Seminario 1

Técnicas en biología celular y molecular

Estefanía Neira Ospina
Maestría en Ingeniería Biomédica

2020
 OBJETIVO

examinar los perfiles de CNA de 800 genes

relacionados con el cáncer en 51 pacientes
con cáncer de mama invasivos pN0 mediante
hibridación genómica comparativa basada en
arrays (aCGH)
 METODOLOGÍA

Muestras tumorales

Tejido de células de TIPOS

cáncer de mama HISTOPATOLOGÍCO
primario DEL CANCER

19 tejidos de pacientes 32 tejidos de pacientes Carcinoma Carcinoma

con recaída sin recaída invasivo ductal invasivo lobular
Carcinoma en las
células
47 escamosas 3
pacientes pacientes

1 paciente
 METODOLOGÍA

Aislamiento y marcaje del ADN genómico

PURIFICACIÓN DE ADN CORTE DE DNA MARCAJE

DNII Marcaje
Lisis Eliminación Aleatorio
de ARN
Detergente Endonucleasa Segmentos cortos
aniónico de ssDNA
Láminas de 10mm
6 nucleótidos
Tinción HE Gentra Puregne tissue kit
 METODOLOGÍA

Hibridación genómica comparativa basada en arrays (array CGH)

utilizando el array BAC
Matriz BAC (matriz de
cromosomas artificiales ADN DE REFERENCIA
bacterianos)

800 genes relacionados Muestras de sangre periférica

con el cancer normal de mujer
 METODOLOGÍA
Prueba de inmunohistoquímica e hibridación fluorescente in situ
(FISH)
Método en-vision Luminal B
Luminal A

ANTICUERPOS ER + EP + ER + EP + ER + EP +

HERS2 - HERS2 - HERS2 +

Receptor de
progesterona (PR)
Sobreexpresión Triple negativo
de HERS2

ER + EP + ER - EP -
Receptor de Receptor de factor de
estrógeno(ER) crecimiento epidermal
HERS2 - HERS2 -
(HERS2)
 METODOLOGÍA

Análisis Hierarchical cluster

Casos sin recaída Aumento del numero

Casos con de copias del gen
recaída No hay perdida del Disminución del
numero de copias numero de copias
RESULTADOS
 RESULTADOS

Anomalías genómicas recurrentes en (a) 19 casos de cáncer de mama invasivo con ganglios linfáticos negativos (pN0) recidivantes y (b) 32 casos no recidivantes
identificados mediante CGH de array. Las frecuencias de ganancias y pérdidas del número de copias del genoma se representan en función de la localización
del genoma, con el cromosoma 1p a la izquierda y los cromosomas 22, X e Y a la derecha. Las líneas verticales indican la frecuencia de ganancia o pérdida. Las
ganancias y pérdidas de número de copias de genes se indican en rojo y verde, respectivamente.
RESULTADOS

Análisis de cluster jerárquico no supervisado de los perfiles de

número de copias del genoma medidos para 51 cánceres de
mama pN0. En la dirección horizontal, se ordenan las muestras
tumorales; los casos no recidivantes se indican en azul claro, y los
recidivantes en rojo. En la dirección vertical, se examinaron los
genes a los que se asignó el número de copias del gen, se
ordenaron y se clasificaron en gran medida en dos grupos. Las
ganancias y pérdidas de número de copias de genes se indican en
rojo y verde, respectivamente. Un total de 51 muestras de
tumores se clasificaron en tres grupos principales: grupos 1, 2 y 3.
b Diferencias significativas en los patrones de alteración del
número de copias del genoma entre los grupos 1, 2 y 3.
RESULTADOS
RESULTADOS
RESULTADOS
 RESULTADOS

Curvas de supervivencia de Kaplan-Meier para los tres grupos. (a y b) Curvas de supervivencia global (OS) (a) y supervivencia sin recaída (RFS) (b) para los 51 cánceres de mama pN0. El
grupo 1 muestra una OS significativamente peor que el grupo 2 (p = 0,014). c y d Curvas de OS (c) y RFS (d) para 19 cánceres de mama pN0 recidivados. El grupo 1 muestra tasas de OS
y RFS significativamente menores que el grupo 2 (p = 0,0083 y 0,0018, respectivamente)
 RESULTADOS

Curvas de Kaplan-Meier de supervivencia global (SG) (a) y supervivencia sin recaída (RFS) (b) para 51 pacientes con cáncer de mama pN0 estratificadas por el
estado de 5q15. Curvas de Kaplan-Meier de la SG (c) y de la SLR (d) para 19 pacientes con cáncer de mama pN0 en recaída, estratificadas según el estado de
5q15
 RESULTADOS

Kaplan-Meier overall survival (OS) (a) and relapse-free survival (RFS) (b) curves for 19 relapsed pN0 breast cancers stratified based on 12p13.31 status. The
OS and RFS curves differed significantly between the groups with and those without gain of 12p13.31. Kaplan-Meier OS (c) and RFS (d) curves for 19 relapsed
pN0 breast cancers stratified by 16p13.3 status.
 CONCLUSIÓN

Se identificaron varios CNA específicos como marcadores de

pronóstico, es decir, la pérdida de 5q15 (NR2F1), la ganancia de
12p13.31 (TNFRSF1A) y la ausencia de ganancia de 16q13.3, en
todos los casos pN0 y en el grupo de alto riesgo de los casos pN0
que mostraron recaída. Estos CNA específicos podrían ser
candidatos potenciales a biomarcadores de pronóstico en el
cáncer de mama invasivo pN0 para controlar las metástasis
ocultas que no pueden detectarse mediante el examen
histológico actual de los ganglios linfáticos