Taller Lab Genomica

1. Objetivo del tutorial: Familiarizarse con la plataforma

de Galaxy con el objetivo de aplicarlo a el análisis de datos
científicos extraídos de lo visto en la genómica, ademas de
gestionar procesos iniciales básicos como la subida y lectura de
datos y cómo leer estas aplicaciones.

2. FastQC- la herramienta tiene como funcion dar un

aproximado score logaritmico que dicta el posible porcentaje de
un margen de error de que una base sea realmente la base dada
por la secuenciación. Este va generalmente de 0 a 40, donde
cada valor numérico apunta a un “porcentaje” de certeza, según
cada base analizada dada por la lectura de illumina es real.

3. Entre el tamaño de 30 y 90 reads para cada pb, es

donde se encuentran los mejores scores de calidad (se indica un
aproximado de 39, ninguno llega a 40).

Parte 2.

1. Aprender a utilizar la interfaz de Galaxy, entre estos

entender el funcionamiento de su enfoques: desde las funciones
básicas hasta las funciones más complejas como obtener los
nombres de los genes.

2. El archivo contiene dataset de regiones de interés de

ratones. Según el tutorial, a partir de las fuentes de datos de la
UCSC podemos extraer información de nuestro interés para
comparar secuencias, identificar regiones cromosómicas y leer
posiciones de cada par de bases.

Parte 3.

1. El objetivo del tuyorial 3 es aprender la empleabilidad

de los datos extraídos de guías de prácticas (NGC). Estos en su
mayoría se componen de datos del tipo FASTQ. Dado que este
tipo de formato aún no está completamente definido, hay cierta
libertad para manipularlos y conseguir información de interés
científica. Para ello, se aprende también a depurarlos y enseña
ciertas aplicaciones.

2. El formato SAM es usado para almacenar información

de alineadareads, que es un formato genérico de alineación de
nucleotides. El formato Fasta, así mismo, es también un formato
de almacenamiento de secuenciación de ácidos o peptides. Sin
embargo, la diferencia radica en que el formato SAM está
acompañado de archivos .bai (que configura a archivos del tipo
búsqueda).

3. La herramienta MAP with funciona como un alineador

de secuencias de lectura corta. Se usa como algoritmos de
alineación de lecturas de secuencias contra genomas de
referencia con el objetivo de permitir una combinación de multiples
conjuntos de datos, dado que analiza extremos emparejaros y
alineación quiméricas.