Además de relatar la peripecia de Menocchio, Ginzburg desarrolla en El queso y los

gusanos, una hipótesis sobre la cultura popular en la Edad Media a partir del caso del
molinero italiano. Según el pensamiento de Menocchio, quien negaba que Dios hubiese
creado el mundo y creía que este se había generado a partir de un caos primigenio, del
que habrían surgido Dios y los ángeles, como los gusanos del queso -según la creencia de
la generación espontánea-, cree posible Ginzburg rastrear un pensamiento popular vigente
durante toda la Edad Media caracterizado por el materialismo, refractario al dogma oficial
de la Iglesia católica, que hundiría sus raíces en la época precristiana. En opinión de
Ginzburg, las ideas de Menocchio, quien además negaba la divinidad de Cristo, la validez
de los sacramentos y afirmaba la equivalencia de las distintas religiones, surgirían del
contacto de esa mentalidad campesina con la lectura de los pocos libros a que Menocchio
tuvo acceso en su vida. El historiador italiano analiza, a partir del contraste entre
los textos que Menocchio confesó haber leído y las opiniones que de ellos había extraído,
cómo el molinero interpretó de manera errónea muchos pasajes, o sacó de ellos
conclusiones más atrevidas que las que el texto permitía, en lo que ve una prueba de que
las ideas provenientes de esa mentalidad popular estaban mediatizando su lectura.
Según Ginzburg, las ideas de Mennochio no pueden explicarse únicamente a partir de
posibles influencias como las del luteranismo, el anabaptismo o el islamismo (se cree que
Menocchio pudo haber leído una traducción italiana del Corán), sino que deben insertarse
en el contexto de una cultura popular que si bien entra en relación con la cultura de
las clases dominantes no es un mero reflejo de esta.