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Nomenclatura y Clasificacion de Enzimas PDF
Nomenclatura y Clasificacion de Enzimas PDF
SEDE MEDELLN
FACULTAD DE CIENCIAS
ESCUELA DE QUMICA
NOMENCLATURA Y CLASIFICACIN
DE ENZIMAS
Por
CONTENIDO
PRESENTACIN iv
2.1 xido-reductasas. 6
2.1.1 Deshidrogenasas... 6
2.1.2 Oxidasas. 6
2.1.3 Oxigenasas. 7
2.1.4 Peroxidasas 8
2.1.5 Reductasas. 9
2.2 Transferasas. 10
2.2.1 Fosfotransferasas.. 10
2.2.2 Aminotransferasas... 11
2.2.3 Metiltransferasas.. 11
2.2.4 Glicosiltransferasas.. 12
2.2.5 Transcetolasas y transaldolasas. 12
2.3 Hidrolasas 13
2.3.1 Lipasas.. 13
2.3.2 Glicosidasas.. 14
2.3.3 Proteinasas 15
2.3.4 Fosfatasas.. 16
2.4 Liasas 17
2.4.1 Descarboxilasas.. 17
2.4.2 Deshidratasas.. 18
2.4.3 Desaminasas 18
2.4.4 Carboxilasas que no requieren ATP 18
2.5 Isomerasas. 19
2.5.1 Racemasas... 19
2.5.2 Epimerasas.. 20
2.5.3 Cis-trans isomerasas.. 20
iii
2.5.4 Mutasas 20
2.5.5 Isomerasas de grupo funcional 21
2.6 Ligasas 22
2.6.1 Carboxilasas... 22
2.6.2 Sintetasas. 22
3.1 xido-reductasas... 24
3.2 Transferasas 24
3.3 Hidrolasas 25
3.4 Liasas 25
4.1 xido-reductasas. 27
4.1.1 Enzima mlica... 27
4.1.2 Superxido dismutasa. 27
4.1.3 Nitrogenasa 27
4.1.4 Glutamato deshidrogenasa. 28
4.1.5 Desaturasas 28
4.2 Transferasas. 29
4.2.1 Piruvato, fosfato dikinasa... 29
4.2.2 Sacarosa fosforilasa.. 29
4.2.3 Glucosa-1-fosfato, UTP, uridiltransferasa 30
4.3 Liasas. 31
4.3.1 Fosfoenolpiruvato carboxikinasa.. 31
4.3.2 Aconitasa.. 31
5. BIBLIOGRAFA 35
iv
PRESENTACIN
El propsito de este escrito es detallar hasta cierto lmite el tema del nombre y la
clasificacin de las enzimas, que no es lo suficientemente ilustrado en la
mayora de los textos de Bioqumica, haciendo nfasis en la relacin que
lgicamente debe existir entre el nombre, el cdigo numrico y la reaccin
qumica que cataliza. Subyace en el texto el conocimiento estructural que se
debe tener sobre una reaccin qumica para deducir correctamente el nombre y
la clasificacin primaria de la enzima que la cataliza.
-Ejemplo:
ENZIMA
NADH H+ CoQ NAD+ CoQH2
Clase 1: xido-reductasas.
2
Clase 2: Transferasas.
Clase 3: Hidrolasas.
Clase 4. Liasas.
Clase 5: Isomerasas.
Clase 6: Ligasas.
. Indica el cambio
X: Denota la clase a la cual pertenece la enzima.
qumico global que realiza la enzima sobre el sustrato.
ENZIMA
CH2 CH2 CH CH2 NH3
HO NH2 HO
Significado: La enzima es una liasa (clase 4), que rompe un enlace C-N
(subclase 3), para desprender amonaco (subsubclase 1), en un sustrato que se
llama etanolamina (nmero 7).
O O O O
ENZIMA -
NH CH C NH CH C NH CH C O H3N CH C
aa R aa R
H2O bsico
bsico
Significado: La enzima es una hidrolasa (clase 3), que rompe con agua un
enlace peptdico (subclase 4), usando para ello un residuo de serina en su centro
activo (subsubclase 21). Esta enzima es la cuarta (4) agregada a una lista de
proteinasas.
COO
ENZIMA
HC CH HC CH
MALEATO FUMARATO
Cdigo E.C: 5. 2. 1. 1
ENZIMA
2H2O2 2H2O O2
Significado: Es una xido-reductasa (clase 1), que usa H2O2 como aceptor de
electrones (subclase 11), y como donador a otra molcula de H2O2 (subsubclase
1). Le toc el sexto lugar en la lista de enzimas.
5
ENZIMA
AMP ATP 2ADP
Cdigo E.C: 2. 7. 4. 3
O O O
ENZIMA
CH3 C SCoA CO2 O C CH2 C SCoA
Cdigo E.C: 6. 4. 1. 2
Significado: Es una ligasa (clase 6), que forma un enlace C-C (subclase 4)
entre el sustrato y el CO2 (subsubclase 1). El sustrato especfico es el acetil CoA
(nmero 2).
6
2.1 XIDO-REDUCTASAS
PO PO
O GLC-6-P DESHIDROGENASA O
O 1.1.1.49
OH
+ +
NADP NADPH H
GLUCOSA-6-P 6-P-GLUCOLACTONA
CIT.C OXIDASA
2Fe2+ (cit. C) 2H+ 1/2 O2 2Fe3+ (cit. C) H2O (1.9.3.1)
7
CISTEAMINA
DIOXIGENASA
HS CH2 CH2 NH2 O S CH2 CH2 NH2 (1.13.11.19)
HO
O2 HIPOTAURINA
CISTEAMINA
CATECOL-1,2-
OH DIOXIGENASA
COOH
(1.13.11.1)
OH COOH
O2
CATECOL CIS,CIS - MUCONATO
Se les llama tambin oxidasas de funcin mixta porque oxidan a dos molculas
en forma ligeramente diferente: al sustrato principal le agregan un oxgeno, y al
otro sustrato le quitan electrones y protones:
FENILALANINA-4-
HIDROXILASA
CH2 CH COO- HO CH2 CH COO-
NH3 NH3
O2 H2O TYR
PHE
TETRAHIDRO DIHIDRO
BIOPTERINA BIOPTERINA (1.14.16.1)
4-HIDROXIFENILACETATO
3-HIDROXILASA
HO CH2 COO- HO CH2 COO-
HO
+ O2 H2 O
NADH H + (1.14.13.2)
NAD
NADH
+ PEROXIDASA
NADH H NAD+ (1.11.1.1)
H2O2 2H2O
GLUTATION
G S H PEROXIDASA G S (1.11.1.9)
G S H G S
H2O2 2H2O
GLUTATION GLUTATION
REDUCIDO OXIDADO
9
CATALASA
H2O2 O2 (1.11.1.6)
H2 O2 2H2O
NITRATO
REDUCTASA
NO3 NO2 H2O (1.6.6.2)
+ +
NADPH H NADP
NITRITO
REDUCTASA
NO2 NH4OH OH (1.6.6.4)
+
3NADPH 3NADP
+
3H
10
NUCLESIDO DIFOSFATO
BASE O BASE
PiPiO O REDUCTASA PiPiO
H2O (1.17.4.1)
HO OH TIOREDOXINA TIOREDOXINA HO
HS SH S S
HN CH COO- D-PROLINA
-
REDUCTASA CH2 CH2 CH2 CH2 COO (1.4.4.1)
NH2
SH SH S S
- -
CH2 COO CH2 COO
4 4
2.2 TRANSFERASAS
Son las enzimas que catalizan aquellas reacciones celulares donde un grupo de
tomos se transfiere de un sustrato a otro. La subclase especifica los grupos que
se transfieren (metilos, formilos, carboxilos, acilos, glicosilos, alquilos, arilos,
grupos nitrogenados, fosforilos, que contienen azufre); la subsubclase detalla
aspectos de esos grupos como el tamao, la constitucin ms especfica y los
grupos que actan como receptores.
UTP, hasta un grupo receptor que puede ser un hidroxilo (HO-), un carboxilo (-
COO-), un fosfato (-OPO32-) o un grupo amino (-NH2):
11
COO- CREATINA
COO-
KINASA CH2
CH2
(2.7.3.2)
H3C N H3C N
C O
C ATP ADP
-
H2N NH2 H2N NH P O
O-
CREATINA P-CREATINA
O
H2N
H2N C COOH ALA, alfa-KG O CH COOH
CH COOH AMINOTRANSFERASA C COOH
CH2 CH2
CH3 CH3
CH2 (2.6.1.2) CH2
ALA COO- PIRUVATO COO-
alfa KG GLUTAMATO
SERINA HIDROXIMETIL
H2N CH COOH
TRANSFERASA
H2N CH2 COOH H2O (2.1.2.1)
CH2
OH GLICINA
THF THF CH2
SERINA
GLUCGENO
UDP-GLUCOSA
GLUCOSILTRANSFERASA
O O
O O O
O O A
HO O O O
HO
O UDP
A
GLUCGENO (n) O UDP
HO GLUCGENO (n+1)
C CH2OH CH C CH2OH
O OH O
CH2OH
CH2OH
C O O CH
O CH C O
TRANSCETOLASA
(2.2.1.1)
CH2OP
CH2OP CH2OP
G-3-P
CH2OP XILULOSA-5-P RIBOSA-5-P
SEDO
HEPTULOSA-7-P
CH2OH
CH2OH
C O
C O HC O
HC O
TRANSALDOLASA
CH2OP
(2.2.1.2)
CH2OP
G-3-P CH2OP
CH2OP ERITROSA-4-P
FRUCTOSA-6-P
SEDO
HEPTULOSA-7-P
2.3 HIDROLASAS
2.3.1 LIPASAS: Son las enzimas que actan sobre los lpidos, hidrolizando
enlaces tipo ster. Realmente son esterasas:
14
O
O CH2O C R TRIACILGLICEROL CH2OH
LIPASA
R C OCH O H OCH (3.1.1.3)
CH2O C R O CH2OH
-
3 H2 O 3 R C O
O
LACTASA O O
O O (3.2.1.108)
Insulisina (3.4.24.56): Es una peptidasa que acta que acta sobre la hormona
insulina y sobre el tripptido glucagn, degradndolos. Tambin se conoce con
el nombre de insulinasa:
-
COO O COO
- O -
H - O
N O INSULISINA O
- H3N
-
H 3N N (3.4.24.56) H 3N O H 3N
H CH2 O
O CH2 O O
SH SH
2 H 2O GLUTAMATO GLICINA
GLUTATIN CISTENA
16
2.3.4 FOSFATASAS: Son las enzimas que rompen hidrolticamente los enlaces
fosfoster y fosfoanhdridos:
FRU-1,6-BP
PO O OP HIDROLASA PO O OH
(3.1.3.11)
H2O Pi
FRU-1,6-BP FRU-6-P
O O PIROFOSFATASA O
INORGNICA
O P O P OH H2O 2 O P OH (3.6.1.1)
O O O
PIROFOSFATO FOSFATO
4 ATP asa 3 2
ATP H2O ADP Pi H+ (3.6.1.36)
17
2.4 LIASAS
COO- PIRUVATO H
DESCARBOXILASA
+
C O H C O CO2
(4.1.1.1)
CH3 CH3
PIRUVATO ACETALDEHDO
COO- ACETOACETATO
DESCARBOXILASA
CH3
CH2
H+ C O CO2
(4.1.1.4)
C O
CH3
CH3
OXALOACETATO PIRUVATO
18
COO-
2-P-GLICERATO COO-
DESHIDRATASA
CH OP C OP H2O (4.2.1.11)
FENILALANINA
AMONIOLIASA
- -
CH2 CH COO CH CH COO NH3
(4.3.1.5)
NH3
COO-
COO- PEP-
CARBOXILASA
C O
C OP CO2 H2O Pi
CH2
CH2 (4.1.1.31)
COO-
PEP OAA
19
COO-
-
COO
PEPCK C O
C OP CO2 GDP GTP
(4.1.1.32) CH2
CH2
COO-
PEP OAA
Dos liasas importantes son: citrato liasa (4.1.3.8), que hace parte del sistema
lanzadera del citrato, e isocitrato liasa (4.1.3.1), que participa en el ciclo del
glioxilato.
2.5 ISOMERASAS
Entre las isomerasas mas frecuentes estn las racemasas, las epimerasas, las
mutasas, las cis-trans isomerasas y las isomerasas de grupo funcional.
COOH COOH
L-ASPARTATO D-ASPARTATO
20
CH2OH CH2OH
RIBULOSA-5-P
C O 3-EPIMERASA O
C
(5.1.3.1)
CH2OP CH2OP
D-RIBULOSA-5-P D-XILULOSA-5-P
COO-
MALEATO FUMARATO
CH CH ISOMERASA CH CH (5.2.1.1)
-
OOC COO OOC
MALEATO FUMARATO
3-P-GLICERATO 2-P-GLICERATO
H C O TRIOSA FOSFATO
CH2OH
ISOMERASA
CHOH C O (5.3.1.1)
CH2OP CH2OP
GLICERALDEHDO DIHIDROXIACETONA
3-FOSFATO FOSFATO
2.6 LIGASAS
COO-
COO- PIRUVATO
CARBOXILASA
CO2 C O (6.4.1.1)
C O
CH2
CH3
COO-
ATP + H2O ADP + Pi
PIRUVATO
OAA
O ACETIL CoA O
SINTETASA
CH3 C OH HSCoA CH3 C SCoA (6.2.1.1)
Formacin de glutamina:
COOH
COOH GLUTAMINA
H2N CH
H2N CH SINTETASA
NH3 CH2 (6.3.1.2)
CH2
CH2
CH2 ATP ADP + Pi
C
COOH O NH2
GLUTAMATO
GLUTAMINA
Formacin de un pptido:
CH3
CH CH3 O
H2N COOH D-ALANIL ALANINA
SINTETASA CH NH C
OH (6.3.2.4)
H2 N C CH
CH3 O CH3
Las sintasas no constituyen una categora o clase como tal; es un trmino que se
aplica genricamente a una serie de enzimas, cuyas actividades se concretan en
catalizar la sntesis o formacin de una sustancia sin requerir la energa de
hidrlisis de un nucletido.
3.1 XIDO-REDUCTASAS
O PIRUVATO O
SINTASA -
CH3 C SCoA CO2 CH3 C COO HSCoA (1.2.7.1)
FERREDOXINA FERREDOXINA
REDUCIDA OXIDADA
3.2 TRANSFERASAS
LACTOSA O
O O SINTASA
O O (2.4.1.22)
O UDP
3.3 HIDROLASAS
ATP SINTASA
ATP H2O ADP Pi H+ (3.6.1.36)
3.4 LIASAS
Para las dos ltimas enzimas, estas son las reacciones que catalizan:
-
O CITRATO H2C COO-
O C COO SINTASA -
-
CH3 C SCoA HO C COO (4.1.3.7)
H2C COO -
H2C COO
H2 O HSCoA
OXALOACETATO
CITRATO
26
COO- O 2-ACETOLACTATO
COO- O
O C OOC C CH3 SINTASA HO C C CH3 CO2
Sobre las dos carboxilasas que no requieren ATP descritas en el apartado de las
liasas (fosfoenolpiruvato carboxilasa y fosfoenolpiruvato carboxikinasa),
realmente podran ser dos sintasas, que no se denominan as porque tendran el
mismo nombre: oxaloacetato sintasa, y no habra forma de diferenciarlas.
27
4.1 XIDO-REDUCTASAS
COO-
COO-
HO CH ENZIMA MLICA
C O CO2 (1.1.1.39)
CH2
CH3
COO- NADP+ NADPH + H+
PIRUVATO
L-.MALATO
SUPERXIDO
+ DISMUTASA
2 O2 2H O2 H2O2 (1.15.1.1)
NITROGENASA
N2 6 H+ 2 NH3 (1.18.6.1)
COO- COO-
GLUTAMATO
H2N CH DESHIDROGENASA C O
H2O NH3
CH2 CH2
CH2 CH2
NAD(P)+ NAD(P)H
COO -
H+ COO-
GLUTAMATO alfa-CETOGLUTARATO
Existen tres formas isoenzimticas, con el mismo nombre pero con diferente
cdigo:
O
9 ESTEAROIL CoA O
C DESATURASA 10 9
C
SCoA
SCoA
ESTEAROIL CoA OLEOIL CoA
O2
2 H2O
(1.14.99.5)
NAD(P)H NAD(P)+
H+
4.2 TRANSFERASAS
Es una enzima que transfiere dos grupos fosforilos desde el ATP hacia dos
receptores: piruvato y fosfato. Por ello se llama dikinasa.
O
SACAROSA O
FOSFORILASA O O
O (2.4.1.7)
O -
O P O
O-
O
- GLUCOSA-1-FOSFATO FRUCTOSA
SACAROSA HO P O
O-
Aparentemente esta enzima se podra mirar como una liasa que usa el dianin
fosfato para romper la molcula de sacarosa, pero su cdigo numrico la ubica
en la clase de las transferasas, indicando que el cambio qumico es en forma
preferencial una transferencia del radical glucosilo desde la molcula de
sacarosa hasta el dianin fosfato.
NH
GLUCOSA-1-FOSFATO,UDP, O
O O O
O URIDILTRANSFERASA N O
- O P O P O O
O P O
O- O-
O- O O
4.3 LIASAS
COO-
COO-
C O PEPCK
C OP CO2 (4.1.1.32)
CH2
CH2
COO- GTP GDP
OAA PEP
4.3.2 ACONITASA (4.2.1.3). Es una liasa del Ciclo del cido Ctrico que
cataliza en los dos sentidos la siguiente reaccin:
32
O COMPLEJO PIRUVATO O
DESHIDROGENASA
-
CH3 C COO HSCoA CH3 C SCoA CO2
O PIRUVATO O
S S
-
DESHIDROGENASA
CH3 C COO CH2 CO2H CH3 C S SH
4
(1.2.4.1) CH2 CO2H
4
CIDO LIPOICO CO2 CIDO ACETIL
DIHIDROLIPOICO
C S SH DIHIDROLIPOIL
CH3 HS SH
TRANSACETILASA
CH2 CO2H CH2 CO2H (2.3.1.12)
4 4
O
CIDO CIDO
S-ACETIL DIHIDROLIPOICO HSCoA CH3 C SCoA DIHIDROLIPOICO
DIHIDROLIPOIL
HS SH S S
DESHIDROGENASA
CH2 CO2H
4
CH2 CO2H
4
(1.8.1.4)
BIBLIOGRAFA