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La primera teoría sobre este cambio fue publicada hace 140 años por Dohrn. Sugiere que los
vertebrados surgieron a partir de que se creía de que los vertebrados habían surgido a partir de
los anélidos. Donde estos los gusanos invertían su cuero donde la boca pasaba a estar en la parte
superior de la cabeza donde generaban una nueva boca y la vieja desaparecía. Esta teoría luego
desapareció cuando se dividieron a los vertebrados en protostomos y deuterostomos. Esto
posicionaba a los anélidos y a los vertebrados en distancias filogenéticas considerables. Luego de
esto vino la teoría de la Enteropneusta. Estos son unos gusanos marinos con el cuerpo dividido
en tres partes probóscide, cuello y el torso. Estos pertenecían a los hemicordados. Esta teoría fue
propuesta por Bateson en 1886, según la teoría original el plan corporal no se invertía. Los
enteropneustos eran como los vertebrados ya que para el la estomocorda correspondía a la
notocorda hallada en los vertebrados, faltándoles así solo la segmentación y la musculatura.
En este momento se sigue sin saber realmente cual es el origen de los vertebrados. Sin embargo
se especula que estos fueron originados a partir de un ancestro en común que era en si un
vertebrado, poseía caracteres compartidos con las lampreas y vertebrados con mandíbulas. Este
animal también poseía una cabeza y cerebro bien desarrollados y complejos. En este momento
los linajes más cercanos a los vertebrados son los tunicados y los cefalocordados. Esto ya que
ambos son cordados. También poseen sistema nervioso central y una notocorda. El ancestro del
que surgieron estas especies probablemente también poseía un endostilo para poder recoger los
alimentos.