FACULTAD DE CIENCIAS NATURALES

LABORATORIO BIOQUÍMICA

Alumno: Código:

Alumno: Código:

Práctica 3: MANEJO DE UNA HERRAMIENTA COMPUTACIONAL PARA EL ESTUDIO DE

LAS PROTEINAS

OBJETIVOS DE APRENDIZAJE:

• Ganar experiencia en el manejo de una herramienta computacional utilizada para la

visualización de proteínas
• Conocer algunas bases de datos de importancia para la bioinformática

1. INTRODUCCIÓN

La determinación de la estructura de una proteína es fundamental para el entendimiento de su función, lo

cual permite realizar aplicaciones en diferentes campos como son las ciencias de la salud, la industria
farmacéutica, la biotecnología entre otros.

Tradicionalmente se han utilizado 2 métodos para conocer la estructura tridimensional de las proteínas y
estos son la Cristalografía de rayos X y la Resonancia Magnética Nuclear (NMR de su sigla en Inglés),
cada uno de ellos posee ventajas y desventajas. Más recientemente se ha venido utilizando la
microscopia electrónica de transmisión en frío (CryoEM) y una nueva tecnología de rayos X – X-ray Free
Electron Lasers (XFEL) - En la actualidad se conocen las estructuras tridimensionales de más de
120.000 macromoléculas, las cuales son depositadas en diferentes bases de datos siendo las más
grandes e importantes el Protein Data Bank (PDB) y Uniprot.

La Bioinformática, entendida de manera general como el uso de la capacidad de procesamiento

computacional para resolver problemas biológicos, es una herramienta muy poderosa para la
investigación biológica, y año a año su aplicación en contextos industriales incrementa. Por ejemplo en el
sector de alimentos, se emplea para la trazabilidad, autenticidad y el desarrollo de nuevos productos; y
en química farmacéutica se usa intensivamente para el diseño y/o descubrimiento de medicamentos. En
todos los casos, es necesario familiarizarse con las bases de datos de proteínas, y de otras moléculas,
aprender a identificar las estructuras tridimensionales, los perfiles electrostáticos, la composición de
estructura secundaria, los aminoácidos que componen la proteína, la superficie proteica y otras
características estructurales. En consideración a lo anterior, en esta práctica explorará la base de datos
PDB y a partir de una herramienta computacional de visualización de proteínas usted identificará las
características estructurales de las proteínas vistas en clase.
 2. PROCEDIMIENTO

Tomando como punto de referencia la proteína identificada en el caso que le fue otorgado durante su
práctica de ácidos nucleicos, proceda a seguir los siguientes pasos:

1. Abra su navegador, y vaya a la página web del Banco de Datos de Estructuras de Proteínas,
conocido como PDB (https://www.rcsb.org/).

2. En la barra de búsqueda, escriba el nombre de la proteína que previamente identificó en el caso de

estudio. Pueden aparecer varias opciones, tenga en cuenta criterios como el organismo donde fue
extraída, si es una secuencia recombinante o no, entre otros para hacer su selección. Tenga presente
que estos criterios deberán ser reportados y justificados en su informe.

3. Una vez identificada la estructura de la proteína que descargará y trabajará con su grupo,
selecciónela y descárguela en formado .pdb. Guárdela en el escritorio. El formato .pdb es un formato de
tipo texto plano, que permite que los archivos sean de pequeño tamaño, aunque tengan mucha
información, como la forma como se resolvió la estructura tridimensional de la molécula, los autores, la
publicación que acompaña el reporte, el organismo del cual se aisló, el organismo en que se expresó, y
otros datos adicionales. Entre otra información, este archivo en formato .pdb contiene también las
coordenadas 3D de las posiciones de los átomos en la proteína, que pueden ser leídas e interpretadas
por algunos programas, para generar una imagen de la molécula. Explore el archivo pdb e identifique
la información que éste le provee.

4. Descargue también una versión del archivo en formato fasta (un formato más simple, que tiene
sólo información básica de la molécula en la primera línea, y la secuencia de aminoácidos en la segunda
línea). Esta información le permitirá obtener la secuencia primaria de la proteína.

5. Abra el archivo .pdb en un lector de texto (puede abrirlo directamente en la página PDB).
Identifique puntos de información clave, tales como:

1. La técnica con que se resolvió la estructura

2. El número de cadenas peptídicas que tiene la proteína

3. La resolución a la que se resolvió la proteína

4. Las coordenadas 3d de los átomos de la proteína

5. Determine el número de aminoácidos de la proteína y diga el número Cisteínas,

Glycinas, Prolinas, Serinas, Triptófanos y demás aminoácidos de la proteína.

6. Descargue la herramienta Swiss-PDB Viewer en la siguiente página: https://spdbv.vital-it.ch/ en

el menú download: https://spdbv.vital-it.ch/disclaim.html#, descomprímala en el escritorio y ejecute el
archivo .exe

7. Usando el comando file, open abra el archivo .pdb que guardó en el punto 3
• Como puede ver la estructura de la proteína es difícil de identificar si todos los átomos están
visualizados.
• Para lograr representar la proteína en este tipo de diagrama (llamados ribbons) vaya a select
 (en el menú principal), all, y en la ventana control panel haga 1 click en el encabezado rbn.
(Si control panel no está activo vaya a Wind (en el menú principal) y actívela). Ahora presione
shift y haga un click en el cuerpo (no el encabezado) de las columnas show y side de la
ventana control panel
• Para dar color vaya a color en el menú principal, selecciones act on ribon y luego,
nuevamente, en color elija secondary structure.
• Identifique las estructuras secundarias y responda:

6. Cuántas hélices Alfa hay?,

7. Cuántas láminas Beta?,

• Si hay más de una cadena, marque cada cadena peptídica con un color diferente, para facilitar la
visualización. Color (en el menú principal), act on ribbon, chain

8. Tome una “instantánea” de su proteína, usando el programa: file del menú principal,
save, image. Pegue la imagen en el informe, agregue la leyenda con su número
consecutivo y comente sus observaciones haciendo referencia de la imagen en el
texto.

8. Seleccione el o los residuos involucrados en la mutación que presenta la proteína en su

caso de estudio, usando el panel de control haciendo un click sobre él (debe ser el/los único(s) que
tenga las casillas seleccionadas, los demás negro) haga click sobre cada una de las casillas (Show,
side, labl, ::y, ribn) que corresponden a ese residuo en el panel de control.

9. Identifique la cadena lateral del residuo(s) seleccionado(s) en la estructura y guarde

una imagen donde se pueda apreciar la orientación y posición de este/estos residuo(s)
con respecto a toda la proteína. Incluya la leyenda respectiva con el número de la
figura

10. Este residuo(s) está(n) ubicado(s) en la superficie? O en el interior (en el “core”

hidrofóbico?). Es esto lo que usted esperaría encontrar según la identidad y la
característica de la cadena lateral del residuo que usted seleccionó? Comente de
acuerdo a lo aprendido en teoría.

9. Estos modelos de ribbon o de ball and sticks solo sirven para ilustrar. En realidad los
átomos ocupan volúmenes en el espacio delimitados por su radios de Van der Waals. Genere una
superficie para “ver” cómo se vería realmente esta proteína de la siguiente forma:

• Select en el menú principal, all.

• Tools en el menú pricipal, surface, compute.
• Color en el menú pricipal, act on molecular surface,
• Color en el menú principal, type (aquí el azul son residuos positivos, rojo negativos y blancos
sin carga)

Gire la molécula. Si esta desaparece al mover el cursor vaya a prefs en el menú principal, surfaces, y
en el dialogo que aparece en la columna derecha active Dotted lines, ok. Identifique las
protuberancias y bolsillos de la molécula
 11. Tome una foto de alguna parte de la superficie que le llame la atención en particular e
inclúyala en el informe con su leyenda correspondiente.

12. Diga qué tipo de ligando esperaría encontrar allí, basado en las posibles atracciones
electrostáticas. Sustente con la foto haciendo referencia a la misma

10. Para mostrar los puentes de hidrogeno de la estructura, vaya a Display en el menú
pricipal, Show Dots Surface. Esto hará que la superficie molecular desaparezca. Ahora seleccione
una hélice α relativamente grande. La forma más fácil de hacer esto es usar el panel de control.
Haga click sobre la letra pequeña (h) (al lado de algunos residuos) que agrupa los residuos de ese
elemento de estructura secundaria. Toda la hélice α deberá tornarse roja. Ahora, presione enter! Para
centrar la vista en la estructura haga click sobre el primer recuadro debajo de file. Ajuste el zoom y
gire la hélice para que pueda apreciar bien su estructura empleando los recuadros de la derecha del
anterior. Vaya a Tools en el menú principal, Compute H-Bonds. Vaya a Display en el menú principal,
Show H-Bonds en caso que no se estén visualizando.

13. Tome una imagen de la región en la que se encuentra el o los residuos comprometidos
en la mutación, póngala en su informe con la leyenda respectiva e indique entre que
moléculas se están realizando esos puentes de hidrógeno, haciendo referencia a la
imagen y explicando la importancia de los puentes de hidrógeno en la estructura que
observa.