TÓPICOS EN
MODELIZACIÓN DE
BIOMOLÉCULAS
JOEL TORRES
VILLENA
CB-DOCK
2
Búsqueda de cavidades potenciales de interacción en
nuestra proteína diana, utilizando la distribución
atómica de los ligandos.
Este webserver es la versión mejorada de CB-Dock.
Además de su algoritmo de búsqueda en base a una
estructura, combina el motor de acomplamiento
basado en plantillas. De esta manera la identificación
del sitio de unión y la predicción de la
posición/orientación de unión.
Demostrando así un RMSD menor a 2.0 A.
Características claves CB-
Dock 2
(i) Obtención rápida de resultados: el tiempo medio de la tarea es de aproximadamente un
minuto, lo que es adecuado para análisis en tiempo real.
(ii) Predicción de alta precisión: mostró un 16%∼30% de mejora en términos de tasa de
éxito de acoplamiento en comparación con otros métodos de acoplamiento ciego en
nuestro benchmark .
(iii) Interfaz web fácil de usar: proporciona una visualización interactiva e intuitiva, lo que
reduce el umbral técnico para los usuarios.
para los usuarios.
(iv) Capacidades exploratorias para el acoplamiento: proporciona centros, tamaños y
volúmenes de las cavidades predichas para facilitar el uso de la migración con otras
herramientas de acoplamiento molecular.
¿Motivación de
Desarrollo?
• La literatura brinda
información experimental
sobre interacción entre
proteínas y ligandos
conocidos. Sin embargo
conocer las interacciones
atómicas son difíciles de
elucidar.
• Aumento exponencial de
estructuras proteicas
predichas por diferentes
métodos. Alphafold.
• Búsqueda de sitios alostéricos
en proteínas de células que
muestran resistencia a
fármacos.
• Optimización de fármacos o
¿Cómo cónocer la
interacción?
• Una vez realizado el docking,
herramientas como Ligplot,
Plit, Discovery, permiten de
forma detallada conocer las
interacciones que hay en la
mejor posición.
• En presencia de rotámeros, se
escoge la posición más
conveniente energéticamente.
• Evaluar si el docking es
estable mediante un MD.
En todo programa de Docking
Molecular existen 2 puntos claves
1. Búsqueda de los grados de libertad configuracionales y
conformacionales
2. La función de puntuación y evaluación
1.1 Búsqueda de grados de libertad
configuracionales
Conocido comúnmente como Docking Rígido.
Explora los grados de libertad de traslación y rotación del ligando en el sitio activo
del receptor.
En todo programa de Docking
Molecular existen 2 puntos claves
1.2 Búsqueda de grados de libertad
conformacionales
Explora los grados de torsión del ligando en el
proceso.
Denominado comúnmente como Docking
Flexible.
Perspectivas en el desarrollo de
Algoritmos
1. Se necesita velocidad y precisión en el análisis de datos
2. Implementación de rejillas para almacenar propiedades fisico-químicas
del receptor
3. AutoDock y Dock fueron los primeros en utilizar algoritmos de
acopilamiento.
Ligand Flexibility
Algorithms
a. Algoritmo de búsqueda
sistemática
b. Algoritmo de búsqueda
estocástica
c. Algoritmo de búsqueda
determinista.
a. Algoritmo de Búsqueda
Sistemática
Basado en una cuadrícula de valores para cada grado
de libertad, explorados de manera combinatoria.
• Algoritmo de construcción elemental
• Complementariedad estérica
b. Algoritmos de búsqueda
Estocásticas
Algoritmos de búsqueda aleatorios. Posible convergencia
de incertidumbre en los resultados.
¿Solución? Método Monte Carlo.
c. Algoritmos de Búsqueda
Determinista
Determina el movimiento que se puede realizar para
generar el siguiente estado. Métodos de minimización.
Benchmark: Herramientas
para Docking
BIBLIOGRAFÍA
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