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Asignatura: Bioquímica II
Docente: Dr. José Manuel Narváez Mastache
Durango, Dgo., 27 de junio de 2022
Introducción
Reacción metabólica
Cualquier reacción que tenga lugar entre las biomoléculas presentes en un
organismo
Metabolismo
Conjunto de procesos químicos que se producen en la célula catalizados por
enzimas y que tienen como objetivo la obtención de materiales y energía
para sustentar las diferentes funciones vitales.
Metabolismo
• Catabolismo
Conjunto de procesos por los que las moléculas complejas son
degradas a moléculas más simples. Son reacciones degenerativas y
generan energía.
Anabolismo y catabolismo
Las rutas metabólicas que consumen energía para llevar a cabo la síntesis de biomoléculas orgánicas
complejas a partir de moléculas más simples reciben el nombre de anabolismo o vías de biosíntesis.
Las rutas metabólicas que rompen y degradan biomoléculas orgánicas para la obtención de energía útil para
las actividades celulares, constituyen el catabolismo o vías de degradación.
Introducción
• Se define como energía libre y se representa con el símbolo DG, la energía que está
contenida en las sustancias que reaccionan.
• La variación de energía libre que se produce en una reacción se representa como DG y
puede ser negativa, ∆G < 0, en las reacciones exergónicas (desprenden energía libre) o
positiva, ∆G > 0, en las reacciones endergónicas (requieren un aporte de energía).
Analogía que muestra el concepto de reacción acoplada
Reacción NO acoplada
Reacción acoplada
Transferencia de energía
Hay dos formas básicas de transferencia de energía en los procesos metabólicos.
1. Mediante la transferencia de electrones, en las reacciones redox. A veces hay también
transferencia de átomos de hidrógeno, ya que esto supone también transferencia de
electrones.
En la reacción de combustión de la glucosa hasta dióxido de carbono y agua, con la participación del
oxígeno molecular, la cantidad de energía libre disponible para la célula es de 686 kcal/mol:
Parte de esta energía se utiliza en la síntesis de moléculas de adenosín trifosfato o ATP a partir de
ácido fosfórico y de otro compuesto químico similar, el ADP o adenosín difosfato, según la reacción
química:
La mayoría de las enzimas oxidorreductasas utilizan como coenzima el NAD + o dinucleótido de nicotinamida y de
adenina, presente en cantidades relativamente importantes en el citoplasma de las células.
Esta reacción solamente representa una parte del proceso redox; siempre hay un metabolito que cede los
electrones para que otro compuesto, la coenzima, en este caso el nucleótido, los capte.
Coenzimas
• Transportadoras de electrones
• NAD+/NADH
• NADP+/NADPH
• FAD+/FADH2
• Transportadora de energia
• ADP / ATP
• GDP / GTP
Ejemplo de NAD+NADH
Trifosfato de Adenosina (Adenosine triphosphate, ATP)
Resumen
1º Se forman nuevas sustancias -los productos- a partir de los reactivos o metabolitos.
2º Durante la reacción hay un intercambio de energía entre los reactivos y el medio que los rodea.
4º Las reacciones metabólicas están encadenadas y la mayoría están acopladas, de manera que la
energía liberada en una de las reacciones, que llamamos exergónica, es captada por otra reacción –
endergónica– que requiere energía.
5º Cada reacción metabólica tiene su catalizador o enzima. Las enzimas son sustancias que aceleran
las reacciones químicas disminuyendo la energía de activación de la reacción.
6º Desde una perspectiva energética en toda reacción química es necesaria la aportación de una
energía inicial o de activación para que se inicie la reacción, independientemente de que la reacción
sea espontánea y vaya acompañada de una liberación de energía (reacción exergónica) o se trate de
una reacción que se realiza con absorción de energía (reacción endergónica).
Mecanismo de reacción enzimática
Una reacción química implica la rotura de enlaces entre los átomos de los reactivos y
la formación de nuevos enlaces, lo que origina productos.
Estado de transición
Estado inicial
Variación global
de energía libre
en la reacción
Avance de la reacción
Gráfica de la energía de activación
• Las necesidades enzimáticas son muy bajas pues no se consumen en las reacciones.
• Las proteínas son grandes polímeros, que adoptan variadas estructuras en el espacio que
posibilitan sus funciones.
• Se forman a través de la traducción del ADN (síntesis de proteínas).
• Se clasifican según:
• Forma
• Solubilidad
• Composición química
• Función
¿Qué son las proteínas?
Son
elementos
Forman parte que definen la
de la identidad de
estructura cada ser vivo
básica de los y sistema
tejidos inmunitario
Desempeñan
funciones
metabólicas y
reguladoras
Todos las proteínas están formadas por L-aminoácidos. Los D-aminoácidos aparecen solo en algunos
antibióticos y en péptidos componentes de la pared de algunas bacterias. Por ejemplo, Bacillus
subtilis excreta D-metionina, D-tirosina, D-leucina y D-triptófano para desencadenar desmontaje
de biopelícula
Estereoquímica de los aminoácidos
Estructura primaria
de insulina
PÉPTIDOS
Dipéptido: 2 aa
Tripéptido: 3 aa
51
PEPTIDOS
• EJEMPLOS:
• ANTIBIÓTICOS
52
La oxitocina es un péptido de nueve
aminoácidos (un nonapéptido). Hormona
sexual. Estimula la secreción de la leche
durante la lactancia y la contracción del
músculo uterino durante el parto.
La vasopresina es una hormona
pequeña constituida por nueve
aminoácidos. Interviene en el aumento
de la presión sanguínea y la
reabsorción de agua por el riñón
Estructura Secundaria
• Ocurre cuando los aminoácidos de la secuencia interactúan
a través de enlaces de hidrógeno, puentes salinos,
hidrofóbicos y fuerzas de Van der Waals.
• Fuerzas de atracción causan que la molécula se pliegue
o enrolle.
Colágeno
repeticiones de la secuencia:
-[Gly-Ala-Gly-Ala-Gly-Ser-Gly-Ala-Ala-(Ser-Gly-
Ala-Gly-Ala-Gly)8]n-
• ¿Qué es catalizar?
• Acelerar la velocidad de reacción
• Disminuir la energía de activación necesaria
• Muchas enzimas son proteínas simples. En otros casos, la enzima es una proteína conjugada y la parte
no polipeptídica es esencial para su función.
• Se denomina holoenzima a una enzima conjugada en su totalidad, es decir, al complejo entre la parte
polipeptídica (apoenzima) y el cofactor.
• Los cofactores pueden ser iones metálicos o moléculas orgánicas, en cuyo caso se denominan
coenzimas.
Propiedades de las enzimas
• Especificidad de reacción
Para cada tipo de reacción química existe una enzima diferente
• Catalizadores
• No se consumen
• Necesidades bajas
• Cantidades mínimas pueden transformar grandes cantidades de sustrato
Gran efectividad
La mayoría de las reacciones catalizadas por enzimas son entre 103 y 1010 veces más
rápidas que si se produjeran sin catalizador.
Localización
Una parte sustancial de las enzimas de una célula se localizan en orgánulos específicos.
La compartimentación permite un ambiente favorable para cada tipo de reacción
metabólica y favorece el encadenamiento de las vías metabólicas.
Los enzimas son biocatalizadores de las reacciones
químicas.
¿QUÉ LES CARACTERIZA?
La unión E y S se
produce a través del
centro activo o Los enzimas inducen modificaciones a los
catalítico sustratos a los que se unen, ya sea por
ruptura, formación o redistribución de sus
enlaces o introducción o pérdida de algún
grupo funcional
Se conocen más de 2.000 enzimas diferentes,
capaces de realizar una reacción química específica.
Pero no hay ninguna célula que contenga todas las
enzimas conocidas, sino que diferentes de células
contienen diferentes tipos de enzimas.
Las etapas de reacción enzimática
2. Los restos de los aa que configuran el centro activo catalizan el proceso. Para ello debilitan
los enlaces necesarios para que la reacción química se lleva a cabo a baja temperatura y no
se necesite una elevada energía de activación.
3. Los productos de la reacción de separan del centro activo y la enzima se recupera intacta
para nuevas catálisis.
Centro activo
Las enzimas tienen una concavidad llamada centro activo o centro catalítico.
Está formado por unos determinados segmentos de la cadena de aminoácidos de la enzima (E) que determinan una superficie
tridimensional complementaria a la molécula del reactivo o sustrato (S).
El centro activo se une al sustrato mediante interacciones débiles: iónicas, hidrofóbicas o por puentes de hidrógeno, formándose
así el complejo enzima-sustrato (ES).
E + S ES E + P
Esta unión cambia el sustrato y el complejo enzima-sustrato (ES) se transforma en el complejo enzima-producto (EP). A
continuación se separan la enzima y el producto (P). El sustrato se une al centro activo de la enzima mediante
enlaces débiles: puentes de hidrógeno e interacciones
electrostáticas, hidrofóbicas y de van de Waals.
Sustrato
+
O HN O HO
–
Enzima
Mecanismo de reacción enzimática
Centro activo
Entre el centro activo y el sustrato debe existir una complementaridad estérica, es decir, que si el sustrato es voluminoso, el centro activo
suele ser una cavidad con suficiente capacidad.
En un principio se pensó que el sustrato encajaría en el centro activo como una llave encaja en la cerradura, pero en la actualidad se prefiere
admitir la hipótesis de Koshland, según la cual el centro activo, que posee de antemano una cierta complementariedad con el sustrato, se
adapta totalmente a él después de un primer contacto.
La hipótesis de Koshland, se conoce como ajuste inducido, y tiene en cuenta la flexibilidad conformacional de las proteínas.
• Complementariedad geométrica
• Complementariedad de cargas, uniones
iónicas
• Modelos:
Encaje inducido
Llave – cerradura.
Estado de transición
Modelo de Llave y Cerradura (Emil Fischer)
Substrato y enzima se acoplan de forma estereospecífica, de la misma manera que una llave se
ajusta a su cerradura.
Modelo aceptado durante mucho tiempo; hoy se considera insuficiente al no explicar algunos
fenómenos de la inhibición enzimática
Modelo de llave-cerradura. Cada enzima (cerradura) solo puede unirse (abrirse) con su sustrato (llave)
Modelo de Ajuste Inducido (Koshland)
Está mucho más de acuerdo con todos los datos experimentales conocidos
hasta el momento.
Estabilización del Estado de Transición
El centro activo
E + S complejo ES E + P
En el centro activo, además de existir unos aminoácidos de unión encargados de reconocer el sustrato para
la formación del complejo ES, existen otros (aminoácidos catalíticos) encargados de la auténtica fase
catalítica, es decir, de la conversión del S en P.
El centro activo tiene, por tanto, dos funciones: unir el sustrato (o sustratos) y transformarlo químicamente
para dar los productos. Ambas funciones están caracterizadas por una gran especificidad.
agua
glucosa
fructosa
Complejo enzima-sustrato Complejo enzima-producto
Sustrato Enzima Producto Enzima
(sacarosa) (sacarasa)
Mecanismo de reacción enzimática
Centro activo
En las holoenzimas, el cofactor interviene algunas veces en la unión del sustrato, pero
fundamentalmente lo hace en la fase catalítica.
Cinética enzimática
• Al aumentar la concentración de sustrato, también aumenta la velocidad de la reacción. Sucede
mientras quedan enzimas libres.
Las enzimas no se consumen durante las reacciones metabólicas. Este hecho permite que
dichas reacciones sean eficaces y sus velocidades altas aunque la concentración de la
enzima sea mucho menor que la del sustrato.
A diferencia de lo que ocurre con los catalizadores no biológicos las enzimas presentan
saturación por el sustrato: la velocidad de una reacción enzimática no crece linealmente
con la concentración de sustrato sino que tiende asintóticamente a un límite denominado
velocidad máxima.
La velocidad máxima se alcanza cuando prácticamente toda enzima está en forma ES.
Vmáx
ALTA
concentración de
sustrato
SATURACION
Relación entre Km y Vmax
Michaelis y Menten
Vmax
Km
Factores que influyen en la velocidad de reacción
. . .
Efecto de la concentración de substrato
v
. .
.
.
.
[s]
Factores que influyen en la velocidad de reacción
Efecto de la
temperatura
Cada enzima
Aumento de la Desnaturación tiene una
velocidad por calor temperatura
Velocidad de reacción
óptima
Efecto del pH
Temperatura óptima
Velocidad de reacción
Temperatura ºC
Solamente permanecen activas las enzimas precisas en cada momento, evitando de este modo la
fabricación innecesaria de productos, cuya acumulación, además, podría tener efectos negativos.
Activación enzimática
• La presencia de activadores permite que ciertas enzimas que se mantenían inactivas lleven a
cabo su acción, La unión del activador permite la unión del sustrato al centro activo de la
enzima.
• Pueden actuar como activadores diversas moléculas orgánicas y algunos cationes, como Mg 2+
o Ca 2+.
• La activación por el sustrato es muy preciso. La enzima permanece inactiva hasta que aparece el
sustrato; es decir, si no hay sustrato, no es necesaria la actividad de la enzima correspondiente,
pero si lo hay, se produce la activación para que ese sustrato lleve a cabo la reacción, es decir, el
sustrato activa su propia metabolización.
Inhibición enzimática
• Análogos metabólicos
Con inhibidor
Km Km
Sin con
inhibidor inhibidor
Inhibición no competitiva
Lineweaver-Burk
Alosterismo
de la actividad enzimática.
Alosterismo
Con frecuencia, los activadores de las enzimas alostéricas son moléculas del sustrato de la enzima y los inhibidores
moléculas del producto final de la ruta bioquímica. Por supuesto hay también otras moléculas moduladoras.
Hay enzimas alostéricas que sólo pueden ser activadas, otras que sólo admiten la inhibición y otras que son
susceptibles de ambos tipos de modulación.
S + E → ES → E + P A + E → AE → C + E’// B + E’→ D + E
Producto C Producto D
A + B + E → ABE → CDE → C + D + E
Nomenclatura
• Hay enzimas que conservan la denominación inicial, como las enzimas digestivas tripsina y pepsina.
• En numerosos casos de nombre de las enzimas consta del sufijo -asa precedido del nombre del reactivo
o sustrato de la reacción, como, por ejemplo, ureasa o sacarasa,
• En otros casos se nombran en función del tipo de reacción, como las hidrolasas que llevan a cabo
reacciones de hidrólisis.
• Actualmente se nombran con el nombre del sustrato (o sustratos) al que se le añade el de la acción
química realizada, como por ej. lactato deshidrogenasa.
Nomenclatura
Nombre sistemático:
Grupo transferido
Grupos químicos
Número Enzyme Commission:
Enzyme
Comission
EC 2.7.1.1 Enzimas
Grupo Subgrupo
EC 1.x Oxidorreductasas
EC 2.x Transferasas
EC 3.x Hidrolasas
EC 4.x Liasas
EC 5.x Isomerasas
EC 6.x Ligasas
Nomenclatura
Grupo 1: Oxidorreductasas
Catalizan reacciones de oxidorreducción, en que átomos de oxigeno ó hidrogeno son
trasladados entre moléculas:
AH2 + B A + BH2
En las reacciones redox, siempre tienen que estar presentes a la vez el aceptor y
el dador electrónico.
Nomenclatura
Grupo 2: Transferasas
Catalizan reacciones de transferencia de átomos ó grupo de átomos
entre moléculas:
A-X + B A + B-X
Grupo 3: Hidrolasas
Catalizan reacciones de hidrólisis y también su reverso. Son las más comunes en
el dominio de la tecnología enzimática:
Grupo 3: Hidrolasas
Clasificación de las hidrolasas:
3.1.-.- Esterasas (carboxilesterasas, fosfoesterasas, sulfoesterasas)
3.2.-.- Glicosidasas
3.3.-.- Éter hidrolasas
3.4.-.- Péptido hidrolasas
3.5.-.- Acil anhídrido hidrolasas etc.
Grupo 4: Liasas
Adicionan moléculas sencillas (H2O, CO2, etc) a compuestos que tienen dobles
enlaces
A=B + X-Y AX + BY
Nomenclatura
Grupo 5: Isomerasas
Catalizan reacciones de isomerización moleculares
A B
Ejemplo:
Glucosa isomerasa (EC 5.3.1.5)
Nomenclatura
Grupo 6: Ligasas
Enzimas
1. Al medir a una determinada Tª y pH la actividad de una reacción enzimática nos encontramos que durante la A, esta actividad
vale 250 micromoles/min mg proteína, mientras que durante la situación B vale el doble midiéndola a la misma Tª y pH. Explique las
posibles razones que han podido ocasionar este cambio y justifique la respuesta.
En esta reacción ha habido un cambio en la concentración de sustrato en la concentración de coenzimas debido a la acción de un
catalizador.
b. Si el pH de la sangre fuera 7.5, indique qué enzimas podrían presentar la actividad catalítica en el plasma sanguíneo.
Explique el comportamiento de cada enzima en función del pH
a. Explique qué representa esta gráfica. ¿Por qué la velocidad de la reacción aumenta al principio de la curva al aumentar
la concentración de sustrato?
- La concentración de sustrato altera la velocidad de reacción, porque la velocidad en ese momento es directamente
proporcional a la concentración.
b. ¿Por qué la velocidad permanece prácticamente constante a partir de una determinada concentración de sustrato?
Porque llegan al núcleo, ya que han sido sintetizadas por los ribosomas en el citoplasma y
Esta toxina mata a la célula porque impide el movimiento del ARNm en el ribosoma, este no se
sintetiza, y por eso la información genética no se copia, y la célula se muere ya que no tiene esa
información para hace sus funciones
Actividades
8. Enumere tres factores que influyan en la actividad enzimática. Explique detalladamente el efecto de
dos de ellos.
-Temperatura: las enzimas tiene un valor de temperatura óptimo en el cual la velocidad de reacción es
máxima. Si el valor es menor al óptimo, la enzima disminuye su actividad, si es superior (50 – 60° C),
aumentan los choques entre moléculas y la inestabilidad en los enlaces, produciéndose la desnaturalización
de la molécula e inactivación irreversible.
-pH: las enzimas tienen un valor de pH óptimo (generalmente neutro) en el cual la velocidad de reacción es
máxima. Si el valor se aleja del óptimo, la enzima verá modificada su carga eléctrica al aceptar (medio
básico) o donar protones (medio ácido), lo que producirá un cambio en la estructura de los aminoácidos y
por tanto, se inactivará la enzima.
Tª(ºC) | 10 | 15 | 20 | 25 | 30 | 35 | 40 | 45 | 50 | 55 | 60
Vel(mg producto/s)| 0.5 | 0.9 | 1.4 | 2.0 | 2.7 | 3.3| 3.7 | 3.6 | 2.3| 0.9| 0
-Inhibidor, compuestos o agentes que se combinan con una enzima de manera tal que evita la
combinación sustrato-enzima normal y la reacción catalítica.
Actividades
13. Explique razonadamente cómo afectan la Tª, el pH, y la concentración de sustrato a la actividad de
las enzimas. Describa dos tipos de inhibición enzimática
-Temperatura: las enzimas tiene un valor de temperatura óptimo en el cual la velocidad de reacción es
máxima. Si el valor es menor al óptimo, la enzima disminuye su actividad, si es superior (50 – 60° C),
aumentan los choques entre moléculas y la inestabilidad en los enlaces, produciéndose la
desnaturalización de la molécula e inactivación irreversible.
-pH: las enzimas tienen un valor de pH óptimo (generalmente neutro) en el cual la velocidad de reacción es
máxima. Si el valor se aleja del óptimo, la enzima verá modificada su carga eléctrica al aceptar (medio
básico) o donar protones (medio ácido), lo que producirá un cambio en la estructura de los aminoácidos y
por tanto, se inactivará la enzima.
15. La polifenoloxidasa es una enzima capaz de oxidar los polifenoles en presencia de oxígeno y así es responsable del
pardeamiento (oscurecimiento) que sufren los frutos, como la manzana a los pocos minutos de haberlos cortado. Este
pardeamiento se puede evitar reduciendo el acceso del enzima sustrato, en este caso el oxígeno, o añadiendo
compuestos ácidos, o calentando durante cinco minutos en agua hirviendo. Explique razonadamente por qué se
produce el pardeamiento en estos tres casos.
Si se reduce el acceso del sustrato la velocidad a la que actúa el enzima se ve reducida. La bajada de pH por la adición
de ácidos provoca la desnaturalización del enzima, al igual que ocurre cuando se somete a altas temperaturas.
GRACIAS