Tema 3. Proteinas. Composicion y Estructura

1ema 3.
rote|nas: compos|c|n y estructura

8|oqu|m|ca Lstructura| y Metab||ca
1ema 3. rote|nas: compos|c|n y estructura
Iess Navas Mndez
1LMA 3. rote|nas: compos|c|n y estructura.
Lnlace pepudlco. epudos. nlveles de organlzacln esLrucLural de las
proLelnas. LsLrucLura prlmarla. roLelnas homlogas. LsLrucLura
secundarla, Lerclarla y cuaLernarla de las proLelnas. rlnclpales mouvos
de esLrucLura secundarla: hellces alfa, lmlnas beLa y glros beLa. luerzas
que esLablllzan la esLrucLura Lrldlmenslonal. uesnaLurallzacln de las
proLelnas. rlnclpales agenLes desnaLurallzanLes.
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8econocer los nlveles esLrucLurales de las proLelnas.
Comprender el concepLo de homologla.
lamlllas de proLelnas. CrLlogos y parlogos.
ulferenclar las dlsunLas esLrucLuras secundarlas.
Comprender los facLores que deLermlnan su esLrucLura Lrldlmenslonal.
8elaclonar la esLrucLura con la funcln de las proLelnas.
Comprender cmo la esLrucLura y la funcln se alLeran cuando cambla
el enLorno molecular.
C8IL1IVCS
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Carreu and Crlsham. !"#$%&'"()*+. 4 ed. 2009.
LCS AMINCCIDCS SL ULDLN UNIk Ck LNLACLS L1IDICCS
uos amlnocldos
Lllmlnacln de una
molecula de agua
... lormacln del enlace
CC-nP
LxLremo amlno LxLremo carboxllo
Lnlace pepudlco
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pndo: hasLa 30 amlnocldos.
C||goppndo: pepudo pequeno.
o||ppndo: pepudo grande.
C||gmero: proLelna formada por subunldades
ldenucas llamadas proLmeros.
roLelnas senclllas y con[ugadas (poseen grupo
prostnco).
L1IDCS kC1LINAS
Iess Navas Mndez
rlnclpal pepudo de las celulas.
apeles blolglcos:
- uefensa celular conLra compuesLos oxldanLes:
P
2
C
2
+ 2CSP CSSC + 2 P
2
C.
- ManLenlmlenLo de las proLelnas en esLado reducldo.
G|u-Cys-G|y (L-g|utam||-L-c|ste|n||-g||c|na)
GLU1A1ICN
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L1IDCS LULCS CCN IUNCICNLS
8ICLCGICAS IMCk1AN1LS
normonas: oxlLoclna (9 aacs), facLor llberador de uroLroplna (3 aacs).
Annb|ncos.
Venenos (amanluna).
LdulcoranLe (asparLamo).
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kC1LINAS: kINCIALLS CLIMLkCS LS1kUC1UkALLS
IUNCICNALLS DL LCS SLkLS VIVCS
CaLllsls de reacclones enzlmucas, LransporLe de
vlLamlnas, mlnerales, oxlgeno y combusubles.
LsLrucLura de Le[ldos, Lransmlsln nervlosa,
conLraccln muscular y moulldad celular.
Coagulacln sangulnea, defensas lnmunolglcas,
hormonas y moleculas reguladoras.
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CLASIIICACICN DL kC1LINAS SLG0N SU GkUC kCS1L1ICC
CLASL GkUC kCS1L1ICC LILMLC
LlpoproLelnas Llpldos 8-LlpoproLelna
ClucoproLelnas CarbohldraLos lg C
losfoproLelnas losfaLo Caselna leche
PemoproLelnas Pemo Pemogloblna
llavoproLelnas nucleudos avlna SucclnaLo uP
MeLaloproLelnas Plerro lerrluna
Zlnc Alcohol uP
Calclo Calmodullna
Mollbdeno ulnlLrogenasa
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La lnsullna uene dos cadenas
unldas por dos puenLes dlsulfuro.
La cadena A uene 21 aa y la 8
uene 30 aa.
Carreu and Crlsham. !"#$%&'"()*+. 4 ed. 2009.
SLCULNCIA DL LA
INSULINA DL VACA
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NIVLLLS DL CkGANI2ACICN DL LAS kC1LINAS
LsLrucL. rlmarla LsLrucL. secundarla LsLrucL. Lerclarla LsLrucL. CuaLernarla
Amlnocldos Pellce alfa Cadena pollpepudlca Subunldades ensambladas
,&%-"-.&* 0*"-$"12&( #3 !"#$%&'"()*+. 3 ed. lreeman, 2009.
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IAC1CkLS UL DL1LkMINAN LA
CCNICkMACICN kC1LICA
Adems de la esLrucLura prlmarla, las condlclones
nslco-qulmlcas del enLorno: el pP, concenLracln
sallna, LemperaLura y oLros facLores amblenLales.
uesnaLurallzacln es la perdlda de la conformacln
de una proLelna.
una proLelna desnaLurallzada plerde su acuvldad
blolglca.
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CAkAC1LkI2ACICN DL UNA kC1LINA
Composlcln de amlnocldos.
Carga elecLrlca (pl).
LsLrucLura prlmarla, secundarla, Lerclarla, y en las proLelnas
mulumerlcas, su esLrucLura cuaLernarla.
Iess Navas Mndez
LS1kUC1UkA kIMAkIA
Slrve para enLender sus propledades funclonales, ldenucar la famllla a la
que perLenece y descrlblr los pollmorsmos y las proLelnas muLanLes que
causan enfermedades moleculares.
Se deLermlna a parur de la secuencla del gen o secuenclando la proLelna.
Iess Navas Mndez
Cada proLelna uene un numero de reslduos y secuencla carcLerlsucos.
Las proLelnas conuenen reglones esenclales para su funcln, cuya secuencla
se encuenLra conservada.
La esLrucLura prlmarla de una proLelna puede varlar en dlferenLes especles y
denLro de la mlsma especle enLre lndlvlduos, Le[ldos del mlsmo lndlvlduo y
fase del desarrollo (el 20-30 de las proLelnas humanas son pollmrcas).
una muLacln punLual puede produclr un camblo en la secuencla de aacs
que resulLa en una proLelna defecLuosa, causando una paLologla. Ln oLros
casos se producen deleclones (dlsLrona en la enfermedad de uuchene).
LA IUNCICN DL UNA kC1LINA DLLNDL DL SU
SLCULNCIA DL AMINCCIDCS
Iess Navas Mndez
jUL INICkMACICN kCCkCICNA LA
SLCULNCIA DL AMINCCIDCS?
redlccln de su esLrucLura 3u, su funcln, locallzacln celular y su
evolucln.
Claslcacln de las proLelnas en famlllas (23 de ldenudad
mlnlma para perLenecer a la mlsma famllla).
ueLeccln de mouvos relaclonados con funclones lmporLanLes
(locallzacln celular, modlcacln qulmlca y vlda medla).
Iess Navas Mndez
kC1LINAS DL IUNCICN SIMILAk 1ILNLN
IkAGMLN1CS DL SLCULNCIA SIMILAkLS
Sablendo la secuencla de una proLelna, se puede predeclr sl su funcln
se parece a la de proLelnas de funcln ya conoclda.
Iess Navas Mndez
kC1LINAS nCMCLCGAS
Moleculas hom|ogas: derlvan de un anLecesor comun.
La homologla se manlesLa por una slmlllLud slgnlcauva en la
secuencla de nucleudos y amlnocldos, casl slempre
proyecLada en la esLrucLura 3u y en la funcln.
rote|nas hom|ogas: uenen secuenclas de aacs y funclones
seme[anLes.
Pomlogos ort|ogos: homlogos presenLes en especles
dlsunLas, con funclones ldenucas o slmllares.
Pomlogos par|ogos: homlogos presenLes en la mlsma
especle. Se dlferenclan en sus funclones bloqulmlcas deLalladas.
L[emplo: mlogloblna y hemogloblna.
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Gen ancestra|
Lspec|ac|n
Genes ort|ogos
Iess Navas Mndez
Gen ancestra|
Dup||cac|n gn|ca
Genes par|ogos
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SLCULNCIAS DL LA
MICGLC8INA
nUMANA DL
CACnALC1L
(Ck1CLCGCS)
MaLhews & van Polde.
Iess Navas Mndez
ALINLAMILN1C DL SLCULNCIAS DL
kC1LINAS CCN LL USC DL nULCCS
Iess Navas Mndez
Iess Navas Mndez
LS1kUC1UkA SLCUNDAkIA
aLrones repeuuvos que se forman al plegarse los pollpepudos.
uede predeclrse con basLanLe abllldad a parur de la secuencla.
1lpos de esLrucLura secundarla ms frecuenLes:
Pellce alfa, lmlna plegada y glro .
Iess Navas Mndez
LL LNLACL L1IDICC LS LANC kIGIDC
Los sels Lomos del grupo pepudlco esLn en el mlsmo plano debldo al
carcLer de doble enlace parclal del enlace pepudlco.
Carreu, 8.P. and Crlsham, C.M. !"#$%&'"()*+. 2 ed. Saunders College ubllshlng. 1999.
Iess Navas Mndez
Un dob|e en|ace puro C-C perm|nr|a |a
rotac|n a|rededor de| C-N.
Un dob|e en|ace C=N |mped|r|a |a
rotac|n pero en ese caso habr|a
una carga neta neganva en e| C
-

La verdadera dens|dad e|ectrn|ca es |ntermed|a. La barrera
para |a rotac|n C-N es de unos 88 kI]mo|, que es suhc|ente
para mantener e| grupo am|do en un p|ano.
LA kLSCNANCIA DL
LLLC1kCNLS CCNIILkL
AL LNLACL L1IDICC
CAkC1Lk DL DC8LL
LNLACL AkCIAL
Iess Navas Mndez
nelson, uL and Cox, M.M. ,&%-"-.&* 0*"-$"12&( #3 !"#$%&'"()*+. 3 ed. WorLh ubllshers, 2000.
nA LI8kL kC1ACICN
ALkLDLDCk DL LCS
LNLACLS C!-CC y C!-N
Iess Navas Mndez
Cadena |atera|
|anos de| en|ace am|da
Am|noc|dos
un pepudo puede Lener varlas
conformaclones segun los ngulos hl
y sl (adopLa la ms favorable desde el
punLo de vlsLa energeuco = menores
lmpedlmenLo esLerlco y repulsln
elecLrosLuca).
Iess Navas Mndez
nLLICL ALIA: LS18uC1u8A 8lCluA Ln lC8MA uL vA8lLLA CuL SL lC8MA CuAnuC unA
CAuLnA CLlL1lulCA SL 8L1uL8CL Ln unA CCnlC8MAClCn PLLlCCluAL A uL8LCPAS
Se forma un puenLe de P enLre el CC de un amlnocldo
y el nP del cuarLo amlnocldo por deLrs.
Iess Navas Mndez
nLLICL ALIA
un puenLe de P enLre el CC de un
amlnocldo y el nP del cuarLo por
deLrs.
3,6 aacs por vuelLa de hellce.
3,4 AmsLrong (0,13 nm) de dlsLancla
enLre vuelLa y vuelLa.
uexLrglra.
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Las cadenas laLerales
sobresalen de manera
perpendlcular al e[e de
la hellce.
Iess Navas Mndez
IAC1CkLS UL AILC1AN A LA
LS1A8ILIDAD DL LA nLLICL ALIA
8epulsln o aLraccln elecLrosLuca enLre reslduos.
lmpedlmenLo esLerlco (enLre reslduos adyacenLes y
enLre reslduos separados por 3 4 amlnocldos).
La prollna y la gllclna uenen un efecLo
desesLablllzador de la alfa hellce.
Iess Navas Mndez
Mlogloblna 8acLerlodopslna
DCS kC1LINAS ICkMADAS
MACkI1AkIAMLN1L Ck nLLICLS ALIA
Iess Navas Mndez
CCNICkMACICN LN LMINA 8L1A
Se forman cuando se allnean de lado dos o ms segmenLos de
cadenas pollpepudlcas.
LsqueleLo de la cadena pollpepudlca exLendldo en zlg-zag.
Las cadenas pollpepudlcas en zlg-zag se dlsponen de manera
adyacenLe formando una lmlna esLablllzada por puenLes de P.
Lmlnas beLa paralelas (cadenas orlenLadas en la mlsma
dlreccln) y anuparalelas (orlenLadas en dlrecclones opuesLas).
Iess Navas Mndez
Po[a beLa paralela
Po[a beLa anuparalela
1
2
3
Iess Navas Mndez
nCIA 8L1A AN1IAkALLLA
N
C
C
C
N
N
Iess Navas Mndez
nCIA 8L1A AkALLLA
N
N
N
Iess Navas Mndez
GIkCS 8L1A
Son elemenLos de conexln enLre hellces alfa y/o
lmlnas beLa.
ueLermlnan un camblo de dlreccln de las cadenas
pollpepudlcas.
Se forma un puenLe de hldrgeno enLre un reslduo
(n) y el slLuado Lres amlnocldos despues (n+3).
La prollna y la gllclna abundan en los glros beLa.
Iess Navas Mndez
GIkC 8L1A
aralela
Anuparalela
1
2
3
4
Iess Navas Mndez
LA kC8A8ILIDAD DL ICkMAk nLLICL ALIA C LMINA 8L1A LS, LN CILk1A MLDIDA,
kLDLCI8LL A Ak1Ik DL LA SLCULNCIA DL AMINCCIDCS, SLG0N LCS NGULCS " #
Iess Navas Mndez
ULDL nA8Lk LAkGCS IkAGMLN1CS DL kC1LINA SIN
LS1kUC1UkA SLCUNDAkIA DLIINIDA
CulmoLrlpslna
Iess Navas Mndez
LS1kUC1UkA 1LkCIAkIA
LsLrucLura espaclal de la proLelna.
uepende de la secuencla de aacs y puede predeclrse.
Se deLermlna por dlfraccln de 8x.
Monvo: paLrn de plegamlenLo caracLerlsuco que
aparece en varlas proLelnas.
Dom|n|o: regln de la cadena pollpepudlca que puede
plegarse de manera esLable e lndependlenLe.
Iess Navas Mndez
ueLermlnacln de
la esLrucLura de
una proLelna por
dlfraccln de
rayos x.
Iess Navas Mndez
LS1kUC1UkA 1LkCIAkIA DL LAS kC1LINAS
Cada proLelna posee una unlca esLrucLura 3u.
La esLrucLura 3u de una proLelna depende de la secuencla de aacs.
La funcln de una proLelna depende de su esLrucLura 3u.
La esLrucLura 3u se esLablllza medlanLe enlaces dlsulfuro y fuerzas no
covalenLes.
uenLro de la gran varledad de las proLelnas se reconocen algunos
paLrones esLrucLurales comunes.
Iess Navas Mndez
IULk2AS UL LS1A8ILI2AN LA LS1kUC1UkA 1LkCIAkIA
1. uenLes dl-sulfuro.
2. ALraccln elecLrosLuca.
3. uenLes de hldrgeno.
4. lnLeraccln hldrofblca.
-
+
P C
Ser
Clu
CC
C
-

Asp
CCC
Lys
nP
3

he
CP
1yr
1
3
4
val
lle
CP
3

CP
3

CP
3
CP
3

Cys
Cys
S
S
2
Iess Navas Mndez
roLelnas nanvas son las que se encuenLran en su
conformacln funclonal plegada (la ms esLable).
Las lnLeracclones que esLablllzan la conformacln nauva de
una proLelna son los puenLes dlsulfuro y las lnLeracclones no
covalenLes.
La conformac|n ms estab|e es la que permlLe la formacln
del mx|mo nmero de puentes de h|drgeno denLro de la
proLelna.
Ln general los reslduos hldrofblcos quedan orlenLados hacla
el lnLerlor de la proLelna, le[os del conLacLo con el enLorno
acuoso. Los reslduos hldronllcos quedan orlenLados hacla el
exLerlor.
Iess Navas Mndez
La secuencla de amlnocldos
permlLe predeclr con clerLa
aproxlmacln la esLrucLura
Lrldlmenslonal de domlnlos no
muy grandes de proLelnas.
Iess Navas Mndez
(SLryer, 2002)
Ck1CLCGCS
AkLCGCS 1ILNLN
LS1kUC1UkAS
1LkCIAkIAS
SLMLIAN1LS
Iess Navas Mndez
,&%-"-.&* 0*"-$"12&( #3 !"#$%&'"()*+. 3 ed. lreeman, 2009. Caps 3, 4.
45*67( !5("$ 4&8"$52 !"#$%&'"()*+. A cllnlcal approach. 3 ed. LWW., 2008. Caps 6, 7.
uevlln. 9&:);##6 #3 !"#$%&'"()*+ <")% =2"-"$52 $#**&25>#-(. 7 ed. Wlley, 2010. Cap 9.
leduchl y cols. !"#?@A'"$5B $#-$&1)#( &(&-$"52&(. anamerlcana, 2011. Cap 3.
8erg, 1ymoczko and SLryer. !"#$%&'"()*+. 7 ed. WP. lreeman, 2011. Caps 2, 3.
voeL and voeL. !"#$%&'"()*+. 4 ed. Wlley, 2011. Caps 7, 8.
8aynes and uomlnlczak. !"#?@A'"$5 4C8"$5D 3 ed. Llsevler, 2011. Cap 2.
Carreu and Crlsham. !"#$%&'"()*+D 4 ed. 2009. Caps 3, 6.
8I8LICGkAIIA

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