AMINOCIDOS

PPTIDOS
Y
PROTEINAS








M. EN C. ISRAEL VELZQUEZ MARTNEZ
1
AMINOCIDOS, PPTIDOS Y PROTENAS.

Los aminocidos, como su nombre lo indica, son bifuncionales. Contienen un grupo amino bsico y un
grupo carboxlico cido.

O
N
H
OH
H
O
OH
NH
2
R

Un -aminocido primario L-Prolina
Un -aminocido secundario

Con fines de clasificacin, las cadenas con menos de 50 aminocidos se llaman polipptidos, mientras
que el trmino protena se reserva a cadenas mas largas.

O
NH
2
C H
3
OH
O
N H
2
OH
+
O
NH
2
C H
3
NH
O
OH


Alanina Glicina un dipptido (un enlace amida)


Un polipptido (muchos enlaces amida).

Estructura de los aminocidos.


Como los aminocidos contienen un grupo cido y un grupo bsico, experimentan una reaccin cido-
base intramolecular y se encuentran principalmente en la forma de un in dipolar, o Zwitterion (del
alemn zwitter, hbrido):
O
OH
N H
2
C H
3
H
O
O
-
N H
3
+
C H
3
H

Alanina (sin carga) (zwitterion)

2
Los iones dipolo (zwitterions) de los aminocidos son sales internas y por ello tienen muchas de las
propiedades fsicas asociadas con las sales. Poseen momentos dipolares grandes, son solubles en agua
e insolubles en hidrocarburos, y son sustancias cristalinas con puntos de fusin altos. Adems los
aminocidos son Anfteros: pueden reaccionar como cidos o como bases, dependiendo de las
circunstancias.


En solucin cida




En solucin bsica











En la siguiente tabla se representan las estructuras de los 20 aminocidos que se que encuentran en las
protenas. Todos son -aminocidos. Diecinueve de los 20 aminocidos son aminas primarias, RNH
2
,
y slo difieren en la naturaleza del sustityete unido al carbono , llamado Cadena lateral.

Un -aminocido primario Prolina,
Un -aminocido secundario
Cadena lateral









Adems de los 20 aminocidos que se encuentran en las protenas, hay otros aminocidos que no son
protenas y que tienen importancia biolgica.

O
O
-
N H
3
+
O
NH
3
+
S H
O
-
O
I
I
I
I
O H
NH
3
+
O O
-

cido -aminobutrico Homocsteina Tiroxina




3

ESTRUCTURA DE LOS AMINOCIDOS.

Nombre Abreviaturas PM Estructura pKa pKa pKa PI Sol. P.f.
COOH NH
3
+
cad. lat. H
2
O, g/dL
a 25C
Aminocidos Neutros.
Alanina Ala (A) 89
O
NH
2
C H
3
OH
2.34 9.69 --- 6.01 17 297 d

Asparagina Asn (N) 132
O
O
N H
2
NH
2
OH
2.02 8.80 --- 5.41 2.4 236

Cistena Cys (C) 121
O
NH
2
S H OH
1.96 10.28 8.18 5.07 Muy ---
Soluble

Glutamina Gln (Q) 146
O
O
NH
2
NH
2
OH
2.17 9.13 --- 5.65 3.6 186

Glicina Gly (G) 75
O
N H
2
OH
2.34 9.60 --- 5.97 25 233 d

Isoleucina Ile (I) 131
O
NH
2
CH
3
C H
3
OH
2.36 9.60 --- 6.02 4 284

Leucina Leu (L) 131
O
NH
2
C H
3
OH
CH
3
2.36 9.60 --- 5.98 2 337

Metionina Met (M) 149
O
NH
2
S
C H
3
OH
2.28 9.21 --- 5.74 3 283


4

Nombre Abreviaturas PM Estructura pKa pKa pKa PI Sol. P.f.
COOH NH
3
+
cad. lat. H
2
O, g/dL
a 25C

Aminocidos Neutros cont

Fenilalanina Phe (F) 165
O
NH
2
OH
1.83 9.13 --- 5.48 3 283

Prolina Pro (P) 115
O
N
H
OH
1.99 10.60 --- 6.30 162 220

Serina Ser (S) 105
O
NH
2
O H OH
2.21 9.15 --- 5.88 5 228

Treonina Thr (T) 119
O
NH
2
O H
CH
3
OH
2.09 9.10 --- 5.60 Muy 257
Soluble

O
NH
NH
2
OH

Triptofano Trp (W) 204 2.83 9.39 --- 5.89 1 289


O
NH
2
O H
OH

Tirosina Tyr (Y) 181 2.20 9.11 10.07 5.66 0.04 344


Valina Val (V) 117
O
NH
2
CH
3
C H
3
OH
2.32 9.62 --- 5.96 9 315





5
Nombre Abreviaturas PM Estructura pKa pKa pKa PI Sol. P.f.
COOH NH
3
+
cad. lat. H
2
O, g/dL
a 25C


Aminocidos cidos.

NH
2
O
O
O
OH
H
cido
asprtico Asp (D) 133 1.88 9.60 3.65 2.77 0.4 269



O O
OH O H
NH
2
cido
glutmico Glu (E) 147 2.19 9.67 4.25 3.22 0.7 247




N H
O
NH
NH
2
NH
2
OH
Aminocidos bsicos.

Arginina Arg (R) 174 2.17 9.04 12.48 10.76 15 230 d

Histidina His (H) 155
O
NH
2
N
H
N
OH
1.82 9.17 6.00 7.59 0.4 287


O
NH
2
N H
2
OH


Lisina Lis (K) 146 2.18 8.95 10.53 9.74 Muy 255
Soluble



Problema 1. Cuntos de los aminocidos que se muestran en la tabla contienen anillos aromticos?
Cuntos contienen azufre? Cuntos contienen alcoholes? Cuntos contienen cadenas laterales
hidrocarbonadas?

Con excepcin de la glicina, los carbonos de los -aminocidos son centros quirales. Por lo tanto, son
posibles dos formas enantiomricas, pero la naturaleza slo utiliza una para la construccin de las
protenas. En las proyecciones de Fischer, los aminocidos que se encuentran en forma natural se
representan colocando el grupo COOH en la parte superior y la cadena lateral abajo, como se dibuja
un carbohidrato, y luego se coloca el grupo NH
2
a la izquierda. Debido a la similitud estereoqumica
con los azcares L, llamamos a los -aminocidos que se encuentran en forma natural como
aminocidos L.

6
CHO
CH
2
OH
H OH
COOH
R
H NH
2
CHO
CH
2
OH
O H H
COOH
R
N H
2
H


D-gliceraldehdo D-aminocido L-gliceraldehdo L-aminocido


Problema 2. Dieciocho de los 19 L-aminocidos tienen configuracin S en el carbono . La csteina
es el nico L-aminocido con una configuracin R. Explique la razn.

Problema 3. El aminocido Treonina, cido (2S, 3R)-2-amino-3-hidroxibutanoico tiene dos centros
quirales. Dibuje una proyeccin de Fischer para la Treonina. Cuntos estereoismeros podran
existir? Dibuje las proyecciones de Fischer e identifique los centros quirales como R o S.

Problema 4. Dibuje formulas con enlaces de cua (tetradricas) y proyecciones de fischer que
representen la configuracin de los tomos de carbono de la L-valina, L-leucina y L-isoleucina.


Aminocidos esenciales.

Son aminocidos que el organismo no puede sintetizar.

Reaccin de transaminacin.

COOH
R
N H
2
H
COOH
R
1
O
+
+
Enzimas transaminasas
(muchos pasos)
COOH
R
O
COOH
R
1
N H
2
H

Aminocido cetocido cetocido aminocido
Antiguo antiguo nuevo nuevo



Fenilcetonuria.


Enzimas
O
NH
2
OH
O
NH
2
O H
OH





7
REACCIN DE TRANSAMINACIN.

Un interesante el papel de las iminas como intermediarios es el de la reaccin de transaminacin, de
importancia biolgica. La transaminacin es un proceso por el cual se transfiere un grupo amino de
una molcula a otra. En los sistemas biolgicos el grupo amino de un aminocido se transfiere al
grupo carbonilo de otra molcula. La secuencia, es promovida por una enzima, la transaminasa, es un
mtodo de formacin de nuevos aminocidos.

O
OH
NH
2
C H
3
O
OH
O
O
O H
glutamato
transaminasa
O
O H
O
C H
3
O O
OH
NH
2
O H
+
+
Alanina cido--cetoglutrico.
cido pirvico cido glutmico



Todas las transaminasas importantes parecen compartir la misma coenzima, el fosfato de piridoxal.
Las coenzimas son pequeos constituyentes no protenicos de las enzimas, con frecuencia
indispensables para la actividad enzimtica.

N
O
O
O H
CH
3
H
P
O
OH
O H


Fosfato de piridoxal.

La transaminacin biolgica no es la simple transferencia de un grupo amino de una molcula a otra.
El grupo carbonilo de la coenzima piridoxal forma primero una imina con el grupo amino del
aminocido donador. La reaccin subsiguiente de este aducto con el compuesto carbonlico
receptor conduce a la formacin de un nuevo aminocido, regenerndose el fragmento de piridoxal.
El piridoxal es el transportador del grupo amino de un reactivo a otro. La secuencia, de numerosos
pasos, supone una serie de adiciones e isomerizaciones reversibles.






8

Mecanismo general de una reaccin de transaminacin.

O
PRP H
O
OH
N H
2
R
PRP
H
O OH
N R
O H
2
PRP
H
O OH
N R
PRP
H
O OH
N R
H
PRP
H
O OH
N R
H
O H
2
PRP
H
NH
2
H
O
OH
R
O
O
OH
R
1
O
PRP
H
NH
2
H
PRP
H
N
H
O OH
R
1
O H
2
PRP
H
N
H
O OH
R
1
PRP N
H
O OH
R
1
PRP N
H
O OH
R
1
O H
2
N H
2
O O
R
1
H
PRP O
H
+ +
+
+
+ +
+
+



PRP =fosfato de piridoxal.

9
Reaccin de transaminacin catalizada por la Aspartato aminotransferasa.


C H
3
CH
3
N
N
H
+
OH
O
CH
3
P
O
O
-
O
-
O
-
O
-
NH
2
O
O
H
NH
+
N
H
+
OH
O
CH
3
P
O
O
-
O
-
O
-
O
-
O
O
H
C H
3
CH
3
B:
NH
+
N
H
OH
O
CH
3
P
O
O
-
O
-
O
-
O
-
O
O
NH
+
N
H
+
OH
O
CH
3
P
O
O
-
O
-
O
-
O
-
O
O
NH
3
+
N
H
+
OH
O
CH
3
P
O
O
-
O
-
O
O
-
O
-
O
O
paso lento
C H
3
CH
3
B
+
H
O H
2
aldimina
quinoide
NH
3
+
N
H
+
OH
O
CH
3
P
O
O
-
O
-
O
O
-
C H
3
O
NH
+
N
H
+
OH
O
CH
3
P
O
O
-
O
-
O
-
O
C H
3
H
C H
3
CH
3
B:
NH
+
N
H
OH
O
CH
3
P
O
O
-
O
-
O
-
O
C H
3
NH
+
N
H
+
OH
O
CH
3
P
O
O
-
O
-
O
-
O
C H
3
NH
+
N
H
+
OH
O
CH
3
P
O
O
-
O
-
C H
3
CH
3
NH
3
+
O
-
O
C H
3
C H
3
CH
3
B
+
H
C H
3
CH
3
NH
2


10

ACIDEZ, BASICIDAD Y pKa.

Lewis.
cido: acepta electrones.
Base: cede electrones.

Brosnted-Lowry.
cido: cede protones
Base: recibe protones.

H-A + H
2
O H
3
O
+
+ A
-
cido Base cido base
conjugado conjugada


Keq =[H
3
O
+
][A
-
]
[HA][H
2
O]

La concentracin del agua permanece casi constante. [H
2
O]=55.6 M a 25C.

Ka =Keq [H
2
O] =[H
3
O
+
][A
-
]
[HA]

log Ka =log [H
3
O
+
][A
-
]
[HA]

log Ka =log [H
3
O
+
] + log [A
-
]
[HA]

- log Ka =- log [H
3
O
+
] - log [A
-
]
[HA]

pKa =pH log [A
-
]
[HA]


pH pKa =log [A
-
]
[HA]


pH =pKa +log [A
-
]
[HA]

Ecuacin de Henderson Hasselbalch.


11
Un cido ms fuerte (de mayor Ka) tiene pKa menor.
Un cido ms dbil (de menor Ka) tiene mayor pKa.

Compuesto en una solucin de pH por debajo del pKa se encuentra protonado (ionizado).
Compuesto en una solucin de pH por encima del pKa se encuentre no protonado (no ionizado).

Factores que afectan el pKa:
Efecto resonante.
Efecto inductivo y electrosttico.
Efecto estrico.
Puentes de hidrgeno intramoleculares.
Hibridacin.



Efecto inductivo.

O
OH C H
3
O
OH
O
2
N
O
OH
Cl
O
OH
Cl
Cl
O
OH
Cl
Cl
Cl
O
OH F
3
C

pKa: 4.5 1.68 2.8 1.3 0.9 0


Efecto resonante

O
OH C H
3
C H
3
OH
O R
O O
R
1
O
R
O
R
1
NH
3
+
N
+
O
-
O
NH
3
+
NO
2
NH
3
+

pKa: 4.5 16 11 19.20 1.11 2.5 4.60


Efecto estrico

O
OH C H
3
O
OH
C H
3
CH
3
C H
3
CH
3
CH
3
C H
3
C H
3

pKa: 4.5 7.0



12



Puentes de hidrgeno.

O
OH
O H
O
OH
OH

pKa: 4.5 3.0
pKa: 9.3 13.4

Hibridacin.

N H
+
C H
3
CH
3
C H
3
N
H
+
C NH
+
C H
3

pKa: 9.8 5.2 - 10



AMINOCIDOS.
INFLUENCIA DE LA CADENA LATERAL.

O
N
H
OH
O
NH
2
N
H
N
OH
O
NH
2
NH
OH


pKa: 1.99 pKa: 2.83 pKa: 1.82
pKa: 10.60 pKa: 9.39 pKa: 9.17
pKa: - - - pKa: 6.00


OH
O H
NH
2
O
O
N H
O
NH
NH
2
NH
2
OH


pKa: 1.88 pKa: 2.17
pKa: 9.60 pKa: 9.04
pKa: 3.65 pKa: 12.48

13




Problema 5. Pronostique los productos de reaccin de: (a) prolina, (b) tirosina, (c) arginina y (d)
triptofano con un exceso de HCl; y con un exceso de NaOH.



Problema 6. Escriba las formulas estructurales para las siguientes ecuaciones:

(a) fenilalanina con un equivalente de NaOH.
(b) Producto de (a) con un equivalente de HCl.
(c) Producto de (a) con dos equivalentes de HCl.



PUNTO ISOELCTRICO.





pH bajo
(protonado)
pH alto
(desprotonado)


Punto Isoelctrico
PI =pKa
1
+pKa
2
2
Zwitterion neutro.




El punto isoelctrico (PI) de un aminocido depende de su estructura; y es el promedio de las dos
constantes de disociacin cida que incluyen el zwitterion neutro. En cuanto a los aminocidos con
una cadena lateral que sea un cido fuerte o un cido dbil, el PI es el promedio de los dos valores de
pKa ms bajos. En el caso de los aminocidos con una cadena lateral bsica, el PI es el promedio de
los dos valores de pKa ms altos.



Aminocido neutro
Alanina
Aminocido bsico
Lisina
Aminocido cido
cido asprtico.
14


As como los aminocidos tienen sus PI, las protenas tambin tienen un PI global debido a los
numerosos residuos cidos o bsicos que pueden contener.

Aprovechamos la ventaja de las diferencias de puntos isoelctricos para separar una mezcla de
aminocidos (o una mezcla de protenas) en sus constituyentes puros mediante la tcnica de la
Electroforesis.

Tira de papel a pH =6.02











Cuando se aplica un potencial elctrico, los aminocidos con cargas negativas (los que se han
desprotonado a causa de que el pH del buffer es ms alto que sus PI) migra lentamente hacia el
electrodo positivo. Al mismo tiempo que los aminocidos con cagas positivas (los que se han
protonado porque el pH del buffer es menor que su PI) migran hacia el electrodo negativo.

Los diferentes aminocidos migran a diferentes velocidades, lo que depende de sus puntos
isoelctricos y del pH del buffer acuoso. As es posible separar una mezcla de diversos aminocidos.

Problema 7. Para las siguientes mezclas de aminocidos, prediga usted la direccin y la velocidad
relativa de migracin de cada componente:


(a) valina, cido glutmico e histidina a pH=7.6
(b) glicina, fenilalanina y serina a pH=5.7
(c) glicina, fenilalanina y serina a pH=5.5
(d) glicina, fenilalanina y serina a pH=6.0


Problema 8. La glicina, al igual que la alanina tiene un punto isoelctrico de 6.0. Trace estructuras de
las formas predominantes de la glicina a pH=2.0, 6.0 y 10.0.


Problema 9. Cmo podra explicar el hecho de que el triptofano tenga menor punto isoelctrico que
la histidina, pese a que ambos tienen tomos de nitrgeno en el anillo de cinco miembros? Cual
nitrgeno del anillo de cinco miembros de la histidina es ms bsico?


15

Un aminocido reacciona con dos equivalentes del hidrato de ninhidrina, para dar el prpura de
Ruhemann, un producto azul-violeta. Esta reaccin se emplea como ensayo para detectar la presencia
de aminocidos en una muestra desconocida.

O
O
OH
OH
O
O
O
O H
2
O
O
-
N H
3
+
R
+
O
R
H
CO
2
O H
2
O
O
N
O
-
O
+
+ +
ninhidrina
prpura de Ruhemann.



Si se conocen los valores exactos de pKa para los sitios cidos de un aminocido, se puede calcular los
porcentajes de las formas protonadas, neutra y desprotonadas en una solucin a un pH dado utilizando
la estuacin de Henderson-Hasselbalch:




pH pKa =log [A
-
]
[HA]


pH =pKa +log [A
-
]
[HA]


Para ver como se utiliza la ecuacin de Henderson-Hasselbalch, encontremos las especies que estn
presentes en una solucin 1M de alanina a pH=9.00. de acuerdo a los valores antes mencionados, la
alanina protonada tiene un pKa
1
de 2.34, y la alanina neutra tiene un pKa
2
de 9.69:

16
C H
3
O
-
C H
3
OH
O N H
3
+
O N H
3
+

+
O H
2
O H
3
O
O
-
N H
3
C H
3
+
O
O
-
N H
2
C H
3
O H
2
O H
3
+
+ +
pKa
1
=2.34




+
+
pKa
2
=9.69



Como el pH de nuestra solucin est mucho ms cerca del pKa
2
que del pKa
1
, necesitamos usar pKa2
para nuestros clculos. De acuerdo a la ecuacin de Henderson-Hasselbalch, tenemos:

log [A-] =pH pKa =9.0 9.69 =- 0.69
[HA]

De tal modo que [A-] =antilog (-0.69) =0.20
[HA]

Adems, sabemos que: [A-] +[HA] =100% (1.0 M)

[HA]=83% y [A-] =17%

Se pueden efectuar clculos similares a otro pH, con lo que se llega a la curva de titulacin siguiente:







Problema 10. La Treonina tiene un pKa1 =2.1 y un pKa2 =9.1. Utilice la ecuacin de Henderson-
Hasselbalch para calcular la proporcin de formas protonadas y desprotonadas a pH=1.5 y pH =10.0.





17

SNTESIS DE AMINOCIDOS.

1. Sntesis de Strecker.


aldehdo -aminonitrilo -aminocido

O
H
NH
2
O
OH
NH
2
C N
NH
4
Cl / KCN
H
2
O
H
3
O
+


Fenilacetaldehdo -aminonitrilo (R,S)-fenilalanina (53%)

Problema 11. El aminocido poco comn conocido como L-Dopa (3,4-dihidroxifenilalanina) es un
frmaco til contra el mal de Parkinson. Indique cmo podra sintetizarse a partir de 3,4-
dihidroxifenilacetaldehdo.

2. Aminacin de cidos -halogenados.

Uno de los mtodos ms antiguos comienza con la -bromacin de un cido carboxlico por
tratamiento con Br
2
y PBr
3
(La reaccin de Hell-Volhard-Zelinsky). La sustitucin del -bromo cido
con amoniaco produce un -aminocido.



(R,S)-leucina 45%
cido 2-bromo-4-
metilpentanico
cido 4-metilpentanico
Problema 12. Indique como podran obtenerse los siguientes aminocidos a partir de los cidos
carboxlicos apropiados:
(a) Valina
(b) Fenilalanina
(c) Alanina
(d) Serina



18

3. Sntesis de Gabriel.
Glicina





Cloroacetato de etilo
Ftalimida
potsica





cido ftlico Glicina
(85%)


Fenilalanina
O
O O
O
CH
3
CH
3
Br Br
CCl
4
O
O O
O
CH
3
CH
3
Br
N
-
O
O
K
+
N
O
O
CH
CO
2
C
2
H
5
CO
2
C
2
H
5
N
O
O
C
(CO
2
C
2
H
5
)
2
1) NaOEt / EtOH
2) C
6
H
5
CH
2
Cl
H
3
O
+
calor
malonato de dietilo
DMF
N
O
O
CH
O
O H
KOH / H
2
O
o NH
2
NH
2
O
NH
2
OH
Fenilalanina

cido Glutmico
19
N
O
O
CH
CO
2
C
2
H
5
CO
2
C
2
H
5
N
O
O
C
(CO
2
C
2
H
5
)
2
CH
2
CH
2
CO
2
C
2
H
5
1) NaOEt / EtOH
2) CH
2
=CHCO
2
C
2
H
5
H
3
O
+
calor
N
O
O
CH
CH
2
CH
2
CO
2
C
2
H
5
O
O H
KOH / H
2
O
o NH
2
NH
2
O O
OH
NH
2
OH

4. Sntesis del amidomalonato



3 EtOH +CO
2
+CH
3
COOH
cido (R,S)-asprtico
(55%)
Acetamidomalonato
de dietilo

Problema 13. Indique los halogenuros de alquilo necesarios para producir los siguientes -
aminocidos por el mtodo de sntesis amidomalnica.
(a) leucina (b) Histidina (c) Triptofano (d) Metionina

Problema 14. La serina puede sintetizarse por una simple variacin del mtodo amidomalnico
utilizando formaldehdo en vez de halogenuro de alquilo. Cmo podra lograrse esto?



5. Aminacin reductiva de -cetocidos: Biosntesis.


O
OH
O
O
O H
L-glutamato
deshidrogenasa
O O
OH
NH
2
O H +
cido--cetoglutrico.
cido glutmico
NH
3
NADH



C H
3
O
OH
O
O
OH N H
2
C H
3
NH
3
NaBH
4

20
cido pirvico (R,S)-Alanina


Problema 15. Proponga una sntesis para cada uno de los siguientes aminocidos partiendo del
malonato de dietilo: Valina, Metionina y cido asprtico.

Problema 16. La prolina puede prepararse por una secuencia que utiliza ftalimida, malonato de dietilo
y 1,3-dibromopropano. Indique los pasos de esta sntesis.


Sntesis Enantioselectiva de aminocidos.

La sntesis de -aminocidos a partir de un precursor aquiral por cualquiera de los mtodos descritos
produce una mezcla racmica (una mezcla racmica en partes iguales de enantimeros R y S).
Existen dos mtodos para obtener aminocidos enantomricamente puros. Una manera consiste en
resolver la mezcla racmica en sus enantimeros puros. Sin embargo un mtodo mejor consiste en usar
una sntesis enantioselectiva para preparar directamente slo el enantimero S deseado.

Resolucin de aminocidos R, S.

La resolucin puede hacerse al convertir el aminocido en su amida y permitiendo que el aminocido
racmico intervenga en una reaccin cido-base con un solo enantimero de una amina quiral. Se
forman dos sales diasteromricas que luego se separan y se vuelven a convertir en el aminocido por
hidrlisis del grupo amida.



Mezcla de sales
diasteromricas
Mezcla de
enantimeros de
aminocidos
Mezcla de
enantimeros de
aminocidos


Las enzimas catalizan selectivamente la hidrlisis de amidas formadas de L-aminocidos (S).



21
AminocidoR AminocidoS
Mezcla de
enantimeros de
aminocidos
Mezcla de
enantimeros de
aminocidos



Se utiliza una aminoacilasa obtenida de rion de cerdo.






Sntesis enantioselectiva de aminocidos.


Se utiliza un catalizador en una reaccin quiral que contenga temporalmente una molcula de sustrato
en un ambiente asimtrico. Mientras se encuentra en este ambiente, el sustrato puede estar ms abierto
a reaccionar de un lado que en el otro, lo que lleva a un exceso del producto enantiomrico sobre el
otro.



William Knowles descubri hace algunos aos que los -aminocidos pueden prepararse
enantioselectivamente mediante la hidrogenacin de un cido Z enamido con un catalizador de
hidrogenacin quiral.










cido Z enamido S-fenilalanina 98.7%



El catalizador ms efectivo para la sntesis enantioselectiva son los complejos de coordinacin de
Rodio (I) con ciclooctadieno (COD) y una difosfina quiral como el (R,R)-1,2-bis(o-
anisilfenilfosfonio)etano, el llamado ligando DiPAMP.








22











PPTIDOS Y PROTENAS.

Las protenas y los pptidos son polmeros de aminocidos en los cuales las unidades individuales de
aminocidos, llamados residuos, estn unidas mediante enlaces amida, o uniones peptdicas.





Alanina (Ala)



Alanilserina (Ala-Ser)



Serina (Ser)








Aminocido N terminal Aminocido C terminal

La larga secuencia repetida de enlaces peptdicos forman una cadena, la estructura primaria o
esqueleto de las protenas. Por convencion siempre se escriben los pptidos con el aminocido N-
terminal a la izquierda y el aminocido C-terminal a la derecha. El nombre del pptido se indica
utilizando las abreviaturas para cada aminocido.






23


Bradiquinina

H-Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg-OH

R-P-P-G-F-S-P-F-R



Problema 17. Nombre los seis posibles tripptidos isomricos con valina, tirosina y glicina. Utilice la
notacin corta de tres letras para cada aminocido.

Problema 18. Trace la estructura completa de H-Met-Pro-Val-Gli-His-OH


ENLACE COVALENTE EN LOS PPTIDOS.
















Consecuencias de la resonancia:
Estabilidad del enlace
Menor basicidad del tomo de nitrgeno
Rotacin restringida del enlace C-N (carcter de doble enlace)



Configuracin Trans.







24










En los pptidos se encuentra un segundo tipo de uniones covalentes cuando se forma un enlace
disulfuro RS-SR entre dos redisuos de Cisterna. El enlace disulfuro se forma con facilidad por medio
de la oxidacin suave de los tioles RSH y se rompen con facilidad mediante una reduccin suave.



Csteina
Oxidacin
moderada



Cistina


Oxidacin moderada de tioles con Bromo.
R SH
O H
-
O H
2
R S
- Br Br
R S
Br
R S
-
R
S
S
R



Los enlaces disulfuro contribuyen a la forma (estructura) de un polipptido.













Oxitocina


25











DETERMINACIN DE LA ESTRUCTURA DE LOS PPTIDO:
ANLISIS DE LOS AMINOCIDOS


Cules aminocidos estn presentes? Cuntos hay de cada uno? Cul es la secuencia de
aminocidos de la cadena peptdica?

Las respuestas a las dos primeras preguntas se obtienen con un Analizador de aminocidos.

William Stein y Standford Moore.



Mezcla equimolecular
Estndar de 17 -
aminocidos.







26












DETERMINACIN DE LA SECUENCIA DE UN PPTIDO.


1.- Hidrlisis de los enlaces disulfuro RS-SR con cido perfrmico.
2.- Hidrlisis del pptido con HCl 6M por 24 horas.
3.- Analizador de aminocidos.







2-mercaptoetanol




cido iodoactico










27

cido cisteico
cido cisteico




DETERMINACIN DE LA SECUENCIA DE AMINOCIDOS EN PPTIDOS:

DETERMINACIN DE RESIDUOS N-TERMINALES.

DEGRADACIN DE EDMAN.






Isocianato de fenilo
Reactivo de Edman













pptido sin el amino cido
N-terminal original
derivado de
tiazolinona

28

La transposicin de la anilinotiazolinona en medio cido acuoso
produce el derivado final N-feniltiohidantoina (PTH).







PTH se identifica por
cromatografa

Los pptidos de cadena acortada se vuelven a someter en forma automtica a otro ciclo de la
Degradacin de Edman.
La determinacin de la secuencia completa de protenas por este mtodo es poco prctica a causa de la
formacin de subproductos indeseables que limita el mtodo a un mximo de 50 ciclos.







MTODO DE SANGER

N-aminocidos










2,4-dinitrofluorobenceno
(DNFB)
polipptido





Polipptidomarcado







29
Mezcla de
resto de
aminocidos
Aminocido N-terminal
marcado.
Separado e identificado



El mtodo de Sanger no es tan utilizado como el de Edman.

Dadas las limitaciones de los mtodos de Edman y Sanger; primero se rompe una cadena peptdica
larga por medio de una hidrlisis parcial en varios fragmentos ms pequeos, se determina la
secuencia de cada fragmento y stos se ajustan haciendo coincidir los extremos que se traslapan.

HIDRLISIS ENZIMTICAS.

Enzima Especificidad

Tripsina hidrlisis carboxilo de aminocidos bsicos: Arginina y Lisina.
Quimiotripsina hidrlisis carboxilo de aminocidos arilo: Fenilalanina, Tirosina y Triptofano.
Elastasa hidrlisis carboxilo de aminocidos pequeos: Glicina y alanina.

Carboxipeptidasa A Remueve el aminocido C-terminal
Carboxipeptidasa B Remueve los aminocidos C-terminal Arginina y Lisina solamente.




Val Phe Leu Met Tyr Pro Gly Trp Cys Glu Asp Ile Lys Ser Arg His


Quimiotripsina rompe estos enlaces Tripsina rompe estos enlaces.




HIDRLISIS PARCIAL


1. Un anlisis de los aminocidos de la angiotensina II revelara la presencia de ocho aminocidos
diferentes: Arg, Asp, His, Ile, Fen, Pro, Tir y Val en cantidades equimoleculares.

2. Un anlisis de extremos N-terminales por el mtodo de Edman indicara que la angiotensina II
tiene un residuo de cido asprtico en el extremo N-terminal.

3. La hidrlisis parcial de la angiotensina II con cido clorhdrico diluido producira los siguientes
fragmentos, cuya secuencia puede ser determinada por Degradacin de Edman:

a. H-Asp-Arg-Val-OH
b. H-Ile-His-Pro-OH
c. H-Arg-Val-Tir-OH
d. H-Pro-Fen-OH
e. H-Val-Tir-Ile-OH
30

4. Traslapando las regiones que se superponen de los fragmentos se obtiene la secuencia completa de
aminocidos en la angiotensina II:

a. H-Asp-Arg-Val-OH
c. H-Arg-Val-Tir-OH
e. H-Val-Tir-Ile-OH
b. H-Ile-His-Pro-OH
d. H-Pro-Fen-OH

H-Asp-Arg-Val-Tir-Ile-His-Pro-Fen-OH


Problema 19. Cual es la estructura de un pentapptido que da los siguientes tripptidos cuando se
hidroliza parcialmente?

Gli-glu-arg, glu-arg-gli, arg-gli-fen





Problema 20. Qu fragmentos resultaran si se rompiera la Angiotensina II con tripsina en un caso, y
con quimiotripsina en otro?.


Problema 21. Dibuje la estructura del derivado PTH que se puede formar por la degradacin de
Edman de la Angiotensina II.


Problema 22. Indique la secuencia de los hexapptidos que producen los siguientes fragmentos por
hidrlisis parcial con cido:

(a) Arg,Gli,Ile,Leu,Pro,Val forman H-Pro-Leu-Gli-OH, H-Arg-Pro-OH, H-Gli-Ile-Val-OH

(b) Asp,Leu,Met,Trp, Val2 forman H-Val-Leu-OH, H-Val-Met-Trp-OH, H-Trp-Asp-Val-OH




DETERMINACIN DE RESIDUOS C-TERMINALES.



carboxipeptidasa
31


Problema 23. Se encuentra que un hexapptido con la composicin Arg, Gli, Leu, Pro tiene prolina en
los extremos C y N. La hidrlisis parcial produce los siguientes fragmentos:
H-Gli-Pro-Arg-OH H-Arg-Pro-OH H-Pro-Leu-Gli-OH
roblema 2 eu,
la, y Fen p
l bromuro de ciangeno hidroliza el enlace peptdico de la Metionina.
H Ala Lys Phe Asp Met Val Arg Trp OH



Mecanismo de la hidrlisis del enlace




Cul es la estructura del hexapptido?


P 4. Proponga dos estructuras para un tripptido que por hidrlisis se descompone en L
ero que no reacciona con carboxipeptidasa ni con fenilisotiocianato. A










E

BrCN rompe este enlace.


peptdico por bromuro de ciangeno.

32






SNTESIS DE PPTIDOS.


Aunque las amidas simples suelen formarse por la reaccin entre aminas y cloruros de cidos, la
sntesis de los pptidos es ms difcil porque se deben de formar muchos enlaces amida diferentes en
orden especfico y no aleatoriamente.

2 sitios de unin +2 sitios de unin =4 productos distintos.


La solucin al problema de la especificidad es la proteccin.

33
Proteccin

NH
2
1. Formacin de
la amida

2. Desproteccin
Alanina
Proteccin

COOH
O
O R
O
O Cl
O
CH
3
R
O
C H
3
CH
3
O
C H
3
C H
3
CH
3
O
C H
3
CH
3
3
O O O
CH
O
CH
3
CN
R
O
C H
3
O
CH
3
CN
Cl
O
C H
3
O
O


Leucina








GRUPOS PROTECTORES EN L NTESIS DE PPTIDOS.


Nombre Abreviatura Reactivo Eliminacin


Grupos Protectores de aminas.
enciloxicarbonilo Z- , CBZ- H
2
/ Pd-C
HBr, HF, HCl
rt-Butoxicarbonilo Boc- CF COOH
H gas
BF
3
/ Et
2
O / THF
iano-t-butoxicarbonilo Cyoc- NaOH / THF
A S
Estructura


B





te
3
Cl




C



34


9
S
O
R
O
CH
3
S
O
O
CH
3
Cl
-Fluorenilmetoxicarbonil Fmoc- Piperidina
-Toluensulfonilo Tos- Na / NH
3
rupos protectores de cid
X H
3
O
reparacin de Carbamatos para proteccin del grupo amino.







p



G os carboxlicos.



Ester RO- ROH / H
+
H
2
O / NaOH
+ - +
R
3
O




P

carbamato

O
+
O
O
O
O
NH
O
O
CH
3
O
NH
2
OH
N H
O
O Cl
O
O
O
OH
NH
OH
N H
2
- HCl
O
+

el Cl
2
C=O y C
6
H
5
CH
2
OH Glicina Glicina-CBZ d

O
O
O Cl CH
3
ZBC OH NH
O
+
- HCl
ZBC
O
O NH
O
CH
3

grupo ster activado







Glicina protegida Cloroformiato de etilo

35
fenilalanina




Gly-Phe con el grupo amino protegido


liminacin del grupo protector carbamato



E
O
O
O
N H
NH
O
OH
H
2
, Pd / C
CH
3
CO
2
O
N H
N H
2
O
OH

r-butoxicarbonilamida (BOC)



Fluorenilmetoxcarbonilamida






te








Alanina dicarbonato de di-ter-butilo BOC-Ala







cloroformiato de
9-fluorenilmetilo
aminocido. (cadena
lateral protegida si es
necesario)
aminocido- FMoc
protegido (estable en cidos)
36









(Grupo 9-fluorenilmetoxicarbonilo)
Desproteccin. (ruptura del grupo FMoc)






producto
secundario
piperidina

aminocido libre





Proteccin del grupo carboxilo de un aminocido por formacin de un ster.
FORMACIN DEL ENLAC PEPTDICO.






Leucinato de metilo



Leucina Leucina



Leucinato de bencilo






Cloroformiato de bencilo



37







Anhdrido mixto de Ala-CBZ




L COOH).
) Carbonildiimidazol (CDI)











EL USO DE AGENTES ACOPLANTES (ACTIVANTES DE

a

O
OH
NH-protegido
R
+
+
calor
N
N
N
N
O
CO
2
N
NH
O
O
NH
2
R
1
CH
3
O
NH
NH-protegido
R O
O
R
1
CH
3



b) Diciclohexilcarbodiimida (DCC)

+ +
calor
N C N
N H
C
NH
O
O
O
NH
2
R
1
CH
3
O
OH
NH-protegido
O
NH
NH-protegido
R O
O
R
1
R
C H
3



38

c) N-(3-dimetilaminopropil)-N-etilcarbodiimida. (EDCI EDAC)

+
+ calor
N
N C
CH
3
N
C H
3
C H
3
N NH
C
CH
3
NH
C H
3
CH
3
O
O
OH
NH-protegido
R
O
O
NH
2
R
1
CH
3
O
NH
NH-protegido
R O
O
R
1
C H
3







d) Hexafluorofosfato de (benzotriazol-1-il-oxi)tripirrolidinfosfonio. (PyBOP)




O
OH
R
N H
protegido
+
calor
N
N
N
O
P
+
N
N
N
P-
F
F
F
F F
F
O
O
R
N H
2
CH
3
O
NH
R
N H
protegido
O
O
R
CH
3



Resumen de 5 pasos para la sntesis de H-Ala-Leu-OH
. Proteger el grupo amino de la leucina como su derivado BOC
OC-Ala-OH
2. Proteger el grupo carbonilo de la leucina como su ster metlico


1

H-Ala-OH + bicarbonato de di-tert-butilo B

39
40
H-Leu-OH + CH
3
OH H-Leu-OCH
3

3. Acoplar los dos aminocidos protegidos usando DCC

BOC-Ala-OH + H-Leu-OCH
3
BOC-Ala-Leu-OCH
3

4. Retirar el grupo protector BOC por tratamiento cido

BOC-Ala-Leu-OCH
3
+ CF
3
COOH H-Ala-Leu-OCH
3

5. Retirar el ster metlico por hidrlisis bsica:

H-Ala-Leu-OCH
3
+ NaOH / H
2
O H-Ala-Leu-OH
roblema 25. Indique el mecanismo de la formacin de un derivado BOC para la reaccin de Tirosina
Problema de
lanina y leucina.

roblema 27. Cmo podran prepararse los siguientes tripptidos?

(a) H-Leu-Ala-Gli-OH
(c) H-Ala-Gli-Leu-OH




P
con bicarbonato de di-ter-butilo.

26. Escriba los cinco pasos que se requieren para la sntesis de H-Leu-Ala-OH a partir
a




P
(b) H-Gli-Leu-Ala-OH


cadena A
21 aminocidos
cadena B
30 aminocidos

insulina


La ina r dos cadenas que suman un total de 51 aminocidos unidos pos dos
puentes disulfuro. Frederick Sanger determin su estructura y recibi el premio Nobel en Qumica en
958 por su trabajo.
SNTESIS DE PPTIDOS AUTOMATIZADA:
TCNICA DE FASE SLIDA DE MERREFIELD.


La sntesis de pptidos se efecta sobre esferas slidas de poliestireno, preparado de un modo tal que
por cada 100 anillos de benceno uno lleve un grupo clorometilo:

insul esta compuesta po
1


CH
CH
3
CH
3
CH
2
HC CH
2
CH CH
2
CH CH
2
CH
CH
3
C H
3
Cl Cl

















Sntesis de un tripptido utilizando la Fase slida de Merrifield.






Aminocido N-protegido




41




2 Aminocido N-protegido 2 Aminocido N-protegido
y COOH activado







Dipptido
protegido








Dipptido-Resina













3 Aminocido
N-protegido y
COOH
activado



3 Aminocido N-protegido





Tripptido protegido




42





Tripptido-Resina
Tripptido libre
polmero




















Proble
rande. La preparacin de un decapptido puede implicar de 30 a 40 reacciones qumicas. Suponiendo
ue cada paso pueda realizar to del 90%, calcule el rendimiento global de una
cuencia de 40 pasos.
PROTENAS.
Estructura primaria y secundaria
Estructura terciari
Clasificacin y funciones de protenas
Enzimas
Desnaturalizacin de protenas
ESTRUCTURA PRIMARIA.
e refiere a la secuencia en la que estn unidos los aminocidos.




ma 28. La importancia del rendimiento en cada paso de la sntesis de un pptido es muy
g
q se con un rendimien
se




a y cuaternaria



S
43






Estructura primaria de la bradiquinina:

ly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg-OH










OXITOCINA

















VASOPRESINA

H-Arg-Pro-Pro-G







44





















ESTRUCTRURA SECUNDARIA.
s la orientacin relativa de los tomos del
esqueleto (backbone): tomos que forman en
nlace peptdico.
epende de:
La regin planar en cada enlace peptdico.
La formacin de puentes de hidrgeno.
Separacin adecuada de grupos R (cadenas
laterales de los aminocidos)
HELICE ALFA
ada oxgeno est unido con un puente de hidrgeno al amino cido del siguiente giro de la hlice.
(Prolina rompe las hlices alfa)






E

e

D

C
45
















Vista lateral vista superior
ada carbonilo en un enlace peptdico est unido con un puente de hidrgeno al grupo H-N de un
mino cido de una cadena adyacente.

HOJA PLEGADA (LMINA) BETA

C
a

46


Dos o ms cadenas peptdicas pueden alinearse formando la lmina


rientacin de los puentes de hidrgeno en las lminas Beta























O

47




Tipos de Laminas Beta







ESTRUCTURA TERCIARIA.
48

Describe el enrollamiento de toda la protena en una forma tridimensional (3D).




Factores que determinan la estructura terciaria:
Interacciones hidrfobos de las cadenas laterales.
Puentes disulfuro.
Puentes de hidrgeno.
Grupos prostticos.


Puede haber combinaciones de Hlices y lminas .





















ESTRUCTURA CUATERNARIA.

49
Describe como se unen las molculas de protenas diferentes en grandes estructuras agregadas.






CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS (COMPOSICIN)



Protenas simples
Constituidas nicamente por amino cidos
Protenas conjugadas
Constituidas por amino cidos y otros compuestos.
Glicoprotenas (carbohidratos)
Lipopoprotenas (grasas)
Nucleoprotenas (cido ribonucleico)
Fosfoprotenas (steres de fosfato)
Metaloprotenas (hierro)


PROTENAS CONJUGADAS:

Globulina (glicoprotena)
Interfern (glicoprotena)
Casena (fosfoprotena)
Ferritina (metaloprotena)
Hemoglobina (metaloprotena)



CLASES CONFORMACIONALES DE PROTINAS.
50

Protenas fibrosas (insolubles)
Colgeno: tejido conectivo, tendones
Queratina: cabello, uas, piel
Elastina: tejido conectivo elstico
Protenas globulares (solubles)
Insulina: hormona reguladora del metabolismo de la glucosa
Mioglobina: transporte de oxgeno
Ribonucleasa: controla la sntesis del RNA

ALGUNAS FUNCIONES BIOLGICAS DE LAS PROTENAS.

Enzimas (catalizadores biolgicos)
Hormonas (insulina)
Protenas protectoras (anticuerpos)
Protenas de almacenamiento (casena)
Protenas estructurales (queratina, elastina)
Protenas de transporte (hemoglobina)

ENZIMAS.

Casi todas son globulares
Algunas son conjugadas:
La parte no proteica se llama cofactor
La parte proteica se llama apoenzima
Cofactor +apoenzima =holoenzima
Son especficas



Posible mecanismo de accin de la quimiotripsina.

51







Posible mecanismo de accin de la tripsina.

52














DESNATURALIZACIN DE LAS PROTENAS.

53
Es la alteracin de la estructura terciaria. La estructura primaria no se altera.





ESTRUCTURAS DE PROTENAS EN INTERNET.

Protein Data Bank
http://www.rcsb.org/pdb/

























54


Problema 29. se cree que la descarboxilacin de los -cetocidos catalizada por tiamina se inicia con
la eliminacin de un tomo de hidrgeno cido del anillo de tiazol de la tiamina.

N
+
S
C H
3
H
CH
3
C H
3
N
+
C
-
S
C H
3
CH
3
C H
3
H
+
+

a. Por qu es cido este hidrgeno?
N
+
S
C H
3
CH
3
C H
3
C
C H
3
OH
H
b. Proponga un mecanismo para la descarboxilacin del cido pirvico (CH
3
COCO
2
H) mediante
tiamina. Se sabe que el intermedio final es la especie A.


A =




La vitamina cido lipoico es una coenzima en la conversin de A y CoA en acetil coenzima A.
indique de que manera el intermedio A puede justificar la formacin de acetil coenzima A a partir del
piruvato inicial.
S
S
(CH
2
)
4
CO
2
H

55