Tema 3

Tema 3: Fenómenos de transporte
 Distribución de Boltzmann
 Movimiento Browniano
• Conceptos: densidad de
 Difusión
probabilidad
• Leyes de Fick
• Fluctuaciones y estabilidad
• Relación de Einstein-Stokes
 Aplicaciones biológicas
 Motores Brownianos
• Permeabilidad de membranas
• Modelos
• Potencial de Membrana
• Ejemplo de motores
Ecuación de Nernst
moleculares
• Metabolismo bacteriano
1
Bibliografía
 R. Glaser. Biophysics. Springer, 1999
 J. Vázquez. Biofísica. Principios fundamentales. Eypasa, 1993
 R. Cotterill. Biophysics. Wiley, 2006
 R. M. Mazo, Brownian Motion. Fluctuation, Dynamics and
Applications, Oxford University Press, 2002
 D. Cubero, F. Renzoni, Brownian Ratchets : From Statistical
Physics to Bio and Nano-motors, Cambridge University Press,
2016
2
Física Biológica Tema 3: Movimiento Browniano
Movimiento Browniano
Es el movimiento aleatorio que se observa en algunas partículas pequeñas
que se hallan en un medio fluido.
Robert Brown, un botánico inglés (1773-1858)
El botánico R. Brown (1827) observó, a través de un microscopio, que pequeñas

partículas de polen suspendidas en agua realizaban un movimiento particularmente
irregular. El propio Brown descubrió que partículas muy finas de varios minerales
(partículas inorgánicas) seguían el mismo movimiento.
 En 1900, L. Bachelier introdujo un proceso para modelar las fluctuaciones

financieras.
 Einstein (1905) dio una explicación del fenómeno, al resolver el conflicto entre las
altas velocidades de las partículas, calculadas según el principio de equipartición, y
sus modestos desplazamientos medios observados. Modelo de Einstein
 Wiener (1894-1964) logró dar un modelo preciso y riguroso para las trayectorias
irregulares de las partículas, como funciones continuas pero no diferenciables en
ningún punto.
 Desde entonces, las contribuciones teóricas y aplicaciones a otras áreas de las

3
ciencias no han cesado.
L. Gouy en 1887 comprobó que la velocidad de la partícula era inversamente
proporcional a la viscosidad del medio NO Principio de equipartición
Se observó divergencia entre los valores de las velocidades medias observadas y los
valores mucho más altos (factor del orden de 1000) de la teoría cinética
𝑣𝑣 ≈ 𝑘𝑘𝑘𝑘⁄𝑚𝑚
Modelo granular
La saturación de <L2> a tiempos largos

se debe al tamaño finito de la caja
L es el
desplazamiento
de una partícula
4
Modelo de Einstein (1905)
El movimiento aleatorio de estas partículas se debe a que su superficie es
bombardeada incesantemente por las moléculas del fluido sometido a una agitación
térmica. 1012 choques/seg
La velocidad de la partícula browniana no es una magnitud definida (entre dos
medidas consecutivas, la partícula choca multitud de veces cambiando su velocidad de
dirección y módulo, llegando incluso a anularse muchas veces).
El movimiento de las moléculas es tan complicado que sólo se puede describir
probabilísticamente en términos de un gran número de impactos independientes
Einstein usando la teoría molecular cinética de la materia prueba que dicho
movimiento se produce sin que medie la acción de fuerza externa alguna. De este
modo Einstein llegó a la conclusión de que el movimiento Browniano es intrínseco a
la materia.
1nm
Lo que observamos son los distintos desplazamientos
1µm
provocados por varios choques seguidos, cuya
probabilidad de ocurrir es muy pequeña
5
Modelo de Einstein (1905)
El movimiento browniano es un movimiento estocástico, completamente aleatorio,
de manera que el movimiento que realiza una partícula no está condicionado por
los sucesos anteriores
Einstein encontró que la función de distribución de partículas f(x,t) cumple la
ecuación diferencial de difusión de Fick
𝑟𝑟 = 0 El desplazamiento medio es 0
2 2
𝑟𝑟 = 𝑁𝑁𝐿𝐿 = 6𝐷𝐷𝐷𝐷 𝑁𝑁: 𝑛𝑛𝑛 𝑑𝑑𝑑𝑑 𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑
𝐿𝐿: 𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑
𝐷𝐷: 𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐 𝑑𝑑𝑑𝑑 𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑
6 en 3D, 𝑡𝑡: 𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡 𝑑𝑑𝑑𝑑 𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚
4 en 2D y
2 en 1D
𝐿𝐿2
𝐷𝐷 =
Einstein-Smoluchowski 6𝑡𝑡 6
Ecuación de Langevin para el movimiento browniano (1909)
Reinterpretó los resultados de Einstein mediante la introducción de una fuerza
aleatoria 𝝃𝝃 𝑡𝑡 .
𝑑𝑑𝒗𝒗
𝑚𝑚 = −𝜸𝜸𝒗𝒗 + 𝝃𝝃 𝑡𝑡 Fuerza aleatoria o “ruido”
𝑑𝑑𝑑𝑑
Efectos disipativos debidos a la viscosidad del fluido

γ coeficiente de fricción
La componente estocástica de la fuerza se describe probabilísticamente, dando sus
propiedades estadísticas.
donde δ(t) es la función delta de Dirac y q es la

intensidad del ruido
Si el ruido ξ(t) tiene una distribución Gaussiana y su densidad espectral S(ω) es

independiente de la frecuencia
Ruido “blanco”
7
Ecuación de Langevin para el movimiento browniano (1909)
Para t grandes, i.e., γt ≫ 1, la función de correlación de la velocidad es independiente

de la velocidad inicial v0 y solamente es función de la diferencia de tiempos t1 − t2,
En el estado estacionario la energía promedio de una partícula Browniana
El desplazamiento cuadrático medio
Para t grandes, i.e., γt ≫ 1 con

8
Física Biológica Tema 3: Fenómenos de transporte
Tipos de transporte
Los principales tipos de procesos irreversibles que tienen lugar en sistemas en no
equilibrio son:
Ley empírica lineal:

Flujo por unidad de superficie Fuerza o gradiente
Coeficiente de transporte 9
Física Biológica Tema 3: Difusión
Difusión. Transporte de masa
Para procesos irreversibles a T y p ctes
𝜕𝜕𝐺𝐺
𝜇𝜇𝑘𝑘 =
𝜕𝜕𝑛𝑛𝑘𝑘 𝑇𝑇,𝑃𝑃,𝑛𝑛𝑗𝑗
𝑑𝑑𝑖𝑖 𝑆𝑆 𝜇𝜇2 − 𝜇𝜇1 𝑑𝑑𝑑𝑑

= −
𝑑𝑑𝑑𝑑 𝑇𝑇 𝑑𝑑𝑑𝑑
Producción de entropía Flujo generalizado
Fuerza generalizada
−𝑑𝑑𝑛𝑛1 = 𝑑𝑑𝑛𝑛2 = 𝑑𝑑𝑑𝑑
𝜇𝜇2 − 𝜇𝜇1 𝜇𝜇2 − 𝜇𝜇1

𝑑𝑑𝑖𝑖 𝑆𝑆 = − 𝑑𝑑𝑑𝑑 > 0 𝑑𝑑𝑑𝑑 < 0
𝑇𝑇 𝑇𝑇
𝜇𝜇2 − 𝜇𝜇1 < 0
𝜇𝜇𝑘𝑘 = 𝜇𝜇𝑘𝑘0 + 𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑎𝑎𝑘𝑘 = 𝜇𝜇𝑘𝑘0 + 𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝛾𝛾𝜒𝜒𝑘𝑘 = 𝜇𝜇𝑘𝑘0 + 𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝛾𝛾𝑐𝑐𝑘𝑘

Concentración (moles/litro)
Actividad Coeficiente de Actividad Fracción molar 10
Difusión. Leyes de Fick
Coeficiente de difusión, m2/s. Depende de la presión, temperatura y composición

11
Leyes de Fick para la Difusión simple, molecular u ordinaria

p y T constantes
1 𝑑𝑑𝑛𝑛𝑘𝑘 𝜕𝜕𝑐𝑐𝑘𝑘 La primera ley de Fick, válida cuando el

𝐽𝐽𝑘𝑘 = = −𝐷𝐷𝑘𝑘𝑘𝑘 gradiente de concentración no es muy
𝐴𝐴 𝑑𝑑𝑑𝑑 𝜕𝜕𝜕𝜕
grande.
1 𝑑𝑑𝑛𝑛𝑗𝑗 𝜕𝜕𝑐𝑐𝑗𝑗
𝐽𝐽𝑗𝑗 = = −𝐷𝐷𝑗𝑗𝑗𝑗 𝐷𝐷𝑘𝑘𝑘𝑘 ≠ 𝐷𝐷𝑗𝑗𝑗𝑗
𝐴𝐴 𝑑𝑑𝑑𝑑 𝜕𝜕𝜕𝜕
Expresión general de la primera ley de Fick
12
13

En la difusión en régimen no estacionario, la concentración de sustancias
cambia con el tiempo y la posición en el sistema.
𝐽𝐽𝑁𝑁𝑁𝑁 𝑥𝑥 𝐽𝐽𝑁𝑁𝑁𝑁 𝑥𝑥 + 𝛿𝛿
𝑥𝑥 𝑥𝑥 + 𝛿𝛿
ecuación de continuidad
Teniendo en cuenta la primera Ley de Fick y suponiendo 𝐷𝐷𝑘𝑘 cte:
Segunda Ley de Fick en una dimensión

La velocidad de variación en la concentración de una sustancia es proporcional
a la segunda derivada espacial de la misma. 14

Segunda Ley de Fick en más de una
dimensión (laplaciano)
La Segunda Ley de Fick implica:
1) Cualquier cambio brusco de la concentración de una sustancia en un sistema
respecto del espacio, implica también un cambio brusco respecto del tiempo.
2) Si el gradiente de concentración es constante (con área constante), la segunda

derivada de la concentración será nula por lo que la concentración no cambiará
con el tiempo habiéndose alcanzado el régimen estacionario.
Ejemplo:
Difusión homogénea de una
sustancia en un punto
15
Relación de Stokes-Einstein (difusión en líquidos)

Es una relación entre la dinámica de sistemas macroscópico fuera del equilibrio y la
agitación térmica.
El modelo de Stokes-Einstein considera una partícula browniana, k, que se mueve
en el seno de un fluido y es frenada debido a la fricción.
dos fuerzas que actúan sobre ella. Una fuerza de fricción, Ffricción,
proporcional a la velocidad (con coeficiente de fricción γk) debida a la
viscosidad del fluido y una fuerza fluctuante 𝝃𝝃 𝑡𝑡 resultado de las
colisiones que las moléculas de disolvente ejercen sobre la partícula.
𝑑𝑑𝒗𝒗 Ecuación de movimiento o de Langevin
𝑚𝑚 = −𝛾𝛾𝑘𝑘 𝒗𝒗 + 𝝃𝝃 𝑡𝑡
𝑑𝑑𝑑𝑑
La solución de esta ecuación para una dimensión permite obtener la distancia
cuadrática media descrita por la partícula
2
2𝑘𝑘𝐵𝐵 𝑇𝑇 𝑟𝑟 2 = 2𝐷𝐷𝐷𝐷 Ley de Einstein (mov. Browniano)
𝑟𝑟 = 𝑡𝑡
𝛾𝛾𝑘𝑘
𝑘𝑘𝐵𝐵 𝑇𝑇
𝐷𝐷 = Relación de Einstein
𝛾𝛾𝑘𝑘
16
Relación de Stokes-Einstein (difusión en líquidos)

La fuerza de fricción que actúa un medio de viscosidad η sobre una partícula
esférica de radio rp es:
𝑭𝑭𝜂𝜂 = −𝛾𝛾𝑘𝑘 𝒗𝒗 = −6𝜋𝜋𝜋𝜋𝑟𝑟𝑝𝑝 𝒗𝒗 Ley de Stokes
𝐷𝐷 = Ley de Stokes-Einstein
𝑘𝑘𝐵𝐵 𝑇𝑇 6𝜋𝜋𝜋𝜋𝑟𝑟𝑝𝑝
𝐷𝐷 = Relación de Einstein
𝛾𝛾𝑘𝑘
Este modelo es de limitada aplicación práctica ya que llega a tener errores

muy altos, pero ha servido de base para desarrollar otras correlaciones. Este
modelo sí funciona bien para solutos de alto peso molecular y estructura
molecular aproximadamente esférica (como es el caso para algunos
polímeros, coloides y biomoléculas).
Viscosidad dinámica, ,η, para el agua a diferentes temperaturas:

T = 273 K → η = 1,787·10-3 Pa·s
T = 293 K → η = 1,002·10-3 Pa·s
T = 298 K → η = 0,891·10-3 Pa·s
T = 393 K → η = 0,282·10-3 Pa·s
17
Movilidad iónica (difusión de partículas cargadas en líquidos)

Si además la partícula está cargada con una carga, q, (un ión solvatado,
etc…) y se somete a la acción de un campo eléctrico, E , experimentará una
fuerza q·E
𝑑𝑑𝒗𝒗 sólo aplicable a la difusión de iones en
𝑚𝑚 = −𝛾𝛾𝑘𝑘 𝒗𝒗 + 𝑞𝑞𝑬𝑬 + 𝝃𝝃 𝑡𝑡 disoluciones muy diluidas que permiten
𝑑𝑑𝑑𝑑
despreciar las fuerzas de interacción
iónicas
 Si 𝜉𝜉 𝑡𝑡 = 0
 Estado estacionario: 𝛾𝛾𝑘𝑘 𝒗𝒗 = 𝑞𝑞𝑬𝑬 = 𝑒𝑒𝑧𝑧𝑘𝑘 𝐸𝐸
𝒗𝒗 𝑞𝑞
 Si se define movilidad iónica, Γk, de una partícula k, cargada como: Γ𝑘𝑘 ≡ =
𝑬𝑬 𝛾𝛾𝑘𝑘
La intensidad de corriente eléctrica vendrá dada por:

𝑒𝑒𝑧𝑧𝑘𝑘 𝜕𝜕𝜕𝜕
𝐼𝐼 = 𝒗𝒗 𝑛𝑛𝑘𝑘 = 𝑛𝑛𝑘𝑘 𝐸𝐸 = −Γ𝑘𝑘 𝑛𝑛𝑘𝑘
𝛾𝛾𝑘𝑘 𝜕𝜕𝑥𝑥
𝜙𝜙 es el potencial eléctrico, en general, 𝑬𝑬 = −𝛻𝛻𝜙𝜙

18
Ecuación general de la difusión (primera ley de Fick)

Cuando se estudia la transferencia de carga con transporte de materia (conductores
iónicos o electrolíticos, como ocurre en disolución), cabe destacar que se producen
simultáneamente varios fenómenos de transporte:
1) Uno es la propia difusión (de partículas),
2) Otro es la migración (de los iones o partículas debido al campo externo eléctrica)
Para cualquier campo, la densidad de intensidad de campo o densidad de flujo

vendrá dada:
𝜕𝜕𝜕𝜕
𝐽𝐽 = −Γ𝑘𝑘 𝑛𝑛𝑘𝑘
𝜕𝜕𝑥𝑥
Potencial químico generalizado (potencial electroquímico)
𝜇𝜇̅𝑘𝑘 = 𝜇𝜇𝑘𝑘0 + 𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝜒𝜒𝑘𝑘 + 𝜏𝜏𝑘𝑘 𝜓𝜓
Energía por mol debida a las

interacciones que está Sólo difusión
produciendo el potencial
19

Sólo difusión
El flujo generalizado de la partícula k, vendrá dado por:

1 𝜕𝜕�
𝜇𝜇𝑘𝑘 𝐿𝐿𝑘𝑘 𝑅𝑅𝑅𝑅 𝜕𝜕𝑛𝑛𝑘𝑘 𝜕𝜕𝜓𝜓
𝐽𝐽𝑁𝑁𝑁𝑁 = −𝐿𝐿𝑘𝑘 =− + 𝜏𝜏𝑘𝑘
𝑇𝑇 𝜕𝜕𝜕𝜕 𝑇𝑇 𝑛𝑛𝑘𝑘 𝜕𝜕𝜕𝜕 𝜕𝜕𝜕𝜕
𝑅𝑅 𝜕𝜕𝑛𝑛𝑘𝑘 𝐿𝐿𝑘𝑘 𝜏𝜏𝑘𝑘 𝜕𝜕𝜕𝜕

𝐽𝐽𝑁𝑁𝑁𝑁 = −𝐿𝐿𝑘𝑘 −
𝑛𝑛𝑘𝑘 𝜕𝜕𝜕𝜕 𝑇𝑇 𝜕𝜕𝜕𝜕
𝑅𝑅 𝐿𝐿𝑘𝑘 𝜏𝜏𝑘𝑘
𝐷𝐷 = 𝐿𝐿𝑘𝑘 Γ𝑘𝑘 𝑛𝑛𝑘𝑘 =
𝑛𝑛𝑘𝑘 𝑇𝑇
Debido a la difusión Debido a la migración
Γ𝑘𝑘 𝜏𝜏𝑘𝑘
= Relación de Einstein
𝐷𝐷 𝑅𝑅𝑅𝑅 20

Cuando las partículas que se están desplazando son iones moviéndose en un
medio viscoso
𝑒𝑒 𝑧𝑧𝑘𝑘 𝑒𝑒 𝑘𝑘𝐵𝐵 𝑇𝑇 Nota: 𝑛𝑛𝑘𝑘 = 1
Γ𝑘𝑘 = 𝐷𝐷𝑘𝑘 = 𝑅𝑅𝑅𝑅 = 𝑛𝑛𝑛𝑛 = 𝑁𝑁𝐴𝐴 𝑘𝑘𝐵𝐵
𝛾𝛾𝑘𝑘 𝐹𝐹𝛾𝛾𝑘𝑘 𝛾𝛾𝑘𝑘 Const. Faraday 𝐹𝐹 = 𝑒𝑒𝑁𝑁𝐴𝐴
𝜏𝜏𝑘𝑘 = F𝑧𝑧𝑘𝑘
Γ𝑘𝑘 𝜏𝜏𝑘𝑘 Relación de Einstein
= para la difusión simple
𝐷𝐷 𝑅𝑅𝑅𝑅
21
Física Biológica Tema 3: Aplicaciones biológicas
Aplicaciones biológicas
1. Permeabilidad de las membranas
Donde β es el coeficiente de
partición agua/lípido para el ión i
Permeabilidad
2 2
22
2. Transporte a través de la membrana celular
2. 1. Transporte pasivo
23
2. 2. Transporte activo
Según el origen de la energía que se utiliza para producir el transporte
24
25
3. Potencial de membrana. Potencial de Nernst
Un modelo clásico del flujo de iones a través de la membrana plasmática
(modelo de Goldman-Hodgkin-Katz (GHK) o de campo constante)
El potencial de membrana se origina como una situación de equilibrio entre la

concentración química y la concentración eléctrica
La ecuación de Nernst no sólo es fundamental para entender los mecanismos que
generan el potencial de membrana sino que ayudan a explicar la generación de
potenciales de acción y potenciales sinápticos 26
Ley de Fick
Flujo eléctrico
27
Usando la relación de Einstein:
Ecuación de Nernst - Planck

Tiene en cuenta el movimiento de los
iones consecuencia de las diferencias en
las concentraciones de los mismos, y la
fuerza que ejerce sobre ellos la
existencia de un campo eléctrico 28
Si se busca el potencial para el cual el flujo es nulo, 𝐽𝐽𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡𝑡 = 0
Equilibrio Ec. Nernst
29
Equilibrio Ec. Nernst
𝑘𝑘𝐵𝐵 𝑇𝑇 𝑛𝑛𝑒𝑒 𝑅𝑅𝑇𝑇 𝑛𝑛𝑒𝑒
𝑉𝑉𝑖𝑖 − 𝑉𝑉𝑒𝑒 = 𝑙𝑙𝑙𝑙 = 𝑙𝑙𝑙𝑙
𝑒𝑒𝑧𝑧𝑘𝑘 𝑛𝑛𝑖𝑖 𝑒𝑒𝐹𝐹 𝑛𝑛𝑖𝑖
Potencial de membrana
𝑘𝑘𝐵𝐵 𝑇𝑇 𝑛𝑛𝑒𝑒 𝑅𝑅𝑇𝑇 𝑛𝑛𝑒𝑒

𝑉𝑉𝑖𝑖 = 𝑙𝑙𝑙𝑙 = 𝑙𝑙𝑙𝑙
𝑒𝑒𝑧𝑧𝑘𝑘 𝑛𝑛𝑖𝑖 𝑒𝑒𝐹𝐹 𝑛𝑛𝑖𝑖
30
 La ecuación de Nernst define el potencial eléctrico a través de la membrana
que compensa un gradiente de concentración químico particular de un ion al
cual la membrana es permeable
 Este potencial es llamado potencial de equilibrio. Depende del gradiente de
concentración y de la valencia del ion pero NO depende del grado de
permeabilidad de la membrana al ion o de las concentraciones absolutas
 Relativamente pocos iones deben ser movidos por el potencial, es decir el
gradiente de concentración no se perturba significativamente cuando se está
buscando el equilibrio
 Cuando la membrana es permeable a un sólo ion el potencial que se alcanza
es el de equilibrio, pero ¿Qué pasa si la membrana es permeable a varios
iones?
Si la membrana es permeable a varios iones debemos
utilizar el equilibrio de Donnan
Se aplica sólo cuando la restitución de los voltajes es de
forma pasiva, es decir, no hay energía involucrada en el
movimiento de iones a través de la membrana 31
4. Metabolismo bacteriano
Proceso difusivo: el O2 le llega a la bacteria aleatoriamente
Solución estacionaria
32
Física Biológica Tema 3: Distribución de Boltzmann
Distribución de Maxwell-Boltzmann
Función densidad de probabilidad
𝐻𝐻 𝑞𝑞, 𝑝𝑝
𝑓𝑓 𝑞𝑞, 𝑝𝑝 𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑 = 𝐶𝐶 exp − 𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑
1
Ejemplo: La función densidad de probabilidad de un gas ideal (energía cinética 𝑚𝑚𝑣𝑣 2 )
2
Función de distribución de velocidades de

Maxwell-Botzmann
En general, la función densidad de probabilidad (la probabilidad de encontrar el

sistema con energía comprendida entre U y U+dU vendrá dada por:
Nos dará la probabilidad de

superar una barrera energética
33
Distribución de Maxwell-Boltzmann
La probabilidad de que una partícula

supere una barrera energética
El número de partículas por unidad de tiempo que saltarán una barrera

energética de altura ∆𝑈𝑈 será
𝜈𝜈𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎 es la frecuencia de vibración de los átomos
34
Fluctuaciones y estabilidad
Fluctuación
Las fluctuaciones serán entorno a los valores medios, correspondientes al estado
de equilibrio termodinámico.
𝜎𝜎𝑈𝑈2 ≡ 𝑈𝑈 − 𝑈𝑈 2
= 𝑈𝑈 2 − 𝑈𝑈 2 ∆𝑈𝑈 ≡ 𝜎𝜎𝑈𝑈 = 𝜎𝜎𝑈𝑈2 Fluctuación en
la energía
Estimación
Si consideramos que el sistema cumple el principio de equipartición de la energía
𝑙𝑙 Fluctuación relativa es la
razón entre la fluctuación 𝜎𝜎𝑈𝑈 2⁄𝑙𝑙 1�
𝑈𝑈 = 𝑁𝑁𝑘𝑘𝐵𝐵 𝑇𝑇 = ∝ 𝑁𝑁 − 2
2 de la energía y el valor 𝑈𝑈 𝑁𝑁
medio de dicha energía
Ejemplo: 6 grados de libertad → 𝑈𝑈 = 3𝑘𝑘𝐵𝐵 𝑇𝑇
𝑇𝑇 = 310 𝐾𝐾 → 𝑈𝑈 = 10−2 𝑎𝑎𝑎𝑎 i) Enlace covalente ~ 0,6 aJ

ii) Puentes de hidrógeno ~ 0,03 aJ
37
Física Biológica Tema 3: Motores Brownianos
Motores brownianos o moleculares

Las ratchets o motores brownianos pueden verse como controladores que actúan
sobre sistemas estocásticos con el objetivo de inducir movimiento neto a través de
la rectificación de las fluctuaciones.
Ratchet de Smoluchowski-Feynman
un sistema periódico y espacialmente
asimétrico (una rueda dentada y trinquete,
ratchet and pawl) en contacto con un baño
térmico era capaz, a primera vista, de
rectificar las fluctuaciones térmicas y realizar
trabajo.
Las partículas por agitación térmica hacen girar las aspas. Debido a los impactos
aleatorios de las moléculas de gas sobre las palas el dispositivo realiza un
movimiento browniano rotatorio, que es rectificado gracias a la presencia del
trinquete (ratchet) que sólo permite girar con facilidad en un sentido
38
Ratchet de Smoluchowski-Feynman
Feynman muestra que la diferencia de
temperatura es un ingrediente necesario
para realmente conseguir rectificación y
levantar así el peso.
De un proceso aleatorio conseguimos

un movimiento en un sentido TRABAJO
¿Viola el 2º Principio de la termodinámica?

Los impactos de las moléculas son a escala microscópica El trinquete necesita
ser de escala microscópica también, por lo que las fluctuaciones térmicas no son
despreciables.
Entonces, el trinquete se levanta eventualmente, permitiendo así que el engranaje
gire libremente. El resultado neto es que no hay un movimiento promedio rotacional
preferencial.
R. Ait-Haddou and W. Herzog, Cell Biochemistry and Biophysics,38 (2003) 39
Modelo estocástico simplificado

Un motor molecular va a utilizar el movimiento aleatorio de las partículas para
producir trabajo mediante la agitación térmica.
La ecuación de movimiento es:
𝑑𝑑 2 𝑥𝑥 𝑡𝑡 𝑑𝑑𝑑𝑑 𝑥𝑥 𝑡𝑡 𝑑𝑑𝑥𝑥 𝑡𝑡
𝑚𝑚 + = −𝜂𝜂 + 𝜉𝜉 𝑡𝑡
𝑑𝑑𝑡𝑡 2 𝑑𝑑𝑑𝑑 𝑑𝑑𝑑𝑑
Potencial de ratchet Término de fricción Ruido blanco
𝑉𝑉 𝑥𝑥 es un potencial periódico y asimétrico,

donde 𝐿𝐿 es el periodo del ratchet
𝜉𝜉 𝑡𝑡 representa un ruido blanco Gaussiano con

función de correlación
40
Modelo elemental de Smoluchowski-Feynman

𝑑𝑑 2 𝑥𝑥 𝑡𝑡 𝑑𝑑𝑑𝑑 𝑥𝑥 𝑡𝑡 𝑑𝑑𝑥𝑥 𝑡𝑡
𝑚𝑚 + = −𝜂𝜂 + 𝜉𝜉 𝑡𝑡
𝑑𝑑2 𝑥𝑥 𝑡𝑡 𝑑𝑑𝑥𝑥 𝑡𝑡 𝑑𝑑𝑑𝑑 𝑥𝑥 𝑡𝑡

Si =0 𝜂𝜂 =− + 𝜉𝜉 𝑡𝑡
Ecuación de Fokker-Planck
Es una ecuación diferencial en derivadas parciales para la evolución temporal
de la densidad de probabilidad de un proceso estocástico
Término de “arrastre”. Hace que Término difusivo. Depende de la

salga del pozo de potencial agitación térmica (kT) y de la viscosidad 41
Modelo elemental de Smoluchowski-Feynman

p (x, t) es la probabilidad
de encontrar una partícula
en la posición x a tiempo t
𝐷𝐷 =
𝜂𝜂
La velocidad de la partícula está relacionada con el flujo de probabilidad
La solución estacionaria con la condición periódica del potencial, permite

obtener la velocidad de la partícula
La probabilidad de ir a la derecha o a la izquierda

del potencial es la misma
42
Modelo estocástico modificado
Es necesario que el potencial sea periódico

asimétrico
0 posición de equilibrio pero puede salir
de ese pozo por agitación térmica 1
2 tiene una cierta probabilidad de ir al 0
o al 3
En el potencial V2 la partícula se moverá

libremente con movimiento browniano
Flashing ratchet
Donde k1 y k2 son las velocidades de encendido

y apagado de los potenciales
43
Ecuación de Fokker-Planck
La velocidad media de las partículas en

estado estacionario con las condiciones
periódicas del potencial será:
44
Modelo inclinado (Tilted)
𝑑𝑑𝑥𝑥 𝑡𝑡 𝑑𝑑𝑑𝑑 𝑥𝑥 𝑡𝑡
𝜂𝜂 =− + 𝜉𝜉 𝑡𝑡 + 𝐹𝐹
𝑑𝑑𝑑𝑑 𝑑𝑑𝑑𝑑
𝑉𝑉𝑒𝑒𝑒𝑒 𝑥𝑥 = 𝑉𝑉 𝑥𝑥 − 𝑥𝑥𝑥𝑥
A F grandes se rompe la simetría.

Sólo hay simetría a F pequeñas
45
Efecto Ratchet
Ahora consideremos una fuerza FD(t) cuyo promedio temporal y de ensamble
sea cero
La velocidad promedio es diferente de cero

para F = 0, e incluso su dirección es opuesta
para un intervalo de F. Esto es, realizamos
trabajo en contra de la fuerza F llevando a
la partícula en dirección opuesta a F. Este
fenómeno se llama “efecto ratchet”
46
Efecto Ratchet
Densidad de probabilidad
Potencial ratchet
ON
OFF
ON
47
En general, para conseguir un flujo neto existen otras posibilidades, pero

siempre se debe exigir:
i) Periodicidad espacial e invarianza o periodicidad temporal.
ii) Todas las fuerzas o gradientes, macroscópicos, desaparecen tras
promediar espacialmente.
iii) El sistema ha de ser llevado permanentemente fuera del equilibrio y no
deben existir simetrías que impidan, a priori, el efecto rachet
48
Ejemplos
Bombas moleculares
Bomba de Na-K
Bomba de calcio por desfosforilación
Ratchets brownianos
Es el que facilita el paso de
proteínas en la membrana
Motores moleculares
Utilizan la agitación térmica para
realizar un trabajo
49
Ejemplos de motores moleculares

Kinesina y Dineina
https://www.youtube.com/watch?v=2120av9wdFU 50

Miosina
https://www.youtube.com/watch?v=KfEbuHCGIIo
www.youtube.com/watch?v=zkrV103jp2Y 51

ATP sintasa https://www.youtube.com/watch?v=girf1vpLoxQ
52

ARN polimerasa https://www.youtube.com/watch?v=MkUgkDLp2iE
Ribosoma
https://www.youtube.com/watch?v=lWoj1whydX0 53

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Tema 3: Fenómenos de transporte

El botánico R. Brown (1827) observó, a través de un microscopio, que pequeñas

 En 1900, L. Bachelier introdujo un proceso para modelar las fluctuaciones

 Desde entonces, las contribuciones teóricas y aplicaciones a otras áreas de las

La saturación de <L2> a tiempos largos

Efectos disipativos debidos a la viscosidad del fluido

donde δ(t) es la función delta de Dirac y q es la

Si el ruido ξ(t) tiene una distribución Gaussiana y su densidad espectral S(ω) es

Para t grandes, i.e., γt ≫ 1, la función de correlación de la velocidad es independiente

En el estado estacionario la energía promedio de una partícula Browniana

El desplazamiento cuadrático medio

Para t grandes, i.e., γt ≫ 1 con

Ley empírica lineal:

𝑑𝑑𝑖𝑖 𝑆𝑆 𝜇𝜇2 − 𝜇𝜇1 𝑑𝑑𝑑𝑑

𝜇𝜇2 − 𝜇𝜇1 𝜇𝜇2 − 𝜇𝜇1

𝜇𝜇2 − 𝜇𝜇1 < 0

𝜇𝜇𝑘𝑘 = 𝜇𝜇𝑘𝑘0 + 𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑎𝑎𝑘𝑘 = 𝜇𝜇𝑘𝑘0 + 𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝛾𝛾𝜒𝜒𝑘𝑘 = 𝜇𝜇𝑘𝑘0 + 𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝑅𝛾𝛾𝑐𝑐𝑘𝑘

Difusión. Leyes de Fick

Coeficiente de difusión, m2/s. Depende de la presión, temperatura y composición

Leyes de Fick para la Difusión simple, molecular u ordinaria

1 𝑑𝑑𝑛𝑛𝑘𝑘 𝜕𝜕𝑐𝑐𝑘𝑘 La primera ley de Fick, válida cuando el

Leyes de Fick para la Difusión simple, molecular u ordinaria

Leyes de Fick para la Difusión simple, molecular u ordinaria

Teniendo en cuenta la primera Ley de Fick y suponiendo 𝐷𝐷𝑘𝑘 cte:

Segunda Ley de Fick en una dimensión

Leyes de Fick para la Difusión simple, molecular u ordinaria

2) Si el gradiente de concentración es constante (con área constante), la segunda

Relación de Stokes-Einstein (difusión en líquidos)

Relación de Stokes-Einstein (difusión en líquidos)

Este modelo es de limitada aplicación práctica ya que llega a tener errores

Viscosidad dinámica, ,η, para el agua a diferentes temperaturas:

Movilidad iónica (difusión de partículas cargadas en líquidos)

La intensidad de corriente eléctrica vendrá dada por:

𝜙𝜙 es el potencial eléctrico, en general, 𝑬𝑬 = −𝛻𝛻𝜙𝜙

Ecuación general de la difusión (primera ley de Fick)

Para cualquier campo, la densidad de intensidad de campo o densidad de flujo

Energía por mol debida a las

Ecuación general de la difusión (primera ley de Fick)

El flujo generalizado de la partícula k, vendrá dado por:

𝑅𝑅 𝜕𝜕𝑛𝑛𝑘𝑘 𝐿𝐿𝑘𝑘 𝜏𝜏𝑘𝑘 𝜕𝜕𝜕𝜕

Ecuación general de la difusión (primera ley de Fick)

El potencial de membrana se origina como una situación de equilibrio entre la

Usando la relación de Einstein:

Ecuación de Nernst - Planck

Equilibrio Ec. Nernst

𝑘𝑘𝐵𝐵 𝑇𝑇 𝑛𝑛𝑒𝑒 𝑅𝑅𝑇𝑇 𝑛𝑛𝑒𝑒

Función de distribución de velocidades de

En general, la función densidad de probabilidad (la probabilidad de encontrar el

Nos dará la probabilidad de

La probabilidad de que una partícula

El número de partículas por unidad de tiempo que saltarán una barrera

𝜈𝜈𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎 es la frecuencia de vibración de los átomos

Si consideramos que el sistema cumple el principio de equipartición de la energía

Ejemplo: 6 grados de libertad → 𝑈𝑈 = 3𝑘𝑘𝐵𝐵 𝑇𝑇

𝑇𝑇 = 310 𝐾𝐾 → 𝑈𝑈 = 10−2 𝑎𝑎𝑎𝑎 i) Enlace covalente ~ 0,6 aJ

Motores brownianos o moleculares

De un proceso aleatorio conseguimos

¿Viola el 2º Principio de la termodinámica?

Modelo estocástico simplificado

Potencial de ratchet Término de fricción Ruido blanco

𝑉𝑉 𝑥𝑥 es un potencial periódico y asimétrico,

𝜉𝜉 𝑡𝑡 representa un ruido blanco Gaussiano con

Modelo elemental de Smoluchowski-Feynman

𝑑𝑑2 𝑥𝑥 𝑡𝑡 𝑑𝑑𝑥𝑥 𝑡𝑡 𝑑𝑑𝑑𝑑 𝑥𝑥 𝑡𝑡