Protocolo Analizar imágenes de Gems

A continuación encontrará una serie de instrucciones secuenciales con el fin de optimizar el

tratamiento de datos.

Programas, software y archivos a descargar e instalar:

- Nis-Elements de nikon
- Fiji
- ImageJ
- Gemspa
- Python (Importante!!. versión 3.7 para poder compilar de buena manera el Gemspa)
- Anaconda de python
- Gem Analisys

Así mismo, hay un repertorio de videos originados en el laboratorio xx de la universidad de

california, estados unidos. Dichos videos estarán siendo utilizados y analizados con estos
programas. por favor descargarlos.

1. Abrir Fiji, seguidamente arrastrar el video a estudiar a la aplicación.Otra forma de

hacerlo es ir a la pestaña File, open y buscar el video. Después ir al boton play, para
correr el video, observe el movimiento de las partículas.
2. Abrir Nis-Elements, realizar el mismo procedimiento del paso anterior, para certificar
que las aplicaciones y el video corren bien.
3. Vamos a Guardar como, y procedemos a guardarlo como archivo Tiff
4. Creamos una carpeta con la fecha en la que está realizando estos pasos.
guardamos el archivo Tiff
La realización de estos pasos corrobora que el video no esta dañado y que los programas
están instalados correctamente

5. volvemos a Fiji con el video, vamos a la pestaña Help, y buscamos el item Update, le
damos click y esperamos. aparecerá un aviso, el cual daremos aceptar.
6. ir directamente a la parte inferior izquierda, al recuadro manage update sites.
buscamos la actualización, Mosaic Toolsuite, la seleccionamos para añadirla en add
update site
7. aceptamos y vamos al botón de apply changes. finalmente cerramos y abrimos
nuevamente el fiji, para corroborar que ya nos aparece la actualización.
8. Vamos a la pestaña de plugins, buscamos Mosaic la cual nos abrira una serie de
opciones, escoger Particule Tramcker 2D/3D.
9. saldrá un recuadro con parámetros para la configuración y detección de partículas.
el estándar es:
 seleccionamos Per/Abs, el cual manipularemos para que el sistema se vuelva más o
menos riguroso detectando partículas. La intención es intercambiar dicho número
hasta lograr una estabilidad en la detección de partículas. Finalmente vamos a la
pestaña de preview detected. Compare con el video original reproducido por el fiji.
(dado que un número muy alto detectara posibles ruidos y un número bajo detectará
muy pocas partículas, el objetivo primordial es buscar el equilibrio entre el video
original y el Particule Tracker 2D/3D)
10. Una vez satisfecho con la comparativa, seleccionamos ok, esperamos la detección
de la partículas hasta las 400 frames.
11. una vez salga el cuadro con los resultados, observe las trayectorias
encontradas.Después vamos a la opción Visualize all trajectories
12. Damos click a la flecha de la derecha manteniendo el click. para visualizar el video.
comparamos con el video original del fiji( el que se ve en verde). al examinar ambos
vídeos, nos damos cuenta si el per/abs escogido es el correcto.

Protocolo Para correr el script.

1. Buscamos la carpeta Gem analisys

2. Ahora nos dirigimos al archivo con el nombre de Mosaic Tracking - update.jim
3. movemos el archivo a fiji, para abrirlo en dicho programa.
4. A continuación saldrá un código en lenguaje de programación c++. bajamos hasta
en final donde se encontrará la siguiente parte del código.
5. cambiamos el per/abs para el número escogido anteriormente con el particule
tracker. damos run.
6. Aparecerá un choose source directory, para lo cual guardaremos en la carpeta
creada con la fecha de realización. damos select.
7. Inmediatamente saldrá choose destination directory result el cual colocaremos
nuevamente en la carpeta con la fecha de realización.
8. en el cuadro del lenguaje de programación. esperamos unos minutos, mientras que
el programa ejecuta. la opción de run no estará disponible.
9. Buscamos la carpeta creada con la fecha de realización. Deberán aparecer las
trayectorias xy en un archivo excel y otros archivos.
10. se aconseja abrir excel primeramente. en el apartado abrir, examinamos la carpeta
con la fecha de realización, colocamos la opción de examinar todos los archivos.y
seleccionamos el archivo de las trayectorias
11. para ordenar mejor el archivo excel, no dirigimos a datos, textos en columnas. nos
abrirá un recuadro. colocamos delimitados con comas. damos siguiente, y finalmente
separadores seleccionamos coma y finalizar.