Permanente Programa

Ejecución
Temporal
 Diferencias DNA vs. RNA
DNA RNA
Azúcar 2’-desoxirribosa 2’-ribosa
Bases ACGT ACGU
# cadenas doble simple
Estructura doble hélice asas y horquillas
Proporción C=G y A=T C≠ G ≠ A ≠ U
Tamaño grande (1 crom.) pequeño cientos de
millones ( decenas-miles)
#genes cientos-miles uno o pocos
Resistencia fuerte sensible (DNAasas)
 Jerarquía estructural del RNA
■ Estructura primaria: secuencia de nucleótidos
■ Estructura secundaria: ordenamiento dependiente de
complementariedad entre propias bases de un RNA, 1
plano (2 dimensiones).
■ Estructura terciaria: ordenamiento tridimensional
(interacción química entre bases)
■ Estructura cuaternaria: interacción espacial con otros
RNA (DNA) y proteínas
 Estructura Primaria del RNA

Estructura Secundaria del RNA (hairpin-gancho de pelo)

 Estructuras del RNA
Secundaria (2 dimensiones)

Terciaria (3 dimensiones)

Estructura cuaternaria
(Interacción con otras
moléculas. Ejm.
ribonucleoproteínas)
Funciones “clásicas” del RNA

■ Instrucción para proteínas (mRNA)

■ Función y estructura ribosomal para síntesis

de proteínas (rRNA)

■ Traducción nucleótidos-aa (tRNA)

 Nuevas funciones
■ Ribozimas: RNA con capacidad enzimática (catalítica) sin
necesidad de proteínas
■ RNA pequeños: Componentes de ribonucleoproteínas para
asistir a reacciones catalíticas. ejm. Splicing (sNRP-small
nuclear ribonucleoprotein).
■ RNA inactivadores, controlan regiones:
◆ XIST (X inactif specific transcript): Inactivación del
cromosoma X
◆ H19: RNA que parece ser tumor-supresor
■ RNA de interferencia (RNAi): Silenciamiento específico de
genes, para evitar virus, aplicado para terapia e investigación
Algunas funciones de ribozimas
■ Hasta hace 80`s: solo proteínas eran enzimas actividad catalítica)
■ RNAs que cortan ácidos nucleicos, proteínas ayudan
(ribonucleoproteínas) ; pero solas no pueden
■ Sirven para procesar RNA precursores a RNA maduros (rRNA,
tRNA, mRNA).
■ rRNAs en Ribosomas
■ Viroides y virusoides de plantas
■ Terapia génica anti mRNAs no deseados: ejm. contra VEGF
(vascular endothelial growth factor) en tumores
RNA de interferencia (iRNA o RNAi)
■ Cadenas de RNA pueden silenciar la expresión de un gen por la
destrucción de su mRNA
■ Cadenas de RNA doble hebra (>200nt) con secuencias de genes que se
quiere silenciar
■ Funciona en plantas, insectos, nemátodos, mamíferos. Mecanismo contra
algunos virus y transposones
■ Reacción compleja en varias etapas:
◆ RNA doble cadena introducido
◆ cortado en pequeños pedazos de 20-25 nt, (small interfering RNAs
-siRNAs) por RNAasa (Dicer)
◆ complejo con ribonucleoproteína RISC (RNA-induced silencing
complexes) con siRNA
◆ siRNA guía al RISC hacia los RNAs a destruir y el siRNA actúa como
ribozima
 Silenciamiento específico por iRNA
1. dsRNA (virus) ingresa a la
célula

2. dsRNA es cortado por Dicer

(Ribonucleasa) en pequeños
segmentos (21-25 nt)
“siRNA”

3. Ensamblaje de siRNAs con

otros componentes proteicos
formando un complejo
ribonucleoproteico (RISC-
RNA inducer silencing
complexes)
www.ambion.com
 Silenciamiento específico por iRNA

4. Activación de RISC y
unión de mRNA

5. Degradación de mRNA y
silenciamiento del gen.

www.ambion.com
Dykxhoorn, Novina and Sharp. Nature Reviews Molecular Cell Biology 4: 457-467
Colinearidad de Genes
■ Procariotes: DNA genómico ~ mRNA
(ininterrumpidos). No hay modificaciones
para traducción.
■ Eucariotes: Frecuentemente genes
interrumpidos. Procesamiento de intrones y
modificaciones en 5’ y 3’ antes de
traducción.
Diferencia entre transcripcion eucariote/procariote
 RNA polimerasas
■ Necesita una plantilla de DNA:
5’ -------------------------------------> 3’ tira codificadora
3’ <------------------------------------- 5’ tira plantilla
5’ -------------------------> 3’ RNA

■ NTP (ATP, CTP, GTP, UTP)

■ Complejos proteicos: polimerasa de ribonucleótidos + factores
de transcripción
■ Necesitan señales de reconocimiento (en secuencia de DNA):
inicio, final, regulación
 RNA polimerasa E. coli
(holoenzima RNAPol)
■ 1 solo tipo para todo RNA: 4 subunidades
básicas (2α , β , β ’)
■ Factores de inicio (σ ) y terminación (ρ )
■ DNA: señales promotoras y terminadoras

DNA
β β ’

α ρ
σ α
Rho factor de
Sigma factor de
terminación
iniciación
17 bp (algunos RNAs)
Arthur Kornberg, Medicina 1959 (Replicación), Roger Kornberg, Química 2006
(Transcripción)
 Promotor bacteriano

(A/G)

Promotores: secuencias que indican el sitio de inicio y la

frecuencia de fijación de la RNA polimerasa en la
plantilla DNA
 Consenso de Promotores bacterianos

Operon tyr

tRNA tyr

λ P2

Operon lac

recA

lexA

T7A3

consenso
Iniciación y Elongación

σ 1

3
 Elongación
4

6
σ
Velocidad: 30 a 85
nucleótidos por segundo
 Terminación de la (a)
transcripción

Independiente del factor ρ :

a) Sector del molde rico en A (b)

es transcrito a secuencia rico
en U (a)

b) la unión de G-C (amarillo)

(b)

c) Enlaces A-U son inestables

y conllevan a disociación,
liberando transcrito primario
(c)
 rho (ρ ) de
FactorDependiente factor ρ
delTerminación
 Transcripción en bacterias

2. Inicio
(primer RNA)

4. Terminación

ρ
 Transcripción en eucariotes
■ Tres polimerasas, muchas subunidades,
factores y elementos reguladores
■ Cada una con su propios promotores,
factores de transcripción y terminadores

■ RNA pol I: rRNA, 28S, 18S y 5.8S

■ RNA pol II: hnRNA/mRNA
■ RNA pol III: tRNA, 5S rRNA, snRNA
RNA polimerasa II
■ Transcribe mRNA (que va a ser traducidoa
proteínas)
■ Genes que van a ser traducidos en proteínas
 Transcripción y procesamiento de un gen
típico eucariota
Zona Reguladora Fin
Promotor Inicio

Intrón Exón
DNA

transcrito hnRNA
5’UTR mRNA
5’ untranslated region 3’UTR
Transcripción: DNA (ACGT) => RNA (ACGU)
 Procesamiento del precursor-mRNA
■ Transcripción primaria de “RNA heterogeneo
nuclear” (hnRNA): exones + intrones. Varía
de 1 Kb a 2 Mb (distrofina)
■ mRNA maduro traducido a proteínas:
■ Modificaciones para tener mRNA maduro:
◆ CAP: (5´-m7G) extremo 3’
◆ Cola Poli A, extremo 5’
◆ Splicing: empalme de exones, interno
CAP (capuchón)
 Función del cap

■ Proteger 5’-mRNA- de exonucleasas

■ Facilitar el transporte del núcleo a citoplasma
■ Facilitar el splicing (empalme)
■ Reconocimiento por la subunidad 40S rRNA
para síntesis de proteínas
Splicing (empalme)
■ >> genes eucariotes interrumpidos
◆ Exón: secuencia codante (80-120 nt)
◆ Intrón: secuencia interruptora (promedio 10,000 nt)
■ Transcripción de unidad completa (exón+intrón)= hnRNA
■ Eliminación de intrones dentro del núcleo
■ Spliceosoma (empalmosoma) complejo de proteínas y
RNAs (SnRNA)
■ Transporte al citoplasma solo como mRNA
Esquema del proceso de empalme (splicing)
 Mecanismo de Empalme (splicing)
5´ 3´

U1 U5

U2 3´

U4 snRNP(U1,
U6 3´
U2 U2,U4,
U5,U6)
(proteinas)
 Esquema del gen de beta-globina
crom. 11p15.5
Posible participación de un RNA pequeño nuclear
en procesamiento de intrones

mRNA Intrón 1

Exón 2

Exón 1
Spliceosoma
(Empalmososma)

RNA pequeño nuclear (snRNA)

 Empalme alternativo
■ Dogma: 1 gen = una enzima => falso
■ Ser humano ~ 25,000 genes, Drosophila
melanogaster 13,000, Caenorrhabditis elegans
18,000.
■ Complejidad?
■ Ser humano más de 300,000 proteínas distintas
■ 1 gen = diferentes proteínas depende de tejido
Algunos tipos de empalme alternativo
 Empalme alternativo del gen Calcitonina

DNA 5’ 3’

hnRNA 5’ A B C D Calcitonina CGRP 3’

AoB C D Calcitonina AoB C D CGRP

Traducción
y procesamiento
Tiroides Hipotálamo

Calcitonina CGRP
32 aa 37 aa
Poliadenilación (cola poli A)
■ RNA pol II reconoce una secuencia de
terminación: AAUAAA
■ Se continua polimerizando hasta varias
centenas o algunos kb en 3’ (corriente abajo)
■ Se corta 15 a 30 nt. después de AAUAAA
■ Adición de ~ 200 adeninas por “poli (A)
polimerasa”
 RNAPol II endonucleasa
señal

poli(A)
Pol
 Posible rol de poli (A)

■ Facilitar transporte al citoplasma

■ Alargar la vida útil del mRNA
■ Reconocimiento por la maquinaria de
traducción (ribosomass)
 Tejido-especificidad de la
expresión génica
• Las células del cuerpo humano son:
– genéticamente ≡ clones
≠ tejidos,
– física y funcional órganos
• 2 tipos de expresión:
– Genes de mantenimiento housekeeping
( ): se
expresan en todas las células
. Ejm: enzimas de
respiración, metabolismo, actinas
– Genes específicos de tejido. Diferencia
ción,
función especial.
Ejm. Insulina,rodopsina,α ,β ,
γ , δ globinas.
, ε
 Control de la transcripción
■ Especificidad: tiempo, cantidad, tejido
■ Secuencias de DNA: promotores, elementos
de respuesta (cajas), amplificadores.
Idéntico en todas las células
■ Señales externas al gen: Factores de
transcripción (proteínas específicas),
metabolitos. Varía según la célula
Cluster de genes de beta globina (humano)
• La región enhancer (LCR) contiene elementos que
son reconocidos por proteinas TFs (activadores
factores de transcripción)

• LCR regula expresión de 5 genes: ε en periodo

embrionario, γ en fetal, β y un poco δ en la
adultez.

LCR

LCR = locus control region

 Transcripcion diferencial de las globinas
β -globinas

Liver

α -globinas
Reguladores proteicos que interactúan con DNA
(factores de transcripción)

1. Hélice-vuelta-hélice
MOTIVOS PROTEICOS 2. “Dedos de zinc”
3. Cremallera de leucinas
REGULACION DE LA ACTIVIDAD DE
GENES bacterianos

Modelo del operón lac en E. coli

* Unidad funcional =operón varios genes

* Operón-lac contiene 3 genes estructurales

(Z, Y y A), Operon-trp 5 genes

* Una RNA pol para la transcripción

 Operón trp (bacteriano)

Regulacion de la proteina reguladora: negativa

 Operon lac
Regulacion negativa y
positiva

CAP activa genes de

azucares alternativos a
glucosa

Interacción de CAP
(catabolite activator
Protein) y cAMP:

(a, b) Presencia de
glucosa inhibe la trans
cripción

(c) Asociación
de CAP y cAMP activa
la transcripción
 Regulación en genes eucariotas

■ RNA pol compleja, varias subunidades

■ Secuencias DNA: promotoras (cerca),
reguladoras (cientos a miles de bases)
■ Expresión basal y regulada
■ Depende de estado compactación de
cromatina
■ Metilación de DNA
■ Modificación de histonas
 Control de transcripción en RNA pol II (eucariote)
Cajas (secuencias de regulación)

(A)

Varios cientos-algunos kb 15-500 bp

Corriente arriba o abajo exón 1 Todos
específico (promotor)
Control de la transcripción cajas (DNA-Cis)
y factores de transcripción (proteínas)
 Reclutamiento del complejo RNA pol II

TFIID
 Factores de transcripción de la TK (timidin
kinasa eucariote)

Elementos (cajas-DNA), Cis (secuencia DNA). En todas las células

Factores de transcripción (Proteínas), Trans. Depende de las células.

Elementos y Factores de transcripción
Factores de expresión específica de tejidos
 Amplificadores (enhancers)

• Aumentan la velocidad de la transcripción

• Se localizan en corriente arriba/abajo o ser parte del gen
que controlan.
• Algunos TFs (enhancer-binding protein) pueden unirse a
regiones DNA distantes a miles de nucleótidos.
ROL DE LA METILACION EN EL DNA

• En eucariotes, única base modificada- 5meC (del dinucleótido

CpG “minipalíndromo”)

• En diferentes tipos de células, la C está metilada en un 2 a 7 %

• Transferencia del radical CH3 de SAM (S-adenil metionina) a

C por matil transferasa

•En general inhibe la transcripción a RNA, asociado a

inactivación de genes
Expresión de genes por metilación
Compactacion de cromatina y expresion

■ Gen expresado: cromatina laxa, gen inactivo:

cromatina compacta
■ Depende de histonas
■ Histonas sufren modificaciones covalentes
(acetilaciones, metilaciones y fosforilaciones) para
su expresion/silenciamiento
Figure 4-35. Covalent modification of core histone tails. (B) A histone code hypothesis.
Histone tails can be marked by different combinations of modifications. According to this
hypothesis, each marking conveys a specific meaning to the stretch of chromatin on which it
occurs. Only a few of the meanings of the modifications are known.