UNIDAD 9

BIOQ. ANDREA A. SIRIO

 ALGUNOS CONCEPTOS…
• ECOLOGÍA MICROBIANA: Estudia
la interacción de los
microorganismos entre sí y con su
ambiente (biótico y no biótico).
• ECOSISTEMAS: Comunidad de
organismos en su medio natural.
• GREMIO: Conjunto de poblaciones
de microorganismos relacionados
metabólicamente en un mismo lugar.
En un sistema microbiano, el crecimiento celular forma poblaciones.

Las poblaciones metabólicamente relacionadas se denominan

gremios, y los conjuntos de agrupaciones interaccionan formando
comunidades microbianas, que interaccionan con comunidades de
macroorganismos y con el ambiente, todo lo cual engloba y define
el ecosistema.
 ECOSISTEMA

MAYOR COMPLEJIDAD DE INTERACCIONES

COMUNIDAD

GREMIO

POBLACIÓN

INDIVIDUO
Parque Yellowstone – Grand prismatic spring (USA)
 CICLOS BIOGEOQUÍMICOS
• Un ciclo biogeoquímico es el resultado del conjunto de los procesos
biológicos y químicos durante el reciclado de estos elementos esenciales
de los sistemas vivos.
• Losmicroorganismos tienen un papel clave en el reciclado de los
elementos, especialmente en el caso del Carbono, Azufre, Nitrógeno e
Hierro.
•A menudo, esos ciclos implican reacciones de oxidación-reducción a
medida que el elemento se desplaza a través del ecosistema.
 AMBIENTES
• Los hábitat naturales de los microorganismos son diversos: cualquiera
que sea adecuado para el crecimiento de organismos superiores, lo es
también para el de microorganismos, pero también hay muchos hábitat
con condiciones físicas o químicas extremas donde pueden existir
microorganismos.

• El crecimiento en la naturaleza de los microorganismos depende de los

recursos (nutrientes) disponibles y de las condiciones de crecimiento.
 PRINCIPALES RECURSOS Y CONDICIONES QUE REGULAN EL CRECIMIENTO MICROBIANO EN LA NATURALEZA

RECURSOS CONDICIONES

- CARBONO (Orgánico, CO2)

- TEMPERATURA (frío, templado, caliente)
- NITRÓGENO (Orgánico, Inorgánico)
- OTROS MACRONUTRIENTES - POTENCIAL DEL AGUA (seco, húmedo, mojado)

(S, P, K, Mg) - pH (ácido, neutro, básico)

- MICRONUTRIENTES
- O2 (óxico, microóxico, anóxico)
(Fe, Mn, Co, Cu, Zn, Ni)
- LUZ (luz clara, luz tenue, oscuridad)
- O2 y otros aceptores de e-
(NO3-, SO42-, Fe3+) - CONDICIONES OSMÓTICAS (agua dulce, agua marina,

- Donadores de e- inorgánicos hipersalina)

(H2, H2S, Fe2+, NH4+, NO2-)
HÁBITAT:
Es un área que posee cierto grado de uniformidad, de tamaño variable y cuyas
características se supone que son de significado ecológico (superficie de una hoja, plantas
o animales, el mar, una parcela de suelo fértil, etc.).
Denota un conjunto de condiciones favorables o desfavorables para la vida, y es más
específico que el término ambiente.

NICHO ECOLÓGICO:
El que un organismo esté presente en un ecosistema no quiere decir que esté activo.
Así, la existencia medible de una transformación bioquímica específica es una buena
prueba de que el grupo existe y está activo. Se aplica el término nicho a las funciones que
el organismo realiza.
El ambiente es como la dirección y el nicho la función del organismo.
CRECIMIENTO MICROBIANO EN SUPERFICIES

• Las superficies suelen tener considerable importancia como hábitat

microbianos debido a que adsorben nutrientes: las concentraciones
suelen ser muy superiores a las de toda la solución.

• La superficie de adherencia puede ser también un nutriente (ej.

Partícula de materia orgánica): donde los microorganismos adheridos
catabolizan los nutrientes directamente de la superficie de la
partícula.
 BIOFILMES
• Son microcolonias revestidas de células
bacterianas adosadas a una superficie
mediante polisacáridos adhesivos
excretados por las propias células.
• Los biofilmes atrapan nutrientes para el
crecimiento de las poblaciones
microbianas y ayudan a impedir el
desprendimiento de las células que
crecen sobre las superficies expuestas a
corrientes de líquido.
Los biofilms pueden ser muy heterogéneos. Un biofilm sobre el
esmalte dental (conocido como placa dental o sarro) puede
contener más de 500 especies microbianas (sin contar virus).
En la naturaleza, la mayor parte de las bacterias se encuentran
formando parte de biofilms (biopelículas): complejas comunidades
celulares embebidas en una matriz orgánica de exopolisacáridos,
proteínas o incluso ácidos nucleicos.
Un biofilm es una forma de resistencia en comunidad. El biofilm
confiere resistencia a las bacterias y a todos aquellos
microorganismos que se encuentren en él.
A una bacteria le interesa formar parte de un biofilm, donde
adquirirá una serie extraordinaria de ventajas adaptativas. Por
ello, es biológicamente lógico que sean tan frecuentes en la
naturaleza.
• Presentantípicamente numerosas capas de
microorganismos, cada una de las cuales
puede ser observada por microscopia láser
confocal.
• La comunicación célula-célula es esencial en el
desarrollo y mantenimiento de un biofilme.
VENTAJAS DE LA FORMACIÓN DE UN BIOFILM
(PARA EL MICROORGANISMO)
• Adherencia a superficies bióticas y abióticas.
• Retención de agua disponible.
• Acumulación de solutos metabolizables.
• Reserva de enzimas hidrolíticas.
• Recubrimiento con matriz, lo que impide el reconocimiento-interacción
por elementos del sistema inmunitario (anticuerpos, complemento, células
fagocíticas, etc.).
• Resistencia a factores ambientales.
 BIOFILMES: CONSECUENCIAS
• SALUD: protege de ataques del sistema inmune y
antibióticos. Ejemplos: Fibrosis quística, periodontitis,
tuberculosis, infecciones por Staphylococcus, entre
otras.

• INDUSTRIA: pueden reducir el flujo de cualquier

líquido que circule en tuberías, acelerando su
corrosión; pueden degradar objetos sumergidos
(componentes estructurales de plataformas
petrolíferas); pueden afectar la calidad de agua.
 BIOFILMES: CONTROL
• Antibióticos que penetren los biofilmes.
• Fármacos que interfieran en la comunicación intracelular (y consecuente
formación del biofilme).
ASPECTOS BENEFICIOSOS DE LOS BIOFILMS.
APLICACIONES

BIORREMEDIACIÓN: numerosos microorganismos ambientales son capaces de

degradar compuestos tóxicos para los seres vivos (fenol, hidrocarburos), por lo
que muchas industrias los emplean para solucionar problemas de contaminación
química.
DEPURACIÓN DE AGUAS RESIDUALES: se emplean biofilms formados por
microorganismos respiradores aeróbicos (oxidan la materia orgánica del agua
hasta CO2).
EN ALIMENTOS: Biofilms de Acetobacter producen con mayor eficiencia el
vinagre, o los granos de biofilms del kéfir.
TAPETES MICROBIANOS

Los tapetes microbianos son una de las comunidades microbianas más

evidentes a la vista, y se pueden considerar biopelículas extremadamente
gruesas.
Construidos por bacterias fotótrofas o quimiolitótrofas, están constituidos por
comunidades estratificadas y pueden tener un grosor de varios centímetros.
Las capas están compuestas por especies de diferentes gremios microbianos
cuya actividad está gobernada por la disponibilidad de luz y otros recursos.
TAPETES MICROBIANOS

La combinación de metabolismo microbiano y transporte de nutrientes

controlado por difusión ocasiona un acusado gradiente de concentraciones de
los diferentes nutrientes y metabolitos microbianos, de manera que en el tapete
se crean nichos especiales a diversos intervalos de profundidad.

Los constructores de tapetes fotótrofos más abundantes y versátiles son

cianobacterias filamentosas, fotótrofos oxigénicos, muchos de los cuales crecen
en condiciones ambientales extremas. Por ejemplo, algunas especies de
cianobacterias crecen en aguas con temperaturas de hasta 73°C o de solo 0°C,
y otras toleran salinidades de más del 12% y valores de pH de hasta 10.
NIVELES DE NUTRIENTES Y VELOCIDAD DE CRECIMIENTO

• En la naturaleza, los microorganismos suelen alternar situaciones

de abundancia/escasez de nutrientes, por lo que han desarrollado
sistemas bioquímicos de producción de polímeros (material de
reserva).
• Ejemplos: poli-ß-hidroxibutirato y otros alcanoatos, polisacáridos,
polifosfatos, etc.
NIVELES DE NUTRIENTES Y
VELOCIDAD DE CRECIMIENTO

• La fase de crecimiento exponencial no suele prolongarse mucho

tiempo en el medio natural: está relacionado con la disponibilidad
de nutrientes.
• Por lo que la velocidad de crecimiento puede estar debido:
- Baja disponibilidad de nutrientes.
- Distribución no uniforme de dichos nutrientes a lo largo del
hábitat microbiano.
- Efectos competitivos de otros microorganismos.
COMPETENCIA Y COOPERACIÓN MICROBIANA

• La competencia entre microorganismos por los recursos puede ser

intensa y el resultado de ello depende de varios factores:

- Tasa de incorporación de nutrientes

- Tasas metabólicas inherentes

- Velocidad de crecimiento
COMPETENCIA Y COOPERACIÓN MICROBIANA

• Algunos microorganismos en vez de competir por el mismo nutriente,

colaboran para llevar a cabo una transformación determinada que
ninguno podría realizar por sí mismo: sintrofia.

• También hay cooperación metabólica en grupo de organismos que

llevan a cabo metabolismos complementarios (bacterias nitrosificantes
y nitrificantes).
INTERACCIONES ENTRE LOS INDIVIDUOS DE UNA
POBLACIÓN
INTERACCIONES POSITIVAS O DE COOPERACIÓN:

- se producen cuando la densidad poblacional es baja y

- suelen incrementar la velocidad de crecimiento de una población (hasta un
límite asintótico).

INTERACCIONES NEGATIVAS O DE COMPETENCIA:

- Predominan cuando hay alta densidad poblacional (disminuyen la tasa de

crecimiento).
INTERACCIONES ENTRE LOS INDIVIDUOS DE UNA
POBLACIÓN
• Como resultado, hay una densidad de población óptima para una tasa de
crecimiento máxima.

• En la naturaleza, las poblaciones con densidades intermedias tienen más

éxitos en la colonización de nuevos hábitat, que las poblaciones con pocos
individuos.
INTERACCIONES ENTRE LOS INDIVIDUOS DE UNA
POBLACIÓN
SEÑALES DE QUORUM

- La capacidad de interaccionar y responder a cambios en el entorno determina el

éxito o fracaso de los microorganismos: muchos microorganismos basan su
respuesta ante cambios en el ambiente en la liberación de señales moleculares
que son las responsables del desarrollo de un fenotipo adaptativo.

- Señales de quorum (quorum sensing): sirven al organismo para sentir los niveles de
su propia población, son pequeñas moléculas que difunden libremente al medio
donde son secretadas y captadas por los miembros de la propia (y a veces de
otra) población.
INTERACCIONES ENTRE LOS INDIVIDUOS DE UNA
POBLACIÓN
TIPOS DE SEÑALES DE QUORUM PEQUEÑOS AMINOÁCIDOS
PÉPTIDOS

DERIVADOS
BUTANÓLIDOS DE ÁCIDOS
GRASOS

HOMO
SERÍN DIPÉPTIDOS
LACTONAS CÍCLICOS
ACILADAS
Impacto del Quorum sensing en el metabolismo microbiano y la salud humana

Formación de biofilms Interacción bacteria-células

Interacción bacteria-planta
de mamíferos

Patogénesis o Esporulación
virulencia

Fermentación Pigmentación

Biodegradación de contaminantes
Generación de bioelectricidad
Síntesis de antibióticos
INTERACCIONES ENTRE LOS INDIVIDUOS DE
POBLACIONES DIFERENTES

I) Una o ambas II) Una se beneficia y

obtienen un beneficio la otra se perjudica
de la interacción

Comensalismo Amensalismo

Sinergismo Depredación

Mutualismo Parasitismo
 I- COMENSALISMO

• Una población se beneficia, mientras la otra no se afecta: relación

unidireccional entre dos poblaciones.
• Ejemplo: Las bacterias metanógenas producen metano en su
metabolismo que puede escapar a la atmósfera o ser utilizado
por las metiltrofas como fuente de energía y Carbono.
• Muchos casos: debido al cometabolismo  un microorganismo
transforma un compuesto por semejanza estructural al sustrato
normal de una enzima de una ruta metabólica (aunque no
obtenga ningún beneficio en la transformación).
 I- SINERGISMO

• SINERGISMO: Se benefician ambas

poblaciones, permitiendo combinar sus
actividades metabólicas para transformar
sustratos que por sí solas no pueden utilizar.

• SINTROFIA: Relación de sinergismo basada

en el suministro de nutrientes y energía.
 I- MUTUALISMO

• Relación obligatoria entre dos poblaciones que beneficia

a ambas.
• Es la extensión del sinergismo a una relación obligada,
más estrecha.
• A veces da lugar a una unidad poblacional que puede
ocupar un hábitat que de otra forma serían restrictivos
para las poblaciones por separado.
INTERACCIONES ENTRE LOS INDIVIDUOS DE
POBLACIONES DIFERENTES
I) Una o ambas II) Una se beneficia y
obtienen un beneficio la otra se perjudica
de la interacción

Comensalismo Amensalismo

Sinergismo Depredación

Mutualismo Parasitismo
 II- AMENSALISMO

• O Antagonismo, es una relación negativa basada en la producción de

sustancias tóxicas o la creación de condiciones intolerables para otras
poblaciones por parte de los microorganismos.
 II- DEPREDACIÓN

• Es un tipo de relación negativa en la que la población

beneficiada (depredador), obtiene el máximo alimento a
partir de la población perjudicada (presa), tras haber causado
su muerte.

• En general: relación corta en el tiempo, depredador>presa

(tamaño).

• A veces no queda clara la delimitación parasitismo-

depredación.
 II- PARASITISMO

• El parásito se establece, temporal o permanentemente, sobre la

superficie o en el interior de otro ser, de distinta especie

(hospedador).

• El parásito obtiene del hospedador sustancias que le son propias y

necesarias, sin reportarle a cambio beneficio o compensación.

• En general: relación larga en el tiempo, parásito < hospedador

(tamaño).
TIPOS DE INTERACCIONES ENTRE POBLACIONES MICROBIANAS
NOMBRE DE LA INTERACCIÓN EFECTO DE LA INTERACCIÓN
Población A Población B
Neutralismo 0 0
Comensalismo 0 +
Sinergismo (Protocooperación) + +
Mutualismo (Simbiosis) + +
Competencia - -
Amensalismo 0o+ -
Depredación + -
Parasitismo + -
0 = sin efecto
+ = efecto positivo
- = efecto negativo
 MICROBIOLOGÍA INDUSTRIAL
• Disciplina que utiliza los microorganismos, cultivados a gran
escala, para obtener productos con valor comercial o
realizar importantes transformaciones químicas.
• Inició con los procesos de fermentación alcohólica (como
los usados en la producción de vino y cerveza).
• Posteriormente se desarrollaron procesos microbianos
para la síntesis de productos farmacéuticos (como
antibióticos), aditivos alimentarios (como aminoácidos),
enzimas y productos químicos como el butanol y ácido
cítrico.
Estos procesos microbiológicos industriales se basan en la potenciación
de las reacciones metabólicas que los microorganismo ya eran capaces
de realizar, con la finalidad de sobreexpresar el producto que
interese.
MICROBIOLOGÍA INDUSTRIAL

• BIOTECNOLOGÍA MICROBIANA: Obtención de productos

microbianos que no son producidos de manera natural, por métodos
de manipulación génica.

• Biocatálisis: Término utilizado para describir las reacciones que

realizan los microorganismos en microbiología industrial.
 BIOTECNOLOGÍA BIOTECNOLOGÍA
TRADICIONAL ACTUAL
Consiste en Procesos industriales de crecimiento y cultivo de microorganismos Aplicación industrial de la ingeniería genética.
a gran escala, usando técnicas clásicas de cultivo y de mejora Utilizar seres vivos modificados para producir compuestos como
genética (mutación, selección), para obtener productos insulina humana, etc.
comerciales.
Microorganismos Tal y como existen en la naturaleza. Microorganismos nuevos alterados genéticamente (OGM) mediante
métodos de ingeniería genética.
empleados Genéticamente estables y aptos para manipulación genética.
Cultivables durante mucho tiempo.
Que crezcan rápidamente a gran escala en medios de cultivo líquidos.
Objetivos Transformación de algunas moléculas en otras más útiles Obtener determinadas sustancias útiles (algunas hormonas, etc.) que
(antibióticos, vacunas, etc.) no producen de forma natural.

Procedimientos Fermentaciones alcohólica, láctica o butírica (algunas ya Ingeniería genética: Procedimientos complejos que permiten aislar,
utilizadas en la antigüedad). modificar y expresar el material genético.
biotecnológicos Es importante controlar las características físico-químicas del (ej. Proyecto genoma humano)
proceso para aumentar el rendimiento.
Aplicaciones en Alimentaria: fabricación de pan, vino, cerveza, queso y leches Alimentaria: fermentaciones microbianas.
fermentadas, etc. Farmacéutica: obtener vacunas, diagnóstico clínico, terapia génica.
industrias Farmacéutica: vacunas, antibióticos, nuevos fármacos, etc. Agropecuaria: obtención de plantas y animales transgénicos, clonación
Agropecuaria: insecticidas biológicos, etc. de animales.
Biotecnología Biorremediación: eliminación de residuos humanos, producción Biorremediación: tratamiento microbiólogico de aguas residuales, de
microbiana de compuestos biodegradables. vertidos tóxicos (residuos industriales, pesticidas, metales pesados),
ambiental Control de plagas de insectos: insecticidas biológicos biodegradación del petróleo.
(Bioinsecticida Bt).
MICROORGANISMOS Y PRODUCTOS INDUSTRIALES

• Los principales microorganismos usados en los procesos biocatalíticos son

los hongos (levaduras y mohos) y algunos procariotas.
• Los microorganismos industriales son especialistas metabólicos capaces de
ser manipulados en cultivos a gran escala para producir uno o más
productos con alto rendimiento.
• Con el objetivo de incrementar el rendimiento de un producto particular
que una cepa determinada puede producir, a menudo sufren
manipulación genética (mutación o recombinación).
MICROORGANISMOS Y PRODUCTOS INDUSTRIALES

• Las cepas industriales actuales ya no provienen de la condición “silvestre”,

cuando se aisló la cepa por primera vez.

• Una vez desarrollados los microorganismos con valor en la industria, se

conservan en grandes colecciones nacionales (ATCC: Colección Americana
de Cultivos Tipo en USA, o DSMZ: Colección Alemana de Cultivos Tipo).

• Cuando se patenta un nuevo proceso biocatalítico, una cepa que lleva a

cabo tal proceso debe depositarse en una de estas colecciones.
 EJEMPLOS DE OBJETIVOS PARA MEJORAMIENTO DE CEPAS

• Crecimiento rápido
• Estabilidad genética
• No tóxicos para humanos
• Tamaño celular grande, para su fácil remoción de cultivos líquidos
• Habilidad de utilizar sustratos económicos
• Eliminación de la síntesis de compuestos que pueden interferir con el proceso downstream.
• Derepresión catabólica
• Deregulación del fosfato
• Alteraciones en la permeabilidad que mejore la velocidad de exportación de productos
• Resistencia a metabolitos
• Producción de: • Enzimas adicionales
• Compuestos que inhiban a microorganismos contaminantes
• Proteínas heterólogas que también puedan ser diseñadas
• “ayudas” del proceso downstream
 Conceptos de la ingeniería
de sistemas metabólicos

(a) Tres grandes etapas de los

bioprocesos.

Separación y purificación (b) Consideraciones para

Desarrollo de la cepa Fermentación optimizar el bioproceso.
(Proceso downstream)
(Proceso upstream) (Proceso midstream)
Listado de consideraciones
Selección de un huésped Uso de fuentes de carbono y medios Uso de fuentes de carbono y (para el desarrollo de la
microbiano. mínimos químicamente definidos medios mínimos químicamente cepa y fermentación) para
efectivos, económicos y de fácil definidos efectivos, econó-
Construcción de una vía contribuir a la mejora de la
obtención. micos y de fácil obtención.
biosintética de un producto no Optimización de las condiciones de Minimización de subproductos. performance de su producción
nativo. cultivo y estrategias de Optimización de condiciones (rojo), así como en la
Mejoramiento de la “alimentación”. de cultivo (bajos pH).
autotolerancia frente un Evaluación de la performance de la separación y purificación,
bioproducto. producción. ayudando a disminuir costos
Remoción de regulaciones toales de la operación
negativas. facilitando el proceso
Optimización de flujos downstream (azul).
metabólicos a través de vías Diseño iterativo y construcción de cepas
biosintéticas relevantes.
ALGUNOS TIPOS DE LEVADURAS UTILIZADAS
INDUSTRIALMENTE
LEVADURA PRODUCTO
Saccharomyces ellipsoideus VINO
Saccharomyces cerevisiae CERVEZA Y LEVADURA DE
PANIFICACIÓN
Torulopsis utilis FUENTE DE PROTEÍNAS
Candida lipolytica

Schizosaccharomyces sp. ALCOHOL INDUSTRIAL

- Desde el punto de vista industrial, son los más importantes: muchas

especies pueden convertir azúcares en alcohol etílico y dióxido de
Carbono.
- Participan en la producción de cerveza, vino, alcohol industrial,
glicerol y vinagre.
- También en la industria de la panificación y como alimento
humano y animal, por su alto contenido proteico.
ALGUNOS TIPOS DE MOHOS UTILIZADOS
INDUSTRIALMENTE
MOHOS PRODUCTO
Aspergillus niger ÁCIDO CÍTRICO
Penicillium sp. ÁCIDO GLUCÓNICO
Penicillium roquefort QUESO ROQUEFORT
Rhizopus oryzae ÁCIDO LÁCTICO
Penicillium griseofulvum GRISEOFULVINA

- Utilizados especialmente en la producción de antibióticos, enzimas, vitaminas y

ácidos orgánicos (cítrico, láctico, glutámico).
- También usado en la maduración de quesos (como el roquefort).
ALGUNOS TIPOS DE BACTERIAS UTILIZADAS
INDUSTRIALMENTE

BACTERIAS PRODUCTO
Acetobacter VINAGRE
Acetobacter suboxydans SORBITOL
Lactobacillus bulgaricus YOGUR
Lactobacillus delbrueckii ÁCIDO LÁCTICO
Streptomyces griseus ESTREPTOMICINA
 BIBLIOGRAFÍA
• ATLAS R. M.; BARTHA R. 2002. Ecología microbiana y Microbiología ambiental. 4º edición. Ed. Pearson Educación. Madrid,
España.
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