PUEDEN PREDECIR LOS MOVIMIENTOS DE LAS PROTEÍNAS CON UN SIMPLE ORDENADOR

6 de septiembre del 2016 (SINC). Científicos españoles y suecos han desarrollado un nuevo
método que predice cómo se mueven las proteínas para llevar a cabo sus funciones biológicas.
La investigación ha demostrado que el movimiento de las proteínas está dictado por su forma
y ofrece nuevos datos sobre cómo funcionan, un paso fundamental en el desarrollo de
fármacos.

Las proteínas son grandes moléculas que realizan todas las funciones básicas de las células.
Para ello, cambian continuamente su forma: expanden o contraen sus partes y esconden o
muestran superficies para interactuar con otras moléculas. Estos cambios son muy difíciles de
observar y la alternativa que usan los científicos para analizarlos son costosas simulaciones en
superordenadores.

Ahora, un trabajo conjunto entre científicos del Instituto de Investigación Biomédica (IRB
Barcelona) y el KTH Royal Institute of Technology de Estocolmo ha permitido desarrollar un
método mucho más simple que permite predicciones igual de precisas, capaces de llevarse a
cabo en un ordenador personal. Los resultados han sido publicados en Nature
Communications.

Los cambios en la forma de las proteínas son extremadamente rápidos y casi invisibles. “A
menos que ‘fotografíes’ los cambios que sufre una proteína, entender su movimiento, y por lo
tanto el mecanismo molecular detrás de su función, es un misterio”, explica Laura Orellana, del
IRB y primera autora del artículo.

Hasta ahora, para saltarse las dificultades experimentales de ‘fotografiar’ las proteínas, los
científicos usaban modelos teóricos para simular el movimiento de proteínas, átomo a átomo.
“Dado que las proteínas por lo general contienen miles de átomos, los cálculos se hacen muy
largos y costosos y requieren el uso de superordenadores durante semanas o incluso meses”,
añade.

En su lugar, Orellana y sus compañeros utilizan unos modelos de proteínas de baja resolución
llamados “de grano grueso” (coarse-grained en inglés), que simplifican en gran medida la
estructura de una proteína.

“Es como una pintura impresionista, donde se aprecia la forma general del dibujo sin muchos
detalles. Usando estos modelos, obtenemos una visión global de toda la molécula y, además,
nos permite analizar cambios de proteínas de gran tamaño con un ordenador portátil en tan
solo unos minutos”, indica Orellana. “La cantidad de recursos que se ahorran de esta manera
es enorme”, asegura la experta.

Puesta a prueba del método

Este novedoso método de simulación, llamado eBDIMS, lo desarrolló Orellana durante su tesis
doctoral con Modesto Orozco, líder del laboratorio de Modelización Molecular y
Bioinformática del IRB Barcelona, pionero en España de las simulaciones “coarse-grained”.
Durante su estancia postdoctoral en el laboratorio de Erik Lindahl, en el KHT Royal Institute of
Technology de Estocolmo, la investigadora ha perfeccionado y puesto a prueba la validez del
algoritmo mediante un novedoso análisis.

“Hasta ahora, los modelos ‘coarse-grained’ se consideraban una aproximación secundaria pero
nosotros queríamos demostrar que son tan precisos como las simulaciones más avanzadas”,
defiende. Los científicos midieron la validez de su algoritmo usando proteínas muy estudiadas,
de las que excepcionalmente se habían podido analizar sus movimientos de manera
experimental.

“Fue muy satisfactorio comprobar que nuestro método predecía con precisión la transición de
las proteínas mientras cambiaban de una forma a otra. Quedó demostrado que lo importante
no es la cantidad de variables que tengas, sino su calidad”, subraya.

Además de una mayor comprensión de la dinámica de proteínas, el estudio ofrece un gran

potencial para el desarrollo de nuevos fármacos que se encuentran fuera del alcance de las
técnicas actuales. “Nuestra validación, por sí misma, ya ha generado nuevos datos sobre una
proteína que se usa para estudiar la transmisión neuronal. Estoy segura que EBDIMS será
capaz de generar nuevas hipótesis a partir de estructuras ya conocidas y abrirá las puertas a
una nueva generación de dianas terapéuticas”, concluye.
EL MIT DESARROLLA PULSERA QUE ADVIERTE SOBRE UN INMINENTE ATAQUE EPILÉPTICO

17 marzo 2016. Las personas con epilepsia que sufren de convulsiones recurrentes se pueden
causar lesiones e incluso fallecer por “muerte súbita inesperada en epilepsia” (SUDEP), una
condición que ocurre minutos después del fin de una convulsión.

La profesora y pionera Rosalind Picard del MIT, co-fundadora de la empresa “Empática”, ha

desarrollado una pulsera de uso médico, llamada “Embrace”, que supervisa las señales de
estrés para detectar convulsiones potencialmente mortales como alerta para sus portadores y
cuidadores, con el propósito de que puedan intervenir a tiempo.

Los investigadores de todo el mundo están usando una versión científica de la pulsera, llamada
E4, que también mide otras señales, para estudiar la epilepsia y otras enfermedades
neurológicas y psiquiátricas. Numerosos trabajos académicos se publican ahora, lo que
demuestra que la actividad electro dérmica combinada (EDA), también conocida como
conductancia de la piel, recoge datos del movimiento de la muñeca para mejorar la eficiencia
en la detección de posible convulsión con el uso de los datos de movimiento solamente.

Además de la detección de ataques, cualquier persona también puede utilizar la pulsera para
controlar los niveles de estrés – lo cual es importante para la buena salud, dice Picard. El estrés
crónico se ha relacionado con numerosos problemas de salud tales como enfermedades del
corazón, la obesidad y la diabetes. “Las señales de estrés alcanzan todos los órganos del
cuerpo, por lo que estas señales de estrés están influyendo potencialmente todo”, dice Picard.
“A veces las personas no se dan cuenta que están estresadas hasta que llega el aviso justo a
tiempo”.

De acuerdo con la Organización Mundial de la Salud, aproximadamente 50 millones de

personas en todo el mundo sufren de epilepsia. Los Centros para el Control y la Prevención de
Enfermedades estiman aproximadamente que una de cada mil personas con epilepsia mueren
anualmente de SUDEP, una posible consecuencia de asfixia por la respiración alterada, líquido
en los pulmones, o por ataque mientras se duerme boca abajo. Las tasas son
significativamente mayores para las personas que han tenido al menos una convulsión de gran
mal – uno de los tipos más peligrosos de esas crisis –, dice Picard.

Con la pulsera Embrace, la empresa Empática tiene como objetivo ayudar a las personas que
sufren de epilepsia, ayudándolas a alertar mejor a sus seres queridos, dice Picard. Una
aplicación que viene con Embrace permite monitorear a los usuarios y a alertar otros cuando la
persona podría estar teniendo un ataque de epilepsia.

Las pulseras se asemejan a los relojes, pero tienen una cara de plata maciza o negra. Los
sensores de pulso por debajo de la cara, detectan el movimiento del cuerpo, la temperatura, y
EDA, que implica cambios sutiles eléctricos a través de la piel. Si Aumenta el EDA, sin
acompañamiento de los cambios de movimiento, pueden ser señal de estrés. En las personas
con epilepsia, un fuerte aumento de ambas señales podría indicar un ataque grave,
potencialmente mortal.

Cuando la pulsera detecta un ataque, vibra, y el usuario puede responder. Si el usuario pierde
el conocimiento, lo que ocurre normalmente con los ataques más peligrosos, y no responde
rápidamente, la aplicación envía una alerta a un individuo designado.
“Si alguien supervisa a una persona durante o después de que ha tenido un ataque de
epilepsia, entonces son menos propensos a morir”, dice Picard. Cualquiera podría hacer esta
acción que puede salvar vidas, sólo necesitan recibir la alertas para ir a ver a la persona – no se
les deje en paz justo después de una convulsión “.

Además, los maestros y los padres pueden querer controlar los niveles de estrés de un niño
con problemas de regulación emocional o autismo. El dispositivo puede determinar, por
ejemplo, si un niño está experimentando una “respuesta de lucha o huida”, y se puede
configurar para que vibre para alertar a los padres o maestros. “Se puede ver si el niño
acostado en el suelo o en el suelo del patio de recreo podría estar a punto de tener un
colapso… aunque puedan parecer tranquilos hacia el exterior”. “Varios adolescentes con
autismo nos dijeron que a menudo no pueden decir que están a punto de explotar hasta que
es demasiado tarde. Tal vez esto podría ayudar a algunos de ellos obtener una alerta mientras
están todavía en control “.

Para los investigadores de la epilepsia, Picard dice, la pulsera E4 ha hecho posible reunir datos
en tiempo real a partir de pacientes que viven sus vidas diarias. El Sitio web del Empática ahora
publica alrededor de 20 trabajos académicos que utilizan E4 en los estudios sobre temas que
van desde el autismo a la resucitación después de una ataque al corazón.

En 2012, Picard y los investigadores publicaron un artículo en la revista Neurology que

correlaciona mayores respuestas en la muñeca con la supresión de las ondas cerebrales en el
cuero cabelludo. Esto significaba que ciertas regiones del cerebro estaban experimentando
hiperactividad mientras que la corteza, que está cerca del cuero cabelludo, estaba bloqueando
– un fenómeno que se observa en todos los casos SUDEP. (Esto se ha convertido en un
importante biomarcador para SUDEP.) Otros resultados han identificado una ventana crítica
cuando alguien puede dejar de respirar después de tener una convulsión.

Es importante destacar que para la investigación, dice Picard, el dispositivo detecta

específicamente las señales de estrés de la respuesta simpática del sistema nervioso
autónomo, que se asocia comúnmente con las respuestas de lucha o huidos indicativos de
estrés y crisis convulsivas. “Cuando medimos la respuesta de la piel, estamos viendo las
señales que se originan en lo profundo del cerebro, de las regiones en lo que va debajo del
cuero cabelludo que un EEG tradicional no puede recogerlos”, dice Picard.

De ese modo, la E4 también es valioso en el estudio de otras enfermedades neurológicas como

el autismo, la ansiedad, la depresión, las fobias y el trastorno de estrés post-traumático (TEPT),
Picard añade. “Un investigador del trastorno de estrés postraumático, por ejemplo, puede
utilizar el dispositivo para estudiar con mayor precisión qué y cómo un paciente puede
experimentar respuestas en incremento de huida o lucha”, dice.

La tecnología central de Empatica se remonta a 2007, cuando Picard y los investigadores

desarrollaron un Calm, una muñequera similar para la medición de EDA . En 2009, Picard y la
ex post-doctorado Rana Kaliouby el co-fundador de Affectiva comercializaron el dispositivo
portátil, llamado el sensor Q, que se utiliza para medir el estrés asociado con el autismo.

Entonces, un día cuando un estudiante utilizó dos pulseras para controlar los niveles de estrés
de su hermano pequeño con autismo. Él puso una pulsera en cada muñeca. Cuando Picard
verificó los datos de forma remota desde su ordenador, se dio cuenta de una respuesta
whopper” en un lado y nada en el otro,” dice ella. “Fue una respuesta tan grande, yo no creía
que era real.”
Nada de lo que hizo en su laboratorio podría reproducir esa respuesta. Sin embargo, el
estudiante había llevado un diario y, por supuesto, en la fecha y hora exacta de la respuesta
“whopper”, el hermano había tenido una convulsión. Pues resulta que, minutos antes de que
alguien tiene una convulsión, el pelo de un brazo puede ponerse de punta.

Pero Affectiva pronto cambió de rumbo y comenzó a desarrollar un software que controla y
cuantifica las emociones de la gente para la investigación de mercado en desarrollo. Así Picard
fundó otro proyecto, Physiio, “para ayudar a la tecnología a crecer en el espacio médico”, dice
Picard. Esto llamó la atención de una pequeña empresa italiana “Tensión-seguimiento-usable”
cofundada por Matteo Lai y Simone Tognetti. En 2014, las dos compañías se fusionaron para
formar Empática, con Lai como CEO y Tognetti como director de tecnología.

Desde entonces, Empática ha producido varias iteraciones de la E4 para uso clínico, con la
versión más reciente publicada el año pasado. Pero ahora la puesta en marcha es
“especialmente centrada” en llevar el Embrace a los consumidores, dice Picard.