Acoplamiento molecular a través del programa ArgusLab

ArgusLab es un programa de licencia libre con interfaz gráfica muy amigable. Argus Lab es un
visualizador de estructuras biológicas y un editor de estructuras o moléculas orgánicas en donde
se pueden realizar estudios de acoplamiento molecular.

La ventaja de usar ArgusLab reside en que incorpora parámetros o campos de fuerza para
diferentes metales como: Cu, Ni, Mn, Co, Ti entre otros, respecto a otros programas como
Autodock Vina [1] UCSF Chimera (http://www.cgl.ucsf.edu/chimera) [2] que no implementan. De
esta manera, se extiende la diversidad de ligandos y receptores que pueden ser analizados por
medio de estudios de acoplamiento molecular también conocido como docking.

Referencias
1. Trott O and Olson AJ. AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of
docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading. J
Comput Chem. 2010, 31(2):455-61.
2. Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt, DM, Meng EC and
Ferrin T.E. UCSF Chimera - A Visualization System for Exploratory Research and
Analysis. J Comput Chem. 2004, 25(13):1605-1612.

1. Instalación del programa ArgusLab

1.1. Para comenzar se descargará el programa ArgusLab a través de la siguiente liga

http://www.arguslab.com/arguslab.com/ArgusLab.html. Dentro de la página se presionará el
botón “Click here to download ArgusLAB”
1.2. Una vez instalado el programa, al ejecutarlo aparecerá la siguiente ventana:
 2. Obtención de los archivos con extensión .pdb del receptor y ligando.

El archivo del receptor de interés se puede obtener de diferentes formas, por ejemplo si es una
biomolécula se descargará del Protein Data Bank (PDB) https://www.rcsb.org/ [1]. Si el receptor
es grafeno se puede descargar de https://www.ebi.ac.uk/chebi/searchId.do?chebiId=36973 o si es
MCM-41 se puede descargar de http://www.chm.bris.ac.uk/motm/mcm41/mcm41.htm . Existen
diversas páginas que contienen una base de receptores con extensión .pdb o .mol. También si el
archivo es obtenido de estudios de modelado por homología o por dinámica molecular se podrá
utilizar sin problema.

2.1. Los ligandos también se pueden descargar de diferentes bases de datos como “ZINC
database” https://zinc.docking.org/substances/home/ ya sea a través del nombre químico o
nombre comercial. Otra opción es descargar el programa Avogadro de licencia libre [2,3],
mediante la siguiente liga https://sourceforge.net/projects/avogadro/files/latest/download,
el cual es un visualizador y editor de estructuras químicas. Avogadro cuenta con una
pequeña base de moléculas optimizadas y además en este programa se puede construir el
ligando de interés. En Argus Lab también es posible generar un ligando en su editor de
estructuras y además cuenta con una serie de ligandos que se pueden utilizar para los
cálculos de acoplamiento molecular.

Referencias
1. Berman HM, Westbrook J, Feng Z, Gilliland G, Bhat TN, Weissig H, Shindyalov IN, Bourne
PE. The Protein Data Bank. 2000, Nucleic Acids Research, 28: 235-242.
2. Avogadro: an open-source molecular builder and visualization tool. Version 1.XX.
http://avogadro.cc/
3. Hanwell MD, Curtis DE, Lonie DC, Vandermeersch T, Zurek E and Hutchison GR. Avogadro:
An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. Journal of
Cheminformatics. 2012, 4:17.

3. Pasos para realizar el acoplamiento molecular (docking) en ArgusLab

3.1. Primeramente, se abrirá el programa ArgusLab y en el menu “File -> Open" se cargará el
archivo del receptor y el ligando, ambos con extensión .pdb o .mol2. En este primer ejemplo
se cargará el archivo del receptor grafeno.pdb (archivo descargado del PDB) y el ligando
(diclofenaco, se puede descargar de esta liga
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/441035) como se muestra en la imagen.
3.2. Una vez cargados los archivos en la ventana de ArgusLab aparecerán dos divisiones: en el
lado derecho se observará la estructura tridimensional del receptor o del ligando y del lado
izquierdo se encontrará el panel de navegación donde estarán las subcarpetas que corresponden a
los archivos que se cargaron previamente (receptor o ligando).

3.3. La carpeta del grafenocontiene cuatro subcarpetas: 1) La subcarpeta “Atoms” la cual contiene
todos los átomos del receptor. 2) La subcarpeta “Residues” contiene tres subcarpetas: “Chain: B y
Chain N”, y “Misc.” contiene cofactores, ligandos, iones acomplejados involucrados en la
cristalización o estabilidad del receptor y en ocasiones moléculas de agua, los cuales pueden ser
borrados sino son importantes en el análisis del acoplamiento molecular. En este caso la carpeta
“Misc” contiene la estructura del receptor. 3) La subcarpeta “Group” se activa cuando se fija uno o
más sitios de unión sobre la estructura del receptor (sitios de unión al ligando) para su análisis por
acoplamiento molecular. 4) La subcarpeta “Calculations” se activa cuando se corren los cálculos
de acoplamiento molecular.

3.4. En la carpeta del ligando (diclofenaco) también aparecerán las cuatro subcarpetas: 1) La
subcarpeta “Atoms” que contiene los átomos del ligando. 2) La subcarpeta “Residues” contiene la
estructura del ligando. 3) La subcarpeta “Groups” contiene las moléculas del o las moléculas de
ligando que se han cargado. La subcarpeta “Calculations” se activa cuando se corren los cálculos
de acoplamiento molecular.
3.5. En esta sección se establecerá la región o el sitio de unión. Para seleccionar el receptor se
abre la carpeta “grafeno” -> “Residues” -> “Misc” y finalmente se seleccionará el icono de “1 UNK”
(recuerda que estas carpetas se encuentran en el panel de navegación del lado izquierdo de la
pantalla). Una vez se haya seleccionado se dará click derecho y aparecerá una nueva ventana
donde se elegirá la opción “Make a group from this residues -> “Binding Site”, si se desea se
puede dar un nombre a este sitio (en la opción “Name”), por ejemplo “Prueba1”. Finalmente, se
presionará el botón “OK”, para que quede registrado el receptor.
3.6. Para el ligando, se seleccionará la carpeta de diclofenaco (que se encuentra en el panel de
navegación del lado izquierdo de la pantalla) y se desplegarán las carpetas que se mencionaron en
el paso 3.4. Posteriormente, se dará click en la subcarpeta “Residues” y a su vez en la carpeta
“Misc” donde se mostrará la opción “1 UNK”. Una vez seleccionado el archivo del ligando (1 UNK)
se dará click derecho y aparecerá una nueva ventana donde se elegirá la opción “ Make a Ligand
Group from this residue” tal como se muestra en la siguiente imagen. Con esta selección
quedará registrado la molécula del ligando.

3.7. Para llevar a cabo el análisis de acoplamiento molecular, se presionará el menú “Calculation”
(panel A) y se seleccionará la opción “Dock Ligand”, enseguida aparecerá la siguiente ventana que
se muestra en la imagen (panel B). En esta última ventana se debe verificar que en las casillas
“Ligand” y “Binding site” se encuentren correctamente los archivos que se registraron en el paso
2.5 y 2.6. También dentro de la ventana de “Dock Ligand” se encontrará la opción “Binding Site
Bounding Box” donde se podrán modificar las dimensiones de la caja en los tres diferentes ejes
según se requiera. Se recomienda un tamaño de malla de 0.40 como se encuentra de manera
predeterminada en la opción “Grid resolution”. Finalmente, en la opción “Docking engine” se
seleccionará la casilla “GADock”, el cual es un campo de fuerza apropiado para materiales a base
de carbono como: grafeno, fullerenos o nanotubos etc. Se sugiere dejar fijos el resto de los
parámetros tal como se muestran en esta ventana.
Sí se requiere aumentar la precisión del proceso de análisis del acoplamiento molecular, se dará
click en el botón “Advanced” y se seleccionará la casilla “High precision”, lo cual implicaría mayor
tiempo de cómputo, si no es necesario, se puede mantener la opción “Regular precision” como
parámetro predeterminado para correr los cálculos de acoplamiento molecular en menor tiempo.
También, en esta misma ventana se puede aumentar el número de salidas o confórmeros para
cada análisis.

3.8. Por último, para correr el análisis de acoplamiento molecular se dará click en el botón
“Start”.
3.9. Al finalizar el análisis; dentro de la carpeta de “grafeno” se encuentra la subcarpeta
“Calculation” donde se registrarán los resultados de acoplamiento. Al abrir está carpeta, en
seguida estará el icono con el nombre “Argus Dock” al seleccionarlo inmediatamente se
desplegarán los resultados de todas las poses o confórmeros encontrados, los cuales están
ordenados conforme a las energías de afinidad.
3.10. Para guardar los confórmeros de interés, se seleccionarán de forma individual. Una vez
seleccionado dicho confórmero, se dará click derecho y se elegirá la opción “Display” e
inmediatamente se visualizará en la pantalla su energía correspondiente.

3.11. Para guardar el confómero de interés se dará click en el menú “File” y se seleccionará la
opción “Save as” y finalmente se guardará el archivo en formato .pdb.