La novela empieza con Edmundo Dantès volviendo a Marsella, donde se encuentra con su

familia y sus amigos. Dantès está a punto de recibir una promoción a capitán, y también a
punto de casarse con una bella española, Mercédès [sic, en francés] Herrera.
Sin embargo, el inocente Dantès no se da cuenta de cómo su fortuna afecta a los que él
considera sus amigos. Danglars, el jefe de cargamento que envidia la promoción de
Edmond, y Fernando, el primo de Mercédès que ama a esta, pretenden acusar a Edmond
como agente bonapartista. Dantés, siguiendo la última voluntad del capitán del barco, que
muere en el viaje de vuelta a Marsella, hace una parada en la isla de Elba donde se
encontraba preso Napoleón. Este le da una carta dirigida a un hombre en París del cual
solo le dice el nombre, Noirtier. Al llegar a la ciudad y presos de la envidia, Danglars y
Fernando redactan una carta anónima acusando a Dantés de agente bonapartista, en
presencia del vecino de Edmond. Dantés es arrestado el día de la boda y es llevado ante
Villefort, el sustituto del procurador del rey. Villefort le informa de que ha sido denunciado
como espía de Napoleón pero que dada la buena reputación de Edmond no cree en la
veracidad de la denuncia, además, le entrega la carta que había recibido del emperador la
cual contiene los horarios de los guardias que le vigilan. Villefort iba a dejar marchar al
muchacho pero le pregunta por el destinatario de la carta, Noirtier, y al conocer este dato
hace arrestar a Dantés en el castillo de If. Noirtier es el padre de Villefort y no puede
permitir que se le involucre en un asunto de traición ayudando al emperador a regresar a
Francia, denegando todas sus posibilidades de llegar a ser una persona importante en el
país.

El castillo de If en la actualidad. Allí es encerrado el protagonista de la novela.

Durante el encarcelamiento, Dantès comienza a desesperarse. Empieza rezando

a Dios por su liberación, pero sigue sufriendo año tras año, y al tiempo
intenta suicidarse dejando de comer. Al fallar en su intento de suicidio, ataca a un guardia
cuando va a dejarle comida, igualmente falla y lo consideran un loco y lo trasladan a un
calabozo para prisioneros altamente peligrosos. De nuevo intenta llegar a la inanición pero
cuando está a punto de morir, recupera la voluntad para vivir al escuchar el sonido que
producía otro prisionero al cavar para conseguir escapar. Poco después se encuentra con
el otro prisionero, el abate Faria (personaje inspirado por José Custódio de Faria), que en
su intento de escapar, cavó en dirección equivocada y llegó a la celda de Edmond, con
quien forma una muy buena amistad, y llega a considerarlo como su hijo. Faria se
convierte en su instructor en varios temas, desde la historia, las matemáticas,
el lenguaje, filosofía, idiomas, física y química, mientras ya juntos, cavan hacia otro lado de
la celda, intentado escapar del castillo. Como resultado de sus conversaciones con Faria,
Dantès empieza a juntar las piezas de la historia que lo condenó a su penuria actual. Faria
le hace ver que la carta acusadora fue escrita con una mano izquierda (en un claro intento
por modificar la caligrafía) y por un obvio rencor hacia él. Edmond y Faria trabajan durante
largas horas en el túnel para escapar, pero el viejo y frágil Faria no sobrevive para verlo
terminado. Queda paralítico a causa de un segundo derrame cerebral (el primero le dio
cuando aún se encontraba en libertad), y muere en el tercer derrame. Viéndose
moribundo, Faria le confía a Dantès el escondite de un gran tesoro en la isla de
Montecristo que ascendía a lo que hoy serían aproximadamente 14 000 millones de
dólares, él, sorprendido, al principio desconfía del abate por ser ese el tema que le ganó su
apodo de «el abate loco» por los guardias. Al morir Faria, los guardias envuelven su
cuerpo en una pesada manta, a Dantès se le ocurre ocupar el lugar del cadáver de Faria y
llevar el verdadero cadáver a la otra celda. Los carceleros, en lugar de enterrar el cuerpo
como él suponía, le atan una pesada bala y lo lanzan al mar por un barranco cercano.
Dantès escapa del sudario evitando las rocas y nada hasta una isla desierta donde pasa
una noche tormentosa. Al día siguiente ve en el mar un barco naufragado, nada hacia los
restos y ve otro barco que lo recoge, y Edmond se hace pasar por un náufrago a causa de
la tormenta. Hace amistad con ellos, se rasura, cambia el nombre y se dedica durante un
tiempo a ser contrabandista. Varias de las transacciones que hacían los contrabandistas
eran en la isla de Montecristo, por ser esta, una isla desierta, y sin ninguna atracción
aparente; Edmond dedica varias horas y varios viajes, a conocer los alrededores de la isla,
aún dudando de lo que su viejo amigo le dijera.
Un día, en la isla de Montecristo, sospechando donde está el tesoro, va a cazar una cabra
para comer y finge caerse de las rocas, sus compañeros lo ayudan a moverse, pero él
alega que está realmente lesionado, y que no se puede mover. Con la excusa de que
podría retrasar la inminente expedición de los contrabandistas, les pide que se marchen y
que vuelvan a por él seis días después, una vez terminado su trabajo. Una vez que
Edmond pierde el barco de vista, se pone en pie y encuentra el tesoro.
Tiempo después, ocupando parte de la fortuna en hacerse un nombre, en investigaciones,
y amasar más dinero, regresa a la ciudad de Marsella para retomar contacto con sus seres
queridos, pero solo halla desesperación. Toma distintas personalidades, desde un abate
italiano a un banquero inglés, Edmond Dantès puede confirmar sus sospechas a través de
Caderousse, (un antiguo vecino que fue cómplice de Danglars y Fernando), al que visita
disfrazado de abate, fingiendo cumplir el último deseo de Edmond. De su antiguo vecino
descubre que todos los que le traicionaron han triunfado en la vida; Fernando se ha
convertido en un conde y par de Francia, Danglars en un barón y en el banquero más rico
de París, y Villefort en la personificación de la justicia parisina como Procureur du
Roi (Procurador del Rey, es decir el Fiscal del Reino o Fiscal General del Estado). Aún
más, Fernando se ha casado con Mercédès y tienen un hijo, Alberto. Además, el viejo
padre de Edmond murió antes de dos años, pues la única compañía que le quedaba, la de
Mercédès, se va con la boda de esta con Fernando, y acaba muriendo por una
gastroenteritis, si bien se insinúa que es más por la pena.
Mientras tanto, los amigos de Edmond han sufrido en manos del destino. Al principio de la
novela, Julien Morrel es el rico y amigable propietario de un negocio naval en alza. Pero
durante el encarcelamiento de Edmond, Morrel sufrió una trágica serie de desventuras,
entre ellas el hundimiento de su barco Faraón, y en el momento en el que Edmond regresa
a Marsella no tienen nada más que a sus dos hijos, Julie y Maximilian, y unos cuantos
criados leales. La compañía está al borde de la bancarrota, y Morrel piensa en suicidarse.
Al descubrir esto, Dantès restituye anónimamente la fortuna de Morrel y un
nuevo Faraón justo a tiempo, bajo el seudónimo de «Simbad el Marino».
Diez años después de su viaje a Marsella, Dantès empieza su búsqueda de venganza
disfrazándose con el nombre de "Conde de Montecristo".
Manipula a Danglars para que le dé un "crédito ilimitado" de seis millones de francos, y
manipula la bolsa para destruir la fortuna de Danglars, cobrando los seis millones solo
cuando Danglars está al borde de la bancarrota y forzándole a huir a Italia.
Montecristo tiene una esclava griega, Haydée, cuya familia y hogar en Janina fueron
destruidos por Fernando, que traiciona a Alí, el padre de Haydée, entregándolo a sus
enemigos y causándole la muerte y la de su madre, cuando acababa de venderlas a un
comprador de esclavos. Montecristo compra a Haydée tiempo después, cuando ella tenía
trece años, nueve años después de aquel hecho que aún recordaba la joven mujer; con el
tiempo, ambos se enamoran. Montecristo manipula a Danglars para que investigue el
suceso, que es publicado en un periódico. Al conocerse este hecho, Albert de Morcef,
descubre que quien dio esta información a Danglars, fue Montecristo y le reta a un duelo.
Esa misma noche, Mercedes le hace una visita al conde de Montecristo y, esta, sabiendo
desde el principio que el conde era Edmond, le suplica por la vida de su hijo. Después de
una larga conversación y de mostrarle la carta con la que le tendieron la trampa, Mercedes
decide abandonar a su marido e irse con su hijo. Fernando, al verse descubierto de su
traición, y solo sin su familia, se suicida de un tiro en la cabeza en su despacho.
La familia de Villefort está dividida. Valentine, la hija que tuvo con su primera esposa
Renée, va a heredar toda la fortuna de la familia, pero su segunda esposa, Héloïse,
pretende reclamar la fortuna para su hijo Édouard. Montecristo conoce las intenciones de
Héloïse y, de forma aparentemente inocente, le proporciona una toxina capaz de curar a
una persona con una gota, y de matarla con una sobredosis. Héloïse mata a Barrois, un
sirviente de la casa, tratando de asesinar al señor Noirtier, padre de Villefort; a los Saint-
Méran, suegros de Villefort; e intenta asesinar también a Valentine.
Sin embargo, las cosas son más complicadas de lo que Dantès anticipó. Sus esfuerzos
para destruir a sus enemigos y proteger a los pocos que le defendieron se entremezclan
horriblemente. Maximilien Morrel se enamora de Valentine de Villefort, y Dantès los ayuda
a fugarse juntos fingiendo la muerte de la joven. Al verse descubierta por su esposo,
Héloïse envenena al pequeño Édouard y se suicida ella también. Todo esto hace que
Dantès se cuestione su papel como agente de la venganza de Dios.
Viendo que su ira se iba extendiendo lentamente más allá de lo que él pretendía, Dantès
cancela el resto de su plan y toma medidas para equilibrar las cosas. Aunque la venganza
sobre sus enemigos no está completa del todo, deja en libertad a Danglars, no sin antes
secuestrarlo en Roma gracias a su amigo Luigi Vampa, el bandido más temido de Italia, y
haciéndole pasar hambre y cobrándole casi todo el resto de su fortuna por restos de
comida, y finalmente le revela su verdadera identidad en la cima de su agonía. Edmond
también indemniza a los que quedaron envueltos en el caos resultante, aplicándose así
también sus propios criterios de justicia. En el proceso, se conforma con su propia
humanidad y es capaz de encontrar cierto perdón para sus enemigos y para sí mismo.