Teórica 24

Códigos de barra genéticos

(DNA Barcoding)
+
Delimitación de especies

Martín Ramírez, 2019. Curso de Sistemática Teórica, FCEyN – UBA

Algunas preguntas generales de la sistemática

El estudio de la diversidad de organismos biológicos, sus parentescos

y clasificación.

Diversidad. ¿Cómo organizamos el conocimiento sobre la enorme

diversidad biológica para que sea manejable, accesible, inteligible?
Conocimiento sobre especies y grupos taxonómicos en general
Conocimiento sobre anatomía, fisiología, genética, comportamiento
Parentescos. ¿Qué evidencias y metodologías utilizamos para reconstruir
las relaciones de parentesco evolutivo de los seres vivos?
Generalizaciones. ¿Qué razonamientos aplicamos para extender los
conocimientos sobre una especie a otra diferente?
Algunas preguntas generales de la sistemática

Diversidad. ¿Cómo organizamos el conocimiento sobre la enorme

diversidad biológica para que sea manejable, accesible, inteligible?

¿Cómo distinguimos eficientemente las especies?

Impedimento taxonómico
Impedimento taxonómico

Especies sin nombre

Especies con varios nombres. Taxonomía confusa, obsoleta.
Publicaciones desperdigadas en miles de revistas, en varios idiomas.
Es difícil; es muy difícil para no expertos.
Falta de expertos (¿podemos tener expertos en todos los taxones?)
Escasez de recursos, de bibliotecas, de expertos.
Alta diversidad en los países con menos especialistas y recursos.

Carga burocrática para colectas y colaboración internacional

Identificación de especies mediante marcadores moleculares

“Códigos de barra de la vida”, DNA Barcoding

Propósitos
Identificación rápida y automatizada de especies
Incluso a partir de juveniles, restos, trazas …
o especies crípticas (indistinguibles por morfología)
Identificación por no especialistas, con técnicas sencillas
Hebert et al 2002
Marcadores barcode

Requisitos
Universalidad; que se pueda obtener de todas las especies
Adecuada variabilidad (interespecífica mayor que intraespecífica) en un
fragmento corto
Fácil de secuenciar con buena calidad. Genoma mitocondrial
Fácil de analizar / alinear.
Haploide, sin recombinación, sin intrones

Animales:
Citocromo
oxidasa I (COI) COI
Barcode gap

ideal

problemático
Animales: Cytocromo oxidasa I – COI

Hebert et al 2003
Larvas distintas
Adultos con diferencias
sutiles (genitalia poco
variable)

Hebert et al 2004
 Diptera – Meier et al. 2006

Aves de Argentina – Kerr et al 2009

Propuestas iniciales: Provocativas, ambiciosas, condescendientes –
reemplazar a la taxonomía clásica por una taxonomía molecular (¿en
serio!? ¿o para llamar la atención)
Fuerte oposición de parte de la comunidad taxonómica y sistemática.
Muchos prejuicios.

Críticas del momento

Falta de universalidad del marcador COI
Umbrales de distinción universales poco creíbles
Visión reduccionista
Caracterización de la taxonomía como técnica (en vez de ciencia)
Canalización de fondos fuera de la taxonomía
Etc.
 Polémica local: Ciencia Hoy, 18 no. 106 ago-sep 2008

Tubaro y Astarloa 2008

Crisci y Katinas 2008

Taxonomía integrativa
Barcoding - hoy se usa de rutina
Junto con las demás fuentes de evidencia
Muy útil
 Hongos – ITS (nuclear)

Evaluación de éxito de PCR

Schoch et al. 2013

 Plantas – rbcL + matK (de cloroplasto) Calidad de secuenciación

Combinaciones
de marcadores

Marcadores
individuales

CBOL Plant Working Group 2009 Discriminación exitosa de especies

 Base de datos de referencia
Base de datos de referencia
•Identificada por expertos
•Con amplia representación
geográfica
•Con especímenes testigo

Los taxónomos y los museos

son componentes esenciales de
la iniciativa Barcode of Life
Taxonomía provisoria

Muchas especies sin describir. Muchas con taxonomía confusa.

Problemas:
¿Cuánta divergencia marca el límite entre especies?
¿Cómo llevamos registro de las especies (o potenciales especies) con
taxonomía provisoria?

Convenciones – taxonomía molecular en bacterias y hongos

Bacterias 3% divergencia en 16s. Hongos 2% en ITS
Brechas uniformes – no muy convincente
[coalescencia – ver Genética 2]

• Todos los alelos de un gen provienen de / coalescen a un alelo ancestral

• Pero varios alelos pueden coexistir…
• Y coalesce en un tiempo muy anterior al momento de la especiación (coalescencia
profunda)

Leliaert et al. 2014

[monofilia recíproca – ver Genética 2]

Leliaert et al. 2014

Lleva tiempo adquirir la monofilia recíproca
Cuantos más loci, más poder para detector especiación más temprano
[delimitación de especies – ver Genética 2]

Leliaert et al. 2014

[delimitación de especies – ver Genética 2]

Especies de Drosophila con

evidencia experimental de
aislamiento pre- y post
cigótico

Cómo se corresponden con

delimitación de especies por
coalescencia?

77%

Campillo et al 2019 en prensa

 Ejemplos de algoritmos para delimitar especies – GMYC

Pons et al. 2009

Diversificación – en
árboles con reloj Prueba 1
molecular LRT – un modelo vs.
dos modelos (mixto)
Modelo mixto: Yule +
coalescente
GMYC

Inter-especies Intra-especies
Prueba 2
Un único umbral o
varios (p.ej., 3 o 4
umbrales diferentes)
→ Test AIC

Computacionalmente
intensivo
Ejemplos de algoritmos para delimitar especies – ABGD

ABGD
Detectar primera transición súbita en
distancias genéticas de a pares

Puillandre et al 2012
ABGD

Puillandre et al 2012
Barcode BINs y algoritmo RESL

Ratnasingham y Hebert 2013

Comparación de varios métodos – contra bases de datos determinadas

ABGD, GMYC, CROP, jMOTU, RESL

RESL: Agrupamiento simple + refinado gráfico (separando en
discontinuidades)

Evaluación: Velocidad y eficacia

Ratnasingham y Hebert 2013

Coincidencia
Fusión
Separación
Mezcla
GMYC vs. RESL – datasets reducidos
Tiempo de cómputo

GMYC – imposible aplicar a este problema (hoy 1.8 millones de secuencias)

Sin entrar en detalles…
Taxonomía provisoria – Barcode BINs

Identificadores estables
Reglas de prioridad ante separaciones / fusiones
Identificación de secuencia incógnita
Árbol de neighbor-joining
Por qué NJ

El foco son los

parentescos
superficiales

Los nodos profundos

no tienen tanto
interés (es un único
marcador…)
Fuentes de error

RESL: 7,9% separados, 2,7% fusionados.

Contaminación de secuencias
Deficiencia del algoritmo
Taxonomía errónea Casos interesantes
Deficiencia del marcador - especies jóvenes para más estudio
Janzen et al 2009
Area de Conservación
Guanacaste, Costa Rica
0–2000 m elev.

100 000 especímenes, 3500

especies (mariposas y
parasitoides)

Menos del 1% no identificable

por barcoding.

Muchos casos de especies

“crípticas”: Lo que antes se
tenía por variabilidad
morfológica, ahora se utiliza
para distinguir especies
Desafíos
Bergsten et
al 2012
Ejemplos de uso
Sushigate
En realidad es | Vendido como
Metabarcoding – secuenciación ambiental
Metabarcoding – secuenciación ambiental
Secuenciando agua de estanques
Mamuts: previamente 15000 – 13000
10500

Coexistiendo con humanos por más

tiempo

16s