Informe de Laboratorio N° 8: Cuantificación de ADN del hongo extraído (Geotrichum sp.) Ramos O. María del Pilar.1 – 1611718*, Martínez B. Adriana M.1 – 1611729*, Coronado S. Daniela J.1 -1611738* 1 (Estudiante de séptimo Semestre De Ingeniería Biotecnológica) y * (Código Institucional) Grupo B: 1610701 Biología Molecular (B2) Introducción La cuantificación de ADN son de las pruebas que comprueban con mayor exactitud la etapa más crítica de la biología celular (Molecular Devices, 2022) en donde se tiene en cuenta la secuenciación y la manipulación genética de un organismo vivo; la idea es conocer si esta presenta gran presencia de ADN particularmente de la especie que se estudia; estos suelen revisarse bajo espectrofotometría y fluorescencia, y para corroborar aparece la absorbancia, se calcula su concentración en un formato de microplaca según los valores del umbral analítico (ICMP “Comisión Internacional sobre Personas Desaparecidas”, 2022). La cuantificación se considera un proceso corto, siempre y cuando se utilice un buen método por medio de utilización de espectrofotómetro NanoDrop de Thermo Scientific (Suárez, 2016) que es el que se encuentra disponible en el área de laboratorio. Este análisis por absorbancia puede variar según el estudio de enfoque, y los parámetros establecidos por la teoría, esta se expresa por medio de una longitud de onda. El Análisis de pruebas puede variar en ADN con una relación de 260nm/280nm con una pureza de 1,8 a 2 y hay un rango diferente se considera una muestra contaminada por otros compuestos (Universidad de Salamanca, 2020). El objetivo de este laboratorio es poder evidenciar la concentración y pureza de los resultados de la extracción de ADN realizada en prácticas anteriores y corroborar si hay presencia de componente genómico en la especie estudiada (Geotrichum sp.) Con el fin de escoger las mejores para continuar con el estudio molecular. Metodología 2
Imagen 1. Metodología según varios autores: (Suárez, 2020; Red de apoyo
de la Investigación de UNAM, 2015; Universidad Autónoma Metropolitana, 2019) Realizado por Ortiz P, 2023 Metodología para Cuantificación de ADN extraído (Geotrichum sp.) en el Espectrofotómetro Nanodrop 2000 Resultados En la práctica se logró cuantificar ADN de hongos, empleando un espectrofotómetro a 340 nm, el cual detecta la radiación emitida por las bases nitrogenadas presentes en el ADN luego de ser excitadas con luz, (Rocha Salavarrieta, 2002), A continuación, se observa la cuantificación de ADN extraído del hongo Geotrichum sp
Muestra Rango 260/280 Rango 230/260 Concentración
GB2-AM 1,63 0,86 580, 5
Nota: Tabla 1. Datos del espectrofotómetro muestra 1
3
Imagen 2. Curva ABS vs Longitud de onda. Martínez, A. M. (2023).Curva
espectrofotómetro muestra GB2-AM [ Fotografía 1] Laboratorio Biología molecular, UFPS, Los Patios, Norte de Santander, Colombia
Muestra Rango 260/280 Rango 230/260 Concentración
GB2-JC 1,87 1,02 306,9
Nota: Tabla 2. Datos del espectrofotómetro muestra 2 4
Imagen 3 Curva ABS vs Longitud de onda. Martínez, A. M. (2023).Curva
espectrofotómetro muestra GB2-JC [ Fotografía 2] Laboratorio Biología molecular, UFPS, Los Patios, Norte de Santander, Colombia
Muestra Rango 260/280 Rango 230/260 Concentración
GB2-A 1,78 0,71 304,3
Nota: Tabla 3. Datos del espectrofotómetro muestra 3
Imagen 3. Curva ABS vs Longitud de onda. Martínez, A. M. (2023).Curva
espectrofotómetro muestra GB2-A [ Fotografía 3 ] Laboratorio Biología molecular, UFPS, Los Patios, Norte de Santander, Colombia
Muestra Rango 260/280 Rango 230/260 Concentración
GB2-PR 1,79 0,99 363,5
Nota: Tabla 4. Datos del espectrofotómetro muestra 4 5
Imagen 4. Curva ABS vs Longitud de onda. Martínez, A. M. (2023).Curva
espectrofotómetro muestra GB2-PR [ Fotografía 4] Laboratorio Biología molecular, UFPS, Los Patios, Norte de Santander, Colombia
Imagen 5. Tabla de Resultados de Cuantificación de ADN de hongos
6
A partir de lo obtenido, se determinó que las muestras GB2-JC y GB2-PR, junto
con las demás muestras seleccionadas de los grupos B1, B3 y B4, son las muestras que están bajo los rangos óptimos 260/280 y de concentración, las cuales fueron seleccionadas para la posterior prueba de PCR. Discusiones Como lo expresa Rache L, 2023 la adaptación de un protocolo modificando cierta parte del proceso es una solución que evita contaminación o afección del ADN y a su vez, disminuye los costos del proceso. Rache supone que el empleo de un protocolo en conjunto al uso de un kit de extracción de ADN ya estandarizado da los mejores resultados de la relación 280/260 y 260/230 y lo relaciona con las estructuras que posee cada microorganismo. Conclusiones
• Para la determinación y cuantificación de ADN del hongo Geotrichum sp, se logró
evidenciar que a pesar de que en la electroforesis no se ve presencia de ADN del hongo(Anexo 1), en la cuantificación se logra obtener ADN, con una concentración y rango de contaminación de proteínas aceptables. • De las 4 muestras de ADN del hongo Geotrichum sp, las muestras B2G-JC y B2G- PR, con concentraciones de 306,9 y 363,6 y rangos de 260/280 de 1,87 y 1,79 respectivamente, se seleccionan como muestras que se pueden utilizar para la prueba de PCR. Referencias Bibliográficas Avitia, M., Aréchaga, E., Bravo, A. L., González, C., & Le Borgne, S. (2019). Manual de prácticas de laboratorio de Biología Molecular. https://www.cua.uam.mx/pdfs/conoce/libroselec/Manual_practicas_laboratorio_biol ogia_molecular.pdf Comisión Internacional sobre Personas Desaparecidas – ICMP. (2022). Manual sobre Métodos de Extracción de ADN de Restos Óseos Humanos. ICMP. https://www.icmp.int/wp-content/uploads/2022/08/Handbook-Mexico.pdf Hernández, A. (2018). Estandarización del ADN de maíz (Zea mays) [Universidad 7
Antónoma Agraria Antonio Nariño ].
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