝑑𝑈 𝑑𝑉
= 𝐻𝐸 𝑀𝐸 − 𝐻𝑆 𝑀𝑆 + 𝑄 + 𝑊𝑆 − 𝑃
𝑑𝑡 𝑑𝑡
𝐾𝐸 𝐾𝑆
𝜔𝐼 + 𝜔𝐼𝐼 = 1
Para mezclas de vapor y agua, la fracción
másica es llamada “Calidad” y frecuentemente
es expresada como porcentaje.
A volumen 𝜕𝑈
•𝐶𝑉 (𝑇, 𝑉) =
constante 𝜕𝑇 𝑉
A presión 𝜕𝐻
•𝐶𝑃 (𝑇, 𝑃) =
constantes 𝜕𝑇 𝑃
SEGUNDA LEY DE LA
TERMODINÁMICA
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En un sistema cerrado, aislado y con volumen
constante:
𝑑𝜃
= 𝜃𝐸 𝑀𝐸 − 𝜃𝑆 𝑀𝑆 + 𝜃𝑙𝑖𝑚 + 𝜃𝑔𝑒𝑛
𝑑𝑡
𝐾𝐸 𝐾𝑆 𝐾𝑙𝑖𝑚
↓
𝑑𝜃
= 𝜃𝑔𝑒𝑛
𝑑𝑡
𝑊𝑆 𝑖𝑟𝑟𝑒𝑣𝑒𝑟𝑠𝑖𝑏𝑙𝑒
𝐸𝑓 =
𝑊𝑆 𝑟𝑒𝑣𝑒𝑟𝑠𝑖𝑏𝑙𝑒
𝑇1 − 𝑇2
−𝑊𝑚𝑎𝑥 = 𝑄1
𝑇1
𝑊
consta de dos
transformaciones
isotérmicas y dos
adiabáticas
Reservorio a
Temperatura 𝑇2
Utiliza dos fuentes
una de Baja
temperatura y otra
a Alta temperatura
Fuente: www.sc.ehu.es/sbweb/fisica/estadistica/carnot/carnot.htm
Osorio-Tobón Ph.D.
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𝜂𝐶 = 1 −
𝑇1
𝑇2
La eficiencia de Carnor (𝜂𝐶 ) esta definida por:
Ejemplo
Una máquina térmica que trabaja entre dos
focos térmicos a 100 K y 500 K, absorbe en cada
ciclo 1000 J de calor del foco caliente. Si su
rendimiento es del 20%, responder a las
siguientes preguntas:
a. ¿La máquina funciona reversible o
irreversiblemente? ¿Por qué?
b. Determine la generación de entropía de la
maquina en cada ciclo.
TERMODINÁMICA EN SISTEMAS
BIOLÓGICOS
BIO403 Biofísica – Notas de clase – J. Felipe
Osorio-Tobón Ph.D.
U y H en reacciones bioquímicas
¿Nos permite la Primera
ley predecir si un proceso
ocurrirá o no en forma
Calorímetro
cerrado • ∆𝑈 = ∆𝑄 espontánea?
Reacción ∆𝑯 Tipo
NaNO3 en agua ∆𝐻 > 0 Endotérmico
Difusión de ∆𝐻 = 0
Na+ a favor de
• ∆𝐻 = ∆𝑄
Calorímetro un gradiente
de
abierto concentración
∆𝑯 Tipo
∆𝐻 > 0 Endotérmico
∆𝐻 < 0 Exotérmico
°
∆𝐻𝑟𝑥𝑛 = 𝑛∆ℎ𝑐° − 𝑛∆ℎ𝑐°
𝑟𝑒𝑎𝑐𝑡𝑎𝑛𝑡𝑒𝑠 𝑝𝑟𝑜𝑑𝑢𝑐𝑡𝑜𝑠
En procesos anaeróbicos:
°
∆𝐻𝑟𝑥𝑛 = 𝑛∆ℎ𝑐° + 𝑛∆ℎ ° − 𝑛∆ℎ ° − 𝑛∆ℎ °
𝑏𝑖𝑜𝑚𝑎𝑠𝑎 𝑐 𝑝𝑟𝑜𝑑𝑢𝑐𝑡𝑜𝑠 𝑐 𝑠𝑢𝑠𝑡𝑟𝑎𝑡𝑜 𝑐 𝑓𝑢𝑒𝑛𝑡𝑒 𝑑𝑒 𝑁
∆𝐴 = ∆𝑈 − 𝑇∆𝑆
∆𝐺 = ∆𝐻 − 𝑇∆𝑆
BIO403 Biofísica – Notas de clase – J. Felipe
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“La entropía puede utilizarse como criterio de espontaneidad,
pero deben estimarse los cambios entrópicos tanto en el sistema
cómo en los alrededores”
Sistema Biológico Denominación del proceso
∆H > 0 Se calienta Endotérmico
∆H < 0 Se enfría Exotérmico
∆H = 0 No hay transferencia Equilibrio
∆S > 0 ¿Aumenta desorden? Favorable termodinámicamente
∆S < 0 ¿Aumenta orden? Desfavorable termodinámicamente
∆S = 0 Equilibrio Equilibrio
∆G > 0 Aumenta capacidad de realizar trabajo No espontáneo (Endergónico)
∆G < 0 Disminuye capacidad de realizar trabajo Espontáneo (Exergónico)
∆G = 0 Equilibrio Equilibrio
superficie. (K)
𝑇𝑔 = Temperatura del fluido
lejano. (K)
Estimación del
calor y la • 𝑄 = 𝐶𝑝 𝑚∆𝑇
capacidad • 𝐶𝑝𝑀 = 𝑥𝑖 𝐶𝑝𝑖
calorífica
Organización y
Proteínas Propiedades
fisicoquímicas
funcionamiento
de la vida
ADN
BIO403 Biofísica – Notas de clase – J. Felipe
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Fuente: mrmitchellsbiology.weebly.com
PROTEÍNAS
Funciones de los aa
dinámicas Transcripción
• Contracción.
BIO403 Biofísica – Notas de clase – J. Felipe
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Estructura general
• Estos dos grupos se
pueden ionizar en medio
acuoso.
• El grupo carboxilo se
comporta como un ácido
Fuente: depa.fquim.unam.mx
Fuente: www.vi.cl
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Punto Isoeléctrico
pH en el cual un aa es eléctricamente neutro y
esta en forma zwitteriónica
𝑝𝐾𝑎 𝐶𝑂𝑂𝐻+ 𝑝𝐾𝑎 𝑁𝐻3+
• 𝑝𝐼 =
2
Fuente: apuntesbioquimicageneral.blogspot.com
• Es constante para un compuesto determinado
en unas condiciones definidas de fuerza iónica
y temperatura.
• Es posible predecir la carga eléctrica de los aa.
Glutamato Glicina
Fuente: www.biorede.pt
R -CH2CH2COOH -H
pK1 (−𝑪𝑶𝑶𝑯) 2.13 2.35
pK2 (𝑵𝑯𝟑+) 9.95 9.78
pKR 4.32 -----
• Formado por la
Estos péptidos
tienen curvas de
titulación y pI
característicos
También es
Gel actúa como un
afectada por el
𝑉 𝑍
𝜇= =
𝐸 𝑓
Es establecido un
gradiente de pH
Secuencia de
nucleótidos
Fuente: bifi.es
Componentes
Biomolecular
celulares
Juegan un papel
Muy flexible importante en
el metabolismo
B es el mas
A → Agua
estable
Fuente: web.uconn.edu
Z → hacia la
izquierda
pH 7 y T ambiente
→ Viscosidad
La
pH extremo o T por
viscosidad
encima de 80oC
decrece
Fuente: cbc.arizona.edu
Su adsorción Efecto
UV hipocrómico
disminuye o o
aumenta hipercrómico
• 𝑁𝑎 + en (mol l-1).
• Valida para concentraciones mayores a 0,2 M.
S • Desfavorable. aumento de
estructuras refinado
la cadena
• -24,85 cal mol-1K-1. intermedias
Iniciación con uno o dos G·C 0,0 -20,1 0,0 -5,9 0,6 -9,0
Iniciación con un solo A·T 0,0 -16,8 0,0 -9,0 0,6 -9,0
Corrección de simetría 0,0 -1,3 0,0 -1,4 0,0 -1,4 0,0 -1,4
5' T·A corrección 0,4 0,0
A·T par de bases fina 2,3 4,1
G·C par de bases final 0,1 -2,8
Fuente: elprofedebiolo.blogspot.com
Recepción y transmisión
Permeabilidad selectiva
Producción, control y
conservación de
electroquímicos
de señales
gradientes
Enzimas
• Catalizan reacciones en la superficie de la membrana.
(integrales o periféricas)
Fuente: www.abpischools.org.uk
BIO403 Biofísica – Notas de clase – J. Felipe
Osorio-Tobón Ph.D.
Fuente: Lehninger (2010)
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Tipos de transporte
a través de membranas
Transporte Pasivo
No requiere energía
Transportadores
Difusión simple.
(facilitado)
Canales
• Hidrólisis del
ATP (T.A.P).
Cuando solo se
transporta de una 𝐶2
región con C1 hasta • ∆𝐺𝑡 = 𝑅𝑇 ln 𝐶1
otra con C2
Cuando e soluto es un 𝐶2
ion • ∆𝐺𝑡 = 𝑅𝑇 ln 𝐶1 + 𝑍𝔉∆𝜓
• Transporte de iones en
∆G > 0 contra de un gradiente
electroquímico.
Potencial de membrana ∆𝜓
𝐺 = 𝑓 𝑇, 𝑃 𝑑𝐺 = −𝑆𝑑𝑇 + 𝑉𝑑𝑃
Potencial electroquímico
𝜇 = 𝜇0 + 𝑅𝑇 ln 𝐶 + 𝑧𝐹𝜓
𝑅𝑇 𝑧𝑖 𝐹∆𝜓
A 25oC → = 25 𝑚𝑉 𝐶𝑖𝑖𝑛𝑡 = −
𝐶𝑖𝑒𝑥𝑡 𝑒 𝑅𝑇
𝑧𝐹
Concentración Concentración
Ion Potencial de equilibrio
intracelular extracelular
Sodio(Na+) 15 mM 145 mM 𝜓Na = +60,60 mV
Potasio (K+) 150 mM 4 mM 𝜓K = −96,81 mV
Calcio (Ca2+) 70 nM 2 mM 𝜓Ca = +137,04 mV
Ion hidrogeno (protón,
63 nM (pH 7,2) 40 nM (pH 7,4) 𝜓H = −12,13 mV
H +)
Magnesio (Mg2+) 0,5 mM 1 mM 𝜓Mg = +9,26 mV
Cloruro (Cl−) 10 mM 110 mM 𝜓Cl = −64,05 mV
Bicarbonato (HCO3−) 15 mM 24 mM 𝜓HCO3- = −12,55 mV
Principio de electroneutralidad
A+
𝐽+ = 𝐽−
• La movilidad de A+ es
menor que la de B-.
𝑢+ − 𝑢− 𝑅𝑇 𝑐 𝑖𝑛𝑡
• Ambos se difunden con la ∆𝜓 = − ln 𝑒𝑥𝑡
misma velocidad. 𝑢+ + 𝑢− 𝐹 𝑐
• Velocidad intermedia (𝑢)
𝑖𝑛𝑡 𝑒𝑥𝑡
𝑅𝑇 𝑝𝑁𝑎 𝑐𝑁𝑎 + 𝑝𝐾 𝑐𝐾𝑖𝑛𝑡 + 𝑝𝐶𝑙 𝑐𝐶𝑙
∆𝜓 = − ln 𝑒𝑥𝑡 𝑒𝑥𝑡 𝑖𝑛𝑡
𝐹 𝑝𝑁𝑎 𝑐𝑁𝑎 + 𝑝𝐾 𝑐𝐾 + 𝑝𝐶𝑙 𝑐𝐶𝑙
𝑑𝜓 𝑑𝑐𝑖
Nernst-Planck • Explica el flujo de materia. 𝐽𝑖 = −𝑢𝑖 𝑐𝑖 𝑧𝑖 𝐹 − 𝑢𝑖 𝑅𝑇
𝑑𝑥 𝑑𝑥
𝑢+ − 𝑢− 𝑅𝑇 𝑐 𝑖𝑛𝑡
Potenciales de difusión • Cuando la movilidad es diferente. ∆𝜓 = − ln
𝑢+ + 𝑢− 𝐹 𝑐 𝑒𝑥𝑡
𝑖𝑛𝑡 𝑒𝑥𝑡
• Varios aniones y 𝑅𝑇 𝑝𝑁𝑎 𝑐𝑁𝑎 + 𝑝𝐾 𝑐𝐾𝑖𝑛𝑡 + 𝑝𝐶𝑙 𝑐𝐶𝑙
Goldman Hodgkin Katz • cationes monovalentes.
∆𝜓 = −
𝐹
ln 𝑒𝑥𝑡
𝑝𝑁𝑎 𝑐𝑁𝑎 + 𝑝𝐾 𝑐𝐾𝑒𝑥𝑡 + 𝑝𝐶𝑙 𝑐𝐶𝑙
𝑖𝑛𝑡
no varia linealmente.
• En realidad la membrana
celular es permeable al
sodio.
proporciona la energía
necesaria para el
transporte (Activo).
• Entra un ion de K+ y sale
un ion de Na+.
De gran
amplitud
Transitorio
https://www.youtube.com/watch?v=HYLyhXRp298