Gua para realizar Docking Protena-Ligando

Programas:
Autodock (ADT y ejecutables) Maestro (Schrdinger) Mopac OpenBabel

Preparacin del Ligando

Con el software Maestro se construye el ligando, aadiendo los ordenes de enlace y los hidrgenos correspondientes. Luego el ligando es exportado en formato .pdb (Protein Data Bank).

Preparacin del Ligando

En OpenBabel convertir el archivo .pdb a formato .mop (MOPAC Cartesian format).

Preparacin del Ligando

Abrir el archivo de salida ligando.mop y agregar las KEYWORDS correspondientes en la primera lnea del archivo:

PM6 XYZ BONDS CHARGE=0 Singlet EF Luego guardar el archivo bajo el mismo formato.

Preparacin del Ligando

Keywords:
PM6: Mtodo semiemprico que usa el Hamiltoniano PM6. XYZ : Hace todas las operaciones geomtricas en coordenadas cartesianas. BONDS: Imprime el orden de enlace entre todos los pares de tomos. CHARGE=n: La carga en el sistema es igual a n. Singlet: El spin de multiplicidad es Singlet (0 electrones desapareados). EF: Utiliza la rutina EF (Eigenvector following) para buscar mnimos conformacionales.

Preparacin del Ligando

Abrir el archivo ligando.mop con el programa MOPAC (Se ejecuta el clculo de Optimizacin de la Estructura).

Se arrojan dos archivos de salida: OUT y ARC .

En OpenBabel convertir el archivo de salida OUT en MOL2.

Preparacin de la Protena
La protena es preparada en Maestro donde se aaden los hidrgenos, se asignan ordenes de enlace, se revisan estados de protonacion de los residuos, etc. Esto se logra con la herramienta Protein Preparation Wizard: En Maestro ir a Workflows - Protein
Preparation Wizard. - En primer lugar realizar el Preprocess - Luego Optimizar los hidrgenos con Optimize y Minimize

Preparacin de la Protena
Se aaden las cargas parciales: - Tools - Assign Partial Charges Finalmente en Project Show Table, seleccionamos la protena modificada la cual es guardada (Export Structures) en formato MOL2.

Ahora tenemos los archivos listos para nuestro Docking (Protena e inhibidor con sus cargas parciales respectivas).

Asignar Parmetros al Ligando

A travs del entorno grfico ADT AutoDock Tools, cargar el archivo ligando.mol2:
Ligand -> Input -> Open Luego aparece una ventana de dilogo que detalla la informacin del ligando (hidrgenos no-polar, carbonos aromticos, enlaces rotables, etc.) Presionar Ok

Asignar Parmetros al Ligando

Asignar automticamente un centro de rotacin al ligando:
Ligand -> Torsion Tree -> Detect Root

Asignar Parmetros al Ligando

Seleccionar las torsiones del ligando durante el Docking:
Ligand -> Torsion Tree -> Choose Torsions Luego Aparece una ventana de dilogo con las especificaciones de los enlaces (Rotatable, Non-Rotatable, Unrotatable) Presionar Done

Asignar Parmetros al Ligando

Este paso es necesario slo si queremos definir qu enlaces dejamos fijos o rotables cuando el ligando es muy grande. De lo contrario se trabaja con los enlaces rotables que identifica ADT AutoDock Tools por defecto. Considerar como torsiones activas los enlaces correspondientes a las cadenas laterales del ligando:
Ligand -> Torsion Tree -> Set Number of Torsions Presionar Enter en la ventana de dilogo y cerrar

Guardar Ligando en formato PDBQT

Guardar los cambios realizados:
Ligand -> Output -> Save as PDBQT Luego se elimina la pantalla: Edit -> Delete -> Delete All Molecules Presionar Continue

Guardar Protena en formato PDBQT

Cargar el archivo protena.mol2:
File -> Read Molecule

Guardar Protena en formato PDBQT

Grid -> Macromolecule -> Choose Clickear sobre la protena.mol2 y presionar Select Molecule Presionar Yes para mantener las cargas de la protena. En la ventana de dilogo siguiente, presionar Ok para comenzar la transformacin de mol2 a PDBQT Guardar la protena en formato PDBQT Finalmente se eliminan todas las molculas que han sido cargadas: Edit -> Delete -> Delete All Molecules, y presionar Continue

Asignar Parmetros para la Grilla

Cargar la protena en formato PDBQT:
Grid -> Macromolecule -> Open Desea mantener las cargas de la protena? Presionar Yes En las siguientes ventanas de dilogo (Warning) seleccionar Salir (X) para No reasignar las cargas a la protena.

Asignar Parmetros para la Grilla

Cargar el ligando en formato PDBQT:
Grid -> Set Map Types -> Open Ligand

Crear la Grilla:
Grid -> Grid Box En Center Grid Box se asigna las coordenadas cartesianas dnde se centra la grilla. Criterios para ajustar el centro de la Grilla: Elegir un tomo N Centro de masa del ligando (tomo ROOT) Centro de la macromolcula (formado por algunos residuos importantes en el sitio activo)
VMD (TK consola): set centro [atomselect top resid a b c d] measure center $centro

Asignar Parmetros para la Grilla

Adems se debe seleccionar el tamao de dimensin de la caja. Para salir del cuadro de dilogo : File -> Close saving current Los parmetros de la grilla son almacenados en: Grid -> Output -> Save GPF (GRILLA.gpf)

Asignar Parmetros para el Docking

Cargar la protena en formato PDBQT:
Docking -> Macromolecule -> Set Rigid Filename

Cargar el ligando en formato PDBQT:

Docking -> Ligand -> Open En la ventana de dilogo presionar Accept a la descripcin de los parmetros del ligando

Asignar Parmetros para el Docking

Determinar el algoritmo de bsqueda:
Docking -> Search Parameters -> Genetic Algorithm Presionar Accept

En Docking -> Docking Parameters dejar todo por defecto y presionar Accept Los parmetros del Docking son almacenados en: Docking -> Output -> Lamarckian GA (DOCK.dpf)

Calcular la GRILLA
En la consola de linux escribir el comando:

autogrid4 -p GRILLA.gpf -l GRILLA.glg &

Se puede monitorear la ejecucin de autogrid4 en consola mediante los comandos top o tail -f GRILLA.glg

Calcular el DOCKING
En la consola de linux escribir el comando:

autodock4 -p DOCK.dpf -l DOCK.dlg &

Se puede monitorear la ejecucin de autodock4 en consola mediante los comandos top o tail -f DOCK.dlg Los valores de energa y conformaciones se almacenan en el archivo DOCK.dlg

Anlisis de Resultados
Abrir el archivo DOCK.dlg: de salida
Analyze -> Dockings -> Open Presionar Aceptar

Obtener ms detalles en:

Analyze -> Conformations -> Play Analyze -> Conformations -> Load

Para guardar cada conformacin en formato PDB por separado:

File -> Save -> Write PDB

Anlisis de Resultados
Para visualizar las conformaciones, se utiliza un software con un Display Grfico ms optimo como VMD, PyMOL u otro. - Primero, cargar la protena (.mol2) - Segundo, la estructura cristalogrfica del ligando (.mol2) - Luego las 10 conformaciones .pdb obtenidas del archivo de salida del Docking (.dlg)

Una forma de medir la calidad del Docking es el RMSD, cuyo valor debe ser menor que 2.0