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Clasificacin actual
La clasificacin de las arqueas, y los procariontes en general, es un tema en constante
fluctuacin. Los sistemas actuales de clasificacin intentan organizar las arqueas en grupos
que comparten rasgos estructurales y antepasados comunes.20 Estas clasificaciones se basan
especialmente en el uso de secuencias de genes de ARN ribosmico para revelar las
relaciones entre los organismos (anlisis moleculares de ADN).21 La mayora de especies de
arqueas cultivables y bien investigadas son miembros de dos filos principales, los
Euryarchaeota y Crenarchaeota. Se han propuesto tentativamente otros grupos. Por
ejemplo, la peculiar especie Nanoarchaeum equitans, que fue descubierta en 2003, se le ha
atribuido su propio filo, el de las Nanoarchaeota.22 Tambin se ha propuesto el nuevo filo
Korarchaeota, que contiene un nmero reducido de inusuales especies termfilas que
comparten rasgos de los dos filos principales, pero que son ms cercanas a los
Crenarchaeota.23 24 Otras especies de arqueas recientemente descubiertas solo tienen una
relacin distante con cualquiera de estos grupos, como los Nanoorganismos
arqueobacterianos acidfilos de Richmond Mine (ARMAN), que fueron descubiertos en
200625 y son algunos de los organismos conocidos ms pequeos.26
El filo propuesto en 2008 de los Thaumarchaeota figura tambin en LPSN (List of
Prokaryotic names with Standing in Nomenclature, Lista de nombres de procariotas con pie
en la nomenclatura). A medida que se codifiquen ms genomas de arqueas es probable que
el nmero de grupos aumente, y tambin ser necesario comprobar los grupos
controvertidos. Por ejemplo, en 2011 se propuso el nuevo grupo de los Aigarchaeota.
Filogenia
Un estudio reciente (2013) basado en 38 genes marcadores, organiza la filogenia arqueana
en supergrupos, incluyendo nuevos filos candidatos y del siguiente modo:28
Archaea
Euryarchaeota
TACK
Korarchaeota
Crenarchaeota
Aigarchaeota
Thaumarchaeota
DPANN
Diapherotrites
Parvarchaeota
Especies
La clasificacin de las arqueas en especies tambin es controvertida. En biologa, una
especie es un grupo de organismos relacionados. Una definicin de especie muy extendida
entre los animales es un conjunto de organismos que pueden reproducirse entre ellos y que
estn reproductivamente aislados de otros grupos de organismos (es decir, no pueden
reproducirse con otras especies).29 Sin embargo, los esfuerzos por clasificar los procariotas,
como las arqueas, en especies se complican debido a que son asexuales y que presentan un
alto nivel de transferencia horizontal de genes entre linajes. Este tema es controvertido; por
ejemplo, algunos datos sugieren que en arqueas como Ferroplasma, se pueden agrupar
clulas individuales en poblaciones de genoma muy similar y que raramente transfieren
genes a grupos ms divergentes de clulas.30 Algunos argumentan que estos grupos de
clulas son anlogos a especies. Por otra parte, estudios de Halorubrum descubrieron un
intercambio gentico significativo entre estas poblaciones.31 Estos resultados han llevado a
pensar que clasificar estos grupos de organismos como especies tendra poco sentido
prctico.32
El conocimiento actual sobre la diversidad de las arqueas es fragmentario, y no se puede
estimar con ningn tipo de precisin el nmero total de especies existentes.21 Incluso las
estimaciones del nmero total de filos arqueobacterianos varan entre 18 y 23, de los cuales
slo ocho tienen representantes que se han cultivado y estudiado directamente. Muchos de
estos grupos hipotticos son conocidos nicamente a partir de una sola secuencia de ARNr,
lo que indica que la diversidad de estos organismos permanece completamente
desconocida.33 El problema de cmo estudiar y clasificar microbios no cultivados tambin
se da en las bacterias.34 Recientemente, y aunque el proyecto plantea las dificultades
mencionadas anteriormente, el consoricio pblico GEBA (acrnimo en ingls de Genomic
Enciclopedy of Bacteria and Archaea, Enciclopedia genmica de Bacteria y Archaea) est
llevando a cabo la tarea de completar y anotar la mayor cantidad de genomas de estos dos
dominios con el fin, entre otros, de llevar a cabo una clasificacin basada en el genoma.35