P53 RNAm NM_000546 .

5
Posición 725-748

3’

5’

RNAm 5’-CGCUGCCCCCACCAUGAGCGCUGC-3’
Oligo 5’-GCAGCGCTCATGGTGGGGGCAGCG-3’
(-) 5’-GCAGCGCTCATGGTGGGGTAGGCG-3’

24 nucleótidos
BRCA1 NM_007294.3 1

3’

2 5’

5’ RNAm 5’-GAAAUCCAGAACAAAGCACAUCAGAAAAA-3’
Oigo 5’-TTTTTCTGATGTGCTTTGTTCTGGATTTC-3’
(-) 5’-TTTTTCTGATGTGCTTTGTTACAGATTTC-3’

29 nucleótidos
3’

RNAm 5’-AAAUGCCAAAGUAGCUGAUGUAU-3’
Oligo5’-ATACATCAGCTACTTTGGCATTT-3’
(-) 5’-ATACATCAGCTACTTCAACATTT-3'
23 nucleótidos
1er oligo para BRCA1
2do oligo para BRCA1
PTEN RNAm 1 RNAm 5-‘CUACAUCAGUCAACAACUUACACUUAUUUUA-3’
Oligo 5’-TAAAATAAGTGTAAGTTGTTGACTGATGTAG-3’
NM_000314 .6 (-) 5’-TAAAATAAGTGTAAGTTGTTTCATGATGTAG-3’

5’

1
5’

3’

3’

RNAm 5’-CAAUAUCCUUUUGAAGACCAUAAC-3’
Oligo5’-GTTATGGTCTTCAAAAGGATATTG-3’
(-) 5’-GTTATGGTCTTCAAAATTCTATTG-3’
1er oligo para PTEN
2do oligo para PTEN
RB1 RNAm NM_000321.2

1 5’
5’

3’
3’

RNAm 5’-UUAAUCUUCCUCUCCAGAAUAAUCACA-3’
Oligo 5’-TGTGATTATTCTGGAGAGGAAGATTAA-3’
(-) 5’-TGTGATTATTCTGGAGAGACGGATTAA-3’
27 nucleótidos
RNAm 5’-AUAUUUUUUUAAUUUAACAUGAACACCCUUA-3’
Oligo 5’-TAAGGGTGTTCATGTTAAATTAAAAAAATAT-3’
(-) 5’-TAAGGGTGTTCATGTTAAATTCGGAAAATAT-3’
31 nucleótidos
1er oligo para RB1
2do oligo para RB1
Gen Posicion Cadena RNAm oligo DNA control (-) bases
p53 725-749 Doble 5’- CGCUGCCCCCACCAUGAGCGCUGC -3’ 5'-GCAGCGCTCATGGTGGGGGCAGCG-3' 5'-GCAGCGCTCATGGTGGGGTAGGCG-3' 24
BRCA1(1) 4560-4589 sencilla 5’-GAAAUCCAGAACAAAGCACAUCAGAAAAA-3’ 5'-TTTTTCTGATGTGCTTTGTTCTGGATTTC-3' 5'-TTTTTCTGATGTGCTTTGTTACAGATTTC-3' 29
BRCA1(2) 4684-4703 sencilla 5'-AAAUGCCAAAGUAGCUGAUGUAU-3' 5'-ATACATCAGCTACTTTGGCATTT-3' 5'-ATACATCAGCTACTTCAACATTT-3' 23
PTEN(1) 1327-1358 sencilla 5-‘CUACAUCAGUCAACAACUUACACUUAUUUUA-3’ 5’-TAAAATAAGTGTAAGTTGTTGACTGATGTAG-3’ 5’-TAAAATAAGTGTAAGTTGTTTCATGATGTAG-3’ 31
Pten(2) 1290-1324 sencilla 5’-CAAUAUCCUUUUGAAGACCAUAAC-3’ 5’-GTTATGGTCTTCAAAAGGATATTG-3’ 5’-GTTATGGTCTTCAAAATTCTATTG-3’ 24
RB1 (1) 1940-1967 sencilla 5’-UUAAUCUUCCUCUCCAGAAUAAUCACA-3’ 5’-TGTGATTATTCTGGAGAGGAAGATTAA-3’ 5’-TGTGATTATTCTGGAGAGACGGATTAA-3’ 27
RB1 (2) 3353-3584 sencilla 5’-AUAUUUUUUUAAUUUAACAUGAACACCCUUA-3’ 5’-TAAGGGTGTTCATGTTAAATTAAAAAAATAT-3’ 5’-TAAGGGTGTTCATGTTAAATTCGGAAAATAT-3’ 31

Conclusiones

• Las predicciones de M-fold no siempre pueden corresponder a la verdadero pliegue

biológico del RNA
• Se ha demostrado que los oligonucleótidos de captura diseñados contra secuencias de
doble cadena predichos también puede capturar con éxito AAT o IL-8 mRNAs.
• Sin embargo, la eficacia de la IL-8 oligonucleótido de captura no se puede comparar con
uno que se dirige a un bucle previsto.
• cualquier oligonucleótido de captura basado en una secuencia ≥20-mer dentro del
ARNm diana debe ser eficaz, siempre que es exclusivo de ese ARNm.