José Gerardo Gaona Lozano

Microbiología Molecular
del Medio Ambiente
Facultad de Ciencias Químicas
Universidad Autónoma de Coahuila
Microbiología
100 µm
20 µm
0.5 µm
Medio Ambiente
Exxon - Valdez
Prestige
Procesos físicos, químicos y biológicos que actuan
sobre el destino ambiental de una marea negra
 Pseudomonas sp

ME. Transmisión ME. Barrido Tinción Gram (-)

Pseudomonas sp
Toluene 2-hydroxy Toluene 3-methyl cathecol

Toluene 2-monooxygenase

cis,cis-2-Hydroxy-6-oxohepta-2,4-dienoate

Catechol | 2,3-dioxygenase

cis-2-Hydroxypenta-2,4-dienoate

cis,cis-2-hydroxy- 6-oxohepta-
2,4-dienoate |hydrolase

4-Hydroxy-2-oxo-
valerate
4-hydroxy-2-oxo-
valerate aldolase

Acetaldehyde + Pyruvate
Código Genético
Dogma central
 Genes estructurales y reguladores.

gacS
a lg U m ucA m ucB m ucC m ucD

G a cS

+ / - A n ti- E

G acA
a lg R
?
a lg C

a lg D a lg 8 a lg 4 4 a lg K a lg J a lg G a lg X a lg L a lg I a lg V a lg F a lg A


E

S
Secuencia del Genoma Microbiano
 T a rg e t g e n e M o le c u la r a p p r o a c h
N ahAc R T - P C R w ith d e g e n e r a te
p r im e r s
phnA c, nahA c, and P C R w it h s e v e r a l p r im e r s
g lu ta th io n e - S - t r a n s f e r a s e
P h e n o l h y d r o x y la s e P C R - D G G E w ith
(L m P H ) d e g e n e r a te p r im e r s
R HD P C R w ith d e g e n e r a te
p r im e r s
P A H d io x y g e n a s e P C R w it h s e v e r a l p r im e r s
nahAc P C R w ith d e g e n e r a te
p r im e r s
nahAc P C R w ith d e g e n e r a te
p r im e r s
nah P C R w ith d e g e n e r a te
p r im e r s
tfd C P C R w ith d e g e n e r a te
p r im e r s
P A H d io x y g e n a s e P C R w ith d e g e n e r a te
a n d c a te c h o l d io x y g e n a s e p r im e r s
phnAc, nahAc and P C R w ith s e v e r a l
P A H d io x y g e n a s e d e g e n e r a te p r im e r s
R HD P C R - D G G E w ith
d e g e n e r a te p r im e r s
S o u rc e R e fe r e n c e
G ro u n d w a te r W ils o n e t a l. 1 9 9 9
( c u ltu r e - in d e p e n d e n t )
S o il s a m p le s L ly o d - J o n e s e t a l. 1 9 9 9
( c u ltu r e - in d e p e n d e n t )
A c tiv a te d s lu d g e W a ta n a b e e t a l. 1 9 9 8
( c u ltu r e - in d e p e n d e n t )
P r e s tin e - a n d a r o m a tic Y e a te s e t a l. 2 0 0 0
h y d r o c a r b o n - c o n ta m in a te d
s o ils ( c u ltu r e - in d e p e n d e n t )
P A H s o il b a c te r ia L ly o d - J o n e s e t a l.1 9 9 9
( c u ltu r e - d e p e n d e n t)
M a r in e s e d im e n t b a c te r ia A llis o n e t a l. 1 9 9 8
( c u ltu r e - d e p e n d e n t)
M a r in e s e d im e n t b a c te r ia H e d lu n d e t a l. 1 9 9 9
( c u ltu r e - d e p e n d e n t)
S o il b a c te r ia H a m a n n e t a l. 1 9 9 9
( c u ltu r e - d e p e n d e n t)
S o il b a c te r ia C a v a lc a e t a l. 1 9 9 9
( c u ltu r e - d e p e n d e n t)
W a s te w a te r a n d M e y e r e t a l. 1 9 9 9
s o il b a c te r ia
( c u ltu r e - d e p e n d e n t)
R iv e r w a te r, s e d im e n t, W id a d a e t a l. 2 0 0 2 a
a n d s o il b a c te r ia
( c u ltu r e - d e p e n d e n t)
R hodococus sp. K ita g a w a e t a l. 2 0 0 1
S tr a in R H A 1
( c u ltu r e - d e p e n d e n t)
 Id e n tific a tio n m e th o d D e t e c t io n a n d q u a n t if ic a t io n m e t h o d C e ll ty p e m o n ito r e d

F lu o r e s c e n t ta g s o n M ic r o s c o p y P r im a r y a c tiv e c e lls
rR N A p ro b e s F lo w c y to m e tr y

lu x o r lu c g e n e L u m in o m e tr y / s c in t illa tio n c o u n tin g A c tiv e c e lls

C e ll e x t r a c t lu m in e s c e n c e T o ta l c e lls w ith tr a n s la te d
lu c ife r a s e p r o t e in

L u m in e s c e n t c o lo n ie s C u ltu r a b le lu m in e s c e n t c e lls

g fp g e n e F lo u r e s c e n t c o lo n ie s C u ltu r a b le f lu o r e s c e n t c e lls
M ic r o s c o p y

F lo w c y to m e tr y T o ta l c e lls , in c lu d in g s ta r v e d

S p e c ific D N A s e q u e n c e c P C R M P N -P C R , R L D -P C R T o t a l D N A ( liv in g a n d d e a d c e ll
a n d fre e D N A )

S lo t / d o t b lo t h y b r id iz a t io n C u ltu r a b le c e lls
C o lo n y h y b r id iz a tio n

S p e c ific m R N A tr a n s c r ip t C o m p e tit iv e R T - P C R C a ta b o lic a c t iv ity o f c e llls

S lo t / d o t b lo t h y b r id iz a t io n

O th e r m a rk e r g e n e s P la t e c o u n ts c o lo n y h y b r id iz a tio n C u ltu r a b le m a r k e d c e lls a n d

( e .g . , la c Z Y , g u s A , x y lE , in d ig e n o u s c e lls w ith m a r k e r
a n d a n tib io tic r e s is ta n c e p h e n o ty p e
genes)
Q u a n tita tiv e P C R T o t a l D N A ( liv in g a n d d e a d
S lo t / d o t b lo t h y b r id iz a t io n c e lls a n d fr e e D N A
Biología Molecular del Gen

Bioinformática
 Amplificación del gen nahAc

P. putida
Primer F (5´-ATGCTGACCGGCAGCCACAATCCG- 3´)
Primer R (5´-CAGGGGAGTGGTGTTGGAGGCGCG- 3´)
regiones conservadas de proteínas nahAc

PCR DNA

975 pb
(nahAc)
REACCIÓN EN CADENA DE LA POLIMERASA (PCR)

Desnaturalización Hibridación (primers) Extensión (síntesis DNA)

 Amplificación de ADN
Reacción de la polimerasa en cadena (PCR)
Termociclador para PCR
Secuenciador de ADN
 BLAST
Basic Local Alignment Search Tool
Alineamiento de Secuencias