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En esta prctica se tom una secuencia ( target) y se compar con otras secuencias con un parecido tomando en cuenta el e-value .Despus se escogi la ms homologa y se ingreso a estas pginas:
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/submit Prediccin de estructuras secundarias. Introducimos nuestro target T0522 y de ah le ponemos un nombre http://spdbv.vital-it.ch/disclaim.html descargamos un programa llamado SWISS PDB WEABER. y instalamos en Windows . Tenemos aqu mi homologa y target: Target: >T0522 NP_384335.1, SINORHIZOBIUM MELILOTI 1021, 134 residues MTTFTLDERLERDGIPIGTLGLCQMRLMNDRRWPWLILVPQRADIKEV FELTPLDQAMLTFETNLVAAGLKKATGAEKINIGALGNIVRQLHVHVIA RREGDPNWPGPVWGFGKAEPWPE EEHRTFAARIMENL Homologa: 2OIK_A e-value 3e-10 >gi|126031601|pdb|2OIK|A Chain A, Crystal Structure Of A Histidine Triad (Hit) Protein (Mfla_2506) From Methylobacillus Flagellatus Kt At 1.65 A Resolution GXTRTXSFHKNCELCTTAGGEILWQDALCRVVHVENQDYPGFCRVILN RHVKEXSDLRPAERDHLXLVVFAVEEAVREVXRPDKINLASLGNXTPHV HWHVIPRFKRDRHFPNSVWGETKRESLPQALDQGSTTALKKAI SVRLDQGEPVFXGX
Lab aparecen los nombres de la protena. Energa que lo rodea ::v eso significa los enlaces.
Se ve la cantidad o cuanto mide en nmeros el aminocido y su protena. Valores ms cercanos a 9 existe una alta confiabilidad esa h o c sea cierta.
SWISS PDB WEABER: Primero se guarda en formato txt y pdb nuestra secuencia target homologa para usarla en el swisspdb weaber. Ahora se seguir los siguientes pasos:
Abrimos nuestra secuencia target en pdb y la homologa nos aparece este grfico.
Acto siguiente se va a la opcin prefer se coloca swiss mode y ponemos nuestro nombre y correo
Click en mi secuencia homologa de ah fit colocamos en reference Sale en cuadro en donde se pone arriba homologa abajo la target.
Fit generate structural aligament: esta poniendo una sobre la otra . Swis mode de ah upugrading display now.
Buscamos dominios en mi protena homologa (PDB: 2OIK_A) y target y los ponemos aqu en este programa viendo asi la cantidad de aminocidos que hay en comn.
PDB: 2OIK_A
Hallo mi dominio de donde a donde target de 40 a 120 de ah lo coloreo en mi target en mi figura igual hago para la homologa y de ah comparo si tiene el mismo bien EL HIT familia: HIT (histidina trada) de protenas, llamadas as por un motivo relacionado con la secuencia HxHxH / Qxx (x, un aminocido
hidrofbico), son una superfamilia de hidrolasas de nucletidos y transferasas, que actan sobre la alfa-fosfato de ribonucletidos. Sobre la base de la secuencia, el sustrato especificidad, estructura, evolucin y el mecanismo, las protenas HIT se clasifican en la literacture en tres ramas principales: la rama Pista, que consta de adenosina 5 '-monophosphoramide hidrolasas, la rama Fhit, que consta de polifosfato diadenosine hidrolasas, y la rama GalT que consiste en transferasas especficas nucloside monofosfato. Anlisis de la secuencia revela adems varios de los nuevos estrechamente relacionados, sin embargo, los subgrupos no caracterizados.