DINMICA MOLECULAR
La Dinmica Molecular calcula la dinmica real, i.e. el comportamiento del sistema,
a partir del cual se pueden calcular los promedios en tiempo de las propiedades del
sistema. La Dinmica Molecular es un mtodo determinstico, con lo que queremos
decir que el estado del sistema en un tiempo dado en el futuro se puede predecir a
partir del estado actual. En cada paso, las fuerzas sobre los tomos se calculan y
combinan con las posiciones y velocidades actuales para generar nuevas posiciones y
velocidades a plazos inmediatos. La fuerza que acta sobre cada tomo se supone que
es constante durante todo el intervalo de tiempo. Los tomos luego se mueven a sus
nuevas posiciones, se actualizan el conjunto de fuerzas y un nuevo ciclo de DM
comienza.
Las leyes de la dinmica molecular provienen de las matemticas, fsica y qumica.
Emplea algoritmos de las ciencias de la computacin y teora de la informacin.
Permite entender a los materiales y las molculas no cmo entidades rgidas, sino
como cuerpos animados. Tambin se le ha llamado "estadstica mecnica numrica" o
"la visin de Laplace de la mecnica Newtoniana", en el sentido de predecir el futuro
al animar las fuerzas de la naturaleza.
Para utilizar esta tcnica de forma correcta, es importante entender las
aproximaciones utilizadas y evitar caer en el error conceptual de que estamos
simulando el comportamiento real y exacto de un sistema molecular. La integracin
de las ecuaciones de movimiento estn mal condicionadas, lo cual genera errores
numricos acumulativos, que pueden ser minimizados seleccionando
apropiadamente los algoritmos, pero no eliminados del todo. Por otro lado, las
interacciones entre las partculas se modelan con un campo de fuerza aproximado,
que puede o no ser adecuado dependiendo del problema que queremos resolver. De
cualquier forma, la dinmica molecular nos permite explorar su comportamiento
representativo en el espacio fsico
PRINCIPIOS FSICOS
Colectividad microcannica (NVE)
La forma ms simple de dinmica molecular ocurre en la colectividad microcannica.
En l, el sistema est aislado: su volumen no se altera (V) y no intercambia masa (N)
ni energa (E) con el entorno. Para un sistema de N partculas con coordenadas X y
velocidades V, se puede plantear el siguiente par de ecuaciones diferenciales de primer
orden:
() = () = ()
() = ()
La funcin de energa potencial U(X) son las atracciones y repulsiones que sienten los
tomos entre s debido a los enlaces qumicos, interacciones electrostticas, van der
Waals, etc. de las molculas. A U(X) tambin se le conoce como campo potencial de
fuerza y es una funcin de las coordenadas de las partculas X. Normalmente proviene
de clculos de qumica cuntica y/o experimentos espectroscpicos. Sin embargo, el
campo de fuerza generalmente tiene una forma funcional que lo hace pertenecer a la
mecnica clsica.
La trayectoria de las partculas es discreta en el tiempo. Normalmente se elige un paso
de tiempo suficientemente pequeo (p.ej. 1 femtosegundo) para evitar errores
numricos de discretizacin. Para cada paso de tiempo, se integra la posicin X y
velocidad V con un mtodo simplctico como la integracin de Verlet. Dadas las
posiciones iniciales (p.ej. la estructura de rayos X de una protena) y las velocidades
iniciales (p.ej. aleatorias y Gaussianas), es posible calcular todas las posiciones y
velocidades en el futuro.
La colectividad NVE es difcil de realizar experimentalmente. Por ello, generalmente
se utiliza la colectividad NVT o NPT en las simulaciones. Sin embargo, las
simulaciones NVE son importantes para verificar que un campo de fuerza combinado
con un algoritmo de integracin conserva la energa del sistema.
Ensamble cannico (NVT)
En el ensamble cannico, el volumen no se altera (V) y no se intercambia masa (N).
La temperatura (T) se mantiene alrededor de la media deseada. La temperatura
instantnea del sistema no es constante, sino slo su promedio. En la colectividad
NVT, la energa de los procesos endotrmicos y exotrmicos (transiciones
conformacionales entre estados con diferentes energas potenciales) es intercambiada
con un termostato.
Existe una gran variedad de termostatos para aadir o remover energa para mantener
la temperatura promedio constante. Incluyen la reescalacin de velocidades, dinmica
Langevin, termostato Nos-Hoover y el termostato Berendsen. No es fcil obtener una
distribucin de micro estados correspondientes a la colectividad cannica, ya que ello
depende del tamao del sistema, seleccin del termostato, parmetros del termostato,
paso de tiempo e integrador utilizados.
Karen Vanessa Peates lvarez
Qumica computacional 1
