UNIVERSIDAD AUTONOMA DE OCCIDENTE

UNIDAD REGIONAL GUASAVE

Lic. Ciencias biomédicas

BIOINFORMÁTICA

7° semestre

Grupo 2°

Practica 1: Bases de datos Bibliográficas

Integrantes:
Gil Carvajal Manuel Elías 20030287
Leyva Leal Cesar Alonso 20030074
Luque Flores Daniel 20030629

Docente: M.C Pablo Alejandro Rendon Delcid

Guasave, Sin. 19 de septiembre del 2023

1
ÍNDICE

INTRODUCCIÓN ............................................................................................................................. 3
OBJETIVOS ..................................................................................................................................... 4
Objetivo general ........................................................................................................................ 4
Objetivos específicos ................................................................................................................. 4
METODOLOGÍA.............................................................................................................................. 5
PUBMED https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ ............................................................................ 5
GOOGLE SCHOLAR “Google Académico” https://scholar.google.es/schhp?hl=es ................... 8
WEB OF SCIENCE https://www.webofscience.com/............................................................... 10
PDB “PROTEIN DATA BASE” https://www.rcsb.org/ .............................................................. 13
RESULTADOS ............................................................................................................................... 15
DISCUSIÓN................................................................................................................................... 15
CONCLUSIÓN ............................................................................................................................... 16
ANEXOS ....................................................................................................................................... 16
BIBLIOGRAFÍA .............................................................................................................................. 17

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INTRODUCCIÓN

La bioinformática comprende investigaciones básicas y aplicadas con

diferentes enfoques, usando la tecnología y aplicaciones de ciencias biológicas
como biología molecular; el impulso del hombre por secuenciar las proteínas dio
sus resultados a inicios del siglo XX, este enfoque permite el análisis
computacional y estadístico en datos biológicos e información genética [1].

PubMed es una base de datos, de acceso libre y especializada en ciencias

de la salud, con más de 19 millones de referencias bibliográficas. Por su
cobertura temática, las revistas incluidas, su terminología biomédica y su
constante actualización, es de consulta obligada por usuarios necesitados de
información relevante. No solo permite ejecutar búsquedas sencillas sino
también consultas más complejas mediante las funciones de búsqueda por
campos, con términos MeSH o con límites. Los resultados de dichas búsquedas
pueden guardarse con diferentes herramientas y mostrarse según diferentes
formatos [2].

Google Scholar (Google Académico) es un buscador de documentos

académicos (artículos en revistas, libros, preprints, tesis, comunicaciones a
congresos, informes), que incluye información del número de veces que los
trabajos han sido citados así como enlaces a los documentos citantes, ofreciendo
acceso al texto completo de los trabajos, siempre que estos estén disponibles
libremente en la web, o se cuente con suscripción a ellos, si se accede desde
una institución investigadora [3].

La Web of Science es una colección de bases de datos de referencias

bibliográficas y citas de publicaciones periódicas que recogen información desde
1900 a la actualidad está compuesta por la colección básica Core Collection que
abarca los índices de Ciencias, Ciencias Sociales y Artes y Humanidades [4].

El Protein Data Bank (PDB) el único depósito global de estructuras

tridimensionales determinadas experimentalmente de macromoléculas
biológicas y sus complejos, se estableció en 1971 y se convirtió en el primer
recurso digital de acceso abierto en las ciencias biológicas [5].

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OBJETIVOS

Objetivo general

• Comprender la Importancia de las bases de datos en Ciencias Biomédicas

u áreas a fin

Objetivos específicos

• Analizar las bases de datos con relación a la bioinformática

• Comprender el uso de PubMed, Google Académic, Web of Science entre
otras bases
• Identificar el enfoque de las bases de datos a la Biomedicina

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METODOLOGÍA

PUBMED https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/

Una de las recomendaciones de los integrantes del equipo para esta gran base
de datos es el crear una cuenta para poder almacenar el historial, crear alertas
de temas de interés, así como de investigadores y entre otras funciones.

Apartado para Iniciar

sesión en la plataforma.

Pagina de inicio
de PubMed

Buscador

Figura 1. Página de inicio PubMed.

Figura 3. Pagina principal de la cuenta PubMed

Figura 2. Opciones de inicio
de sesión en PubMed.

Figura 4. Resultado de búsqueda “Cancer”

5
 Creación de alertas

Búsqueda avanzada
por filtros

Números de resultados

Tendencia de búsqueda
en los años
Figura 5.1 Demostración a fondo de las características.

Figura 6. Página de búsqueda avanzada. “Agregar

Selección de filtros. ”

“Búsqueda”

Figura 7. Resultado de búsqueda especifica con filtros añadidos “title” “Text word” resultado
de búsqueda reducida de 4.9 Millones a 1,000 resultados.

6
 Criterios de busqueda

Resultado de
búsqueda

Artículos de
libre acceso

Resultado de
fechas actuales

Figura 8. Resultado de una búsqueda mas especifica con las herramientas de filtros, se logra
reducir de 1,000 resultados a tan solo 2 resultados de perfecto interés y de libre acceso.

“Crear Alerta”

Figura 9. Creación de alerta en la cual nos da la opción de elegir el correo en el cual nos
llegaran las alertas de nuevas publicaciones relacionadas al tema de interés. Con opciones
de elegir que tan frecuentes lleguen las alertas.

Figura 10. Selección del artículo de interés y la opción de guardar el artículo en favoritos.
7
 GOOGLE SCHOLAR “Google Académico”
https://scholar.google.es/schhp?hl=es

La base de datos de Google Académico se actualiza continuamente con nuevas

investigaciones y publicaciones, lo que garantiza que los usuarios tengan acceso
a la información más actualizada en sus campos de estudio.

Figura 11. Ingresar a Google

Académico e iniciar sesión con una
cuenta Google

Figura 12. Se analizan las opciones que se

tienen en el menú.

Figura 13. Y 13.1 Se busca un tema de interés y se analiza qué resultado se desea guardar en la biblioteca,
posteriormente se dirige a el apartado de “Mi Biblioteca” para confirmar que la información se hay guardado
correctamente.

“Crear Alerta”

Figura 14. Se crea una alerta colocando una palabra clave, puede ser el título de algún tema, un
autor o alguna revista, en este caso se crearon 3 alarmas con los temas de interés.

8
 Figura 15, 15.1 y 15.2. Se analizan los datos estadísticos del menú y se seleccionan las publicaciones
principales, donde se muestran las principales revistas de dicha base de datos que la información se
hay guardado correctamente.

Figura 16. Se dirige a las categorías y se selecciona la de mayor interés, en Figura 17. Se selecciona la revista de interés
este caso ciencias médicas y salud, lo que arrojará a las principales revistas de en donde se pueden analizar cuáles han sido
dicha categoría, en ese mismo apartado se puede seleccionar la subcategoría. los últimos artículos publicados por dicha
revista y quienes han sido sus autores.

Figura 18. También tiene un apartado de “búsquedas avanzadas” el cual permite realizar una búsqueda más
específica como tal, tiene filtros que nos ayudan a buscar información por su título o contenido, fecha en que
fue publicado e incluso su autor.

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 WEB OF SCIENCE https://www.webofscience.com/

Web of Science es una plataforma web de información científica suministrada

por Clarivate Analytics, permite el acceso a bases de datos en las que aparecen
citas de artículos de revistas científicas y libros que abarcan todos los campos
académicos. Se puede acceder a las publicaciones que citan un documento
determinado para descubrir el impacto de un trabajo científico sobre la
investigación actual.

Primero, se ingresa el
correo y una
contraseña

Figura 19. Página de inicio

Pestaña de la cual se
despliegan las opciones
de búsqueda.

Figura 19. Pagina de búsqueda en la pagina

10
 Opciones de búsqueda
Figura 19. Opciones de búsqueda en la pagina

Figura 19.1. Opciones de búsqueda en la pagina

Dentro de las opciones de búsqueda están: búsqueda por nombre, donde se
encuentra un registro de autor buscando el nombre y apellido del autor;
Identificadores de autor, que es un registro de autor utilizando el ID de
investigador de Web of Science o el ID de ORCID del autor; y Organización,
donde se encuentran registros de autor buscando organizaciones a las que esté
afiliado un autor, según el campo de dirección en un registro completo asociado
de un artículo.

Filtros aplicables a la
búsqueda.

Espacio para el
nombre de la
organización.
Figura 19.2. Aplicación de búsqueda
En la opción de organización se tiene otro filtro, que es, publicaciones recientes,
publicaciones de 5 años atrás y todas las publicaciones. Así mismo, debajo se
encuentra un espacio para ingresar el nombre de la organización (revista,
instituto, universidad, etc.).

11
 Una vez realizada la
búsqueda aparecen todos
los autores afiliados a la
organización.

De manera inicial
presenta una ficha
descriptiva del autor y de
su bibliografía en base a
distintas métricas.

Sucesivamente aparecen todos los

artículos del autor y la información de
las veces que fue citado.

Al seleccionar alguno de los

artículos presenta la información
de los autores, la fecha de
publicación y el DOI, así mismo el
abstract del artículo.

Figura 20. Metodología completa de selección de información buscada.

12
 PDB “PROTEIN DATA BASE” https://www.rcsb.org/

Es una base de datos de estructuras tridimensionales de proteínas. Estos datos,

generalmente obtenidos mediante cristalografía de rayos X o resonancia
magnética nuclear, son enviados por biólogos y bioquímicos de todo el mundo.

Opciones de búsqueda
“Estructura 3D y
“Documentos” Buscador

Opciones de
la plataforma

Molécula tendencia
del mes
Figura 21. Pagina inicial de la PDB

Búsqueda

Opción de filtros como:

Características en la estructura,
química, similitud de secuencia,
motivos, entre otros.

Total, de resultados de la búsqueda.

Figura 22. Resultado de búsqueda y opción de filtrar resultados.

13
 Añadimos filtros para ser más específicos

El resultado paso de casi 6mil estructuras

a 29 de ellas

Figura 23. Búsqueda con opción de filtrar resultados.

Opciones que ofrece como
información general,
estructura 3D, Secuencia
genómica y aminoacídica,
entre otras.

Información de la obtención
de los datos como artículos,
nombre de proyectos, etc.

Estructura 3D

Figura 24. Página principal de Proteína seleccionada.

Figura 25. Páginas de secuencia aminoacídica y genómica con dominios, sitios

activos, entre otras características y resultados que muestra la plataforma.

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RESULTADOS

Se logro el comprendimiento de las distintas plataformas adquiriendo nuevo

aprendizaje para poder comprender el uso de estas grandes herramientas
bioinformáticas algunos de los resultados obtenidos fueron:

• Capacidad de crear alertas de temas de interés en las plataformas.

• El poder guardar artículos, libros, revistas, tesis, etc.
• El poder realizar búsquedas más específicas gracias a los filtros.

DISCUSIÓN

Actualmente, existen muchos métodos para la recolección de información en

investigaciones bajo parámetros bibliométricos y existen diversas fuentes de
información. PubMed es una muy buena base de datos, principalmente porque
registra una gran cantidad de artículos influyentes, todos ellos de origen
americano. Esta base de datos tiene más filtros diferentes que Google Scholar y
también analiza cuántas publicaciones ha habido sobre un tema a lo largo de los
años. Además, tiene sus limitaciones, por ejemplo, su contenido está únicamente
en inglés, lo que puede impedir la publicación de una gran cantidad de estudios
en otros campos, así como la gran cantidad de artículos escritos en este campo.
Google Scholar, por otro lado, tiene una amplia gama de funciones y también
facilita la búsqueda, especialmente por las estadísticas que proporciona, ya que
los investigadores pueden encontrar artículos o revistas más influyentes y
nuevos. Uno de los aspectos de esta plataforma es el acceso a la revista Nature,
otra ventaja que puede hacer que algunos investigadores cuestionen el uso de
dicho repositorio, es la variedad de documentos almacenados en él, como
artículos, especialmente de investigaciones influyentes de las que provienen
tesis de licenciatura para que los estudiantes obtengan información. El equipo
discute que cada repositorio tiene ciertas preferencias en diferentes aspectos,
pero Web of Science es considerado el repositorio más completo y necesario
para investigaciones de alto impacto por todas las funciones que realiza. Sin
embargo, el trabajo de investigación es tan complejo y puede que no sea de fácil
acceso para estudiantes universitarios o de tesis, ya que Web of Science es de
pago.

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CONCLUSIÓN

Podemos concluir con que estas bases de datos desempeñan un papel

fundamental en la investigación, la difusión del conocimiento y la toma de
decisiones en el ámbito académico y científico, contribuyendo significativamente
al avance del conocimiento en diversas disciplinas. A lo largo de la investigación
logramos cumplir los objetivos deseados. Recomendamos utilizar estos sitios
web ya que ofrecen amplias herramientas favorables para la comunidad, además
de un uso práctico y sencillo para las distintas categorías de usuarios que las
requieran.

ANEXOS

Participación por integrantes

Daniel Luque: Introducción, PubMed, PDB (Protein data bank)

Manuel Gil: Objetivos, Web of Sciense

Cesar Leyva: Google académica, Conclusión

-Discusión en equipo

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BIBLIOGRAFÍA

1. Pin-Pin, Á. L., Holguín-Baque, M. F., Hidalgo-Quijije, Y. A., & Villacreses-

Ruiz, V. D. (2021). Uso de aplicaciones bioinoformáticas en el área de
salud pública en Ecuador y Latinoamérica. Polo del Conocimiento, 6(3),
1934-1944.
2. Trueba-Gómez, R., & Estrada-Lorenzo, J.-M. (2010). La base de datos
PubMed y la búsqueda de información científica. Seminarios de la
Fundacion Espanola de Reumatologia, 11(2), 49–63.
https://doi.org/10.1016/j.semreu.2010.02.005
3. Cabezas-Clavijo, A., & Delgado-López-Cózar, E. (2013). Google Scholar
e índice h en biomedicina: la popularización de la evaluación bibliométrica.
Medicina intensiva, 37(5), 343-354.
https://doi.org/10.1016/j.medin.2013.01.008
4. Fecyt.es (2020) Bases de datos Web Of Science. Fecyt.es.
https://www.recursoscientificos.fecyt.es/licencias/productos-
contratados/wos
5. Burley, SK, Berman, HM, Kleywegt, GJ, Markley, JL, Nakamura, H. &
Velankar, S. (2017). Banco de datos de proteínas (PDB): el archivo único
global de estructuras macromoleculares. En: Wlodawer, A., Dauter, Z.,
Jaskolski, M. (eds) Cristalografía de proteínas. Methods in Molecular
Biology, vol 1607. Humana Press, Nueva York,
NY. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7000-1_26

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