Tema 1.

Resumen

O, H and C represent 98% of atoms in all life

forms
The special molecular properties of water
allow the presence of life
Water is a polar molecule. Partial + charge near
H and close to O

Interacciones no covalentes en medio acuoso

Propiedades trmicas del agua

El agua como disolvente

1

Luis Martinez Gil

Tema 2. Aminocidos. Enlace peptdico.

Estructura primaria y secundaria de las
protenas

Aminocidos

Aminocidos estndar

Propiedades de los
aminocidos

Aminocidos no
estndar

El enlace peptdico

Propiedades

Pptidos y protenas

Estructura de las protenas

Niveles de estructura

Estructura primaria

Estructura secundaria

Diagrama de Ramachandran

Hlice

Hoja

Giros

2
Luis Martinez Gil

-aminocidos

Constituyen las unidades bsicas de las protenas.

Precursores de hormonas, lpidos y cidos nucleicos

Algunos aminocidos pueden actuar como transmisores de
seales (neurotransmisores)

Un -aminocido esta constituido

por un carbono central (C unido
a un cido carboxilo, un grupo
amino, un H y una cadena lateral
Se diferencian por su cadena
lateral (R)
3

Luis Martinez Gil

Los aminocidos son quirales

Dos estereoismeros
posibles
Enantimeros L y D

Slo la forma L se encuentra

en las protenas naturales

4
Luis Martinez Gil

Propiedades cido-Base de los

aminocidos
A pH 7 los aminocidos sin cadena lateral son zwitteriones/iones dipolares
presentan simultneamente carga positiva y negativa

Carga neta +1

K1; pK1

Carga neta 0

Forma (neutra)

K2; pK2

Carga neta -1

Forma aninica

Forma catinica

5
Luis Martinez Gil

Aminocidos estndar
Se diferencian por su cadena lateral (R)
Todas las protenas de todas las especies se
constituyen de estos 20 amino cidos
Se representa normalmente el estado de protonacin
a pH 7,0
Los aminocidos se clasifican (generalmente) segn las
propiedades de sus cadenas laterales (a pH 7,0)
Neutros no polares (hidrofbicos)

Neutros polares (distribucin asimtrica de la carga en R)

cidos a pH 7

Bsicos a pH 7

6
Luis Martinez Gil

Aminocidos
estndar

Aminocidos neutros no polares

Glicina

Fenilalanina

Alanina

Triptfano

Valina

Leucina

Metionina

Cisteina

Isoleucina

Prolina

Aminocidos neutros polares

Serina

Treonina

Aminocidos cidos

Tirosina

Asparagina

Glutamina

Aminocidos bsicos

7
Luis Martinez Gil
Aspartato

Glutamato

Lisina

Arginina

Histidina

Aminocidos estndar

Isoleucine

8
Luis Martinez Gil

Aminocidos no polares
(hidrofbicos)
Aminocidos no polares contienen fundamentalmente R alifticas
Aquiral

Glicina
Gly, G

Leucina
Leu, L
Luis Martinez Gil

Alanina
Ala, A

Metionina
Met, M

Cadena latera forma

un anillo. Implica
restricciones
conformacionales
(iminoacido)
Valina
Val, V

Isoleucina
Ile, I

Prolina
Pro, P

Aminocidos aromticos
Polar

Fenilo

Fenilalanina
Phe, F
Luis Martinez Gil

No polar
(hidrofbico)

Indol

No polar
(hidrofbico)

Tirosina
Tyr, Y

Triptofano
Trp, W

10

Fluorescencia del Trp

Abs/Ex 280 nm
Em 300 to 350 nm dependiendo del entorno de la protena

Published: January 24, 2015

Figure 1. Structural changes in erythroid, nonerythroid spectrin in presence of increasing

concentrations of urea and GuHCl monitored by fluorescence spectroscopy at pH 8.0 and 25C.
11
Luis Martinez Gil

Aminocidos bsicos con carga +

(hidrfilos)

Tiene
carga
positiva a
pH<6

Lisina
Lys, K

Arginina
Arg, R

Histidina
His, H
12

Luis Martinez Gil

Aminocidos cidos con carga (hidrfilos)

Aspartato
Asp, D

Glutamato
Glu, E
13

Luis Martinez Gil

Aminocidos neutros polares

Serina
Ser, S

Treonina
Thr, T

Tirosina
Tyr, Y

Asparagina
Asn, N

Cistena
Cys, C

Puede
encontrarse
cargado a
pH>9.5

Puede
encontrarse
cargado a
pH>8,5
El grupo -SH es
muy reactivo.
Dos molculas
de Cys se oxidan
formado cistina
mediante un
puente disulfuro
(-S-S-)

Glutamina
Gln, Q
14

Luis Martinez Gil

Aminocidos no estndar
Aminocidos distintos de los 20 estndar y derivados de
stos realizan funciones biolgicas importantes como
mensajeros o precursores

Neurotransmisores

Hormonas

Precursores e intermediarios metablicos

15
Luis Martinez Gil

Aminocidos esenciales y no
esenciales

Aminocidos no esenciales son aquellos que el ser humano es

capaz de sintetizar
Aminocidos esenciales deben ser suministrados por la dieta
No esenciales

Esenciales

Alanina

Histidina

Arginina

isoleucina

Asparagina

Leucina

Aspartato

Lisina

Cistena

Metionina

Glutamato

Fenilalanina

Glutamina

Treonina

Glicina

Triptfano

Prolina

Valina

Serina
Luis Martinez Gil

Tirosina

16

Valores de pKa de los aminocidos

-carboxilo
terminal

-amino
terminal

Cadena
lateral
ionizable

pKR<pK2

Luis Martinez Gil

pKR>pK17
2

Valores de pK de la Histidina
Carga neta +2

Carga neta +1

pK1=1.82

Carga neta 0

pKR=6.0

Carga neta -1

pK2=9.17

18
Luis Martinez Gil

El punto isoelctrico (pI)

El pI es el pH para el cual la
carga neta del aminocido es 0
Es el valor medio de los pKa de
las especies que flanquean la
estructura isoelctrica

Carga -2

Para aminocidos neutros: Valor

medio de pK1 y pK2
Para aminocidos cidos o
bsicos: Depende de cada caso

Carga -1

Carga 0
Carga +1

Cuando pH= pI
La solubilidad en agua
disminuye
pI= (2.19+4.25)/2 = 3.22
Luis Martinez Gil

19

Polmeros de aminocidos : el enlace

petdico

Enlace peptdico es un enlace

amida formado por la unin del
grupo -carboxilo y el grupo -amino
de dos aminocidos
La biosntesis del enlace peptdico
requiere aporte de energa
Un polipptido es un polmero de
aminocidos unidos mediante
enlaces peptdicos
Cada unidad de un polipptido se
llama residuo de aminocido
La cadena polipeptdica tiene
direccionalidad
Tyr-Gly-Phe-Leu = Leu-Phe-Gly-Tyr

Luis Martinez Gil

20

Propiedades del enlace peptdico

Carcter parcial de doble enlace

No tiene libertad de giro
Ms corto que enlaces
sencillos CN

Aparece normalmente en
conformacin trans
Los grupos C=O y N-H peptdicos son
polares
Participan en la formacin de
enlaces de hidrgeno

Estructuras resonantes del

enlace peptdico

CN
O

C=N

O-

Equilibrio cis-trans. Slo en los enlaces

XPro aparece la conformacin cis en
una proporcin significativa

C
O

Luis Martinez Gil

H
CN
C

C
O

C
CN
H
21

Distancias y ngulos del enlace

peptdico
Impedimentos
estricos
Cis

Trans
Distances in

Luis Martinez Gil

El enlace peptdico es rgido y planar

Los enlaces C-C y N-C son enlaces sencillos
puros
Una gran variacin de ngulos son permitidos

22

Tema 2-1: Resumen I

Constituyen las unidades bsicas de las protenas

Un -aminocido es un cido carboxlico con un grupo amino
en el carbono . Se diferencian por su cadena lateral (R).
Los aminocidos son quirales. Dos estereoismeros son
posibles. Enantimeros L y D
Aminocidos estandar: 20. Constituyen todas las protenas.
Se representa normalmente el estado de protonacin a pH
7,0. Se clasifican por su cadena lateral
Aminocidos no polares contienen (fundamentalmente) R
alifticas. Gly, Ala, Val, Leu, Met, Iso, Prolina
Aminocidos aromticos: Phe y Trp hidrofbicos. Tyr polar
23

Luis Martinez Gil

Tema 2-1: Resumen II

Lys, Arg e His se consideran aminocidos bsicos

Asp y Glu son aminocidos con carga neta a pH fisiolgico

Ser, Thr, Cys Tyr Asn y Gln son aminocidos neutros polares

La carga neta de los aminocidos cambia con el pH

El pI es el pH para el cual la carga neta del aminocido es 0.

En el pI la solubilidad de la protena en medio acuoso
disminuye
Enlace peptdico esta formado por la unin del grupo
-carboxilo y el grupo -amino de dos aminocidos
El enlace peptdico es rgido y planar
24

Luis Martinez Gil

Esqueleto peptdico
Una cadena polipeptdica consta de:

Cadena principal o esqueleto. Parte que se repite regularmente

Cadenas laterales de los aminocidos

...

25
Luis Martinez Gil

Pptidos
Son polmeros de unos pocos aminocidos
La cadena polipeptdica tiene direccionalidad
Ejemplos de pptidos importantes
Glutatin (tripptido)

Agente reductor. Protege a las clulas de productos

oxidantes derivados del metabolismo del O2

Vasopresina (Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly-NH2)

Hormona antidiurtica. Interviene en la regulacin del

equilibrio hdrico

Oxitocina (Cys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg-Gly-NH2)

Pptidos opiceos (Ej: Endorfina Tyr-Gly-Gly-Phe-MetThr-Ser-Glu-Lys-Ser-Gln-Thr-Pro-Leu-Val-Thr)

Luis Martinez Gil

Hormona sexual. Estimula la secrecin de la leche y la

contraccin muscular uterina durante el parto

Pentapptidos que intervienen en el alivio del dolor

Endgenos y exgenos

26

Protenas

Largas cadenas polipeptdicas (>50 residuos)

que se pliegan con una estructura definida
Responsables de la mayora de las
funciones bioqumicas:

Catlisis

Transporte

Estructura

Almacenamiento

Movimiento

Detoxificacin

Defensa

Regulacin

Luis Martinez Gil

27

Tipos de protenas
Segn su forma
Fibrilares / Fibrosas
Globulares

Segn su composicin
Simples/Holoprotenas

Formadas nicamente por aminocidos

Conjugadas/Heteroprotenas
Formadas por una cadena polipeptdica (apoproteina) + Grupo
prosttico
Se agrupan segn sea el grupo prosttico:
glucoprotenas
lipoprotenas
metaloprotenas
hemoprotenas
Luis Martinez Gil fosfoprotenas

28

Estructura de las protenas

Surge del plegamiento de la
cadena polipeptdica
Depende de la secuencia y de
las caractersticas del medio
solvente
Se distinguen cuatro niveles
estructurales:
Estructura primaria
Secuencia de aminocidos
No surge del plegamiento
No depende del medio

Estructura secundaria
Plegamiento local

Estructura terciaria
Plegamiento global

Estructura cuaternaria
Organizacin multimrica de
varias cadenas
Luis Martinez Gil

29

Estructura primaria
Secuencia de aminocidos
Especfica de cada protena
Permite establecer relaciones
evolutivas
Las protenas homlogas
tienen secuencias semejantes
Identity vs Similarity

HistoneH1
Human KKLAATPKKAKKPKTWKAKPVKASKPKKAKPVK
Mouse KKPAATPKKAKKPKVWKVKPVKASKPKKAKTVK
Rat
KKPAATPKKAKKPKIWKVKPVKASKPKKAKPVK
Cow
KKPAATPKKTKKPKTWKAKPVKASKPKKTKPVK
Chimp KKLAATPKKAKKPKTWKAKPVKASKPKKAKPVK
30
Luis Martinez Gil

Estructura primaria
Secuencia de aminocidos
Mutaciones --> Variaciones en la
secuencia
Residuos poco variables
Importantes para la funcin
Mutaciones conservadoras
Entre residuos qumicamente
semejante
Existen mutaciones asociadas a
enfermedades

Eliminacin de la Phe508 en
la protena CFTR causa
Fibrosis Cstica.
H275Y/ N295S en la
protena M2 de la gripe
causa resistencia a Tamiflu
31

Luis Martinez Gil

Estructura secundaria
Enlace
peptdico

Patrones repetitivos de
conformacin local de la cadena
polipeptdica
Dependen de los valores de los
rotmeros y
Hay un nmero limitado de
conformaciones posibles debido a
impedimentos estricos entre los
grupos -NH, -CO y -R
La conformacin ms favorable
depende de la secuencia de
aminocidos

Las conformaciones posibles (helices

alpha, hojas beta) se estabilizan por
un nmero elevado de enlaces de
hidrgeno

Phi

psi
Carbono

Cadena
lateral

Plano
amidapeptdico

32
Luis Martinez Gil

ngulos de torsin: Phi - psi

33
Luis Martinez Gil

Conformaciones posibles y
prohibidas
El choque estrico (solapamiento de los radios de van der Waals) al girar los
rotmeros y impide gran nmero de conformaciones. Las conformaciones
posibles se representan en el diagrama de Ramachandran
Conformacin Posible
Choque
de los
grupos
-CO

Choque
de los
grupos
-NH
=0o, =180o
Luis Martinez Gil

=180o, =0o

Choque
-NH con
-CO
=-60o, =180o
Grupos -CO lejos
entre ellos y lejos de
la cadena lateral R

=0o, = 0o

34

Diagrama de Ramachandran
Distribucin de ngulos y
en un polipptido de polialanina

Cadenas
G.N Ramachandran

En azul: Valores posibles

Tipos principales de
estructura secundaria
Hlices
Cadenas

Luis Martinez Gil

(grados)

En blanco: Valores
prohibidos

Hlice
(a izquierdas)
Hlice
(a derechas)

(grados)

35

Diagrama de Ramachandran
Distribucin de ngulos y en un polipptido de poli-alanina
Cadenas

Hlice
(a izquierdas)

Hlice
(a derechas)
36
Luis Martinez Gil

Hlice (3,6)
N-ter

Vista desde arriba

Conformacin helicoidal a
derechas
=-60o, =-40o -50o
3,6 residuos por vuelta (paso
de vuelta)
avance de 5,4 por vuelta

1
2
3

Residuo i
4

Residuo i+4
5

3,6 residuos
5,4
(1,5 por residuo)
13 tomos por cada bucle
cerrado por un enlace de H

C-ter

Luis Martinez Gil

Cadenas
laterales
hacia afuera

Los grupos peptdicos

participan en enlaces de H
Entre residuos i e i+4
Excepto en los extremos

Las cadenas laterales se

dirigen hacia fuera
Mnima repulsin
Posibles interacciones entre
ellas
37

Hlice (3,6)
Vista desde arriba

N-ter
1
Residuo i

2
3,6 residuos
5,4
(1,5 por residuo)

C-ter
Luis Martinez Gil

Residuo i+4

Cadenas
laterales
hacia afuera

38

Estabilidad de la hlice
N-ter

Contribucin principal: enlaces de hidrgeno entre grupos

-CO y -NH peptdicos (cada residuo i con i+4)
No es posible en los residuos de los extremos

1
2
3
4
5

39
Luis Martinez Gil

C-ter

Estabilidad de la hlice

Interacciones entre cadenas laterales

Residuo i con i+3 e i+4, y con i-3 e i-4

N-ter
1
Residuo i

Electrostticas
Atractivas (estabilizadoras, entre residuos de distinta carga)
Repulsivas --> desestabilizadoras (entre residuos con la misma
carga)

Efecto hidrofbico

Algunos residuos desestabilizan la hlice

Residuo i+4

Glicina (no tiene R --> otorga demasiada flexibilidad)

Prolina (restringe el giro de ; no tiene -NH para formar
enlace de H)
Residuos voluminosos (Trp) y ramificados en el carbono
(Val, Thr) (impedimentos estricos)

C-ter
Luis Martinez Gil

40

Representaciones de las hlices

Contenido en hlice
Ferritina ~ 75% hlice
25% de las protenas adopta una
conformacin en hlice

41
Luis Martinez Gil

Dipolo de la Hlice
Momento
dipolar

3,6
residuos
5.4

42
Luis Martinez Gil

Cadenas/Hebras y Hojas
Cadenas : Segmentos en
conformacin extendida
Hojas : Dos o ms cadenas
adyacentes

enlaces de H entre -CO y -NH de

cadenas adyacentes

Apariencia de lmina plegada

Cadenas paralelas o antiparalelas

3.5

Cadenas laterales a ambos lados

de la hoja
Son frecuentes los residuos voluminosos
Puede haber interacciones entre las cadenas
laterales

43
Luis Martinez Gil

7.5

Orientaciones de hojas

Existen hojas paralelas y

antiparalelas dependiendo de la
orientacin de las cadenas
peptdicas

Hoja
Paralela

Peor orientacin de
enlaces de H (ms
dbiles)

Las hojas antiparalelas son mas

estables
En una hojas pueden llegar a
juntarse hasta 10 hebras
Paralelas
Antiparalelas
Mixtas
Dos hebras de una misma hojas no
tienen por que ser adyacentes en la
estructura primaria

Luis Martinez Gil

Hoja
Antiparalela

Enlaces de H mejor
orientados (ms fuertes)

44

Representaciones de hojas
Hlice

Otras
estructuras
Sin estructura

Hoja

45
Luis Martinez Gil

Giros
Cambian la direccin de la
cadena 180o
Conectan entre s cadenas
antiparalelas

Son giros cortos y cerrados

Implican cuatro residuos
Poco voluminosos
Con frecuencia Gly y Pro

3
4

Enlace de H entre i e i+3 (1 y

4)

Hasta 9 tipos distintos

Segn conformacin de
residuos 2 y 3
Tipos I y II son los ms
Luis Martinez
Gil
comunes

Tipo I

Tipo II

46

Estructuras supersecundarias y
motivos estructurales

Son combinaciones de elementos

de estructura secundaria que
forman patrones definidos.
Estructuras supersecundarias
Motivos estructurales

Son la base de la clasificacin

estructural de las protenas

47
Luis Martinez Gil

Tema 2-1: Resumen I

Una cadena polipeptdica consta del esqueleto peptdico y

las cadenas laterales
Pptidos: polmeros de unos pocos aminocidos. Tienen
mltiples funciones fisiolgicas
Largas cadenas polipeptdicas con una estructura
definida. Responsables de la mayora de las funciones
bioqumicas
Las protenas se clasifican (generalmente) segn su forma
y su composicin
Hay distinguen cuatro niveles estructurales. Primaria,
secundaria, terciaria y cuaternaria.
Estructura primaria: secuencia de aminocidos
48

Luis Martinez Gil

Tema 2-1: Resumen II

Estructura secundaria: Patrones repetitivos de

conformacin local.
ngulos de torsin phi y psi determinan la estructura
secundaria
El diagrama de Ramachandran indica las combinaciones de
ngulos phi y psi posibles
Las estructuras secundarias mas comunes son las hlices
y las hojas Ambas se estabilizan por puentes de
hidrgeno
Estructura de las hlices y las hojas
Las estructuras supe-secundarias y los motivos
estructurales son combinaciones de hlices y las hojas
49

Luis Martinez Gil