La implementación de la

genómica en programas de
mejoramiento genético UNO

Dra. Carolina G. Sosa Gutiérrez

Directora Laboratorio Nacional de Genómica y Salud
Investigadora Tiempo Completo UAEH
 Mejoramiento genético

Es el proceso que involucra el reconocimiento de

la variabilidad genética existente en una
característica de interés dentro de una población
para distinguir y seleccionar a aquellos individuos
que por su potencial genético pueden producir un
cambio o progreso genético favorable.

Parra y Sifuentes (2012).

 Estrategias para Mejoramiento
Genético

• Selección por Pedigrí

• Selección por Pruebas de
Comportamiento
• Selección por Prueba de Progenie
• Selección Asistida por Marcadores
 Selección por Pedigrí

Se usa para elegir un reproductor, el cual

no se ha podido probar por su
descendencia, o su producción.; se toma
en cuenta la producción de sus
antecesores inmediatos.

Gasque (2008).
Selección por Prueba de Comportamiento

El comportamiento de un animal es el resultado

de la herencia individual y del efecto del
ambiente desde el momento de la fecundación
hasta que se realizan las mediciones. La
proporción de la población debe ser tan grande
como sea posible para poder seleccionar un
grupo de animales y así identificar a los mejores
animales para la prueba.
 Selección por Prueba de Progenie

Se puede evaluar el genotipo de un animal

con base en el comportamiento de sus
descendientes y esta prueba considerada en
Índice de Herencia, su mayor limitación es el
tiempo requerido para obtener la
información. Son la base de los catálogos de
sementales/reproductoras.
Mejora Genética Convencional

Valores
Pedigrí
Fenotípicos

Selección
 Mejora Genética Actual

Valores Información
Pedigrí
Fenotípicos Molecular

Selección
 Valoración Genética (BLUP)
Información
Corrección de
Fenotípica del Propio
Efectos
Candidato y de sus
Ambientales
Parientes

Estima del Valor de Mejora

No se necesita información sobre la función o posición de

los genes involucrados.
• Es necesario conocer las relaciones de parentesco
entre los animales de la población a seleccionar.
• A mayor proporción de genes comunes entre
candidato pariente, más útil es la información
fenotípica de ese pariente, por lo que los
parentescos lejanos no son muy informativos.
• Solo se puede estimar parte de los efectos de los
genes (parte aditiva).
• No se puede aplicar a caracteres difíciles de
medir en controles rutinarios (longevidad
funcional, resistencia a enfermedades, etc).
 Selección asistida por Marcadores
Las técnicas moleculares son herramientas para
estudiar el DNA que un individuo ha heredado
de sus padres.

En el DNA se encuentran segmentos que han

sido denominados marcadores. Puede ser un
gen o alguna sección con una ubicación física
identificable.
 Que hacen los Marcadores Moleculares

Herramienta moderna y poderosa que aporta

información valiosa sobre la estructura
genómica.

Fundamental para el análisis de genotipos y la

selección de los mejores individuos con las
características productivas deseadas.
Los SNP´s con los más comunes actualmente.
 Aplicaciones de los marcadores de DNA
Análisis de asociaciones de marcadores con
valores de los caracteres a mejorar.
Búsqueda de QTL´s o Loci Cuantitativo (años 90´s):
regiones del genoma con un efecto importante
sobre dicho carácter.

Sheep QTLdb: 1,658 QTL de 225 caracteres

www.animalgenome.org (Agosto 26, 2017).
Marcadores asociados en Borregos
 Como utilizarlos??
(1ra opción)

Detectar uno o varios QTL´s

Localizar el gen responsable (genes mayores)

Aumentar la frecuencia del alelo favorable

-Selección -Introgresión
 Como utilizarlos??
(2da opción)

Detectar uno o varios QTL´s

Estimar el efecto que tienen las variantes de

los marcadores sobre el carácter a seleccionar

Incorporar los genotipos de los animales para

dichos marcadores y sus efectos en los modelos
de valoración
 Selección Genómica
Cambio paradigma: utilizar los marcadores como
auténticos loci cuantitativos.
• Utiliza esta información para predecir valor
genético de los animales de la población a
seleccionar, a partir de los genotipos de los
marcadores.
• Seleccionar a los mejores animales basándose
en las predicciones de su valor genético (S.
Genómica).
 Para que la S. Genómica funcione:
• Es necesario mucho desequilibrio de ligamiento entre
los marcadores y los genes causales responsables de
los caracteres (deben heredarse conjuntamente).
• El desequilibrio de ligamiento entre secciones del DNA
se produce:
-Cuando dichas secciones están ligadas (en el mismo
cromosoma y a una distancia inferior a 50cM).
-No estando ligadas hay causas de desequilibrio genético
en la población (mutación migración, selección o
consanguinidad).

Revolución de los SNP´s

• Los SNP´s son la fuente de variabilidad
genética más abundante.
• Aprox. un SNP cada 300-500pb.
• Millones de SNP´s disponibles en un chip
para su análisis masivo.
• Fáciles de analizar(??).
Chips de
SNP´s

Equipo para
genotipar el
DNA
 Cambio en los esquemas de
selección convencionales en los
ovinos
Estimar los efectos de los marcadores en un
grupo de individuos genotipados y medidos en
la Población de Referencia.
Utilizar estas estimaciones para predecir el valor
mejorante de individuos solo genotipados (o
genotipados y medidos).
 Población de Selección de
Referencia Candidatos

Fenotipos Genotipos Genotipos

Ecuación de Predicción
Valor Genómico de la Raza
Animales seleccionados
W1X1+W2X2+W3X3+………
 Como podría la selección genómica cambiar la
mejora de mi hato?
X
Transferencia de
Toro probado embriones Toro joven probado
mediante progenie genomicamente

Cual es mejor????

5 años después y
Semen DNA
muchos $$$ 6 meses después y
menos $
 Pirámide del mejoramiento genético

En Ovinos, la En Ovinos, con un solo

selección se da de Genómica análisis se obtendría la
información necesaria
manera escalonada. Mejoramiento Genético para realizarla en un
solo paso.

Empadres – Selección

Determinación de Paternidad
 Modos de implementación
• Selección genómica de hembras y machos.

• Selección genómica solo de machos jóvenes.

• Selección genómica de machos jóvenes y

valoración por descendencia de los mejores.
 Ventajas de S. Genómica
Mejora de caracteres difíciles de incluir en un
programa de selección convencional o con baja
heredabilidad.

Mayor precisión de los valores genéticos de los

reproductores (valoración temprana).

Disminuye el intervalo generacional: uso de

sementales más jóvenes (60 a 70% de
fiabilidad).
 Estado actual de la
implementación de Genómica
UNO
Resultados de marcadores genéticos 1ra Etapa.
LionMAx, MyoMAx y MyoMAxGold

RAZAS LOINMAX MyoMAx MyoMax Gold

AWASSI 0 5 0
BLACK BELLY 0 3 1
CHAROLLAIS 0 86 6
DORPER 0 1 0
DORSET 62 0 0
EAST FRIESIAN 0 87 30
KATAHDIN 0 23 1
LLEYN 0 1 2
PELIBUEY 0 3 0
POLIPAY 30 0 0
TEXEL 0 6 97
TOTAL 92 215 156
 Cuenta con:
• Evaluaciones genéticas (año).

• Datos genómicos (11,000 borregos analizados

de 8 razas para 23 características y 187
marcadores).

• Posibilidad de descubrir genes causales y

utilizarlos para selección dirigida solamente a
dichos caracteres.
 Búsqueda de marcadores en el Panel Ovino
Verificados Por verificar
Malformaciòn Scrapie GRM1 Conversión
POL Resistencia musculo- alimenticia Solidos en
Lentivirus CCDC15 esqueletico PRNP PALMD leche
Crecimiento y Carne y Superovulaciò Malformaci Resist.
MBD5 musculo MSL1 crecimiento SCRG1 n MEF2B,FXANK ones RTCA Parásitos
Crecimiento y Carne y Crecimiento y Aumento
TRHDE musculos NTN1 crecimiento GDF9 carne CAMKMT ovocitos SLC35A1 Boroola
Afecta Infertilidad Crecimiento y NAALADL2 Afecta Resist.
crecimiento y FGF2 carne crecimiento Parásitos
UBR2 P. leche ZWINT /NUDT6 CDH13
Afecta Infantilismo Callypege Resist.
crecimiento y Parásitos
RIPK2 P. leche PLA2G6 GTL2 CHMP5 HNRPDL
Afecta Crecimiento y Loin Marmoleo
crecimiento y carne
RPL7 P. leche PFKFB4 DLK1 LRPPRC MORF4L1 Ovulación
Afecta Crecimiento y Paternidad STT3A Resist. TFEC Color
crecimiento y carne Parásitos
SMC2 P. leche TRDN
Superovulac Crecimiento y BM8246 Crecimiento y HYDIN Malformaci SRP68 Regulación
ión carne carne ones proteínas
C10RF87CYP2J LRRC2
Crecimiento Crecimiento y MSTN Crecimiento y Prod. Y SRP68 Pro.
TGIF1 y p. leche ADX carne carne TSPEAR calidad Lana proteìas
Dermatopar Crecimiento y LSM3 Crecimiento y Pododerma
ADAMTS2 axis SHISA9 carne carne PIK3R4 titis
Crecimiento Crecimiento y MYO10 Crecimiento y Pododerma
TRPS1 fetal TRDN carne carne KRTCAP3 titis
 Marcadores utilizados en el panel de
ovinos
Gene Position Seq Gene Position Seq
ADCY6 rs161814863 C/T ESR1 rs400104249 C/T
ADX rs410952293 C/C ESR1 rs160257833 A/G
AR rs415621370 C/T ESR1 rs160257834 C/G
ASIP rs160604072 C/T ESR1 rs591182158 A/G
CHMP5 rs420626602 A/G FMN1 rs417661726 C/T
COL11A1 rs405462151 A/C FMN1 rs415137520 A/G
CPVL rs403469324 A/G FMN1 rs427183503 C/T
CSN1S1 rs602886315 A/G GDF3/LOC105608615 rs398238468 C/T
CSN1S1 rs402025460 A/G GDF3/LOC105608615 rs398591756 C/T
CSN1S1 rs420959261 C/T GDF3/LOC105608615 rs398758206 C/T
CSN2 rs416941267 G/T GDF3/LOC105608615 rs398807065 G/T
CSN2 rs600583696 A/G GDF3/LOC105608615 rs399574906 A/G
CSN2 rs430298704 C/T GDF3/LOC105608615 rs400107440 C/T
CSN2 rs406764118 G/T GDF3/LOC105608615 rs400120455 G/T
DDX47 rs406934934 C/T GDF3/LOC105608615 rs400313905 C/T
DLK1 rs10721097 G/T GDF9 rs410123449 C/T
DLK1 rs10721099 A/T GDF9 rs398733804 A/C
Análisis de los marcadores
 Resultados Genómica Segunda Fase
Importancia Económica Importancia Reproductiva
MARCADOR PORTADOR FUNCIÓN MARCADOR PORTADOR FUNCIÓN
TGIF1 60 ESR1 9
MYO/MSL1 953 Favorecen el OXSM 144 Asociados a la
ADX/SHISA9 169 Crecimiento y PALMD 65 Superovulación
MSTN 1 Aumento de TFeC 167
GDF9 0 Masa Muscular HAS2 399
RTCA/GMR1 143 Asociados a la Producción
GLT2 136 Favorecen el CSN1S1 1 y Calidad de Leche
DLK1 300 Crecimiento,
GDF3 2 Aumento de
RPDL 9 Masa Muscular y
LRRC2 177 Prolificidad Importancia Sanitaria
MARCADOR PORTADOR FUNCIÓN
No deseados POL 814 Resistencia a Lentivirus
MARCADOR PORTADOR FUNCIÓN FMN1 612 Favorece la Resistencia a
MEF2B/FXANK 230 Asociado a infantilismo STT3A 49 Parásitos

Se han analizado 10,531 borregos de 13 razas.

No. Marcador Raza
1 TGIF1 Favorecen el Crecimiento y Aumento de Masa Muscular
2 MYO/MSL1 Favorecen el Crecimiento y Aumento de Masa Muscular
3 ADX/SHISA9/TRDN Favorecen el Crecimiento y Aumento de Masa Muscular
4 MSTN Favorecen el Crecimiento y Aumento de Masa Muscular
5 GDF9 Favorecen el Crecimiento y Aumento de Masa Muscular
6 RTCA/GMR1/RARB Favorece la Conversión Alimenticia
7 GTL2 Favorecen el Crecimiento y Aumento de Masa Muscular
8 DLK1 Favorecen el Crecimiento, Aumento de Masa Muscular y Prolificidad
9 GDF3 Favorecen el Crecimiento y Aumento de Masa Muscular
10 LRRC2 Asociado al Marmoleo
11 ESR1 Asociados a la Superovulación
12 CSN2 Asociados a la Producción y Calidad de Leche
13 CSN1S1 Asociados a la Producción y Calidad de Leche
14 PALMD Asociados a la Producción y Calidad de Leche
15 CPVLRPDL Asociados a la Producción y Calidad de Leche
16 OXSM Asociados a la Superovulación
17 TFeC Asociados a la Superovulación
18 HAS2 Asociados a la Superovulación
19 POL Resistencia a Lentivirus,
20 TMEM154 Asociado a la Susceptibilidad a OPP
21 FMN1/STT3A Favorece la Resistencia a Parásitos
22 MEF2B/FXANK Asociado a Malformaciones congénitas
No. Marcador Raza
1 TGIF1 CHAROLLAIS, DORPER, HAMPSHIRE, SUFFOLK,
2 MYO/MSL1 CHAROLLAIS, DORPER, HAMPSHIRE, SUFFOLK, TEXEL,
3 ADX/SHISA9/TRDN HAMPSHIRE, KATAHDIN,
4 MSTN CHAROLLAIS, DORPER, TEXEL,
5 GDF9 HAMPSHIRE, SUFFOLK,
6 RTCA/GMR1/RARB HAMPSHIRE, TEXEL,
7 GTL2 HAMPSHIRE, SUFFOLK,
8 DLK1 HAMPSHIRE, PELIBUEY,
9 GDF3 HAMPSHIRE, RAMBOUILLET
10 LRRC2 DORPER, TEXEL, KATAHDIN,
11 ESR1 DORPER, TEXEL, PELIBUEY, KATAHDIN, RAMBOUILLET
12 CSN2 HAMPSHIRE, SUFFOLK, PELIBUEY, KATAHDIN,
13 CSN1S1 TEXEL,
14 PALMD DORPER, HAMPSHIRE, SUFFOLK, PELIBUEY,
15 CPVLRPDL TEXEL, KATAHDIN,
16 OXSM CHAROLLAIS, DORPER, HAMPSHIRE, TEXEL, KATAHDIN, RAMBOUILLET
17 TFeC HAMPSHIRE, PELIBUEY, PELIBUEY, KATAHDIN,
18 HAS2 HAMPSHIRE, SUFFOLK, TEXEL, PELIBUEY, KATAHDIN, RAMBOUILLET
19 POL TODAS
20 TMEM154 TODAS
21 FMN1/STT3A PELIBUEY, KATAHDIN,
22 PRNP TODAS
22 MEF2B/FXANK DORPER, HAMPSHIRE,
GRACIAS