MINIMIZACION DE ENERGIA

Superficie de energa potencial: describe como vara la energa con respecto a las
coordenadas
Ej: variacin energtica al rotar diedros en n-pentano

En Modelado Molecular hay especial inters en los puntos mnimos de la

superficie de energa potencial
 En general existe ms de un mnimo de energa para una molcula:

-Mnimo local
-Mnimo global

Algoritmo de minimizacin- identifica geometras de mnimos

Otros aspectos:
-variacin en posiciones atmicas durante una reaccin
-adopcin de diferentes mnimos
-diferencias de energas relativas
-otros puntos estacionarios: TS

Concepto de mnimo de una funcin

Dada una funcin f que depende de un conjunto de variables independientes: x 1,
x2, ..xi,.., xn
Minimizar la funcin equivale a encontrar el conjunto de valores de las
variables independientes (x*) tal que:

V(x*) = min(V(x))
En el mnimo se cumple:
T
f f 2
0; 2 0; x Hf ( x ) x 0
xi x
En Modelado Molecular:
Funciones= -QC (H)
-MM (FF)

Variables independientes = coordenadas: -cartesianas

-internas
La minimizacin exacta (analtica) no es posible en general Mtodos numricos

Algoritmos de minimizacin
No derivables: no utilizan derivadas de la energa
Derivables: calculan derivadas primeras y/o segundas
 En general, los algoritmos de minimizacin localizan el mnimo ms cercano
(downhill) al punto de partida

Derivadas de la funcin de energa potencial (MM)

Bond stretching

V
ki (li li , 0 ) Armnico
li
V
2 Dea {1 exp[ a (l l 0)]} exp[ a (l l 0 )] Morse
li

Angle Bending
V i
ki (i i , 0 )
i rj
Torsin
V Vn i
nsen( ni )
i 2 rj
No enlazantes
V 13 7
{4i ` j[(12ij / rij ) (6ij / rij ) ]
rij
qiqj
)}
4o rij 2

Derivadas numricas
E Se hace la diferencia de E entre dos conformaciones donde se vari
xi la coordenada xi y luego el cociente entre ambas.

Mtodos no derivativos
1) Simplex
Figura geomtrica con M + 1 vrtices interconectados, con M la dimensionalidad
de la funcin de energa.
Movimiento ameboide:
-Reflexin
-Contraccin
Procedimiento
1) Generacin de vrtices
-Un vrtice corresponde a la configuracin inicial del sistema
-El resto se genera incrementando en una constante a una coordenada por vez
2) Clculo de los valores de la energa para cada vrtice
3) Aplicacin de movimiento hasta llegar a un valor de energa aceptable
Mtodo muy costoso computacionalmente para sistemas de muchas coordenadas
(MM)
Util cuando se est muy lejos del mnimo
2) Secuencial univariado
Cicla a travs de cada coordenada
Procedimiento
1) Para cada coordenada dos nuevas estructuras:
1) xi +xi
2) xi + 2xi
2) Se calculan las energas para las nuevas estructuras
3) Ajuste de parbola a los tres puntos y determinacin de mnimo
4) Cambio de la coordenada a la posicin del mnimo
5) Repite el procedimiento con las siguientes coordenadas hasta que el cambio en todas
las coordenadas es suficientemente pequeo
Ms rpido que simplex (til en QC)
Problemas de convergencia cuando hay acoplamiento fuerte entre coordenadas
Mtodos derivativos
Son los ms utilizados en minimizacin energtica.

Derivadas proveen con informacin til:

1) Derivada primera
-direccin indica la ubicacin del mnimo
-magnitud indica la pendiente de la curva

2) Derivada segunda
-Indica la curvatura de la funcin (importante para
determinar la naturaleza de los puntos estacionarios)
V La fuerza sobre cada tomo es igual y contraria al
Fi
xi gradiente evaluado en el mismo tomo
La energa del sistema puede ser disminuida moviendo los tomos en
respuesta a la fuerza que acta sobre ellos
Los mtodos derivativos consideran la funcin de energa potencial en la forma de
polinomio de Taylor (evaluado en xk):
V ( x ) V ( xk ) ( x xk )V ( xk )
( x xk ) 2 V (xk ) / 2 .....
Se suponen funciones cuadrticas y con comportamiento armnico

Para el caso multidimensional:

V 2V
xi xixj
V(xk) - vector 3N dimensional :

V (xk) matriz 3N X 3N: (Hessiana)

Un mtodo derivativo se clasifica por su orden:

-Orden uno
-Orden dos
Mtodos de orden 1 o primer orden
1) Descenso ms pronunciado (steepest descent)
2) Gradientes conjugados (conjugate gradients)
1) Steepest descent
Mueve el sistema en la direccin paralela a la fuerza neta:
sk = -gk/|gk| gk = gradiente
Luego de elegida la direccin, hace falta asignar la magnitud del movimiento:
xk+1 = xk +ksk
k es el tamao del movimiento
La direccin del gradiente est determinada en gran medida por las fuerzas
interatmicas de mayor magnitud:

Steepest descent es eficiente en eliminar los conflictos estricos ms importantes

Funciona bien lejos del mnimo

2) Gradientes conjugados
Direcciones son conjugadas y no ortogonales
Si la funcin es cuadrtica, el mnimo se alcanza en N pasos
N = nmero de variables
Como en steepest descent, se calcula el gradiente en cada paso
La direccin en cambio se calcula como:
vk = -gk + kvk-1 gk = gradiente en la iteracin k
vk-1 = direccin del paso k-1
k = |gk.gk|/|gk-1.gk-1| Fletcher-Reeves
= |(g -g ).g |/|g .g Polak-Ribiere
 Conjugate gradients localiza ms fcilmente el mnimo que steepest descent

Mtodos de orden 2 o segundo orden

Newton-Raphson
Calcula las derivadas primera y segunda para obtener el mnimo
Una dimensin:
x xk V ( xk ) / V (xk )
Generalizacin:
x xk V(xk ) V 1 ( xk )
Xk: coordenadas de partida
X*= coordenadas en el mnimo
Ventajas:

Determina inequvocamente el carcter de un punto estacionario

Para funciones cuadrticas, el mnimo se halla exactamente en un paso desde
cualquier punto de partida

Desventajas:

Necesidad de calcular (e invertir!) la matriz Hessiana

Lejos del mnimo, la aproximacin armnica puede no cumplirse - el mtodo
falla

Alternativas al mtodo Newton-Raphson

-Clculo de la matriz cada n pasos

2V 0 Si xi y xj no pertenecen al
-Mtodo N-R de bloqueo de diagonal:
xixj mismo tomo

-Mtodos cuasi-newtonianos (cuasi segundo orden)

Cuasi-Newton
Esta categora engloba a una serie de mtodos los cuales van construyendo
gradualmente el inverso de la matriz Hessiana en iteraciones sucesivas. Se
genera una secuencia de matrices Hk tal que:
lim Hk = V -1
k-
En cada iteracin, las nuevas posiciones se obtienen segn:
xk+1 = xk Hkgk gk = gradiente
y se deriva un nueva valor de H:
( xk 1 xk ) ( xk 1 xk )
Hk 1 Hk
( xk 1 xk ).(gk 1 gk )
[ Hk .(gk 1 gk )] [ Hk .( gk 1 gk )]

( gk 1 gk ).Hk .( gk 1 gk )

Davidon-Fletcher-Powell (DBP)
La matriz H se inicializa como I (la matriz unidad) aunque puede
mejorarse la performance con un initial guess de H calculado con MM o
semi-empricos
Eleccin del mtodo de minimizacin
Diversos factores:
1) Capacidad de almacenamiento de datos
2) Velocidad requerida
3) Disponibilidad de derivadas analticas
4) Tamao del sistema a modelar
MM
-SD y GC para sistemas de porte mediano a grande
-NR para molculas ms pequeas y cercanas al mnimo
Punto crtico: evaluacin de derivadas primeras y segundas
QC
-NR para niveles bajos de teora
-QN para niveles ms altos
-SD y GC para semiempricos
Punto crtico: clculo de la energa
Distincin entre mnimo, mximo y puntos silla
En los tres casos se verifica:
f
0
xi
Mnimo: todos los valores propios de la Hessiana son positivos
Mximo: todos los valores propios de la Hessiana son negativos
Punto silla de orden n: existen en la Hessiana n valores propios negativos

(TS-> punto silla de orden 1: mximo en la coordenada que conecta dos mnimos pero
mnimo en las dems)

Criterios de convergencia en minimizacin de energa

Imposibilidad de llegar al mnimo exacto en la prctica - Aproximacin al mnimo
Monitoreo en:
-Diferencia de energa
-Cambio en las coordenadas
-Cambio en el gradiente (rms= sqrt(sum(gi2/3N)))
-Valor mximo del gradiente
Aplicaciones del mtodo de minimizacin de energa
1) Preparacin de sistemas para MC
2) Preparacin de sistemas para DM
3) Anlisis de los modos normales de vibracin
4) Mapeo adiabtico (TS)

Mapeo adiabtico
Mtodo de tipo deriva de coordenadas
Estimacin de barreras energticas y TS durante transiciones conformacionales
(torsion angle driving)
Ej: rotacin de anillo de Phe o Tyr en protena
Ciclo de mapeo adiabtico
1) Se vara la coordenada relevante en pequeos incrementos (trmino de restriccin
adicional en el FF)
2) Se permite la relajacin (minimizacin energtica) del entorno
Otros mtodos de bsqueda de TSs
1) Grid search
Se utiliza una grilla para escanear la superficie de energa
Las coordenadas son variadas sistemticamente para generar un set de estructuras
a las cuales se les mide la energa
Se ajustan los puntos a una expresin analtica y se predice el punto silla por
mtodos de clculo estandar
2) Reaction coordinate distance method
Se parte de las estructuras de reactivo y producto
Se define R (distancia de coordenada de reaccin)
Se minimiza el valor de R modificando las estructuras
3) Uso de algoritmos de minimizacin modificados
Se parte de una estructura situada en la regin cuadrtica
Camino de reaccin
Intrinsic reaction coordinate (IRC)