Ingeniería Bioquímica. Tema 3.

Problema 1

A partir de los datos de la tabla, correspondientes a la velocidad inicial de reacción de una

reacción catalizada enzimáticamente, para diferentes concentraciones iniciales de sustrato,
determínense los parámetros cinéticos utilizando las diferentes técnicas de linealización y
ajuste directo por mínimos cuadrados no lineales. Discutir los resultados obtenidos.
[S]0 (mol/L) r0 (mol·L-1·min-1) 0,0
4.10E-03 1.77E-08
9.50E-04 1.73E-08 Vrmáx
máx
0,0
5.20E-04 1.25E-08
1.03E-04 1.06E-08
4.90E-05 8.00E-09 0,0
rV00 (mol·L-1·min-1)
1.06E-05 6.70E-09
5.10E-06 4.30E-09 0,0
V máx/2
0,0 Rmáx/2

0,0

0,0
KM -1 )
0,00 0,01 0,01 0,02
[S] (mol·L0,02 0,03 0,03 0,04
Ingeniería Bioquímica. Tema 3. Problema 1

A partir de los datos de la tabla, correspondientes a la velocidad inicial de reacción de una

reacción catalizada enzimáticamente, para diferentes concentraciones iniciales de sustrato,
determínense los parámetros cinéticos utilizando las diferentes técnicas de linealización y
ajuste directo por mínimos cuadrados no lineales. Discutir los resultados obtenidos.
[S]0 (mol/L) r0 (mol·L-1·min-1)
4.10E-03 1.77E-08 rm
9.50E-04 1.73E-08
5.20E-04 1.25E-08
1.03E-04 1.06E-08
4.90E-05 8.00E-09
rm/2
1.06E-05 6.70E-09
5.10E-06 4.30E-09
2.0E-08

1.5E-08
¡rm debería valer del orden de 1.8·10-8 mol/L/min!
r0

1.0E-08 ¡KM debería valer del orden de 5·10-5-10-4!

5.0E-09

0.0E+00
0.0E+00 2.0E-03 4.0E-03 6.0E-03
[S]0
Ingeniería Bioquímica. Tema 3. Problema 1

A partir de los datos de la tabla, correspondientes a la velocidad inicial de reacción de una

reacción catalizada enzimáticamente, para diferentes concentraciones iniciales de sustrato,
determínense los parámetros cinéticos utilizando las diferentes técnicas de linealización y
ajuste directo por mínimos cuadrados no lineales. Discutir los resultados obtenidos.
[S]0 (mol/L) r0 (mol·L-1·min-1)
4.10E-03 1.77E-08
9.50E-04 1.73E-08
5.20E-04 1.25E-08
1.03E-04 1.06E-08
4.90E-05 8.00E-09
1.06E-05 6.70E-09
5.10E-06 4.30E-09

  Lineweaver-Burk:
 

 
 Eadie-Hofstee:
 
Ingeniería Bioquímica. Tema 3. Problema 1
  Lineweaver-Burk: Lineweaver-Burk Eadie-Hofstee
  1/[S] 1/r r/[S] r
2,44E+02 5,65E+07 4,32E-06 1,77E-08
  1,05E+03 5,78E+07 1,82E-05 1,73E-08
 Eadie-Hofstee: 1,92E+03 8,00E+07 2,40E-05 1,25E-08
  9,71E+03 9,43E+07 1,03E-04 1,06E-08
2,04E+04 1,25E+08 1,63E-04 8,00E-09
9,43E+04 1,49E+08 6,32E-04 6,70E-09
1,96E+05 2,33E+08 8,43E-04 4,30E-09

3,0E+08 2.0E-08

1.5E-08
2,0E+08 f(x) = − 0 x + 0
R² = 0.69
1/r

1.0E-08

r
1,0E+08 y = 808,35x + 8E+07
R² = 0,9174 5.0E-09

0,0E+00 0.0E+00
0,0E+00 1,0E+05 2,0E+05 3,0E+05 0.0E+00 5.0E-04 1.0E-03
1/[S] r/[S]

 ¡Se puede (y se debe) aumentar el número de cifras decimales!

 Mucho mejor: obtener los valores de las funciones de Excel
Ingeniería Bioquímica. Tema 3. Problema 1
  Lineweaver-Burk: Lineweaver-Burk Eadie-Hofstee
  1/[S] 1/r r/[S] r
2,44E+02 5,65E+07 4,32E-06 1,77E-08
  1,05E+03 5,78E+07 1,82E-05 1,73E-08
 Eadie-Hofstee: 1,92E+03 8,00E+07 2,40E-05 1,25E-08
  9,71E+03 9,43E+07 1,03E-04 1,06E-08
2,04E+04 1,25E+08 1,63E-04 8,00E-09
9,43E+04 1,49E+08 6,32E-04 6,70E-09
1,96E+05 2,33E+08 8,43E-04 4,30E-09

3,0E+08 2.0E-08

1.5E-08
2,0E+08 f(x) = − 0 x + 0
R² = 0.69
1/r

1.0E-08

r
1,0E+08 y = 808,35x + 8E+07
R² = 0,9174 5.0E-09

0,0E+00
PENDIENTE 0.0E+00
0,0E+00 1,0E+05 2,0E+05 3,0E+05 0.0E+00 5.0E-04 1.0E-03
INTERSECCION.EJE 1/[S] r/[S]
COEFICIENTE.R2
Pendiente = KM/rm = 808,3502529 Pendiente = -KM = -1,26375E-05
ordenada = 1/rm = 76249293,07 ordenada = rm = 1,42422E-08
r2 = 0,917367072 ¡OJO! r2 = 0,693353036
Ingeniería Bioquímica. Tema 3. Problema 1

Lineweaver-Burk Eadie-Hofstee
Pendiente = KM/rm = 808,3502529 Pendiente = -KM = -1,26375E-05
ordenada = 1/rm = 76249293,07 ordenada = rm = 1,42422E-08
r2 = 0,917367072 r2 = 0,693353036

Solución:
rm = 1,31149E-08 mol·L-1·min-1 rm = 1,42422E-08 mol·L-1·min-1
KM = 1,06E-05 mol·L-1 KM = 1,26E-05 mol·L-1

A la vista de los datos ¡rm debería valer del orden de 1.8·10-8 mol/L/min!
experimentales predecíamos: ¡KM debería valer del orden de 5·10-5-10-4!

Cuando se presenten resultados: ¡ojo con el nº de decimales!

IMPORTANTE: después de obtener los parámetros de un modelo por ajuste de datos

experimentales siempre se debe comprobar la bondad de los parámetros por comparación
entre los valores experimentales y los calculados.
Ingeniería Bioquímica. Tema 3. Problema 1

Lineweaver-Burk Eadie-Hofstee
rm = 1,31149E-08 mol·L-1·min-1 rm = 1,42422E-08 mol·L-1·min-1
KM = 1,06E-05 mol·L-1 KM = 1,26E-05 mol·L-1

Calculados

Experimentales 2.0E-08

[S] r (exp) r (L-B) r (E-H)

4,10E-03 1,77E-08 1,31E-08 1,42E-08
9,50E-04 1,73E-08 1,30E-08 1,41E-08 1.0E-08
r (exp)

r
5,20E-04 1,25E-08 1,29E-08 1,39E-08
1,03E-04 1,06E-08 1,19E-08 1,27E-08 r (L-B)
4,90E-05 8,00E-09 1,08E-08 1,13E-08 r (E-H)
1,06E-05 6,70E-09 6,56E-09 6,50E-09
0.0E+00
5,10E-06 4,30E-09 4,26E-09 4,10E-09 0.0E+00 2.0E-03 4.0E-03
[s]

Bastante mal ¿no?

Ingeniería Bioquímica. Tema 3. Problema 1

A partir de los datos de la tabla, correspondientes a la velocidad inicial de reacción de una

reacción catalizada enzimáticamente, para diferentes concentraciones iniciales de sustrato,
determínense los parámetros cinéticos utilizando las diferentes técnicas de linealización y
ajuste directo por mínimos cuadrados no lineales. Discutir los resultados obtenidos.
[S]0 (mol/L) r0 (mol·L-1·min-1)
4.10E-03 1.77E-08
9.50E-04 1.73E-08
5.20E-04 1.25E-08
1.03E-04 1.06E-08
4.90E-05 8.00E-09
1.06E-05 6.70E-09
5.10E-06 4.30E-09

Ajuste de mínimos cuadrados no lineales 1. Suponer valores de partida para los

parámetros a ajustar (rm y KM)
2. Utilizar esos parámetros para obtener
los valores calculados de la variable (r
calculada)
3. Variar los parámetros para minimizar
una función objetivo que compare los
valores calculados y los experimentales
(F.O. = S(rexp-rcalc)2)
Ingeniería Bioquímica. Tema 3. Problema 1

[S]0 (mol/L) r0 (mol·L-1·min-1) 1. Suponer valores de partida para los

4.10E-03 1.77E-08
9.50E-04 1.73E-08 parámetros a ajustar (rm y KM)
5.20E-04 1.25E-08
1.03E-04 1.06E-08 rm = 1,80E-08 mol·L-1·min-1 1,8 1,00E-08
4.90E-05 8.00E-09
1.06E-05 6.70E-09 KM = 5,00E-05 mol·L-1 5 1,00E-05
5.10E-06 4.30E-09

Plantear los parámetros como el producto de números

del mismo orden de magnitud por una potencia de 10 y
optimizar sólo dichos números (1,8 y 5 en este caso)
2. Utilizar esos parámetros para obtener los valores calculados de la variable (r calculada)

[S] r calculada
4,10E-03 1,78E-08
9,50E-04 1,71E-08
5,20E-04 1,64E-08
1,03E-04 1,21E-08
4,90E-05 8,91E-09
1,06E-05 3,15E-09
5,10E-06 1,67E-09
Ingeniería Bioquímica. Tema 3. Problema 1

[S]0 (mol/L) r0 (mol·L-1·min-1)

4.10E-03 1.77E-08
9.50E-04 1.73E-08
5.20E-04 1.25E-08
1.03E-04 1.06E-08 rm = 1,80E-08 mol·L-1·min-1 1,8 1,00E-08
4.90E-05 8.00E-09 KM = 5,00E-05 mol·L-1 5 1,00E-05
1.06E-05 6.70E-09
5.10E-06 4.30E-09

3. Variar los parámetros para minimizar una función objetivo que compare los valores
calculados y los experimentales (F.O. = S(rexp-rcalc)2)

[S] r calculada r experimental (rcalculada- rexperimental)2

4,10E-03 1,78E-08 1,77E-08 4,70E-03
9,50E-04 1,71E-08 1,73E-08 1,16E-02
5,20E-04 1,64E-08 1,25E-08 3,14E-01
1,03E-04 1,21E-08 1,06E-08 1,43E-01
4,90E-05 8,91E-09 8,00E-09 1,14E-01
1,06E-05 3,15E-09 6,70E-09 5,30E-01
5,10E-06 1,67E-09 4,30E-09 6,13E-01

Realmente: F.O. = 1,73E+00

ABS (rcalc-rexp)/rexp ¿Qué pasa si no divido por rexp?
Ingeniería Bioquímica. Tema 3. Problema 1

rm = 1,80E-08 mol·L-1·min-1 1,8 1,00E-08

KM = 5,00E-05 mol·L-1 5 1,00E-05

[S] r calculada r experimental (rcalculada- rexperimental)2

4,10E-03 1,78E-08 1,77E-08 4,70E-03
9,50E-04 1,71E-08 1,73E-08 1,16E-02
5,20E-04 1,64E-08 1,25E-08 3,14E-01
1,03E-04 1,21E-08 1,06E-08 1,43E-01
4,90E-05 8,91E-09 8,00E-09 1,14E-01
1,06E-05 3,15E-09 6,70E-09 5,30E-01
5,10E-06 1,67E-09 4,30E-09 6,13E-01

F.O. = 1,73E+00
Conviene representar gráficamente los valores calculados y los experimentales para
obtener una idea de lo encaminados que vamos con estos valores supuestos
2.0E-08

1.0E-08
r

r calculada
r experimental
Comprueba qué pasa 0.0E+00
si cambias los valores 0.0E+00 2.0E-03 4.0E-03
iniciales supuestos [S]
Ingeniería Bioquímica. Tema 3. Problema 1

Hacer «Solver» (o «buscar objetivo» si solo hay que optimizar un parámetro) para hacer
cero (o para minimizar) la función objetivo cambiando los dos parámetros supuestos:

rm = 1,61E-08 mol·L-1·min-1 1,61401585 1,00E-08

KMKM= 5,01E-05
= 4,99E-05
mol·L
mol·L
-1 -1
5,00812664
4,985847061,00E-05
1,00E-05
[S] r calculada r experimental (rcalculada- rexperimental)2
4,10E-03 1,59E-08 1,77E-08 9,91E-02
9,50E-04 1,53E-08 1,73E-08 1,14E-01
5,20E-04 1,47E-08 1,25E-08 1,78E-01
1,03E-04 1,09E-08 1,06E-08 2,60E-02
4,90E-05 8,00E-09 8,00E-09 5,08E-12
1,06E-05 2,83E-09 6,70E-09 5,78E-01
5,10E-06 1,50E-09 4,30E-09 6,52E-01

F.O. = 1,65
Ingeniería Bioquímica. Tema 3. Problema 1

Hacer «Solver» (o «buscar objetivo» si solo hay que optimizar un parámetro) para hacer
cero (o para minimizar) la función objetivo cambiando los dos parámetros supuestos:

rm = 1,61E-08 mol·L-1·min-1 1,61401585 1,00E-08

KMKM= 5,01E-05
= 4,99E-05
mol·L
mol·L
-1 -1
5,00812664
4,985847061,00E-05
1,00E-05
[S] r calculada r experimental (rcalculada- rexperimental)2
4,10E-03 1,59E-08 1,77E-08 9,91E-02
9,50E-04 1,53E-08 1,73E-08 1,14E-01
5,20E-04 1,47E-08 1,25E-08 1,78E-01
1,03E-04 1,09E-08 1,06E-08 2,60E-02
4,90E-05 8,00E-09 8,00E-09 5,08E-12
1,06E-05 2,83E-09 6,70E-09 5,78E-01
2.0E-08
5,10E-06 1,50E-09 4,30E-09 6,52E-01

F.O. = 1,65
1.0E-08
r

r calculada
r experimental

0.0E+00 ¡Si los datos experimentales de

0.0E+00 2.0E-03 4.0E-03 partida son malos será difícil
[S] conseguir un buen ajuste!
Ingeniería Bioquímica. Tema 3. Problema 1

Compara y comenta los resultados obtenidos por los tres métodos:

L-B E-H Ajuste

rm = 1,31149E-08 mol·L-1·min-1 rm = 1,42422E-08 mol·L-1·min-1 rm = 1,61E-08 mol·L-1·min-1
KM = 1,06E-05 mol·L-1 KM = 1,26E-05 mol·L-1 KM = 4,99E-05 mol·L-1

2.0E-08 Calcula la
F.O. en cada
caso

r (exp)
1.0E-08
r

r (L-B)
r (E-H)
r (ajuste)

0.0E+00
0.0E+00 2.0E-03 4.0E-03
[S]