SIMULACIN EN NANOHUB

Karen Bastidas Gmez, Melissa Torres

Fundacin Universidad de Bogot Jorge Tadeo Lozano. Facultad de Ingeniera Qumica
kareng.bastidasg@utadeo.edu.co melissa.torres@utadeo.edu.co

Abstract El presente informe, presenta algunos de los aspectos generales de la herramienta NanoHUB, software utilizado para la simulacin de materiales a escala nano. Esta herramienta contiene gran cantidad de informacin til al momento de estudiar e investigar, temas relacionados con la nanociencia y nanotecnologa. El presente documento pretende focalizar su desarrollo, especficamente en la aplicacin denominada ABACUSAssembly of Basic Applications for Coordinated Understanding of Semiconductors, simulador que permite entender ms a fondo sobre los diversos comportamientos a nano escala. 1. INTRODUCCION.

Este software es gratuito razn por la cual la convierte en una herramienta de fcil acceso, permitiendo el acceso a cualquier persona, permitiendo que la nanociencia sea un medio accesible a todos. As mismo, se hace uso de herramientas de modelamiento y simulacin para conocer ms sobre los avances de la nanociencia y nanotecnologa dentro de reas como lo son la nano mecnica, nano materiales entre muchos otros. 2. ABACUS: Assembly of Basic Applications for Coordinated Understanding of Semiconductors.

Dentro de la herramienta de NanoHUB se pueden ejecutar ms de 260 aplicaciones de simulacin a travs de la nube. Dichas aplicaciones pueden ser tiles para modelar y simular el comportamiento fsico, qumico y mecnico de las partculas a una escala reducida. No obstante, se hace necesario tener conocimientos tericos para poder mejorar y hacer uso adecuado de las aplicaciones que se encuentran dentro de la herramienta. Propiamente la aplicacin de ABACUS permite la simulacin de las redes de Bravais, para evidenciar de esta manera la estructura cristalina de los nanomateriales, de manera que permite la modificacin de propiedades fsicas y qumicas, para que de esta manera por medio de un grfico de

La herramienta NanoHUb, es un recurso para la nanociencia y la nanotecnologa, entre sus usos tiene la capacidad de simular con ms de 260 aplicaciones para la nanofotonica, nanoelectronica otros. Fomentando as la investigacin a travs de juntas o grupos, para que de esta manera se fomente el aprendizaje con herramientas como cursos, seminarios y planes de estudio. Adicionalmente se puede hacer uso de la misma como base de datos, ya que cuenta con publicaciones que realizan diferentes investigadores, a nivel mundial.

salida sea ms evidente la diferencia de estructuras. A partir de la simulacin en ABACUS dentro de la herramienta NanoHUB, es posible familiarizarse con las variables fsicas y qumicas que se puedan identificar y por ende modificar a partir de las variables de entrada, para ver sus efectos en los parmetros de salida en la simulacin. 2.1. Ambiente de ABACUS. Las diferentes posibilidades para la simulacin en NanoHUB, en la herramienta ABACUS de NCN Supported. Se permite ver a ABACUS como una plataforma que cuenta con aplicaciones bsicas para la comprensin coordinada de materiales semiconductores. La imagen 1 nos muestra la interfaz del simulador que se analizara a continuacin.

Dentro de esta aplicacin se puede desarrollar y conocer herramientas de simulacin en la nube de nano sistemas y procesos fsico qumicos a escalas nanomtricas. Para este se cuentan con la opcin de simular: Un material especfico. Sistema cristalino.

En la imagen 2, se evidencian los diferentes materiales que se pueden analizar.

Imagen 2. Materiales a analizar. En la imagen 3, se pueden ver las diferentes estructuras que se pueden analizar.

Imagen 1. Interfaz del simulador.

Como tal el simulador cuenta 10 opciones de interaccin con la simulacin, en donde cabe denotar algunas de dichas aplicaciones: Periodic potencial lab. Bipolar junction transistor lab. Classical simulation whit drift diffusion. Crystal viewer - lattices and crystal structure.

Imagen 3. Estructuras a analizar. A su vez cada uno cuenta con una serie de subsistemas para que la persona que interacte con el software pueda acceder al mismo. Tales subsistemas se explicaran posteriormente. 2.2. Siglas de los cristales en ingls: Cada uno de los materiales y sistemas cristalinos cuentan con diferentes configuraciones y materiales, los cuales son identificados con unas siglas que se describen a continuacin:

Particularmente para el desarrollo de la actual practica el estudio particular se focalizo en la aplicacin Crystal viewer lattices and crystal structure.

2.2.1. Por material o Diamond (diamante) Si: silicio Ge: germanio o Zincblende (esferulita) o GaAs: arseniuro de galio InAs: arseniuro de indio GaP: fosfuro de galio InP: fosfuro de indio AlP: fosfuro de aluminio GaSb: antimoniuro de galio InSb: antimoniuro de indio AISb: antimoniuro de aluminio

Ortorrmbico SC: Ortorrmbico simple BCC: Ortorrmbico centrado en el cuerpo FCC: Ortorrmbico centrado en una cara CXY: Ortorrmbico centrado en la base.

Monoclnica PC: Monoclnico primitivo CXY: Monoclnico centrado en la base.

Triclnica PC: Triclnico primitivo

Wurtzite (Wurtzita) AlN: nitruro de aluminio GaN: nitruro de galio InN: nitruro de indio o

Trigonal PC: Trigonal primitivo

Sodium chloride NaCl: cloruro de sodio

Hexagonal PC: Hexagonal primitivo

Cesium chloride CsCl: cloruro de cesio

Se evidencia en este punto que se puede generalizar, que para todos los sistemas cristalinos se cumple: SC: simple BCC: centrada en el cuerpo FCC: centrado en una cara CXY: centrado en la base PC: primitivo

Mallas de carbn Graphene/graphite Bucky ball (C60) Carbon Nanotube (CNT)

2.2.2. o

Por sistema cristalino Cubico SC: Cubico simple BCC: Cubico centrado en el cuerpo FCC: Cubico centrado en una cara

2.3. Variables fsicas y qumicas que se pueden modelar La plataforma permite al usuario modelar variables tanto fsicas como qumicas, a continuacin se realiza una agrupacin de cada una de dichas variables: Variables fsicas: o Longitud de celda unitaria o Angulo entre las celdas de los vectores o Repeticin de las unidades de celdas. o Tamao de la cuadricula. o Distancia entre capas

Tetragonal SC: Tetragonal simple BCC: Tetragonal centrado en el cuerpo

Distancia entre carbono - carbono.

enlaces

Variables qumicas: o Orientacin cristalina o Red de Bravais. o ndice de Miller o Composicin (elementos) o Enlaces entre tomos

2.4 Parmetros de entrada y salida en la Simulacin. 2.4.1. Por material (Para Diamante, esferulita, wurtzita, NaCl, CsCl)

2.4.1.1. Parmetros de entrada Estructura entrelazada: Diamante, esferulita, wurtzita, NaCl, CsCl, malla de carbono Bucky ball (C60),Carbon Nanotube (CNT) Material: depende de la estructura entrelazada escogida, este parmetro se puede evidenciar en la tabla 1. Informacin del plano: Seleccin del plano atmico: Se selecciona el plano de los tomos en el cual se quiere ver. El plano de Miller se marca con tomos rojos. Tamao del plano de Miller: El valor que tome este parmetro depende del plano atmico escogido. Este marca el nmero de translaciones en el primer vector de Bravais. La estructura va a estar localizada en el primer octante (x>=0, y>=0, z>=0). Los vectores de Bravais son escogidos siempre de manera ortogonal a cada uno, por medio del sistema de la mano derecha. Imagen 4: Interfaz parmetros de entrada 2.4.1.2. Parmetros de salida 2.4.2. Celda unitaria Plano de Miller Informacin del cristal

Por material (Mallas de carbono)

2.4.2.1. Grafeno 2.4.2.1.1. Parmetros de entrada Material: Estructuras ya establecidas. Estructura de la red: Se pueden escoger 6 diferentes estructuras Material: Composicin de la estructura de la red. Numero de translaciones y constantes de la red Lx: extensin en la direccin x en trminos de a0 (entero entre 1 y 10). Ly: extensin en la direccin y en trminos de a1 (entero entre 1 y 10) Longitud del enlace C-C: Se ingresa un numero entre 1e10 nm y 1000 nm con unidades de longitud (A,bohr, in,m). Numero de hojas: Enteros con valores entre 1 y 10

Separacin entre capas: Longitud de la separacin entre las capas en direccin z, toma valores entre 1e-10 nm y 1000 nm con unidades de longitud (A,bohr, in,m) Parmetros de salida

2.4.3.

Celda unitaria Plano de Miller Informacin del cristal

Por sistema cristalino

2.4.3.1. Parmetros de entrada 2.4.2.1.2. Celda unitaria Plano de Miller Informacin del cristal 2.4.2.2.1. Parmetros de entrada n: mltiplo de a1 para el vector Chiral (Ch= n*a1 + m*a2), toma valores enteros entre 1 y 20. m: mltiplo de a2 para el vector Chiral (Ch= n*a1 + m*a2), teniendo en cuenta que m>=n, toma valores enteros entre 1 y 20. Numero de celdas unitarias: en la direccin z (la direccin del tubo), toma valores enteros entre 1 y 10. Longitud del enlace C-C: Se ingresa un numero entre 1e10 nm y 1000 nm con unidades de longitud (A,bohr, in,m). Parmetros de salida Celda unitaria Plano de Miller Informacin del cristal Sistema cristalino: Se pueden seleccionar 7 sistemas cristalinos (cubico, tetragonal, ortorrmbico, monoclnico, triclnico, trigonal, hexagonal). Material: depende de la estructura entrelazada escogida, este parmetro se puede evidenciar en la tabla 1. Red de Bravais: Subclases del sistema cristalino escogido: se evidencian en la tabla 2, en la cual se muestran en detalle cada una de las subclases. Longitud de la celda: permite ingresar un valor entre 0.1nm y 10 nm con unidades de longitud (A, bohr, in, m). Angulo entre las celdas de los vectores: se ingresa un valor de ngulo entre -90deg y 90deg con unidades de angulo (deg,rad,grad.). Repeticin de las unidades de celda: permite generar un segundo plano de la estructura cristalina con la celda unitaria repetida N veces a lo largo de toda la direccin. Tamao de la cuadricula: Numero de repeticiones de la celda unitaria a lo largo de toda la direccin del vector de Bravais, el valor debe estar entre 2 y 5 repeticiones. Mostrar plano de Miller: muestra los ndices de Miller y planos de Miller.

2.4.2.2. Nanotubos de carbn

2.4.2.2.2.

2.4.2.3. Bucky Balls 2.4.2.3.1. 2.4.2.3.2. Parmetros de entrada No requiere datos de entrada Parmetros de salida

ndices de Miller y tamao de celda: Se muestra el equivalente plano de Miller, el cual es ortogonal al vector h*a1+k*a2+l*a3, en donde los componentes an son los vectores de Bravais. Los trminos de h,k,l son llamados los ndices de Miller, estos ndices toman un valor entero entre 0 a 4.

Adicionalmente en la tabla 1. Se muestran los parmetros de entrada y salida para los materiales, con la respectiva simulacin lograda a partir de la aplicacin de ABACUS. Por medio del manejo del simulador se logr concluir que si se modifica alguno de los valores de h,k,l la nica alteracin que se refleja es la simulacin que se presenta en el plano de Miller 3. CONCLUSIONES NanoHUB.org permite manipular estructuras cristalinas e identificar los elementos que la componen. La aplicacin de ABACUS no solo permite utilizar sus simuladores sino tambin tener un acceso fcil a informacin relevante sobre el tema de la nano tecnologa y nanociencia. Las simulaciones requieren parmetros precisos para obtener figuras cristalinas coherentes.

Al modificar alguno de los parmetros de entrada solo se ve alterado el parmetro de salida de plano de Miller.

Imagen 5: Interfaz parmetros de entrada 2.4.1.3. Parmetros de salida Celda unitaria Largo de la cuadricula Plano de Miller Informacin del cristal

Los ndices de Miller son importantes para identificar diferentes planos y direcciones en un cristal.

2.5 Simulaciones posibles: Por medio de la tabla 2. Parmetros de entrada de estructuras cristalinas, la tabla 3. Parmetros de salida de las estructuras cristalinas; se puede evidenciar las posibles simulaciones que se lograron obtener a partir de la aplicacin ABACUS.

La orientacin de una superficie de un cristal plano se puede definir considerando como el plano corta a los ejes cristalogrficos principales del slido.

La aplicacin de un conjunto de reglas conduce a la asignacin de los ndices de Miller (h,k,l), ( un conjunto de nmeros que cuantifican los cortes y que slo puede usarse para identificar un plano o una superficie). Una importante relacin slo para el sistema cbico es que los ndices de una direccin perpendicular a un plano de un cristal son los mismos que los ndices de Miller para ese plano. Por ejemplo, la direccin [100] es perpendicular al plano cristalino (100).

Las propiedades de un material pueden depender de la direccin en el cristal a lo largo de la cual se mide la propiedad.

Algunas direcciones en la celda unitaria son de particular importancia, los metales se deforman en las direcciones a lo largo de las cuales los tomos estn en contacto ms estrecho.

Los ndices de Miller de un plano cristalino estn definidos como los recprocos de las intersecciones , que el plano determina con los ejes x , y , z de los tres lados no paralelos del cubo unitario

4.

REFERENCIAS.

[1] Saenz J.J, Teoria, modelado y simulacin en nanociencia. Pag 169-177. [2] www.NanoHUB.org

Tabla 1. Parmetros de entrada y salida para los materiales

Sistema cristalino: MATERIAL Estructura de la red: Diamante

Material Datos de entrada Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller Seleccin del plano atomico Tamao del plano de Miller Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller Seleccin del plano atomico Tamao del plano de Miller Material Celda unitaria Plano de Miller Informacin del cristal

No

Si

Silicio (Si)

(100)

No

Si

Germanio (Ge)

(100)

3 Estructura de la red: Esferulita

Datos de entrada Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller Seleccin del plano atomico Tamao del plano de Miller Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller Seleccin del plano atomico Tamao del plano de Miller

Celda unitaria

Plano de Miller

Informacin del cristal

No

Si

Arseniuro de galio (GaAs)

(100)

No

Si

Arseniuro de indio (InAs)

(100)

Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller Seleccin del plano atomico Tamao del plano de Miller Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller Seleccin del plano atomico Tamao del plano de Miller Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller Seleccin del plano atomico Tamao del plano de Miller Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller Seleccin del plano atomico Tamao del plano de Miller Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller

No

Si

Fosfuro de galio (GaP)

(100)

No

Si

Fosfuro de indio (InP)

(100)

No

Si

Fosfuro de aluminio (AlP)

(100)

No

Si

Antimoniuro de Galio (GaSb)

(100)

No

Si

Antimoniuro de Indio (InSb)

Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller Seleccin del plano atomico Tamao del plano de Miller Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller Seleccin del plano atomico Tamao del plano de Miller Material

No

Si

Antimoniuro de Indio (InSb)

(100)

No

Si

Antimoniuro de Aluminio (AlSb)

(100)

3 Estructura de la red: Wurtzita

Datos de entrada Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller Seleccin del plano atomico Tamao del plano de Miller Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller Seleccin del plano atomico Tamao del plano de Miller Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller Seleccin del plano atomico Tamao del plano de Miller

Celda unitaria

Plano de Miller

Informacin del cristal

No

Si

Nitruro de Aluminio (AlN)

(100)

No

Si

Nitruro de Galio (GaN)

(100)

No

Si

Nitruro de Indio (InN)

(100)

Estructura de la red: Cloruro de Sodio

Material Datos de entrada Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller Seleccin del plano atomico Tamao del plano de Miller Material Celda unitaria Plano de Miller Informacin del cristal

No

Si

Cloruro de Sodio (NaCl)

(100)

3 Estructura de la red: Cloruro de Cesio

Datos de entrada Atomos en la primer celda solamnete Mostrar el plano de Miller Seleccin del plano atomico Tamao del plano de Miller

Celda unitaria

Plano de Miller

Informacin del cristal

No

Si

Cloruro de Cesio (CeCl)

(100)

3 Estructura de la red: Mallas de carbon

Material

Grafeno/Grafito

Datos de entrada Extensin en la direccin 2 x Extensin en la direccin 2 y Distancia enlace C-C 0.142 (nm) Numero de hojas Capa de separacin (nm) Extensin en la direccin x Extensin en la direccin y Distancia enlace C-C (nm) Numero de hojas Capa de separacin (nm) n

Celda unitaria

Plano de Miller

Informacin del cristal

1 2 N/A N/A N/A N/A N/A

Bucky ball (C60)

m(>=n)

Nanotubo de Carbon (CNT)

N unidades de celdas Distancia enlace C-C (nm)

0.142

Tabla 2. Parmetros de entrada para estructuras cristalinas

Sistema cristalino y redes de Bravais Sistema cristalino: CUBICO Red de Bravais
Longitud de la Angulo entre los unidad de vectores de las celdas celda (nm) unitarias (deg)

Repeticion de las celdas unitarias

N de repeticiones de la celda

Indices de Miller

0.5

90

Si h

Cubico simple (SC): Estructura con a=b=c

0.5

90

Tamao de la cuadricula Mostrar indices y planos de Bravais

0.5

90

Si

a Cubico centrado en el cuerpo (BCC) Estructura con a=b=c

0.5

90

N de repeticiones de la celda

Si h

0.5

90

Tamao de la cuadricula Mostrar indices y planos de Bravais

0.5

90

Si

0.5

90

N de repeticiones de la celda

Si h

Cubico centrado en la cara (FCC) Estructura con a=b=c

0.5

90

Tamao de la cuadricula Mostrar indices y planos de Bravais

0.5

90

Si

Sistema cristalino: TETRAGONAL

N de repeticiones de la celda

a Tetragonal simple (SC) Estructura con longitud de celdas a=b, c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias ===90, con b un atomo base c

0.5

90

Si h

0.5

90

Tamao de la cuadricula Mostrar indices y planos de Bravais

90

Si

a Tetragonal centrado en el cuerpo (BCC) Estructura con longitud de celdas a=b, c, y angulos entre los vectores b de celdas unitarias ===90, con dos atomos base. c

0.5

90

N de repeticiones de la celda

Si h

0.5

90

Tamao de la cuadricula Mostrar indices y planos de Bravais

90

Si

Sistema cristalino: ORTORRMBICO

N de repeticiones de la celda

a Ortorrmbico simple Estructura con longitud de celdas a, b, c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias ===90, con b un atomo base. c

0.3

90

Si h

0.6

90

Tamao de la cuadricula Mostrar indices y planos de Bravais

0.9

90

Si

a Ortorrmbico centrado en el cuerpo Estructura con longitud de celdas a, b, c, y angulos entre los vectores b de celdas unitarias ===90, con dos atomos base. c

0.3

90

N de repeticiones de la celda

Si h

0.6

90

Tamao de la cuadricula Mostrar indices y planos de Bravais

0.9

90

Si

a Ortorrmbico centrado en la cara Estructura con longitud de celdas a, b, c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias ===90, con b dos atomos base. c

0.3

90

N de repeticiones de la celda

Si h

0.6

90

Tamao de la cuadricula Mostrar indices y planos de Bravais

0.9

90

Si

a Ortorrmbico centrado en la base (CXY) Estructura con longitud de celdas a, b, c, y angulos entre los vectores b de celdas unitarias ===90, con dos atomos base. c

0.3

90

N de repeticiones de la celda

Si h

0.6

90

Tamao de la cuadricula Mostrar indices y planos de Bravais

0.9

90

Si

Sistema cristalino: MONOCLINICA

N de repeticiones de la celda

a Monoclinica primitiva (PC) Estructura con longitud de celdas a, b, c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias ==90 y =60, con un atomo base.

0.3

90

Si

0.6

90

Tamao de la cuadricula Mostrar indices y planos de Bravais

0.9

60

Si

a Monoclinica centrada en la base (CXY) Estructura con longitud de celdas a, b, c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias ==90 y =60, con dos atomos base.

0.3

90

N de repeticiones de la celda

Si

0.6

90

Tamao de la cuadricula Mostrar indices y planos de Bravais

0.9

60

Si

Sistema cristalino: TRICLINICA

N de repeticiones de la celda

a Triclinica (PC) Estructura con longitud de celdas a, b, c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias con ,, diferentes, con un atomo base.

0.3

30

Si

0.6

50

Tamao de la cuadricula Mostrar indices y planos de Bravais

0.9

70

Si

Sistema cristalino: TRIGONAL

N de repeticiones de la celda

a Trigonal (Rombohedrica) Celda simple primitiva, Estructura con longitud de celdas a= b= c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias con y = diferentes, con un atomo base.

0.3

60

Si

0.3

90

Tamao de la cuadricula Mostrar indices y planos de Bravais

0.3

90

Si

Sistema cristalino: HEXAGONAL

N de repeticiones de la celda

a Hexagonal Celda simple primitiva, Estructura con longitud de celdas a= b Y c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias con = Y =120, con un atomo base.

0.5

90

Si

0.5

90

Tamao de la cuadricula Mostrar indices y planos de Bravais

120

Si

Tabla 3. Parmetros de salida para estructuras cristalinas

Sistema cristalino y redes de Bravais Sistema cristalino: CUBICO Red de Bravais Celda unitaria Red de celdas Plano de Miller Informacin del Cristal

Cubico simple (SC): Estructura con a=b=c

Cubico centrado en el cuerpo (BCC) Estructura con a=b=c

Cubico centrado en la cara (FCC) Estructura con a=b=c

Sistema cristalino: TETRAGONAL

Sistema cristalino: TETRAGONAL

Tetragonal simple (SC) Estructura con longitud de celdas a=b, c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias ===90, con un atomo base

Tetragonal centrado en el cuerpo (BCC) Estructura con longitud de celdas a=b, c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias ===90, con dos atomos base.

Sistema cristalino: ORTORRMBICO

Ortorrmbico simple Estructura con longitud de celdas a, b, c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias ===90, con un atomo base.

Ortorrmbico centrado en el cuerpo Estructura con longitud de celdas a, b, c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias ===90, con dos atomos base.

Ortorrmbico centrado en la cara Estructura con longitud de celdas a, b, c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias ===90, con dos atomos base.

Ortorrmbico centrado en la base (CXY) Estructura con longitud de celdas a, b, c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias ===90, con dos atomos base.

Sistema cristalino: MONOCLINICA

Monoclinica primitiva (PC) Estructura con longitud de celdas a, b, c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias ==90 y =60, con un atomo base.

Monoclinica centrada en la base (CXY) Estructura con longitud de celdas a, b, c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias ==90 y =60, con dos atomos base.

Sistema cristalino: TRICLINICA

Sistema cristalino: TRICLINICA

Sistema cristalino: TRICLINICA

Triclinica (PC) Estructura con longitud de celdas a, b, c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias con ,, diferentes, con un atomo base.

Sistema cristalino: TRIGONAL

Trigonal (Rombohedrica) Celda simple primitiva, Estructura con longitud de celdas a= b= c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias con y = diferentes, con un atomo base.

Sistema cristalino: HEXAGONAL

Hexagonal Celda simple primitiva, Estructura con longitud de celdas a= b Y c, y angulos entre los vectores de celdas unitarias con = Y =120, con un atomo base.