1.1.

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Geometría molecular

Geometría de la molécula de agua.

La geometría molecular o estructura molecular se refiere a la disposición tri-

dimensional de los átomos que constituyen una molécula. Determina muchas de las
propiedades de las moléculas, como son la reactividad, polaridad, fase, color, magnetismo,
actividad biológica, etc. Actualmente, el principal modelo de geometría molecular es la
Teoría de Repulsión de Pares de Electrones de Valencia (TRePEV), empleada
internacionalmente por su gran predictibilidad.

Determinación de la geometría molecular

Las geometrías moleculares se determinan mejor a temperaturas próximas al cero absoluto
porque a temperaturas más altas las moléculas presentarán un movimiento rotacional
considerable. En el estado sólido la geometría molecular puede ser medida por Difracción
de rayos X. Las geometrías se pueden calcular por procedimientos mecánico cuánticos ab
initio o por métodos semiempíricos de modelamiento molecular. Las moléculas grandes a
menudo existen en múltiples conformaciones estables que difieren en su geometría
molecular y están separadas por barreras altas en la superficie de energía potencial.

La posición de cada átomo se determina por la naturaleza de los enlaces químicos con los
que se conecta a sus átomos vecinos. La geometría molecular puede describirse por las
posiciones de estos átomos en el espacio, mencionando la longitud de enlace de dos átomos
unidos, ángulo de enlace de tres átomos conectados y ángulo de torsión de tres enlaces
consecutivos.

Movimiento atómico
Dado que el movimiento de los átomos en una molécula está determinado por la mecánica
cuántica, uno debe definir el "movimiento" de una manera cuántica.

Los movimientos cuánticos (externos) de traslación y rotación cambian fuertemente la

geometría molecular. (En algún grado la rotación influye en la geometría por medio de la
fuerza de Coriolis y la distorsión centrífuga, pero son despreciables en la presente
discusión).

Un tercer tipo de movimiento es la vibración, un movimiento interno de los átomos en una

molécula. Las vibraciones moleculares son armónicas (al menos en una primera
aproximación), lo que significa que los átomos oscilan en torno a su posición de equilibrio,
incluso a la temperatura del cero absoluto. En el cero absoluto todos los átomos están en su
estado vibracional basal y muestran movimiento mecánico cuántico de punto cero, esto es,
la función de onda de un modo vibracional simple no es un pico agudo, sino un exponencial
de ancho finito. A temperaturas mayores, los modos vibracionales pueden ser excitados
térmicamente (en un interpretación clásica, esto se expresa al enunciar que "las moléculas
vibrarán más rápido"), pero siempre oscilan alrededor de una geometría reconocible para la
molécula.

Para tener una comprensión más clara de la probabilidad de que la vibración de una
molécula pueda ser térmicamente excitada, se inspecciona el factor de Boltzmann

, donde ΔE es la energía de excitación del modo vibracional, k es la

constante de Boltzmann y T es la temperatura absoluta. A 298K (25 °C), unos valores
típicos del factor de Boltzmann son: ΔE = 500 cm-1 --> 0.089; ΔE = 1000 cm-1 --> 0.008;
ΔE = 1500 cm-1 --> 7 10-4. Esto es, si la energía de excitación es 500 cm-1,
aproximadamente el 9% de las moléculas están térmicamente excitadas a temperatura
ambiente. La menor energía vibracional de excitación es el modo de flexión
(aproximadamente 1600 cm-1). En consecuencia, a temperatura ambiente menos del 0,07%
de todas las moléculas de una cantidad dada de agua vibrarán más rápido que en el cero
absoluto.

Como se mencionó anteriormente, la rotación influye fuertemente sobre la geometría

molecular. Pero, como movimiento mecánico cuántico, se excita a bajas temperaturas
(comparada con la vibración). Desde un punto de vista clásico, puede decirse que más
moléculas rotan más rápidamente a temperatura ambiente, esto es que tienen mayor
velocidad angular y momentum angular. En lenguaje de mecánica cuántica: más
"eigenstates" de alto momentum angular son poblados térmicamente al aumentar la
temperatura. Las energías de excitación rotacionales típicas están en el orden de unos pocos
cm-1.
Los resultados de muchos experimentos espectroscópicos están ensanchados porque
involucran una media de varios estados rotacionales. Frecuentemente es difícil obtener las
geometrías a partir de los espectros a altas temperaturas, porque el número de estados
rotacionales rastreados en el experimento aumenta al incrementarse la temperatura. En
consecuencia, muchas observaciones espectroscópicas sólo se puede esperar que conduzcan
a geometrías moleculares confiables a temperaturas cercanas al cero absoluto

Enlaces atómicos
Por definición, los átomos en las moléculas suelen estar unidos unos a otros con enlaces
covalentes, que involucran a enlaces simples, dobles o triples, donde un "enlace" es un par
de electrones compartidos (la otra forma de unión entre átomos se denomina enlace iónico e
involucra a cationes (iones positivos), y aniones (iones negativos).

La geometría molecular puede ser especificada en términos de longitud de enlace, ángulo

de enlace y ángulo torsional. La longitud de enlace está definida como la distancia media
entre los centros de dos átomos enlazados en una moléculada dada. Un ángulo de enlace es
el ángulo formado por tres átomos enlazados consecutivamente. Para cuatro átomos unidos
consecutivamente en una cadena línea, el ángulo torsional es el ángulo entre el plano
formado por los tres primeros átomos y el plano formado por los tres últimos átomos.

Isómeros
Los isómeros son tipos de moléculas que comparten la misma fórmula química, pero que
tienen diferentes geometrías, resultando en propiedades muy distintas:

 Una sustancia "pura" está compuesta de sólo un tipo de isómero de una molécula
(todas tienen la misma estructura geométrica).

 Los isómeros estructurales tienen la misma fórmula química, pero diferente

ordenamiento físico, frecuentemente formando geometrías moleculares alternas con
propiedades muy diferentes. Los átomos no están enlazados (conectados) en el
mismo orden.

 Los isómeros funcionales son una clase especial de isómeros estructurales, donde
ciertos grupos de átomos exhiben un tipo especial de comportamiento, como es un
éter o un alcohol.

 La estereoisómeros pueden tener muchas propiedades físicoquímicas idénticas y, al

mismo tiempo, actividad biológica muy diferente. Esto se debe a que poseen la
quiralidad que es muy común en los sistemas vivientes. Una manifestación de esta
quiralidad es su habilidad para hacer rotar la luz polarizada en direcciones
diferentes.
  Protein folding, que concierne a la compleja geometría y diferentes isómeros que las
proteínas pueden tener.

La geometría molecular se representa en una pirámide en la cual en la punta inicial hay una
molécula de oxígeno con carga negativa, quedando en las otras dos puntas dos moléculas
de hidrógeno con carga positiva, que son separadas por un ángulo de 104.5º; el enlace que
une los hidrógenos con el oxígeno se llama enlace covalente, y también existe un enlace
que une a otra pirámide idéntica a la anteriormente nombrada llamado enlace puente
hidrógeno.

Tipos de estructura molecular

Tipo de Disposición
Forma Geometría‡ Ejemplos
molécula electrónica†

Molécula
AX1En HF, O2
diatómica

BeCl2, HgCl2,
AX2E0 Lineal
CO2

AX2E1 Angular NO2−, SO2, O3

AX2E2 Angular H2O, OF2

AX2E3 Lineal XeF2, I3−

BF3, CO32−,
AX3E0 Trigonal plana
NO3−, SO3

Pirámide
AX3E1 NH3, PCl3
trigonal

AX3E2 Forma de T ClF3, BrF3

CH4, PO43−,
AX4E0 Tetraédrica
SO42−, ClO4−

AX4E1 Balancín SF4

AX4E2 Cuadrada plana XeF4

Bipirámide
AX5E0 PCl5
trigonal

Bipirámide
AX5E1 ClF5, BrF5
cuadrangular

AX6E0 Octaédrica SF6

Pirámide XeOF—5,
AX6E1
pentagonal IOF2-5 1

Bipirámide
AX7E0 IF7
pentagonal

† Disposición electrónica incluyendo los pares no enlazantes (mostrados en amarillo)

‡ Geometría observada (excluyendo los pares no enlzantes)