19 SISTEMÁTICA MICROBIANA

TAXONOMÍA

La taxonomía es la ciencia que se encarga de la clasificación de los organismos en grupos o

taxones en función de sus semejanzas o de su parentesco evolutivo. Incluye la identificación y
la nomenclatura de los organismos; en el caso de los microorganismos, excepto en los virus, la
nomenclatura sigue el esquema clásico de género y especie (nomenclatura binomial).

TAXONOMÍA CLÁSICA

Ya iniciado el s.XX, se ve que es necesario clasificar de alguna forma los múltiples

microorganismos que se van descubriendo. Es entonces cuando surge la Taxonomía clásica,
que clasifica los microorganismos en base a su fenotipo (morfología, movilidad, nutrición,
fisiología, hábitat, etc.), cuyos caracteres se establecen mediante una serie de experimentos
prácticos.

Posteriormente se introdujo la prueba de determinación del contenido de guanina y citosina

en el DNA bacteriano: las bacterias y arqueas presentan una gran variabilidad en el contenido
de guanina y citosina en su DNA, por lo que este
parámetro tiene una gran importancia a escala
taxonómica (no así en el caso de los animales, en los
que el porcentaje es muy constante); si dos
muestras presenta un distinto porcentaje G-C,
podemos afirmar que proceden de dos especies
distintas, pero si dos muestras presentan
proporciones muy similares de G-C, incluso la
misma, no podemos asegurar que sean la misma
especie, ni siquiera que sean dos especies
emparentadas, ya que la secuencia de genes puede
ser muy diferente.

Con la aparición de la informática surgió la taxonomía numérica, que se puede contemplar

también dentro del marco de la taxonomía clásica. Esta taxonomía se basa en el cálculo de
coeficientes de coincidencia y de coeficientes de similitud, que son cálculos muy complejos
realizados por ordenador que permiten realizar una clasificación en base a la comparación de
numerosas características.

Definición de especie bacteriana según la Taxonomía clásica: conjunto de microorganismos

que muestran un elevado número de características fenotípicas similares y que al mismo
tiempo difieren de otros grupos de microorganismos en numerosos caracteres.

Clon: conjunto de células resultantes de la división de una única célula mediante reproducción
asexual y en el que todas las células hijas van a ser genotípicamente iguales.

Cepa: conjunto de clones que se suponen idénticos y diferentes de otros clones (por ejemplo,
si un clon difiere de otro clon debido a una mutación puntual, ambos serían considerados dos
cepas distintas).
TAXONOMÍA MOLECULAR

La taxonomía molecular, o quimiotaxonomía, emplea los análisis moleculares de distintas

biomoléculas de las células bacterianas para establecer relaciones filogenéticas entre ellas. Dos
de las técnicas más empleadas por esta taxonomía son la hibridación DNA-DNA y el ribotipado.

La hibridación DNA-DNA determina el grado de similitud entre las secuencias de dos muestras
genéticas procedentes de dos organismos, por lo que es útil para diferenciar dos
microorganismos estrechamente relacionados. Se basa en que, para que dos DNAs se hibriden,
tiene que haber una homología de secuencia entre ellos, a partir de lo que se calcula el
porcentaje de hibridación. Por supuesto, la secuenciación completa de los genomas de los
distintos microorganismos convertirán, en un futuro, en innecesarios los análisis de
hibridación.

El ribotipado se basa en el modelo único que se genera cuando el DNA de un organismo se

somete a digestión con enzimas de restricción y se revela con una sonda de RNA ribosómico.
Dado que las diferencias entre las secuencias del RNA ribosómico de dos organismos se
traducen en la presencia o ausencia de sitios de corte para enzimas de restricción específicas,
el modelo de restricción de una especie bacteriana particular es único. De hecho, el método es
tan específico que ha recibido el apelativo de “huella molecular”. Se basa en el uso de rRNA de
la subunidad 16S de los ribosomas.

Definición de especie bacteriana según la Taxonomía molecular: dos procariotas cuyo rRNA
tenga un 97% o más de secuencias idénticas, pueden considerarse como pertenecientes a la
misma especie bacteriana. De la misma forma, dos procariotas pertenecen al mismo género
cuando presentan un 93-95% de identidad.

NOMENCLATURA Y MANUAL BERGEY

Aunque no existe una taxonomía bacteriana oficialmente reconocida, en 1923 se hizo una
primera ordenación sistemática de las bacterias que se plasmó en el “Bergey’s Manual of
Sistematic Bacteriology”, del que se han hecho numerosas ediciones y que es la referencia
más indicada. Otra referencia muy útil es The Prokaryotes, un tratado con más de 4100
páginas en su 2ª edición al que se puede acceder online (http://www.prokaryotes.com).
Aunque la sistemática no es oficial, sí que existe una serie de criterios internacionales para
describir una nueva especie microbiana. Para realizar la propuesta taxonómica formal, se
publica una descripción detallada del microorganismo aislado y del nombre propuesto y se
deposita un cultivo viable del organismo en dos colecciones de cultivos (como la americana y
la alemana), en los que la cepa depositada sirve como cepa tipo de la nueva especie y como
estándar para comparar otras cepas que se crea que pueden ser la misma. Las colecciones de
cultivo conservan el cultivo depositado mediante su congelación (de -80 a -196°C) o
liofilización, una práctica que difiere de las empleadas en Botánica o en Zoología (emplean
especímenes preservados), ya que los microbiólogos confían en una cepa tipo viva que pueda
ser distribuida entre la comunidad científica, cultivada y estudiada. Para que el nuevo
microorganismo sea aceptado formalmente como un nuevo taxón microbiológico, el trabajo
con su descripción y nombre debe ser publicado en el “International Journal of Systematic
and Evolutionary Microbiology” (IJSEM).
Los estudios genéticos y el descubrimiento de bacterias y arqueas en medios extremos han
hecho variar mucho la clasificación en los últimos años. Las relaciones evolutivas son mucho
más complejas en los microorganismos que en el resto de los seres vivos, ya que son los
organismos más antiguos de la Tierra (por lo que llevan un largo período de evolución y
diversificación a sus espaldas) y debido a los fenómenos de conjugación, transducción y
transformación genética. Con respecto a estos últimos procesos, se ha visto que el intercambio
de genes entre especies distintas es mucho más frecuente de lo que se había pensado en un
principio, lo que hace todavía más complicadas las relaciones evolutivas.