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CLASIFICACIN DE LOS MICROORGANISMOS

CLASIFICACIN DE LOS MICROORGANISMOS. Fundamentos. Rangos taxonmicos.
Nomenclatura.


OBJETIVOS ESPECFICOS


Al finalizar el tema el estudiante podr:

1. Establecer la importancia de la clasificacin de los microorganismos.

2. Identificar la ubicacin de los diferentes grupos microbianos en el mundo biolgico.

3. Definir Taxonoma y Fiilogenia. Sealar el objetivo de Taxonoma.

4. Enumerar los diferentes enfoques de la Taxonoma bacteriana, sealando su funda-
mento y aplicaciones.

5. Citar y ordenar jerrquicamente los rangos taxonmicos.

6. Definir Nomenclatura y sealar su objetivo.

7. Establecer la diferencia entre Taxonoma y Nomenclatura.

8. Clasificar a los microorganismos en base a las caractersticas morfolgicas y/o fisio-
lgicas, utilizando los esquemas correspondientes.

9. Discutir las bases de la clasificacin de los virus y cmo ellas difieren de las usadas
para la clasificacin de los otros microorganismos.

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Para poder comprender la gran diversidad de organismos existentes es preciso agruparlos y
organizar los grupos generales en una estructura jerrquica sin superposiciones. De eso se
encarga la TAXONOMA, que es la ciencia de la clasificacin biolgica. La taxonoma en su
sentido ms amplio se descompone en tres partes independientes pero interrelacionadas:

Clasificacin
Nomenclatura
Identificacin

La clasificacin es la estructuracin de los organismos en grupos o taxones en funcin de
semejanzas mutuas o del parentesco evolutivo.

La nomenclatura es la rama de la taxonoma que se ocupa de la asignacin de nombres a
grupos taxonmicos de conformidad con normas publicadas.

La identificacin constituye el lado prctico de la taxonoma que consiste en establecer que
un organismo determinado pertenece a un taxn reconocido.

Se han distinguido diversas posturas ante las relaciones entre la Taxonoma (facilitan el an-
lisis comparativo) y la Filogenia (historia evolutiva de los taxones, sostenida por algunos ec-
logos), ambas se consideran herramientas o mtodos que permiten dar un nombre tipificado
a determinadas entidades. Existen posturas contrarias que conciben a la Taxonoma como
una aproximacin a la Filogenia, debiendo reflejar la evolucin de las especies y, por tanto,
considerando a ambas disciplinas como interdependientes.

En fin, la taxonoma microbiana es un tema muy amplio y que requiere del conocimiento de
muchos aspectos, en este tema nos centraremos en los principios generales y daremos al-
gunos ejemplos.

Desarrollo de la Taxonoma Microbiana

El creador de la Taxonoma fue el botnico sueco Carl von Linneo, su sistema de nomencla-
tura, el sistema binomial, se usa todava en la actualidad.

Hasta mediados del siglo XIX se conocan slo dos reinos, animal y vegetal. Luego de co-
menzar a conocerse la existencia de microorganismos, en 1866, Ernst Haeckel cre un ter-
cer reino que llam los Protistas.

Con el desarrollo del microscopio fue posible el reconocimiento de las clulas eucariotas y
procariotas y eso condujo a la ubicacin de las bacterias en un reino separado de microor-
ganismos sin ncleo al que se le dio el nombre de Procariotae, tal como lo propuso Robert
G. E. Murray en 1968.

En 1969, R. H. Whittaker propuso un sistema de clasificacin en cinco reinos:

Monera, incluye a todos los microorganismos procariotas.
Protista, incluye a todos los microorganismos eucariotas unicelulares u ocasionalmente
multicelulares.
Fungi, reino que incluye a los hongos en sus diversas formas.
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Plantae, corresponde al reino vegetal
Animalia, corresponde al reino animal.

Posteriormente, nuevas tcnicas de biologa molecular se usaron para estudiar la composi-
cin del ARN ribosmico y revelaron que hay realmente dos tipos de clulas procariotas (ar-
queas y bacterias) y un tipo de clulas eucariotas. En 1978, Carl R. Woese propuso elevar
los tres tipos
de clulas a un nivel por encima del reino, llamado dominio y de ah surgi el sistema de cla-
sificacin de tres dominios que se conoce en la actualidad y que comprende:
Bacteria (procariotas unicelulares cuya pared celular contiene peptidoglucano)
Arquea (procariotas unicelulares cuya pared celular no contiene peptidoglucano)
Eukarya (todos los eucariotas)

Los virus no son asignados a ningn reino ya que ellos son microorganismos acelulares
que comparten slo unas pocas caractersticas de seres vivientes.




























ENFOQUES DE LA TAXONOMA BACTERIANA

1. ENFOQUE CLSICO

Se denomina as porque es el que se ha utilizado durante ms de 100 aos. Se determinan
caractersticas de diferentes microorganismos y esas caractersticas se utilizan despus en
Bacterias Archaea Eucarya
Aquifex
Thermotoga
Flavobacterias
Cianobacterias
Proteobacterias Espiroquetas
Bacterias
Grampositivas
Bacterias Verdes
no azufradas
Pyrodictium
Thermoproteus
Thermococcus
Methanococcus
Methanobacterium
Methanosarcina
halobacterias
Thermoplasma
Diplomonas
Microsporidia
Tricomonas
Flagelados
Ciliados
Plantas
Hongos
Animales
Entamoeba
Mohos
mucosos
Bacterias Archaea Eucarya
Aquifex
Thermotoga
Flavobacterias
Cianobacterias
Proteobacterias Espiroquetas
Bacterias
Grampositivas
Bacterias Verdes
no azufradas
Pyrodictium
Thermoproteus
Thermococcus
Methanococcus
Methanobacterium
Methanosarcina
halobacterias
Thermoplasma
Diplomonas
Microsporidia
Tricomonas
Flagelados
Ciliados
Plantas
Hongos
Animales
Entamoeba
Mohos
mucosos



Adaptado de G..J . Olsen y C. R. Woese. Ribosomal RNA: A key to Phylogeny en The FASEB 7:113-123, 1993.
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la separacin de los grupos.

La unidad taxonmica de la Microbiologa es el CLON o CEPA, se denomina as a una
poblacin de clulas genticamente idnticas derivadas de la divisin sucesiva de una sola
clula.

Un grupo de cepas que tiene la mayora o todas las caractersticas en comn ser
clasificado como una ESPECIE, y las especies relacionadas se clasifican en el mismo
GNERO.

En general en este enfoque se le da ms valor a las caractersticas estructurales
y morfolgicas que a las fisiolgicas y bioqumicas por las razones siguientes:

La morfologa de una bacteria es el resultado de la expresin de un gran nmero de
genes que controlan enzimas, las cuales a su vez determinan la sntesis de diversos
componentes estructurales.

La morfologa tiene un cierto grado de independencia de las influencias ambientales y en
general las bacterias presentan las mismas formas y estructuras en los diversos
ambientes en los que se desarrollan.

La morfologa es por lo general una caracterstica estable genticamente y no sufre
amplios cambios como resultado de mutaciones en un solo gen.

La morfologa de una bacteria es fcil de determinar con la ayuda de un microscopio.

Entre las caractersticas no morfolgicas que tienen valor taxonmico tenemos: compo-
sicin qumica de la pared celular, inclusiones citoplasmticas y productos de reserva,
composicin qumica de la cpsula, pigmentos, requerimientos nutricionales, capacidad
para usar diferentes fuentes de carbono, nitrgeno, azufre y energa, productos de
fermentacin, necesidades gaseosas, requerimientos y tolerancias de temperatura y pH,
sensibilidad a antibiticos, patogenicidad, relaciones simbiticas, caractersticas inmu-
nolgicas, hbitat, etc.

Algunas de estas caractersticas pueden no ser aplicables en un grupo en particular, depen-
diendo del caso variarn el nmero y tipo de los datos recopilados para efectuar una
buena clasificacin.

El enfoque clsico es casual y no sistemtico, pero resulta muy til para algunos grupos de
bacterias.

2. ENFOQUE GENTICO O MOLECULAR

Tiene por objeto determinar el grado de relacin gentica de diferentes organismos. Este
enfoque involucra estudios diseados para demostrar directa o indirectamente que las se-
cuencias de bases del ADN de dos organismos son semejantes o idnticas, lo cual puede
hacerse de varias maneras.
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2.1 Composicin de bases del ADN o del ARN r

Es posible mediante mtodos fsicos o qumicos saber el contenido de bases del ADN, el que
por convenio se expresa en %G+C. Diferencias en %G+C mayores de 10% nos indican
que las cepas estudiadas no estn estrechamente relacionadas, pero proporciones de
bases semejantes no nos indican con certeza que las cepas estudiadas estn relaciona-
das, ya que las bases podran estar en la misma proporcin pero en secuencias diferentes.

Las tendencias ms recientes para establecer relaciones filogenticas se basan en la com-
paracin de las secuencias de ARN ribosmico.

2.2 Hibridizacin y homologa de cidos nucleicos

Este procedimiento est basado en la capacidad que tienen las cadenas de ADN de un or-
ganismo para formar un hbrido con las cadenas de ADN de otro organismo o entre dos
muestras de ADN desnaturalizado, uno de los cuales est marcado con un radioistopo
o con un colorante fluorescente, para posteriormente cuantificar. Para ello se requiere
siempre un punto de referencia el cual es suministrado por ADN de una cepa de referencia
que es preparado marcado y no marcado. La cantidad de reasociacin entre estos 2
ADN homlogos es determinada y se le asigna un valor del 100%. La cantidad de reaso-
ciacin entre el ADN de referencia y ADN de otra cepa puede ser medido y expresado co-
mo un porcentaje del valor para la reasociacin de ADN de la cepa de referencia.

La tcnica de hibridizacin es ms eficaz si uno de los cidos nucleicos que se van a re-
asociar (hibridizar) est en forma de fragmentos muy pequeos, por lo que previamente
los cidos nucleicos se someten a una agitacin a alta velocidad. Para estudios de orga-
nismos con parentescos ms lejanos puede utilizarse tambin ARN en vez del segundo
ADN, ya que el ARN representa una pequea porcin del genoma del ADN total.






















ADN del microorganismo B ADN del microorganismo A
Calentar para
separar las cadenas
Combinar las cadenas
simples de ADN
Enfriar para permitir
la renaturalizacin del
ADN de doble cadena
Determinar el grado de
hibridizacin
Hibridizacin parcial
Microorganismos relacionados
Hibridizacin completa
Microorganismos
idnticos
No hibridizacin
Microorganismos no
relacionados
Fig. 10.15 Microbiology An introduction Tortora et al 7th edition
Hibridizacin de cidos nucleicos

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Estas tcnicas de biologa molecular han dado lugar a nuevas herramientas moleculares que
se han adoptado rpidamente al campo del diagnstico microbiolgico. Este nuevo enfoque
utiliza factores genotpicos ms que fenotpicos para identificar microorganismos especficos.
Un ejemplo de estas tcnicas modernas de identificacin lo constituyen las sondas de cido
nucleico, son oligonucletidos cortos y de secuencia nica que se emplean como sonda de
hibridizacin para la identificacin de microorganismos. Estos mtodos son altamente sensi-
bles y especficos.































2.3 Homologa entre protenas:

Hay muchos mtodos para comparar protenas, de los cuales el ms seguro es la determi-
nacin de la secuencia de aminocidos de la protena purificada. Como esta secuencia
est directamente relacionada con la secuencia de bases de los genes que controlan
su sntesis, secuencias similares de aminocidos en protenas funcionalmente similares
indican que los organismos tienen secuencias similares de bases para estos genes.

3.4 Recombinacin gentica:

En bacterias que poseen mecanismos para recombinacin gentica, puede demostrarse
proximidad gentica por medio de estudios sobre la eficacia del intercambio gentico.
Fig. 10.16 Microbiology An introduction Tortora et al 7th edition
Uso de sondas de ADN para identificar bacterias
Plasmidio
Fragmento
de ADN de
Salmonella
Un fragmento de ADN
de Salmonella es
clonado en E. coli
La muestra de bacterias
desconocidas se recogen sobre
un filtro
Las clulas se lisan y
liberan el ADN
El ADN se separa en
cadenas sencillas
Los fragmentos de ADN clonados se
marcan con un colorante fluorescente y
se separan en cadenas sencillas formando
sondas de ADN
Las sondas de ADN se
le aaden al ADN de la
bacteria desconocida
Sonda de ADN
fluorescente
ADN de Salmonella
ADN de otra bacteria
Las sondas de ADN hibridizan con el ADN de
Salmonella. Luego el exceso de la sonda se lava.
La fluorescencia indica la presencia de Salmonella
Ejemplo del uso de sondas de ADN para la identificacin bacteriana
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Sin embargo como incluso bacterias muy relacionadas no pueden aparearse por diversas
razones, el anlisis de la recombinacin gentica hace posible el reconocimiento de seme-
janzas pero no de diferencias, puesto que si no ocurre recombinacin, no se puede decir
por esta sola razn que no estn relacionadas.

NOMENCLATURA

Es el darle nombre a los microorganismos y su objetivo es precisamente elegir el nombre
adecuado y nombrar el germen siempre por el mismo nombre evitando as confusiones.

Es importante diferenciar entre taxonoma y nomenclatura, ya que nomenclatura es nica-
mente darle el nombre al organismo luego que se ha completado el trabajo taxonmico.

Para nombrar las bacterias se usa el esquema binomial en el cual el nombre de la bacteria
est constituido por 2 palabras; la primera es una palabra en latn o latinizada, que se escri-
be con la primera letra en mayscula e indica el GNERO, usualmente esta palabra provie-
ne del nombre del descubridor u otro cientfico relacionado o describe la morfologa del
microorganismo. La segunda palabra indica la ESPECIE, se escribe con minscula, y es
usualmente descriptivo refirindose al color, origen, patogenicidad, etc.

Ejemplo: Bacillus subtilis



Gnero Especie

Los nombres cientficos de las bacterias deben ser escrito en letra cursiva (Itlica) o en su
defecto cada palabra debe ser subrayada.

Las reglas y mtodos del sistema de Nomenclatura Bacteriana se encuentran en el Cdigo
Internacional de Nomenclatura Bacteriana.

IDENTIFICACIN

La informacin acerca de los microorganismos obtenidas de los mtodos ya citados, nos
permite no slo la clasificacin de nuevos microorganismos sino tambin la identificacin de
los microorganismos ya conocidos, aislados de muestras de orgenes diversos.

Dos de los mtodos utilizados para la identificacin son: las claves dicotmicas y los clado-
gramas.

Claves dicotmicas

Con el uso de las claves dicotmicas, la identificacin se basa en preguntas sucesivas, y
cada pregunta tiene dos respuestas posibles. Despus de responder una pregunta, se dirige
al investigador a otra pregunta hasta que el microorganismo es identificado. Aunque estas
claves a menudo tienen poco que ver con las relaciones filogenticas, son de gran valor para
la identificacin.
Cladogramas

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Son mapas o diagramas, como el que se presenta en la pgina 3, que muestran relaciones
evolutivas entre los microorganismos, basados principalmente en la secuenciacin del ARN
ribosmico.


MANUAL BERGEY DE BACTERIOLOGA SISTEMTICA

Para la clasificacin, identificacin y nomenclatura de las bacterias, la mejor referencia
que existe es el Bergey's Manual of Sistematic Bacteriology, conocido como el Manual Ber-
gey. La edicin ms reciente est siendo publicada progresivamente, y estar constituida
por 5 volmenes, en ella estarn incluidas todas las especies de bacterias conocidas para
la fecha de su publicacin y a diferencia de la anterior que tena un enfoque que enfatizaba
en las caractersticas fenotpicas, esta edicin tiene un anlisis filogentico basado en la se-
cuenciacin del ARN r, del ADN y de las protenas.

RANGOS DE LOS GRUPOS TAXONMICOS

Un grupo taxonmico es un grupo de microorganismos tratados como un grupo con nombre
en una taxonoma formal.

Las categoras taxonmicas que se dan a continuacin estn colocadas en rango taxo-
nmico descendente:

Clase
Orden
Familia
Tribu
Gnero
Especie
El nombre del grupo taxonmico entre el orden y el gnero se forma aadiendo el sufijo
correspondiente a la raz del nombre del gnero tipo.


Grupo taxonmico Sufijo Ejemplo
Orden -ALES Pseudomonadales
Familia -ACEAE Pseudomonadaceae
Tribu -EAE Pseudomonadeae
Gnero Pseudomonas


CLASIFICACIN DE LOS HONGOS

La identificacin y clasificacin de los hongos filamentosos est basada principalmente en
sus rasgos estructurales y morfolgicos. Algunos hongos tienen una apariencia tan carac-
terstica que pueden ser identificados fcilmente, pero en la mayora de los casos se requie-
re observar una preparacin del hongo al microscopio y estudiar sus caractersticas tales
como:

Morfologa de las hifas

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Presencia o ausencia de septos

Ramificaciones

Tipo de esporas
Caractersticas de las colonias, las que se estudian macroscpicamente
La clasificacin de las levaduras usa principalmente el enfoque clsico con un gran nfasis
en pruebas bioqumicas de utilizacin de carbohidratos.

El esquema taxonmico tradicional empleado para la clasificacin de los hongos los ubica en
cuatro divisiones, basndose fundamentalmente en variaciones en la reproduccin sexual.

Divisin ESPORAS
ASEXUALES
ESPORAS
SEXUALES
MICELIO EJEMPLOS
Zygomycota (Zi-
gomicetos)
Endgenas (en
sacos)
Oosporas
Zigosporas
Cenoctico Rhizopus, Mucor
Ascomycota
(Ascomicetos)
Exgenas
(en las puntas o
lados de las
hifas)
Ascosporas Septado Penicillium, Aspergillus,
Levaduras
Basidiomycota
(Basidiomicetos)
Exgenas
(en las puntas o
lados de las
hifas)
Basidiosporas Septado Setas
Royas
Tizones

Deuteromycota
(Deuteromicetos)
(Hongos imperfec-
tos)
Exgenas
(en las puntas o
lados de las
hifas)
- Septado La mayora de los pat-
genos de humanos y
animales


CLASIFICACIN DE LOS VIRUS

Dependiendo del tipo de clula que infectan, los virus se clasifican en:

a. Virus animales

b. Virus de plantas

c. Virus de bacterias o bacterifagos

De ahora en adelante, nos vamos a ocupar de los virus animales, debido al gran nmero de
enfermedades de origen viral que afectan al hombre y a los animales.

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Los virus animales se clasifican tomando en cuenta las caractersticas siguientes:

1. Caractersticas primarias

1.1 Organizacin de la cpsida
a. Forma y tamao de la partcula viral
b. Nmero de capsmeros
c. Presencia o ausencia de cubierta lipdica
d. Simetra de la nucleocpsida

1.2 Estructura del cido nucleico
a. Tipo de cido nucleico
b. Nmero de cadenas
c. Peso molecular del cido nucleico
d. Nmero aproximado de genes

1.3 Presencia de transcriptasa

2. Caractersticas secundarias

2.1 Husped
a. Especie
b. Tejido

2.2 Modo de transmisin

2.3 Caractersticas inmunolgicas

Los virus no se nombran usando el esquema binomial clsico que se utiliza para los otros
microorganismos, a los virus se les denomina con el nombre de la enfermedad que causan,
por ejemplo, virus de la rabia, virus del sarampin, etc.

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BIBLIOGRAFA

American Society for Microbiology. International Code of Nomenclature of Bacteria. 1976.

Black J . G. Microbiology. Principles and Explorations. Fourth Edition 1999 J ohn Wiley &
Sons, Inc.

Davis, Dulbecco, Eisen and Ginsberg. Microbiology. Fourth Edition. J . B. Lippincott
Company 1990.

Madigan, Martinko y Parker. Brock Biologa de los Microorganismos. Octava Edicin 1998.
Prentice-Hall.

Olsen G.J . y Woese C.R. (1993). Ribosomal RNA: A key to phylogenery. FASEB J. 7: 113
123.

Pelczar, Reid and Chan. Microbiology. Fourth edition. 1977. Mcgraw-Hill.

Prescott, Harley y Klein 1999 Microbiologa. Cuarte edicin. McGraw-Hill Interamericana.

Stanier, Adelberg and Ingraham. General Microbiology. 4th Edition. 1977. The MacMillan
Press Ltd.

Tortora, Funke and Case. Introduccin a la Microbiologa. 9
na
Edicin 2007. Editorial Mdica
Panamericana.

Weistreich and Lechtman. Microbiology. Fifth Edition. 1988 Macmillan Publishing Co.

De Haro J uan & Melic Antonio (2002). Taxonoma, Sistemtica, Filogenia y Clasificaciones.
URL: http://entomologia.rediris.es/documentos/taxonomia.htm

Prof. Magaly Pedrique de Aulacio Prof. Katiuska Saravia
. Prof. Alessandra Garcs
Revisin 2008
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ACTIVIDADES ADICIONALES

Buscar en un diccionario de ingls tcnico la traduccin al espaol de las palabras si-
guientes

Ancestor


Causative agent


Common name


Dichotomous key


Disease


DNA probes


Domain


Fingerprint


G +C ratio


Genus


Growth


Hierarchy


Isolate


Kingdom


Methanogen


Order


Profile


Scientific name


Specie


Strain



Disear una clave dicotmica que permita diferenciar un miembro del gnero Staphylo-
coccus de un miembro del gnero Streptococcus

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Disear una clave dicotmica que permita diferenciar un miembro del gnero Pseudomo-
nas de un miembro del gnero Escherichia.

Investigar un producto comercial que se encuentre en el mercado venezolano para la
identificacin de microorganismos usando sondas moleculares. Indicar nombre del pro-
ducto, uso, fabricante y distribuidor en Venezuela.

Determinar el porcentaje G +C de este trozo de ADN

A T C G C C C G A T T G C A T T A A C G G G C C T A T T
T A G C G G G C T A A C G T A A T T G C C C G G A T A A